【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构,旨在挖掘地方鸡种优异基因资源,进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源...【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构,旨在挖掘地方鸡种优异基因资源,进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体。依据F_(2)设计构建试验群体,分别以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本,经正反交获得F_(1)、F_(2)代。表型数据组包括开产日龄、胫长、体重、蛋重、哈氏单位以及蛋黄比率。收集F_(2)代产蛋鸡血液样本,以600K基因芯片对1534只试验鸡进行基因型分型。对SNPs数据进行质量控制、基因型数据填充。表型数据经去除离群值等清洗步骤后,以单因素方差分析检验影响性状表型值的因素,确定列入固定效应的因子。以系谱数据构建遗传关系矩阵,以多性状动物模型分析资源群体方差组分及遗传参数;作为对比,以系谱数据加基因型分型数据构建杂交遗传关系矩阵,用单性状动物模型计算遗传力,用双性状动物模型计算遗传相关系数。利用BLUPF90软件获得SNP效应值,以postGSf90获得SNP对应的P值以及权重,从而获得蛋黄比率关联的基因组显著水平SNP。针对蛋黄比率性状,计算染色体遗传力和单倍型片段长度。【结果】东乡绿壳蛋鸡蛋黄比率高于白来航鸡蛋黄比率,品种-批次效应对表型值影响显著,将其列入统计模型固定效应。应用杂交遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.348±0.041、0.500±0.038,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.463±0.075、-0.165±0.111;应用系谱遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.387±0.052、0.465±0.052,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.405±0.091、-0.166±0.121。蛋黄比率关联分析的膨胀系数为1.007,表明蛋鸡资源群体未检测到层化结构。鸡22号染色体存在与蛋黄比率显著关联的遗传座位,在显著性SNP之下有8个支持位点超过基因组潜在水平线。显著性以及潜在水平SNP可解释2.18%的表型方差,单倍型片段长度达到71 kb。此外,鸡2号染色体也检测到基因组潜在水平SNP。染色体遗传力分析表明,蛋黄比率受微效多基因控制,染色体遗传力与该染色体容纳的基因数呈正比例。【结论】应用加权一步法GWAS解析了蛋黄比率遗传结构,筛选得到ADAM9基因与60周龄蛋黄比率密切相关;相比于系谱遗传关系矩阵,杂交遗传关系矩阵减少孟德尔抽样误差,获得的遗传参数更准确。展开更多
试验旨在探究“2+2”生产模式下不同粗蛋白质水平对白王种鸽繁殖性能和乳鸽生长性能的影响。试验选取产蛋性能相近的300日龄健康种鸽168对,随机分为4组,每组7个重复,每个重复6对种鸽,每对种鸽哺育2只乳鸽。试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅲ组和Ⅳ组...试验旨在探究“2+2”生产模式下不同粗蛋白质水平对白王种鸽繁殖性能和乳鸽生长性能的影响。试验选取产蛋性能相近的300日龄健康种鸽168对,随机分为4组,每组7个重复,每个重复6对种鸽,每对种鸽哺育2只乳鸽。试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅲ组和Ⅳ组分别饲喂粗蛋白质水平为13.43%、15.04%、16.64%和18.25%的饲粮。试验期46 d,其中孵化期18 d (1~18 d),哺乳期28 d (19~46 d)。结果显示,试验Ⅱ组、Ⅲ组产蛋间隔显著低于试验Ⅰ组(P<0.05),试验Ⅲ组种蛋受精率显著高于试验Ⅰ组、Ⅳ组(P<0.05),试验Ⅲ组入孵蛋孵化率极显著高于试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅳ组(P<0.01)。试验Ⅲ组乳鸽28日龄体重显著高于试验Ⅰ组(P<0.05),乳鸽屠宰率极显著高于试验Ⅰ组(P<0.01),乳鸽胸肌率显著高于试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅳ组(P<0.05)。试验Ⅱ组、Ⅲ组、Ⅳ组窝料重比1极显著低于试验Ⅰ组(P<0.01)。研究表明,不同粗蛋白质水平影响了种鸽的繁殖性能、乳鸽的生长性能以及窝料重比,在“2+2”生产模式下,建议白王种鸽饲粮适宜粗蛋白质水平为16.64%。展开更多
文摘【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构,旨在挖掘地方鸡种优异基因资源,进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体。依据F_(2)设计构建试验群体,分别以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本,经正反交获得F_(1)、F_(2)代。表型数据组包括开产日龄、胫长、体重、蛋重、哈氏单位以及蛋黄比率。收集F_(2)代产蛋鸡血液样本,以600K基因芯片对1534只试验鸡进行基因型分型。对SNPs数据进行质量控制、基因型数据填充。表型数据经去除离群值等清洗步骤后,以单因素方差分析检验影响性状表型值的因素,确定列入固定效应的因子。以系谱数据构建遗传关系矩阵,以多性状动物模型分析资源群体方差组分及遗传参数;作为对比,以系谱数据加基因型分型数据构建杂交遗传关系矩阵,用单性状动物模型计算遗传力,用双性状动物模型计算遗传相关系数。利用BLUPF90软件获得SNP效应值,以postGSf90获得SNP对应的P值以及权重,从而获得蛋黄比率关联的基因组显著水平SNP。针对蛋黄比率性状,计算染色体遗传力和单倍型片段长度。【结果】东乡绿壳蛋鸡蛋黄比率高于白来航鸡蛋黄比率,品种-批次效应对表型值影响显著,将其列入统计模型固定效应。应用杂交遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.348±0.041、0.500±0.038,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.463±0.075、-0.165±0.111;应用系谱遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.387±0.052、0.465±0.052,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.405±0.091、-0.166±0.121。蛋黄比率关联分析的膨胀系数为1.007,表明蛋鸡资源群体未检测到层化结构。鸡22号染色体存在与蛋黄比率显著关联的遗传座位,在显著性SNP之下有8个支持位点超过基因组潜在水平线。显著性以及潜在水平SNP可解释2.18%的表型方差,单倍型片段长度达到71 kb。此外,鸡2号染色体也检测到基因组潜在水平SNP。染色体遗传力分析表明,蛋黄比率受微效多基因控制,染色体遗传力与该染色体容纳的基因数呈正比例。【结论】应用加权一步法GWAS解析了蛋黄比率遗传结构,筛选得到ADAM9基因与60周龄蛋黄比率密切相关;相比于系谱遗传关系矩阵,杂交遗传关系矩阵减少孟德尔抽样误差,获得的遗传参数更准确。
文摘试验旨在探究“2+2”生产模式下不同粗蛋白质水平对白王种鸽繁殖性能和乳鸽生长性能的影响。试验选取产蛋性能相近的300日龄健康种鸽168对,随机分为4组,每组7个重复,每个重复6对种鸽,每对种鸽哺育2只乳鸽。试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅲ组和Ⅳ组分别饲喂粗蛋白质水平为13.43%、15.04%、16.64%和18.25%的饲粮。试验期46 d,其中孵化期18 d (1~18 d),哺乳期28 d (19~46 d)。结果显示,试验Ⅱ组、Ⅲ组产蛋间隔显著低于试验Ⅰ组(P<0.05),试验Ⅲ组种蛋受精率显著高于试验Ⅰ组、Ⅳ组(P<0.05),试验Ⅲ组入孵蛋孵化率极显著高于试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅳ组(P<0.01)。试验Ⅲ组乳鸽28日龄体重显著高于试验Ⅰ组(P<0.05),乳鸽屠宰率极显著高于试验Ⅰ组(P<0.01),乳鸽胸肌率显著高于试验Ⅰ组、Ⅱ组、Ⅳ组(P<0.05)。试验Ⅱ组、Ⅲ组、Ⅳ组窝料重比1极显著低于试验Ⅰ组(P<0.01)。研究表明,不同粗蛋白质水平影响了种鸽的繁殖性能、乳鸽的生长性能以及窝料重比,在“2+2”生产模式下,建议白王种鸽饲粮适宜粗蛋白质水平为16.64%。
