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棕色棉F3'H-羟化酶基因的克隆与生物信息学分析 被引量:3
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作者 梁明炜 刘海峰 +5 位作者 肖向文 陆雪莹 李艳红 宋武 鲁春芳 李晓波 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期199-206,共8页
根据葡萄的类黄酮3'-羟化酶(F3'H)基因全长cDNA序列Blast所得棉花的EST序列设计引物,以开花后16 d(DPA16)的新彩棉5号(XC-5)纤维为材料,利用RACE和RT-PCR技术分离得到了2个类黄酮3'-羟化酶基因cDNA序列,此2个序列编码区完... 根据葡萄的类黄酮3'-羟化酶(F3'H)基因全长cDNA序列Blast所得棉花的EST序列设计引物,以开花后16 d(DPA16)的新彩棉5号(XC-5)纤维为材料,利用RACE和RT-PCR技术分离得到了2个类黄酮3'-羟化酶基因cDNA序列,此2个序列编码区完全相同,仅在3'UTR区存在片段长短的差异,推测可能是基因转录后加工方式不同所造成。克隆所获得的棉花F3'H基因编码区全长1 533 bp,编码510个氨基酸,氨基酸序列分析预测表明,该基因所编码蛋白含有一个跨膜结构域,是一种分泌蛋白,定位于内质网上,并含有一段与细胞色素P450功能区相匹配的保守功能域;序列比对结果表明,棉花F3'H基因与其他多个物种的F3'H基因在氨基酸序列上有较高的同源性;聚类分析结果表明,棉花F3'H蛋白与双子叶植物大豆的F3'H亲缘关系较为接近,而与单子叶植物高粱等作物则较远。 展开更多
关键词 类黄酮3'-羟化酶 棕色棉 RACE 序列分析
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异育银鲫Toll样受体3的cDNA序列分析与蛋白质高级结构预测 被引量:3
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作者 钱曦 黄旭雄 +2 位作者 华雪铭 冷向军 周洪琪 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期190-199,共10页
利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫Toll样受体3(cagTLR3)基因全长cDNA序列。该cDNA全长3170bp,5′端非编码区181bp;3′端非编码区283bp;开放阅读框(ORF)2706bp,编码901个氨基酸。经序列同源性分析显示,其编码的氨基酸序列与... 利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫Toll样受体3(cagTLR3)基因全长cDNA序列。该cDNA全长3170bp,5′端非编码区181bp;3′端非编码区283bp;开放阅读框(ORF)2706bp,编码901个氨基酸。经序列同源性分析显示,其编码的氨基酸序列与金鱼、斑马鱼、斑点叉尾、虹鳟和红鳍东方有较高的相似性,其相似性分别为92%、88%、79%、75%和72%,说明TLR3在长期的进化中具有较高保守性。TLR3全长序列起始21个氨基酸残基为信号肽;50至695个氨基酸残基间包含15个富含亮氨酸的重复序列(LRR);704至726个氨基酸残基为跨膜区(TM);754至897个氨基酸残基为与白介素-1受体高度同源的区域(TIR)。将异育银鲫TLR3与人和斑马鱼胞内TIR结构的氨基酸比对后发现,Phe728、Leu738、Tyr756与Arg736在TLR3的信号转导及胞内定位过程中起到关键作用。异育银鲫TLR3胞外配体结合域的三维结构呈U型,与人TLR3的相应结构十分相似,在N端具有1个二硫键,C端有2个。因LRRs上的插入序列和14个糖基化位点,异育银鲫TLR3胞外配体结合域内表面的大量β-折叠结构呈平坦的平面。 展开更多
关键词 异育银鲫 TOLL样受体3 CDNA末端快速扩增 序列分析 蛋白结构预测 生物信息学
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应用RACE技术扩增驴DGAT1基因3′端及序列分析 被引量:3
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作者 肖海霞 托乎提.阿及德 +2 位作者 田可川 刘明军 陈从英 《中国奶牛》 2011年第20期1-5,共5页
DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种... DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种DGAT1基因的相似性设计特异引物,运用PCR和3′RACE技术扩增并获得了特异片断,特异片段回收纯化连接到pUCmT Vector载体后,转化到大肠杆菌中并筛选阳性菌落;提取质粒进行测序,结果发现该段序列与预期的目标一致,通过与其他动物同源性比较分析说明已首次克隆到驴DGAT1基因3′端。 展开更多
关键词 RACE技术 DGAT1 基因3′端 序列分析
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番茄RAPD分析有效引物3′端序列的偏倚分布及其与基因组序列结构的关系 被引量:1
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作者 余诞年 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期138-142,共5页
对番茄RAPD分析的有效引物与Operon引物系列(OP系列)的3′端序列作了统计比较。研究结果指出,番茄有效引物系列不是OP系列的随机样本,而是3′端序列的种类和分布上有偏倚性的选择性样本。虽然两个系列的引物都具有3′端同序现象,但对... 对番茄RAPD分析的有效引物与Operon引物系列(OP系列)的3′端序列作了统计比较。研究结果指出,番茄有效引物系列不是OP系列的随机样本,而是3′端序列的种类和分布上有偏倚性的选择性样本。虽然两个系列的引物都具有3′端同序现象,但对其分布频率正交比较结果差异极显著,此类同序性3′端在番茄基因组的RAPD座位中是普遍分布的。RAPD引物3′端序列的非随机分布,反映了番茄基因组内的多态性区段侧翼具有序列的特异性,这种特异性结构应是番茄基因组序列的一种属性,这种属性为番茄属基因组所共有。 展开更多
关键词 番茄 RAPD引物 3′端序列 基因组序列
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鹅催乳素受体基因3′-末端序列克隆
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作者 邢光东 王根林 +2 位作者 刘庆华 傅泽红 刘铁铮 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2007年第6期608-611,共4页
通过比对鸡、火鸡、鸽、猪、大鼠5种动物及人催乳素受体(PRLR),并根据它们的基因cDNA保守区设计兼并引物,先扩增了鹅催乳素受体基因(gPRLR)cDNA一段606 bp保守区序列,再以此设计基因特异性引物,利用3′-RACE技术克隆了gPRLRcDNA3′-末... 通过比对鸡、火鸡、鸽、猪、大鼠5种动物及人催乳素受体(PRLR),并根据它们的基因cDNA保守区设计兼并引物,先扩增了鹅催乳素受体基因(gPRLR)cDNA一段606 bp保守区序列,再以此设计基因特异性引物,利用3′-RACE技术克隆了gPRLRcDNA3′-末端序列。序列分析表明,获得的gPRLRcDNA 3′-末端长1 876 bp,含编码区后1 656 bp的编码核苷酸、终止密码子TAA和220 bp的3′-UTR。参照鸡催乳素受体基因(cPRLR),此gPRLRcDNA3′-末端序列可分成6个外显子,其长度分别为148 bp、170 bp、145 bp、100 bp、70 bp和1 243 bp,与cPRLRcDNA最后6个外显子高度同源,终止密码子位于最后1个外显子的1 021 bp处。编码区后1 653 bp编码的551个氨基酸gPRLR C-末端与鸡PRLR同源部分的同源性达到87.7%。 展开更多
关键词 催乳素受体基因 3’-末端序列 RACE
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TMV蚕豆株系CP基因及3′端非编码区序列分析与表达
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作者 刘勇 周雪平 +1 位作者 李德葆 刘志敏 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1997年第1期1-8,共8页
根据烟草花叶病毒U1株系TMV-U1序列,人工合成引物,通过PCR扩增并克隆了烟草花叶病毒蚕豆株系(TMV-B)的外壳蛋白(CP)基因和3′端非编码区.DNA全序列测定结果表明,外壳蛋白基因全长459个碱基,编码15... 根据烟草花叶病毒U1株系TMV-U1序列,人工合成引物,通过PCR扩增并克隆了烟草花叶病毒蚕豆株系(TMV-B)的外壳蛋白(CP)基因和3′端非编码区.DNA全序列测定结果表明,外壳蛋白基因全长459个碱基,编码151个氨基酸,3′端非编码区全长224个碱基.与TMV-U1株系相比,TMV-B仅在CP基因上有一个碱基缺失,并导致CP基因提前终止,使其编码的氨基酸少7个.将CP基因及3′端非编码区插入pGEMEX-1的T7基因10中,转入E.coli后诱导表达,聚丙烯酰胺凝胶电泳分析呈现一特异的蛋白带.Western免疫检测证明,该特异带与TMV抗血清呈阳性反应.将CP基因正向插入植物表达载体PBⅠ121中,置于花椰菜花叶病毒35S启动子控制之下。 展开更多
关键词 遗传工程 烟草花叶病毒 外壳蛋白基因 蚕豆
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鸡蛋花花叶病毒3’端序列的克隆与分析
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作者 邓晓东 费小雯 +1 位作者 黄俊生 郑学勤 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 2000年第3期185-192,共8页
根据烟草花叶病毒组(Tobamoviruses)3’端非编码区保守区域,人工合成下游引物P1,P2,P3,分别以这些引物引导在反转录酶作用下合成双链 cDNA,并克隆到 pBS载体上。Hind Ⅲ+ PstⅠ双酶切分析重... 根据烟草花叶病毒组(Tobamoviruses)3’端非编码区保守区域,人工合成下游引物P1,P2,P3,分别以这些引物引导在反转录酶作用下合成双链 cDNA,并克隆到 pBS载体上。Hind Ⅲ+ PstⅠ双酶切分析重组稿子后,得到 15个阳性重组子,其中重组子 pBF3含有 2 432 bp外源 DNA。序列分析结果表明:该 2 432bp的序列含 2个开放读框,即鸡蛋花花叶病毒移动蛋白基因序列和外壳蛋白基因序列。移动蛋白基因序列起始于806位ATG,中止于 1576位TAG。推导的氨基酸序列共256个氨基酸,分子量为28.5 kDa。外壳蛋白基因序列起始于 1635位ATG,中止于 2 158位TAA。推导的氨基酸序列共 174个氨基酸,分子量为19.4 kDa.此外该片段还包含部分180 kDa蛋白和全部3’端非编码区核苷酸序列。 展开更多
关键词 鸡蛋花花叶病毒 移动蛋白基因 序列分析
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高等植物mRNA3’端形成机制
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作者 郑成超 温孚江 《山东农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 2000年第1期110-114,共5页
植物mRNA3’端加工在基因表达调控中起重要作用,本文着重综述了该领域的最新研究进展。在对动、植物系统进行比较的基础上,提出了Poly(A)信号和Poly(A)信号上游GU丰富区是影响植物mRNA3’端加工的主要顺式作用元件。
关键词 植物 mRNA3′端加工 Poly(A)信号 转录 表达调控
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Amplification of UGPase cDNA 3' UTR from Saccharum Officinarum
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作者 Bingying Ye Ling Lian +1 位作者 Youqiang Chen Rukai Chen 《Journal of Life Sciences》 2010年第1期43-45,共3页
UDP-glucose pyrophosphorylase is an important enzyme concerned with carbohydrate metabolism in plants. Cloning of UGPase is a premise for further study on molecular level, and it is also crucial for study of carbohydr... UDP-glucose pyrophosphorylase is an important enzyme concerned with carbohydrate metabolism in plants. Cloning of UGPase is a premise for further study on molecular level, and it is also crucial for study of carbohydrate metabolism. UGPase cDNA sequence as a template, designed primer, then 3'-untranslate region (3' UTR) of UGPase were amplified by 3'-rapid amplification of cDNA ends (3'-RACE). The results suggested the 3' UTR were 243 bp, contained AATAA sequence and Poly(A). 展开更多
关键词 UGPASE rapid amplification of cDNA ends (RACE) amplification of 3 UTR sequence analysis.
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侵染南瓜的小西葫芦黄化花叶病毒的分离与鉴定 被引量:6
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作者 陈洁云 柴立红 +1 位作者 陈集双 洪健 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期539-544,共6页
1999年秋在杭州一株表现典型黄化花叶的南瓜(Cucuribita moschata)上分离获得一株线状病毒HZ00s1.该病毒分离物在葫芦科作物(Cucuribitaceae)上引起系统症状.经寄主反应测定、病毒形态学和寄主组织病变观察,初步确定该病毒为小西葫芦黄... 1999年秋在杭州一株表现典型黄化花叶的南瓜(Cucuribita moschata)上分离获得一株线状病毒HZ00s1.该病毒分离物在葫芦科作物(Cucuribitaceae)上引起系统症状.经寄主反应测定、病毒形态学和寄主组织病变观察,初步确定该病毒为小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV).对ZYMV杭州分离物(HZ00s1)的外壳蛋白序列及3’端非编码区进行了克隆及序列测定,并与ZYMV Conneticut分离物、Florida分离物、California分离物以及WMV2 Tonga分离物进行了同源性分析.结果显示:HZ00s1分离物与其它3种ZYMV分离物CP基因核酸序列同源性为93%~94%,而与WMV2 Tonga分离物的同源性仅为67%,来自美国的3种ZYMV分离物之间的同源性高达95%~99%.HZ00s1分离物与其它3个ZYMV分离物CP氨基酸序列同源性在95%~98%之间.因此确定在杭州地区葫芦科作物上有ZYMV的发生. 展开更多
关键词 南瓜 小西葫芦黄化花叶病毒 分离 鉴定 基因克隆 序列分析
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马铃薯S病毒的分子鉴定与检测 被引量:4
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作者 郎秋蕾 陈集双 +1 位作者 傅天珍 杜志游 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期217-220,共4页
An isolate of PVS,HZ00P1,was obtained from nature infected Solanum tuberosum from Hangzhou,Zhejiang province.It was primarily identified by DAS-ELISA and host reaction tests.3’ end partial sequence of the virus isola... An isolate of PVS,HZ00P1,was obtained from nature infected Solanum tuberosum from Hangzhou,Zhejiang province.It was primarily identified by DAS-ELISA and host reaction tests.3’ end partial sequence of the virus isolate was cloned.Nucleic acid sequence of the cp gene and deduced cp amino acid sequence alignments were compared with 16 other isolates registered in GenBank.The results showed that the 17 PVS isolates were divided into two groups.Among them,two Andean isolates were classified to groupⅡ,HZ00P1 and the other 14 isolates were assigned to groupⅠ.Compared with other PVS isolates in group Ⅰ,PVS HZ00P1 had 93.1%-98.1% and 95.9%-99.3% homologies of nucleotide sequence and deduced amino acid sequence respectively,whereas its similarities to the groupⅡwere 81.4%-81.7% and 93.5%-93.9%.A survey of PVS occurrence in Zhejiang province was achieved by RNA spot hybridization(RSH).Among the 30 samples collected from different areas of the province,26.7% were found to have the infection of PVS.It is concluded that PVS has become a common virus in Zhejiang province. 展开更多
关键词 马铃薯S病毒 分子鉴定 检测 株系分化 PVS 潜隐病毒 麝香石竹 蚜虫传播
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对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(福建株)基因组的克隆 被引量:5
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作者 吴昊 徐丽美 杨丰 《台湾海峡》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期147-151,共5页
对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖和野生对虾的重要病原之一.目前,GenBank已收录了分离自夏威夷、加利福尼亚、泰国、中国台湾等地的IHHNV全长或部分基因组序列.虽然中国大陆在养殖对虾中也普遍检测到了IHHNV,但... 对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖和野生对虾的重要病原之一.目前,GenBank已收录了分离自夏威夷、加利福尼亚、泰国、中国台湾等地的IHHNV全长或部分基因组序列.虽然中国大陆在养殖对虾中也普遍检测到了IHHNV,但未见其基因组序列报道.本文首先利用DNA末端加尾和嵌套PCR克隆了IHHNV基因组两末端序列,并根据测定的末端序列设计引物,PCR扩增出中国福建株IHHNV基因组序列. 展开更多
关键词 传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV) 嵌套PCR 病毒基因组 5’和3’末端序列
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