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量化肿瘤浸润免疫细胞的分析方法研究进展
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作者 王建平 霍子天 +1 位作者 秦钧 白明泽 《生命科学研究》 CAS 2024年第2期143-151,共9页
免疫细胞一直被认为是维持机体平衡的重要调节因子,对肿瘤浸润免疫细胞进行量化分析有望揭示免疫系统在肿瘤中的多方面作用。本文总结了量化肿瘤浸润免疫细胞的计算方法及相关的分析工具,包括基于标志基因富集分析方法和反卷积分析方法... 免疫细胞一直被认为是维持机体平衡的重要调节因子,对肿瘤浸润免疫细胞进行量化分析有望揭示免疫系统在肿瘤中的多方面作用。本文总结了量化肿瘤浸润免疫细胞的计算方法及相关的分析工具,包括基于标志基因富集分析方法和反卷积分析方法开发的算法模型与工具,列举了它们在揭示疾病发病机制以及药物治疗反应、确定肿瘤潜在生物标志物、辨别肿瘤免疫分型中的应用,提出了它们当前存在的局限性,并针对这些局限性问题进行了分析和展望,以促进该领域的发展。 展开更多
关键词 肿瘤 肿瘤浸润免疫细胞(TIC) 基因集富集分析(GSEA) 反卷积
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GLOBAL WEAK SOLUTIONS FOR AN ATTRACTION-REPULSION CHEMOTAXIS SYSTEM WITH p-LAPLACIAN DIFFUSION AND LOGISTIC SOURCE
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作者 王晓闪 王忠谦 贾哲 《Acta Mathematica Scientia》 SCIE CSCD 2024年第3期909-924,共16页
This paper is concerned with the following attraction-repulsion chemotaxis system with p-Laplacian diffusion and logistic source:■The system here is under a homogenous Neumann boundary condition in a bounded domainΩ... This paper is concerned with the following attraction-repulsion chemotaxis system with p-Laplacian diffusion and logistic source:■The system here is under a homogenous Neumann boundary condition in a bounded domainΩ ■ R^(n)(n≥2),with χ,ξ,α,β,γ,δ,k_(1),k_(2)> 0,p> 2.In addition,the function f is smooth and satisfies that f(s)≤κ-μs~l for all s≥0,with κ ∈ R,μ> 0,l> 1.It is shown that(ⅰ)if l> max{2k_(1),(2k_(1)n)/(2+n)+1/(p-1)},then system possesses a global bounded weak solution and(ⅱ)if k_(2)> max{2k_(1)-1,(2k_(1)n)/(2+n)+(2-p)/(p-1)} with l> 2,then system possesses a global bounded weak solution. 展开更多
关键词 global weak solutions attraction-repulsion P-LAPLACIAN logistic source
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基于Faster R-CNN的对虾生长性状表型高通量测定技术的建立及应用 被引量:3
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作者 鲍镇宁 于洋 李富花 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1576-1584,共9页
为提高对虾外部生长性状表型数据的获取效率,利用拍照获得的对虾外部表型照片,采用基于区域生成网络RPN(Region Proposal Networks)的Faster R-CNN(Faster Region-convolutional neural networks)深度学习神经网络,通过对8400张对虾表... 为提高对虾外部生长性状表型数据的获取效率,利用拍照获得的对虾外部表型照片,采用基于区域生成网络RPN(Region Proposal Networks)的Faster R-CNN(Faster Region-convolutional neural networks)深度学习神经网络,通过对8400张对虾表型照片的学习和训练,构建了快速识别对虾全长并输出位置信息的模型。该模型可识别图片中的对虾并以识别框的形式表示出具体的位置。对于不同角度拍摄的对虾,模型生成识别框的长度或对角线长度与人工测量的对虾全长之间呈高度相关。研究以此建立了对虾全长性状表型数据高通量测定技术,该技术的建立可以在对虾生长性状表型数据测定中节省人工测量的时间,提高了对虾全基因组选择育种的效率。此外,该模型的建立也为对虾头胸部长度及不同体节长度等其他外部表型数据的测定提供了新的思路,为对虾生长性状表型组的建立奠定了重要基础。 展开更多
关键词 表型组 计算机视觉 深度学习 对虾
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具有Holling-Ⅱ型功能反应函数的双时滞捕食者-食饵系统的Hopf分支
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作者 于莉琦 贺树立 王强 《高师理科学刊》 2023年第10期16-21,共6页
在具有Holling-Ⅱ型功能反应函数的捕食者-食饵系统中引入2个时滞参数,用来刻画捕食者和食饵的生长时滞,研究了系统平衡点的局部稳定性.结果表明,随着参数的变化,系统平衡点发生了扰动,进而出现了周期解.给出了Hopf分支存在条件的显示... 在具有Holling-Ⅱ型功能反应函数的捕食者-食饵系统中引入2个时滞参数,用来刻画捕食者和食饵的生长时滞,研究了系统平衡点的局部稳定性.结果表明,随着参数的变化,系统平衡点发生了扰动,进而出现了周期解.给出了Hopf分支存在条件的显示表达式,并通过数值实验验证了结论. 展开更多
关键词 Holling-Ⅱ型功能反应函数 稳定性 时滞 HOPF分支 捕食者-食饵系统
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正交实验法在PCR反应条件优化中的应用 被引量:64
5
作者 杨水云 李续娥 +2 位作者 吴明宇 孙飞龙 李剑君 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2005年第2期202-206,共5页
本研究以小肠结肠炎耶尔森氏菌为研究材料,将纯理论数学方法-正交设计实验法,应用于分子生物学技术PCR体系的优化之中.首先采用搜索性正交实验,在此实验结果基础上,进一步设计细调性正交实验来寻求PCR反应的最适条件.所得优化扩增体系稳... 本研究以小肠结肠炎耶尔森氏菌为研究材料,将纯理论数学方法-正交设计实验法,应用于分子生物学技术PCR体系的优化之中.首先采用搜索性正交实验,在此实验结果基础上,进一步设计细调性正交实验来寻求PCR反应的最适条件.所得优化扩增体系稳定,重复性好,表明正交实验设计方法高效快速,科学性强,是PCR反应条件优化中值得推广使用的有效方法. 展开更多
关键词 小肠结肠炎耶尔森氏菌 PCR 正交实验 条件优化
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现实复杂情形下的SIRS型传染病模型及其控制策略 被引量:11
6
作者 孙有发 郭旭冲 +2 位作者 梁肖肖 刘彩燕 张成科 《系统仿真学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期195-200,共6页
研究现实复杂情形下(包含非线性传染率、有隔离措施、群外个体迁入、生育与死亡以及疾病可水平和垂直传播等)的SIRS型传染病模型。首先证明该传染病模型的无病平衡点与地方病平衡点的唯一存在性及渐近稳定性;然后从基本再生数以及折衷... 研究现实复杂情形下(包含非线性传染率、有隔离措施、群外个体迁入、生育与死亡以及疾病可水平和垂直传播等)的SIRS型传染病模型。首先证明该传染病模型的无病平衡点与地方病平衡点的唯一存在性及渐近稳定性;然后从基本再生数以及折衷考虑人道主义、救治代价与疾病控制效果的原则,针对流行于人类的传染病,提出"优先隔离染病个体、提高疾病治愈率以及控制传染病垂直传播"的传染病综合控制策略;最后,数值仿真验证了模型的稳态特性以及综合控制策略的有效性。 展开更多
关键词 传染病模型 SIRS 隔离 迁入 垂直传播 控制策略
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底栖生物生物量空间插值方法研究 被引量:20
7
作者 张伟 李纯厚 +2 位作者 贾晓平 陈丕茂 方良 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期351-356,共6页
在地统计学和地理信息系统支持下,采用反距离加权(Inverse distance weighting,IDW)、径向基函数(Radial basis functions,RBF)、普通克里格(Ordinary Kriging,OK)3种插值方法对2007年4月获得的大亚湾人工鱼礁区及附近海域底栖生物生物... 在地统计学和地理信息系统支持下,采用反距离加权(Inverse distance weighting,IDW)、径向基函数(Radial basis functions,RBF)、普通克里格(Ordinary Kriging,OK)3种插值方法对2007年4月获得的大亚湾人工鱼礁区及附近海域底栖生物生物量数据进行空间插值方法研究,并对插值精确度进行交叉验证。结果显示,经对数转化后的数据呈正态分布,而且3种插值方法对其进行插值,所得的等值面图效果比原始数据所得等值面图效果好。交叉验证显示,对数转化数据插值精确度OK﹥RBF﹥IDW。观察插值结果等值面图,发现3种方法均能较客观地模拟出底栖生物生物量的总体分布趋势,在对局部趋势的模拟上,OK的表现效果最好。 展开更多
关键词 底栖生物生物量 空间插值 研究
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以比生长速率时间曲线为基础的生物群体生长数学模型 被引量:16
8
作者 宋健 林建群 +4 位作者 金燕 沈红 林慧彬 林建强 曲音波 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期836-838,共3页
构建了一个描述限制性环境条件下生物群体生长规律的数学模型。模型中比生长速率(μ)是时间(t)的函数。模型可以很好地拟合多种生物或生物细胞群体生长的延迟期、指数期和稳定期。该模型参数少,模型参数生物学意义明确,计算简单。
关键词 数学模型 群体生长 比生长速率
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利用回交B_1和B_2及F_2群体鉴定数量性状两对主基因+多基因混合遗传模型 被引量:77
9
作者 章元明 盖钧镒 王建康 《生物数学学报》 CSCD 2000年第3期358-366,共9页
QTL作图和主基因+多基因混合遗传分析表明:拓展两对主基因+多基因混合遗传模型十分必要.本文利用混合分布理论、 AIC准则在回交 B1和 B2群体或 F2群体中鉴定两对主基因的存在,当主基因存在时估计其遗传参数;同时还改... QTL作图和主基因+多基因混合遗传分析表明:拓展两对主基因+多基因混合遗传模型十分必要.本文利用混合分布理论、 AIC准则在回交 B1和 B2群体或 F2群体中鉴定两对主基因的存在,当主基因存在时估计其遗传参数;同时还改进了利用亲本、 F1和回交B1和 B2群体,或亲本、 F1和 F2群体鉴定多基因存在的方法.分布参数的估计采用 IECM算法.以水稻株高性状为例说明该方法的应用. 展开更多
关键词 数量性状 主基因+多基因混合遗传 IECM算法
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小世界网络V.S.均匀混合网络中的SIRS型传染病模型 被引量:4
10
作者 孙有发 梁肖肖 +2 位作者 郭旭冲 刘彩燕 张成科 《系统仿真学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期669-676,共8页
在现实复杂情形下(包含非线性传染率、有隔离措施、群外个体迁入、生育与死亡以及疾病可水平和垂直传播等),比较研究小世界网络中的SIRS型传染病模型与均匀混合SIRS型传染病模型的疾病动态传播行为,以及相同疾病控制策略在两种传染病模... 在现实复杂情形下(包含非线性传染率、有隔离措施、群外个体迁入、生育与死亡以及疾病可水平和垂直传播等),比较研究小世界网络中的SIRS型传染病模型与均匀混合SIRS型传染病模型的疾病动态传播行为,以及相同疾病控制策略在两种传染病模型上的效果。数值仿真研究发现:1)动态行为特征仅与模型参数有关的均匀混合SIRS型传染病模型不能准确刻画小世界网络中的传染病传播行为。2)源于均匀混合SIRS型传染病模型的控制策略(如强化隔离染病个体、限制易感群体迁入、提高染病个体死亡率以及控制疾病垂直传播等)适用于控制小世界网络中的传染病,但效果有显著差异。3)小世界网络中的SIRS型传染病的控制策略中,存在一个最佳的染病个体死亡率阈值。 展开更多
关键词 SIRS型传染病模型 小世界网络 数值仿真 疾病控制 死亡率阈值 树生长算法
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基于Matlab语言的杂交水稻品种的颜色特征 被引量:8
11
作者 周超 欧阳爱国 +1 位作者 吴继华 刘燕德 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2006年第4期627-630,共4页
本研究组建了基于机器视觉的杂交水稻种子检测硬件软件系统,并利用Matlab语言平台提取了杂交水稻种子图像的R、G、B、H、S、V六个颜色特征参数,研究了六个参数与水稻的品种相关性,实验证明通过颜色识别杂交水稻品种具有可行性,此结果为... 本研究组建了基于机器视觉的杂交水稻种子检测硬件软件系统,并利用Matlab语言平台提取了杂交水稻种子图像的R、G、B、H、S、V六个颜色特征参数,研究了六个参数与水稻的品种相关性,实验证明通过颜色识别杂交水稻品种具有可行性,此结果为杂交水稻种子的基于机器视觉的识别方法提供了参考价值. 展开更多
关键词 颜色 杂交水稻秆子 机器视觉 品种相关性 MATLAB6.5
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皱纹盘鲍表型性状与肌肉重的相关与通径分析 被引量:18
12
作者 刘贤德 张国范 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期40-44,共5页
选取日本岩手县×中国大连獐子岛的一个杂交家系,随机测定132尾三年龄皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)的壳长(x1)、壳宽(x2)、总重(x3)、壳重(x4)、软体部重(x5)及肌肉重(y)6个指标,计算各性状间的相关系数,采用通径分析方法... 选取日本岩手县×中国大连獐子岛的一个杂交家系,随机测定132尾三年龄皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)的壳长(x1)、壳宽(x2)、总重(x3)、壳重(x4)、软体部重(x5)及肌肉重(y)6个指标,计算各性状间的相关系数,采用通径分析方法计算以表型性状为自变量,肌肉重为依变量的通径系数、决定系数,对各性状的影响大小进行剖分,明确影响皱纹盘鲍肌肉重的主要表型性状,为皱纹盘鲍选育提供理论依据和理想的测度指标。结果表明:所测各表型性状与肌肉重之间的相关系数均达到极显著水平(P<0.01);软体部重对肌肉重的直接影响最大(为0.512),其次为总重,对肌肉重的直接影响为0.484,二者差异不显著(P>0.05),其他性状对肌肉重的直接影响均不大。剔除通径系数检验不显著的自变量,利用逐步回归的方法,建立以肌肉重为依变量的最优多元线性回归方程为:y=-0.381+0.239x3+0.342x5,其调整决定系数为0.989,表明所选性状是影响肌肉重的主要性状。 展开更多
关键词 皱纹盘鲍(Haliotis DISCUS hannailno) 相关 通径分析 肌肉重
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下丘脑-胰岛轴血糖调节的非线性动力学模型 被引量:7
13
作者 王颖 孙迎春 佟倜 《东北师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期133-136,共4页
以生物化学糖代谢酶促动力学理论为基础,结合生理学内分泌调节理论,建立了正常人群下丘脑-胰岛轴血糖调节的非线性动力学模型.采用四阶龙格-库塔法对满足模型的一组参变量数据进行了模拟,结果显示血液中葡萄糖和胰岛素浓度的变化与正常... 以生物化学糖代谢酶促动力学理论为基础,结合生理学内分泌调节理论,建立了正常人群下丘脑-胰岛轴血糖调节的非线性动力学模型.采用四阶龙格-库塔法对满足模型的一组参变量数据进行了模拟,结果显示血液中葡萄糖和胰岛素浓度的变化与正常人口服葡萄糖耐量(OGTT)试验的数据一致,说明该模型可以反映人体血糖调节过程,是合理的动力学模型. 展开更多
关键词 下丘脑-胰岛轴 血糖调节 负反馈 非线性动力学模型
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渤海生态动力过程的模型研究 Ⅰ.模型描述 被引量:12
14
作者 刘浩 尹宝树 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期21-31,共11页
建立了一个NPZD类型的生物化学模型,并将其与原始方程海流模型(POM)、太阳辐射模型和河流输入模型耦合再现渤海的生态动力过程.模拟的初级生产力与实测值吻合较好;此外,该文还首次全方位地检验了渤海f-ratio的特征,通过与莱州湾的实测... 建立了一个NPZD类型的生物化学模型,并将其与原始方程海流模型(POM)、太阳辐射模型和河流输入模型耦合再现渤海的生态动力过程.模拟的初级生产力与实测值吻合较好;此外,该文还首次全方位地检验了渤海f-ratio的特征,通过与莱州湾的实测值比较,模拟结果也显示了相当的准确度.另外,该文在分析f-ratio变化特征的基础上还揭示硝酸盐和铵盐对渤海浮游植物生长的相对贡献率. 展开更多
关键词 渤海 NPZD生态模型 初级生产力 F-RATIO
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新的独立成分分析算法实现功能磁共振成像信号的盲分离 被引量:7
15
作者 武振华 史振威 +1 位作者 唐焕文 唐一源 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期188-192,共5页
采用独立成分分析(independentcomponentanalysis,ICA)的一种新的牛顿型算法来提取功能磁共振成像(functionalmagneticreasonanceimaging,fMRI)信号中的各种独立成分(包括与实验设计相关的成分以及各种噪声)。与fastICA相比,该算法减少... 采用独立成分分析(independentcomponentanalysis,ICA)的一种新的牛顿型算法来提取功能磁共振成像(functionalmagneticreasonanceimaging,fMRI)信号中的各种独立成分(包括与实验设计相关的成分以及各种噪声)。与fastICA相比,该算法减少了运算量,提高了运算速度,而且能够很好地分离出各个独立成分。结果表明该算法是一种有效的fMRI信号分析手段。 展开更多
关键词 牛顿型算法 独立成分分析 功能磁共振成像 盲源分离 信号
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生物环境温热条件的数学表达 被引量:3
16
作者 金昌杰 裴铁璠 +3 位作者 关德新 王安志 钟晔 李晓晏 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期93-98,共6页
依据数学分析、随机过程等基础数学知识研讨生物环境温热条件的连续型以及离散型的数学表达,阐述不同生态环境下温热条件的生物学意义,提出在霜期生态研究中低温限制指标的积温描述方法及其在林、果、温室等方面应用途径的建议.
关键词 生物环境 数学分析 随机过程 积温 霜期生态
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一类具有HollingⅡ类功能反应且两种群均有密度制约项的捕食系统极限环的唯一 被引量:14
17
作者 张娟 马知恩 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 1996年第2期26-30,共5页
本文研究了具有HollingⅡ类功能性反应、食饵、捕食者均有密度制约项的一类捕食生态系统存在唯一极限环的条件.
关键词 食饵-捕食系统 极限环 生物数学 数学生态学
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基于伪F统计FAMC算法的基因表达数据分析 被引量:3
18
作者 刘文远 李建飞 +1 位作者 王宝文 于家新 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期153-155,共3页
基因芯片技术在给人类带来巨大机遇的同时也带来一些挑战。针对基因表达数据的海量性,以及基因类属的不确定性等问题,提出了一种基于伪F统计量(PFS)的模糊属性均值聚类FAMC(fuzzy attribute c-means cluste-ring)算法,并就模糊参数m的... 基因芯片技术在给人类带来巨大机遇的同时也带来一些挑战。针对基因表达数据的海量性,以及基因类属的不确定性等问题,提出了一种基于伪F统计量(PFS)的模糊属性均值聚类FAMC(fuzzy attribute c-means cluste-ring)算法,并就模糊参数m的确定问题提出了有效的解决方法。最后将其在标准的基因表达数据上进行测试分析,取得了较优的聚类结果。 展开更多
关键词 基因表达数据 FAMC算法 稳态函数 伪F-统计
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生物实验数据的单因素方差分析 被引量:13
19
作者 刘加妹 彭景楩 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期34-37,共4页
结合实例详细地叙述了生物学实验数据的单因素方差分析计算方法 ,介绍了根据计算结果如何分析组群间的差异显著性 ,具有较强的实用意义。
关键词 单因素方差分析 生物实验数据 显著性差异
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模拟化感作物种植密度对杂草种群数量的作用 被引量:5
20
作者 刘迎湖 张国权 +1 位作者 曾任森 Min An 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期565-568,共4页
具化感作用的作物其种植密度会影响杂草的种群动态.本研究应用数学模型作为分析问题的工具,对作物化感作用下杂草种群动态进行了模型分析和计算机模拟,结果表明,当作物的种植密度较大时,杂草的种群动态数量可以得到有效的控制;而当作物... 具化感作用的作物其种植密度会影响杂草的种群动态.本研究应用数学模型作为分析问题的工具,对作物化感作用下杂草种群动态进行了模型分析和计算机模拟,结果表明,当作物的种植密度较大时,杂草的种群动态数量可以得到有效的控制;而当作物种植密度低于一定数量时,其化感作用对杂草的种群动态数量影响不大. 展开更多
关键词 化感作用 化感物质 模型 计算机模拟
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