马鹿IL-10蛋白生物信息学分析

应用生物信息学软件对马鹿IL-10蛋白进行预测分析,初步了解马鹿(Cervus canadensis)白细胞介素-10(interleukin-10,IL-10)蛋白的性质、结构与功能.马鹿IL-10蛋白与牛(Bos taurus)和绵羊(Ovis aries)的亲缘关系较近,与小家鼠(Mus musculus)和褐家鼠(Rattus norvegicus)的亲缘关系较远.相互作用蛋白中包括白细胞介素-10受体亚基α、白细胞介素-10受体亚基β、肿瘤坏死因子、干扰素γ、C D4分子、白细胞介素-17A、白细胞介素-8等,表明马鹿IL-10蛋白参与骨化二醇1-单加氧酶活性的正调节、受体生物合成过程、辅助性T细胞因子1产生的正调节和膜蛋白外域蛋白水解的调控.马鹿IL-10蛋白可能会通过作用炎症反应而与结核病发病过程存在相关性.

具有季节性反应扩散疟疾模型的全局动力学

疟疾是一种由疟原虫引起的传染病,它是通过成年雌性按蚊叮咬而引发的人与人之间传播。为了探讨空间异质和季节性对疟疾传播的影响,建立了一类周期的反应扩散模型。鉴于蚊子总密度趋于一个正的周期解,故对原系统的研究转而讨论其极限系统。首先定义了模型的基本再生数R_(0),然后利用单调次齐性系统理论表明了R_(0)是决定极限系统全局动力学的一个阈值参数。具体地说,当R_(0)≤1时,无病周期解是全局渐近稳定的;而当R_(0)>1时,模型存在唯一正的周期解且它是全局渐近稳定的。最后,利用链传递集理论将极限系统的动力学提升到原系统。

马鹿mtDNA Cyt b基因的生物信息学分析

基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质,推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873,UQCRC1,UQCRQ,ND1,MT-ND2,COX1,COX2,COX3,ND4H和CYC,功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关;二级结构主要为无规则卷曲,有2个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点,9个跨膜螺旋结构域,定位于内质网和细胞质膜;马鹿与梅花鹿(Cervus nippon)的亲缘关系较近.这对于马鹿种质鉴定分子标记的筛选及其与梅花鹿的渐渗杂交具有理论意义.

转录组分析中批次效应的检测与矫正

随着测序数据的持续积累和单细胞转录组测序的广泛应用,超大规模转录组数据集的整合,为后基因组时代提供了新的机遇和挑战.其中,不同数据集具备的时空异质性和测序平台带来的系统误差导致的批次效应,对转录组分析的有效性产生了极大影响,干扰了真实的生物学差异的研究.本文介绍了转录组分析中批次效应的产生原因和检测方法,并对基于参数估计和非参数的矫正模型以及针对单细胞转录组的整合算法进行了总结.结合主流的分析方法,给出批次效应矫正的实践建议,为相关转录组研究的综合分析提供参考意见.

带收获率的Lotka-Volterra捕食者-食饵趋化扩散模型的Turing不稳定性

为了解一类带收获率的Lotka-Volterra捕食者-食饵趋化扩散模型的Turing不稳定性,应用线性化方法证明了趋化扩散具有不稳定性作用,能产生Turing斑图,并运用数值解验证了所得结论.

随机对照试验Meta分析的统一报告格式:QUOROM声明

随机对照试验作为循证医学研究中最有力的证据得到公认 ,基于随机对照试验的系统评价 ,为探求当前最佳的医疗证据提供了有效途径。而Meta分析是系统评价的基本方法 ,如何规范Meta分析报告 ,能为临床医疗实践提供切实可行的防治决策依据 ,是近年许多学者致力研究的方向。QUOROM小组在回顾既往报告的基础上 ,改进不足 ,充分研讨 ,提出了一种统一的报告格式 ,即QUOROM声明。该声明包括一份核查单和一幅流程图 ,对规范报告格式、提高报告质量具有指导作用 ,目前已得到许多国际著名医学期刊的认可 ,并作为Meta分析报告的作者、审稿人和编者撰写、评价和发表的重要指南。本文对QUOROM声明形成的背景、过程及其内容和要求进行介绍 ,展示了报告Meta分析结果的完整框架 ,期望对规范我国随机对照试验Meta分析报告工作有所裨益 。

基于GM-ANN模型的生态足迹时间序列预测分析——以甘肃省为例

基于生态足迹、生态承载力及其变化时间动态特征的分析,应用灰色系统与神经网络理论与方法,组建了GM-ANN预测模型,以甘肃省为例进行了评价与预测分析.结果表明:1991-2009年期间,甘肃省的生态经济发展一直处于不可持续状态,人均生态足迹为1.517 hm^2/人,人均生态承载力为1.077 hm^2/人,人均生态冗余为-0.44hm^2/人.预测结果显示,到2015年和2020年,甘肃省人均生态足迹将分别达到2.503 hm^2/人和2.870 hm^2/人,而人均生态承载力将分别降至0.985 hm^2/人和0.930 hm^2/人,人均生态冗余则分别为-1.518hm^2/人和-1.940 hm^2/人.这说明未来该省生态经济仍处于不可持续状态,急需调整经济结构与消费模式,以降低其人均生态足迹和增加生态冗余值.另外,通过内插拟合能力检验分析证明,新建立的GM-ANN模型与常用的GM(1,1)模型相比,可使预测精度提高1.7%,在分析和预测不确定系统中有明显的优越性.因此,GM-ANN模型在研究生态足迹动态的过程中,有着较为广泛的应用前景.

谷物胚乳性状QTL区间作图的贝叶斯方法

将贝叶斯统计原理和胚乳性状的数量遗传模型相结合,以分离群体中各植株的分子标记基因型以及植株上若干粒种子胚乳性状的单粒观测值为数据模式,提出胚乳性状QTL区间作图的贝叶斯方法。该方法通过Gibbs以及Metropolis-Hastings抽样实现的马尔科夫链蒙特卡罗(MCMC)算法获得QTL效应和位置的估计。方法的有效性用染色体水平和基因组水平2套模拟方案进行验证,结果表明:贝叶斯方法能够准确地估计胚乳性状QTL的位置和效应,并同时区分2种显性效应。

基于小波变换技术预测DNA序列的编码区

三周期性是大多数基因组序列的编码区具有的主要特征.本文提出利用小波变换分析DNA序列编码区的三周期性,形成一种新的基于小波变换的DNA序列编码区预测方法,理论和实验研究证实了新方法的可行性,探测率和正确率分别达到81%和75%,特别是探测率较目前常用的其它一些方法有较大改善.

日本沼虾染色体倍性检测技术的研究

用流式细胞仪分别对日本沼虾(Macrobrachiumnipponense)正常二倍体的体细胞和四倍阶段体胚胎的DNA相对含量和细胞频率进行了测定,以研究日本沼虾染色体倍性检测技术。以日本沼虾正常二倍体的体细胞液进样所得直方图为标准,用对细胞松弛素B人工诱导的日本沼虾四倍体胚胎进行DNA相对含量和细胞频率的测定,测试结果以直方图表示,并用染色体涂片镜检结果进行倍性核对。结果表明,日本沼虾二倍体和四倍体的DNA相对含量有显著差异,四倍体日本沼虾的DNA相对含量是二倍体的2倍。用流式细胞仪法检测日本沼虾倍性,方法简单、测试速度快、结果可靠。

长湖短颌鲚耳石重量与年龄关系

利用2014年采自湖北长湖的378尾短颌鲚(Coilia brachygnathus)样本,去除包膜和黏液的矢耳石于55℃烘箱中烘烤24 h,电子天平称重(精确至0.001 g),成对t检验结果表明,短颌鲚左右矢耳石重量之间无显著差异(P>0.05),数据分析以左右矢耳石重量的平均值计为矢耳石重量;采用直线、幂函数和多项式3种回归方程研究了其耳石重量与年龄的关系。结果显示,长湖短颌鲚的耳石和鳞片均可用于鉴定其年龄,且两者鉴定年龄的吻合度达到75.8%;根据222尾耳石与鳞片年龄一致的短颌鲚样本数据,发现耳石重量与个体的年龄呈显著相关(P<0.05);按年龄组以耳石重量与相应的体长作图,可以初步判断所观测年龄的可靠性;利用建立的耳石重量-年龄关系函数估算得到的个体年龄,与直接读取耳石磨片获得的年龄结果无显著差异(P>0.05),表明利用矢耳石重量直接推算其个体年龄,可以作为辅助短颌鲚年龄鉴定尤其快速鉴定的一种有效方法。

盐胁迫条件下酿酒酵母的代谢通量分析

用计算代谢通量的方法研究酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)在高盐胁迫条件下的生理代谢.结果表明,在盐胁迫条件下,胞外海藻糖、甘油、乙醇和乳酸的质量浓度分别较常规培养条件下提高了24.44%,60.89%,23.32%和26.76%,而柠檬酸、琥珀酸和苹果酸的质量浓度分别较常规培养条件下降低了82.11%,50.37%和53.33%.代谢通量分析表明,在盐胁迫培养条件下糖酵解途径各支路的代谢产物通量均有所增加,而TCA循环中各代谢产物的通量均有所减少.

香根草根系与土壤接触特性及抗拔模型研究

为了探索草本根系与土壤的接触特性,并分析其单根抗拔模型,通过控制根系直径、埋置深度和土壤含水率在不同梯度下,采用施加拔出荷载的方式对香根草（Vetiveria zizanioides）进行单根抗拔实验。结果表明,香根草根系单根抗拔力随根系直径的增大而增大,粘滞强度随根系直径的增大而减小,两者均与根系直径呈幂函数关系;抗拔力随根系埋置深度的增加而增加,粘滞强度随根系埋置深度的增加而减小,两者与根系直径也均呈幂函数关系,但埋置深度的增加对抗拔力和粘滞强度的变化影响较小;根系单根抗拔力和粘滞强度,随土壤含水率的增加呈先增大、后减小的趋势,其中在最佳含水率时,单根抗拔力和粘滞强度均达到最大;通过对粘滞强度与根系直径关系拟合,得出幂函数（R2=0.898）拟合曲线比线性函数（R2=0.854）更优;抗拉力、粘滞强度与埋置深度拟合,随着埋置深度的增加,得出拟合函数分别为Y1=0.937H0.578,Y2=34.59H-0.470;香根草根系的抗拔力整体上随着土壤含水率的增加,呈先增大、后减小的趋势。在土壤含水率小于14%时,抗拔力增长幅度大;土壤含水率达到14%,抗拔力最大;含水率为17%~23%时,根系抗拔力下降幅度小,基本趋于稳定;含水率大于23%时,抗拔力迅速下降;在香根草根系单根抗拔力随埋置深度的拟合曲线中,得到该控制条件下根系临界长度公式：Lcr=582.67D1.7388,在土壤含水率为14%时,香根草单根根系的临界长度随根系直径的变化规律为幂函数增长。

生物统计学课程教学改革探索与尝试

在剖析生物统计学课程特点与教学现状的基础上,对课程教学内容、教学方法、教学手段和考核办法等方面进行了探索和尝试,以期提高生物统计学的教学效果.

乌蒙山区城市人工湿地生态系统健康评价——以六盘水明湖国家湿地公园为例

湿地是世界上具有独特结构和功能的生态系统,其健康评价是当前学界研究的焦点和热点,目前尚没有统一的评价指标和方法。从明湖国家湿地公园的实际情况出发,根据压力、状态和响应3个方面选出19个指标,建立湿地生态系统健康评价指标体系,健康评价标准分为很健康、健康、亚健康、不健康和疾病共计5个等级;采用熵值法得到各评价指标的权重,运用综合指数法计算出湿地生态系统的健康指数。结果显示,明湖国家湿地公园生态系统为亚健康等级;分析了湿地生态系统健康的影响因素,以期为明湖湿地生态系统的建设和规划提供科学参考。

关联分析及其在水稻遗传研究中的应用

近年来,以连锁不平衡为理论基础的关联分析被越来越广泛地应用于解析植物的数量性状,以发掘优异等位基因。本文阐述了关联分析的理论基础连锁不平衡及其影响因素和关联分析的分析策略及统计方法等,并将其与传统的基于连锁分析的QTL作图进行了比较分析,综述了其在水稻营养品质、形态与农艺性状、抗逆和抗病虫性等研究中的应用并对其今后的发展进行了展望。

直榫榫眼形状的数学描述

将包络加工法和开榫工艺结合起来 ,使传统工艺方法数学化 ,提出了圆头直榫榫眼和斜面直榫榫槽的数学模型 ,为直榫形状的视频再现提供了数学方法。

鲢鳙幼鱼临界游泳速度的比较研究

通过比较不同鱼类的游泳能力,为鱼道建设和鱼类行为学研究提供基础资料。在(20±1)℃水温下,使用丹麦Loligo System公司的鱼类行为视频跟踪系统,采用Brett流速递增法,以鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichthys nobilis)为研究对象,体长作为划分依据,分别测定不同体长组鲢鳙临界游泳速度。结果表明:(1)鲢鳙绝对临界游泳速度随着体长的增加而增大,相对临界游泳速度随着体长的增大而减小,鲢体长与绝对临界游泳速度拟合方程为:Y1=0.10X21-0.11X1+55.86(R2=0.85),与相对临界游泳速度拟合方程为:y1=0.02x21-0.87x1+12.86(R2=0.94),鳙体长与绝对临界游泳速度拟合方程为:Y2=0.03X32-1.29X22+21.04X2-29.21(R2=0.85),与相对临界游泳速度拟合方程为:y2=0.02x22-0.87x2+14.81(R2=0.98);(2)相近体长组鲢(10.11±0.24)cm和鳙(10.78±1.34)cm临界游泳速度分别为(65.50±2.08)cm/s和(80.89±4.03)cm/s,可知鳙>鲢,且差异性显著(P<0.05);(16.90±0.55)cm鲢和(15.39±0.62)cm鳙的临界游泳速度为(83.92±3.03)cm/s和(91.62±3.54)cm/s,无显著性差异(P>0.05);(3)通过比较鲢鳙临界游泳速度与突进游泳速度能力,发现鲢的突进游泳速度大于鳙,而临界游泳速度小于后者,可知鲢鳙有氧运动和无氧运动能力之间存在权衡作用,临界游泳速度与突进游泳速度不一定呈现正相关关系。鱼类能否顺利完成上溯需求取决于鱼道内水力条件和自身游泳能力。

基于模糊AHP的长寿湖生态系统健康评价

生态系统健康评价是当前生态学研究领域的一个焦点和热点,目前尚没有统一的评价指标和方法。根据长寿湖区域自然人文特征和已有研究成果,建立了生态特征指标、功能作用指标和社会经济指标3个亚类、20个指标的生态系统健康评价体系,基于模糊层次分析(FAHP)的生态系统健康指数,对其生态健康进行了初步评价,得出2006年长寿湖生态系统健康指数为0.471。表明长寿湖生态系统处于亚健康状态,其主要原因在于长期受到上游垫江县、梁平县排放的工业污水污染及湖区内网栏养鱼的影响。

基于物理化学性质优化的蛋白质相互作用预测研究

蛋白质相互作用预测是生物信息学研究的重要问题之一.提出了一种基于物理化学性质优化的蛋白质相互作用预测方法,与现有方法的显著不同就是,并未使用已知的氨基酸残基的物理化学性质,而是通过粒子群算法优化得到有益于相互作用预测的物理化学性质数值.对真实的数据集测试表明,优化得到的物理化学性质比现有的物理化学性质更有益于提高蛋白质相互作用的预测性能,与其它方法相比,也具有一定的优势,说明该方法是一种有效的蛋白质相互作用预测方法.