江苏省内市售豆干中转基因成分的检测与分析

目前市售的豆制品大多无转基因标识,但其生产原料是否真为非转基因大豆却难以鉴别。本研究选取江苏省内120批次豆干为研究对象,以转基因大豆常用的调控元件、标记基因和目的基因等为靶标,运用实时荧光PCR技术分析豆干中是否含有转基因成分。结果表明,120份豆干中检出转基因成分的有43份,检出率为35.8%。花椰菜花叶病毒35S启动子(CaMV35S)是检出率最高的外源基因。耐草甘膦相关基因的检出率高于耐草铵膦基因。从流通环节看,江苏省13市中,宿迁的转基因豆干发现率最高,其次为南通;从生产环节看,生产于重庆的豆干转基因成分发现率最高,安徽、湖南分别位列第二、三。本研究为转基因食品的安全监管工作提供了数据支持和技术支撑。

基因检测在降脂药物个体化治疗中的应用

血脂异常在临床上主要表现为高脂血症,是导致动脉粥样硬化、冠心病和脑卒中等心脑血管疾病发生的重要危险因素。临床上主要采用降脂药物进行治疗,但存在个体差异、基因影响等问题。因此,有必要对患者进行基因检测,从而指导降脂药物的个体化应用。本文主要对基因检测的定义和降脂药物的个体化治疗进行了概述,并介绍了基因检测在降脂药物(他汀类、贝特类、烟酸和依折麦布)个体化治疗方面的应用。其中APOE、SLCO1B1和CYP450家族的基因多态性对他汀类药物的疗效和安全性起到关键作用,APOA/B/C家族基因多态性对非诺贝特的疗效有显著影响,HCAR2和DGAT2基因多态性对烟酸的疗效具有重要影响,NPC1L1基因多态性对依折麦布的疗效影响较大。建议对血脂异常的患者进行基因检测,以选择合适的治疗策略,从而进行个体化用药指导。

昆明裂腹鱼CYP1A1基因结构与进化分析

通过构建昆明裂腹鱼全长转录组文库获得基因全长,并通过设计引物PCR扩增,验证高通量测序的准确性,同时对CYP1A1基因的CDS序列进行基因结构和生物信息学分析。结果表明:昆明裂腹鱼CYP1A1基因的CDS序列为1498 bp,编码299个氨基酸,与鲤鱼、安水金线鲃、鲫鱼的CDS序列的同源性相似比率分别为91.70%、92.23%、91.63%,氨基酸序列同源性相似比率分别为90.55%、90.16%、89.76%,昆明裂腹鱼CYP1A1基因的氨基酸的相对分子质量为55867.48 KD,理论等电点(pI)为6.44,分子式为C_(2505)H_(3965)N_(671)O_(728)S_(23);分子系统进化树分析表明,与金线鲃、犀角金线鲃和安水金线鲃亲缘关系相近,与斑马鱼亲缘关系较远;昆明裂腹鱼CYP1A1基因存在明显的疏水性区域,有1个信号肽、27个磷酸化位点、2个跨膜区、有1个N-糖基化位点,3个O-糖基化位点;二级结构主要以α-螺旋为主,无规则卷曲次之,β-折叠最少;三级结构分析表明,昆明裂腹鱼CYP1A1基因有1个缺失突变位点,6个Cys位点。该研究为进一步研究昆明裂腹鱼CYP1A1基因的功能奠定了基础。

浙江汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因多态性研究

本研究的目的是分析浙江汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因的多态性及基因型。采用序列特异性引物PCR法(PCRSSP)进行KIR基因低分辨率检测和基因型分析。结果表明:①在浙江汉族人群中共检出目前已知的17个KIR基因。2DL4、3DL2和3DL3基因存在于所有个体,其基因频率为1.00。2DL1、2DL3、2DP1、3DP1003、3DL1、2DS4001/002基因较为常见,频率分别为0.902、0.902、0.902、0.902、0.7598、0.5615;而2DL2、2DL5A、2DL5B、2DS1、2DS2、2DS3、2DS4003、2DS5、3DS1和3DP1001/002基因频率较低。②浙江汉族人群中以A型单倍型为主,频率高达74.7%。在检测样本中共明确检出12种单倍型,最常见的是单倍型2,频率为53.0%。③共检出26种基因型,最常见为AJ(2,2)、AF(1,2)型,其次为AH(2,5)、NN2(2,6)、AI(1,5)和AG(1,1)。其中有15种基因型在白人中尚未见报道,4种基因型无法根据相关文献标准分析出单倍型。结论:浙江汉族人群有其独特的KIR基因频率和基因型频率分布。

ADRB2（rs1042713）基因多态性对抗胆碱能药物治疗难治性哮喘患儿疗效的影响

目的:研究ADRB2(rs1042713)基因多态性对抗胆碱能药物治疗难治性哮喘患儿疗效的影响。方法:选取2016年11月-2019年7月昆明市儿童医院门诊就诊的171例难治性哮喘患儿,统计其ADRB2(rs1042713)基因型分布及其抗胆碱能药物临床疗效[哮喘控制测试(C-ACT)评分、第1秒用力呼气量(FEV1)、用力肺活量(FVC)、最大呼气流量(PEF)、最大呼气中断流量(MMEF)],对不同基因型患儿使用抗胆碱能药物治疗的应答效果进行统计分析。结果:171例难治性哮喘患儿中,148例患儿给予抗胆碱能药物治疗,其中71例ADRB2(rs1042713)AA基因型患儿中50例有应答,77例ADRB2(rs1042713)GA基因型中36例有应答。统计结果分析表明,71例AA基因型患儿使用抗胆碱能药物治疗后C-ACT评分、FEV1、FVC、PEF、MMEF改善较大,与GA基因型患儿比较差异有统计学意义(P<0.05);AA基因型对抗胆碱能药物的应答率是GA基因型的2.71倍[OR=2.71,95%CI(1.38,5.34),P=0.005]。结论:ADRB2(rs1042713)基因多态性检测对抗胆碱能药物治疗难治性哮喘具有一定指导意义,其中AA基因型的应答较好。

肺移植患者术后使用他克莫司1年CYP3A5、CYP3A4、ABCB1、POR~*28基因多态性与他克莫司个体化用药的关系研究

目的:研究肺移植患者术后使用他克莫司1年CYP3A5、CYP3A4、ABCB1、POR*28基因多态性与他克莫司给药剂量(D)和稳态血药浓度/给药剂量比值(c0/D)的关系。方法:采用回顾性分析方法,选取2017年5月-2018年5月期间在中日友好医院接受肺移植术的46例受试者为研究对象,统计受试者术后使用他克莫司1年后他克莫司的c0和D,并计算c0/D。收集受试者CYP3A5(rs776746)、CYP3A4(rs2242480、rs28371759)、ABCB1(rs1045642、rs2032582、rs1128503)和POR*28(rs1057868)位点的基因型,对基因多态性与D、c0/D的关系进行统计学分析。结果:本研究中涉及位点的基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。维持他克莫司c0在治疗窗范围内的条件下,受试者的CYP3A5(rs776746)和CYP3A4(rs2242480)基因型多态性对他克莫司的D、c0/D有显著影响(P<0.05);其他位点各基因型之间的D、c0/D差异均无统计学意义(P>0.05)。联合CYP3A5(rs776746)和CYP3A4(rs2242480)两个位点分析受试者CYP3A代谢型发现,同时携带CYP3A5(rs776746)*1和CYP3A4(rs2242480)*1G等位基因的快代谢型受试者与只携带CYP3A5(rs776746)*1或CYP3A4(rs2242480)*1G等位基因的正常代谢型受试者和不携带CYP3A5(rs776746)*1和CYP3A4(rs2242480)*1G等位基因的慢代谢受试者比较,D、c0/D差异具有统计学意义(P<0.05),其中快代谢型受试者的他克莫司D最高,慢代谢型受试者的他克莫司D最低。结论:检测CYP3A5(rs776746)和CYP3A4(rs2242480)基因多态性对肺移植患者术后使用他克莫司1年后他克莫司的个体化给药具有指导意义。

木质素生物合成酶4CL基因的遗传进化分析

【目的】4CL是木质素生物合成途径中的关键合成酶,通过对4CL基因的遗传进化分析,为其研究和利用提供理论依据。【方法】利用生物信息学手段,对4CL基因完整cDNA和编码氨基酸序列进行数据挖掘,利用Mega软件、ExPASy的Prosite数据库、NCBI的Conserved Domains数据库,进行4CL基因核酸和蛋白质水平上的遗传进化分析。【结果】构建了4CL基因的系统发生树,揭示出植物中的4CL基因聚类与植物分类大体一致,主要以基因家族的形式存在,但基因家族中部分基因存在着结构和功能的分化,4CL基因中存在着GC含量偏高和偏低两大类基因。4CL基因编码的氨基酸序列保守区高度相似,但是在单、双子叶两大类植物之间,其氨基酸平均含量存在着较大差异。【结论】在植物的进化过程中,虽然4CL基因较保守,但部分4CL基因发生了分化,体现在基因的结构和功能方面,在4CL基因的研究中必须充分考虑到这种分化。

CD14基因多态性与烧伤后严重脓毒症易感性及患者预后的关系

目的 探讨内毒素受体 CD14 C 15 9T基因多态性与烧伤后严重脓毒症易感性及患者预后的关系。方法 研究对象包括 118例健康献血员和 16例烧伤面积大于 6 0 %全身体表总面积的患者 ,通过分析Hae 消化聚合酶链反应 (PCR)产物的片段 ,对其进行 CD14 C 15 9T基因多态性检测。研究 CD14基因型的分布与严重脓毒症易感性及病死率的关系。结果 16例烧伤患者的等位基因频率 (C4 3.7% ,T5 6 .3% )及基因型分布 (C纯合子占 12 .5 % ,C/T占 6 2 .5 % ,T纯合子占 2 5 .0 % )与健康献血员一致。发生严重脓毒症患者与非脓毒症患者基因型分布明显不同 ,严重脓毒症组 T等位基因频率 (71.4 % )高于非脓毒症组 (44 .4 % ) ,TT纯合子患者发生严重脓毒症的比例有所增高。结论 CD14 C 15 9T基因多态性可能对烧伤后严重脓毒症的发生具有一定影响。

3个STR位点在中国7个民族遗传距离中的研究

应用PCR技术、质量分数4%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术,研究了D16S539,D7S820和D13S7133个STR位点在新疆锡伯族和哈萨克族中的遗传结构,结合汉族、黎族、朝鲜族、藏族和维吾尔族相同位点的相关遗传资料,应用亲缘系数和遗传距离研究了7个民族间的遗传关系,并根据遗传距离绘制遗传系统树。结果显示,汉族、朝鲜族、黎族、藏族和锡伯族为一群,而新疆哈萨克族和维吾尔族为一群。其中,汉族与朝鲜族遗传距离最近,其他依次为黎族、藏族和锡伯族。

中华绒螯蟹两种微卫星DNA分型方法的应用比较

为对比荧光标记毛细管电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳在微卫星等位基因分型上的效果,试验选择6对微卫星引物,对60个中华绒螯蟹个体基因组DNA进行PCR扩增,荧光标记法共检测出等位基因129个,平均每个位点21.5个等位变异,聚丙烯酰胺凝胶电泳共检测出等位基因174个,平均每个位点29个等位变异。对位点Esin67的PCR产物分别进行重复检测,发现荧光标记法的重复率为100%,而聚丙烯酰胺凝电泳法两次结果存在较大差异,证实了荧光标记法检测的可靠性显著高于聚丙烯酰胺凝胶电泳。对两种方法的检测效率和经济成本的分析表明,荧光标记法虽然成本较高,但效率高于聚丙烯酰胺凝胶电泳法。建立单重PCR的多重毛细管电泳技术是提高效率、降低成本的有效途径。

结核分枝杆菌基因分型及其耐药性分析

目的探讨四川地区结核患者结核分枝杆菌基因分型及其与耐药性关系。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对124株结核分枝杆菌的6个可变重复位点进行检测,并应用Gel-Proanalyzer3.0软件和BioNu-merics(Version3.0)软件对检测结果进行基因型分析,同时分析其基因型与耐药之间的关系。结果124株结核分枝杆菌共分为37个不同的VNTR类型,成簇基因型占74.19%(92/124),单一基因型占25.81%(32/124)。耐药菌株在成簇类型和单一类型的分布上存在统计学差异。结论四川地区结核患者的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,成簇类型是主要流行菌株,应加强流行结核菌株的监控。

奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌毒力因子及荚膜基因的PCR检测

为研究金黄色葡萄球菌(S.aureus)的基因型特征,本实验利用聚合酶链式反(PCR)方法,对S.aureus的3个标准株和30个临床分离株的凝集因子A、凝固酶、溶血素等33种致病因子进行了检测。结果表明各分离株在毒力因子方面存在一定差异。这些差异的检测将为进一步研究S.aureus的致病性和有效防治提供参考。

中国新疆哈萨克族人群CSF1PO、TH01和TPOX三个STR位点的遗传多态性

目的 获得CSF1P0、TPOX和TH0 1三个短串联重复序列 (shorttandemrepeat ,STR)在新疆哈萨克族人群中等位基因频率、基因型频率及相关法医学数据。方法 应用PCR技术、4 0 g·L-1(4% )变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术对上述三个STR位点分型。结果 新疆哈萨克族人群CSF1P0位点有 8个等位片段 ,TPOX位点有 8个等位片段 ,TH0 1位点有 7个等位片段 ;3个位点的基因型分布均符合Hardy Weinberg平衡 ;各位点杂合度分别为 0 .875 3、0 .8777、0 .932 1,多态信息量分别为 0 .74 0 1、0 .75 6 8、0 .75 0 9。

新疆地区汉族和维吾尔族部分人群HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DPB1基因多态性与单倍型的比较

目的了解中国新疆维吾尔自治区汉族和维吾尔族人类白细胞抗原DRB1(HLA-DRB1)、HLA-DQB1、HLA-DPB1高分辨分型基础上的基因多态性和单倍型分布的特点。方法应用聚合酶链反应-直接测序基因分型(PCR-SBT)法对新疆地区188例汉族人群与90例维吾尔族人群进行HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DPB1基因分型,直接计数法计算基因频率,应用Arlequin3.5软件以最大似然法获得单倍型频率。结果汉族人群频率最高的HLA-Ⅱ类基因分别是DRB1*09∶01(12.8%)、DQB1*03∶01(20.3%)和DPB1*05∶01(33.5%);三位点组成的单倍型频率最高的分别是DRB1*09∶01-DQB1*03∶03(8.8%)、DRB1*09∶01-DPB1*05∶01(5.0%)、DQB1*03∶01-DPB1*05∶01(9.6%)和DRB1*09∶01-DQB1*03∶03-DPB1*05∶01(6.3%)。维吾尔族人群频率最高的HLA-Ⅱ类基因分别是DRB1*07∶01(18.3%)、DQB1*03∶01(18.9%)和DPB1*04∶01(30.0%);三位点组成的单倍型频率最高的分别是DRB1*07∶01-DQB1*02∶02(16.1%)、DRB1*07∶01-DPB1*04∶01(5.0%)、DQB1*03∶01-DPB1*04∶01(7.3%)、DRB1*07∶01-DQB1*02∶02-DPB1*04∶01(7.4%)。两组人群中等位基因有显著差异的是∶DRB1*04∶04、DRB1*07∶01、DRB1*08∶03、DRB1*11∶04、DRB1*12∶02、DRB1*13∶01、DRB1*15∶01、DQB1*02∶02、DQB1*06∶01、DPB1*04∶01和DPB1*05∶01。结论中国新疆汉族与维吾尔族人群HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DPB1等位基因频率、单倍型频率分布均有自己的多态性特征。

朗德鹅肌生成抑制素基因组织分布研究

采用PCR和测序的方法检测肌生成抑制素基因在朗德鹅组织中的分布情况,研究结果表明,肌生成抑制素基因在大脑、小脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰脏、腹脂、皮下脂肪、骨骼肌中均有表达。肌生成抑制素基因在组织中广泛分布说明了其功能的重要性。

改良CTAB法在核桃叶片基因组DNA提取中的应用研究

核桃叶片中酚类、多糖和蛋白含量丰富,影响了基因组DNA的提取。以CTAB法为基础进行了改良,并对核桃叶片基因组DNA进行提取。结果表明,通过在研磨时添加PVPP后的改良CTAB法不仅操作简单,经济高效,而且去除多糖和多酚类物质彻底,能成功用于核桃的基因克隆研究,在核桃DNA提取中值得大力推广使用。

Agouti基因的研究进展

鼠灰色(Agouti)基因是控制动物毛色的重要基因之一。Agouti基因位点控制着毛囊内真黑素和棕黑素的相对数量。Agouti基因结构复杂,其位点不是单一的基因位点,而是含有许多等位基因的位点。Agouti基因表达会引起棕黑素的产生,而Agouti基因不表达则会引起真黑素的转换。文章对Agouti基因结构、作用机理、定位与多态性检测进行了综述,旨在为动物品种资源的保护与利用提供理论依据。

SlNPV p10基因特征的研究

从病毒感染后期的斜纹夜蛾幼虫脂肪体中提取ｍＲＮＡ，反转录合成ｃＤＮＡ探针，并使之与ＳｌＮＰＶ基因组的酶切片段杂交，将ＳｌＮＰＶｐ１０基因定位于ＢａｍＨⅠ３０千碱基片段上．ＳｌＮＰＶｐ１０是目前发现的最长ｐ１０基因；基因的启动子内含有２个ＡＴＴＧＴＡ基序，是目前所发现的ｐ１０基因中唯一含有２个Ａ／ＴＴＴＧＴＡ基序者．ＳｌＮＰＶＰ１０蛋白含有１０个七肽重复单元，可形成１个相对较长的卷曲螺旋．ＳｌＮＰＶｐ１０所在的ＯＲＦ５５２ｐ１０ＯＲＦ９４５基因簇与ＳｐｌｉＮＰＶ的ＯＲＦ５５２ｐ１０ＯＲＦ９４５基因簇各基因座位、方向及对应的氨基酸序列十分相似。

长线形病毒科成员编码蛋白的功能

长线形病毒科病毒危害甜菜、柑桔、番茄、马铃薯、樱桃、莴苣等重要的经济作物,是正链RNA病毒中基因组最大,且最复杂的植物病毒科。目前包括长线形病毒属,Ampelo病毒属和毛形病毒属,其代表种分别为甜菜黄化病毒(BYV),葡萄卷叶伴随病毒3(GLRaV 3)和莴苣传染性黄化病毒(LIYV)。最近随着研究的拓展和深入,有关该科病毒的新种类不断增加,部分种类的基因组全序列已被测定。病毒基因编码的重要蛋白如热激蛋白70,外壳蛋白和重复的外壳蛋白,病毒复制所需的蛋白以及疏水性蛋白的功能也得到深入研究。本文就这些蛋白的功能作一个简要的综述。

H5N1禽流感病毒感染小鼠后内参基因的筛选

本研究旨在评定H5N1禽流感病毒(H5N1 avian influenza virus,H5N1 AIV)感染小鼠后,脾脏组织中6个候选内参基因酪氨酸3/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白(tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein,Ywhaz)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 1,Hprt1)、琥珀酸脱氢酶A亚基(succinate dehydrogenase flavoprotein subunit,Sdha)、β-肌动蛋白(β-actin,Actb)、肽基脯氨酰异构酶A(peptidyl prolyl isomerase A,Ppia)和18S核糖体RNA(18S ribosomal RNA,18S rRNA)的稳定性。通过H5N1 AIV强毒株A/DK/GD/378/08感染小鼠,采用Real-time PCR方法分别于12、24、48、72、96、120和144 h检测感染组与对照组中6个候选内参基因的表达水平,然后用Genorm软件对内参的稳定性进行评价。结果表明,正常小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ywhaz/Hprt、Sdha、Actb、Ppia、18S rRNA;H5N1 AIV感染的小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ppia/Sdha、18S rRNA、Hprt、Ywhaz、Actb;综合评价正常和H5N1 AIV感染后小鼠脾脏组织中6个内参基因的表达稳定度由高到低分别为Sdha/Hprt1、Ywhaz、Ppia、Actb、18S rRNA。因此,小鼠脾脏组织中Ppia和Sdha是研究H5N1 AIV在机体中复制时最理想的2个内参基因;Sdha和Hprt1则是在研究H5N1 AIV与机体相互作用时最理想的2个内参基因。