BSA联合转录组分析发掘西瓜叶片黄化候选基因

叶片是植物重要的功能器官之一,不仅是植株进行光合作用的主要场所,也可作为重要的形态标记,应用于育种中。叶片颜色作为形态标记,不仅可用于苗期杂种的清除,亦可用于种子纯度的测定。以西瓜全生育期叶片黄化突变体纯合自交系ly104为母本(P_(1))、绿叶自交系w3为父本(P_(2)),通过杂交创制F_(1)代、F_(2)代、BC_(1)代群体。遗传分析结果表明,该突变体的叶片黄化由单隐性基因控制。采用混合分组分析(BSA)进行初定位,通过简化基因组测序(RAD)开发全基因组单核苷酸多态性(SNP)标记构建西瓜高密度遗传图谱,将西瓜叶片黄化基因定位于2号染色体13950306~15517591 bp(大小约为1.57 Mb)。以西瓜97103v2为参考基因组,该区间包含24个注释基因。对P_(1)(P1Y)、P_(2)(P2G)和F 2代群体中黄叶(F2Y)、绿叶(F2G)株系进行转录组水平分析,结果表明,目标区间内基因Cla97C02G035950、Cla97C02G036010、Cla97C02G036020、Cla97C02G036060在黄化叶片与正常绿叶材料中的表达量差异显著,可能是西瓜叶片的黄化候选基因。研究结果可为进一步解析西瓜叶片黄化基因功能和生物学特性奠定重要基础。

基于BSA-seq的大豆棕色荚皮L2基因定位

大豆荚皮的颜色是重要的驯化性状和表型特征,与炸荚习性和躲避捕食关系紧密。大豆荚皮颜色主要由2对等位基因控制,其中棕色荚皮L2基因尚未被鉴定。为了在大豆基因组上对该基因进行鉴定,为大豆棕色荚皮相关基因功能解析和育种应用提供一定的理论基础。以栽培大豆中龙优203(黄色荚皮)和野生大豆FF1235(黑色荚皮)为亲本构建F 2分离群体进行遗传分析。利用F 2群体棕色豆荚和黄色豆荚单株构建混池进行BSA-seq定位分析,并在此基础上进行重组交换单株分析。结果表明,大豆棕色荚皮性状为1对等位基因控制的质量性状。棕色荚皮L2基因关联区域位于3号染色体0~0.75 Mb的区段。进一步开发InDel分子标记进行精细定位,获得具有多态性的InDel引物7对。最终将棕色荚皮位点定位于3号染色体上的Indel-L2-3~Indel-L2-6,物理距离为344 kb。定位区间内共有候选基因32个,其中Glyma.03G005700基因注释为异丙基苹果酸聚合酶,与已发现的黑色荚皮基因L1(Glyma.19G120400)高度同源,其功能为将4-羟基丙酮酸转化为红果酸和番石榴酸,可能是调控大豆棕色荚皮形成的关键基因。

基于文献计量学BSA在作物育种领域的应用现状与展望

为了解国内外集群分离分析法(bulked segregant analysis,BSA)在作物育种领域的研究现状与前沿动态,客观反映各国家、机构及研究人员在该领域的影响力,本文基于文献计量学分析方法使用文献计量分析软件CiteSpace对WOS(Web of Science)数据库2000~2023年2111项和CNKI(China National Knowledge Infrastructure)数据库2003~2023年446项研究成果进行关键词共现分析、突显词分析、关键词聚类分析、聚类时间线分析及作者共被引分析。结果表明:BSA在作物育种领域应用的研究成果在国内外的发文趋势相同,国内外期刊发文量均逐年上升;在发文量国家排序中,中国排名第一、美国第二、印度第三。在CNKI数据库中华中农业大学的发文量最多,而在WOS数据库中中国农业科学院的发文量最多。国外BSA在作物育种领域应用的文章主要集中在植物科学、农学、园艺学和遗传学等学科,而国内主要集中在作物学、植物保护学、园艺学、生物学等学科;Michlmore RW、Kosambi DD和Li H这3位作者在该领域的影响力最高,而Michlmore RW、Lander ES、Li H这3位作者与其他作者有更密切的联系。国内研究的热点作物和性状分别是水稻(Oryza sativa)、大豆(Glycine max)、玉米(Zea mays L.)和抗病性、株高;国外研究的热点作物和性状分别是水稻、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、小麦(Triticum aestivum L.)和抗病性。目前,BSA在国内集中应用于作物目标性状候选基因及作物突变体突变基因的定位和功能验证,而国外则集中应用于作物目标性状基因的精细定位和功能验证及遗传机制的解析。此外,BSA在作物育种领域应用的研究前沿分析表明,未来在该领域热点研究的对象为水稻、花生(Arachis hypogaea L.)、陆地棉(Gossypium hirsutum L.)、作物突变体和作物代谢产物。

基于BSA-seq技术定位黄瓜黄绿叶色突变基因

为明确课题组从地方收集的黄瓜黄绿叶色突变体中黄绿叶色突变基因,本研究利用绿叶(野生型)与黄绿叶色(突变体)黄瓜材料为亲本,配制正反杂交一代及二代分离群体,在分析黄绿叶色突变基因遗传规律的基础上,利用BSA-seq技术对双亲及F 2代叶色极端混池进行测序,筛选黄瓜黄绿叶色突变性状的关联标记及候选基因。结果表明,绿叶色对黄绿叶色为完全显性,黄绿叶色突变基因为隐性基因。突变性状关联分析(SNP-index检测)得到1个与黄绿叶色突变相关的候选区域,位于黄瓜1号染色体上,总长度18484 bp。该候选区域共有118个与黄绿叶色突变相关的SNP位点;候选区域共注释到3个基因,其中CsaV3_1G032820基因为黄瓜黄绿叶色突变最可能相关基因。本研究结果可为黄瓜黄绿叶色突变基因克隆和分子标记辅助育种提供基础。

基于BSA-seq法的水稻稻瘟病抗性基因定位

为挖掘水稻稻瘟病抗性相关性状基因位点,于2022—2023年以水稻2013ZJP-3×京宁11杂交得到的重组自交系群体为试验材料,采用人工接种和自然诱发相结合的方法鉴定其对叶瘟、穗颈瘟的抗性,并采用BSA-seq法进行QTL定位分析。表型鉴定结果表明,F11群体的稻瘟病抗性呈连续性分布,且大部分材料表现为中抗,偏向于抗病亲本京宁11。筛选出19个抗性株系和17个感性株系材料,构建了抗感池。经过测序、变异检测和关联分析,共得到2个与稻瘟病抗性相关的区间,主要分布在5号和7号染色体上,区间总长度为1.45 Mb,共筛选出94个差异基因,其中,移码突变基因12个,非同义突变基因82个,移码和非同义突变基因9个。最终预测,基因LOC_Os05g10630、LOC_Os05g10650和LOC_Os07g08960与水稻稻瘟病抗性的相关性较大。

BSA-Seq结合RNA-Seq技术挖掘大豆叶片提前黄化衰老基因

大豆产量与其生殖生长的持续时间呈正相关,延缓其开花后叶片的衰老,提高其生理功能,有利于增加植物的粒重。叶片黄化是植物衰老的显著特征之一。关于在大豆鼓粒后期叶片黄化的研究鲜见报道。本研究对鼓粒后期叶片提前黄化突变体ly和野生型ofc杂交组合进行遗传分析,结果表明,大豆鼓粒后期叶片提前黄化性状受单隐性核基因控制。通过BSA-Seq在19号染色体得到一个2.23Mb的初定位区间,经开发标记图位克隆后将区间缩短至1.75 Mb,区间内有219个基因,再结合RNA-Seq分析,得到了区间内12个候选基因,其中有4个SNP变异基因和8个差异表达基因。本研究结果为大豆鼓粒后期叶片黄化衰老基因的克隆奠定了基础。

基于BSA-seq技术定位花生种皮颜色基因

花生种皮颜色是花生重要性状,同时种皮颜色和黄酮类化合物例如花青素的含量有着密切关联。定位与种皮颜色相关的基因对培育和开发新品种,提高花生营养成分有重要作用。本研究以紫色种皮花生‘T371’和粉色种皮花生‘T34’为亲本进行杂交并构建F_2分离群体。基于高通量测序技术,在亲本和分离群体中获得了312.96 G高质量的Clean Reads数据,采用BSA-seq方法定位到1个SNPs和InDels关联区域交集,区间长度为7.61 Mb,位于12号染色体上,区间内有675个基因,其中非同义突变基因14个,移码突变基因3个。根据基因注释结果推测arahy.AFLD8J、arahy.26781N、arahy.YQ76T0、arahy.1KM4NQ、arahy.X3FWT9可能是调控种皮颜色的候选基因。本研究为挖掘花生种皮颜色遗传相关基因和开发新品种提供了一定的理论基础。

基于BSA-seq技术的青花菜花球蜡质基因初定位及鉴定研究

为了发掘调控青花菜花球蜡质合成的相关基因,以青花菜有蜡粉野生型(WT20)为父本,无蜡粉突变体(MT20)为母本构建F2群体,基于F2构建极端有蜡混池和无蜡混池,利用BSA-seq技术对亲本混池和F2极端混池进行混池测序,通过ΔSNP-index算法初步定位与蜡质合成关联的区间,根据基因注释信息预测候选基因,并采用qRT-PCR分析候选基因在亲本中的表达情况。结果表明F2分离群体中有蜡粉株与无蜡粉株分离比为2.87:1,符合单基因隐性核基因遗传规律;两个混池间共获得高质量SNP位点2,045条、InDel位点687条,基于SNP-index关联分析将候选基因定位在4号、7号和8号染色体的3个区间,包含93个基因。进一步对候选区域内的基因进行KEGG、GO、GOC数据库分析发现0.12 Mb和1.07 Mb的区段内92个基因获得注释,对区间内可能跟蜡质合成相关的11个基因进行定量分析,筛选出4个差异显著表达基因BoAPC3、BoCDH1、BoEEF1A和BoAHP4。本研究结果可以为进一步研究青花菜蜡质合成通路提供新思路,以及为选育高品质青花菜奠定基础。

基于BSA-seq技术对甘蓝型油菜矮秆性状的显著关联区域和候选基因分析

【目的】解析油菜矮秆性状调控遗传位点及关键基因,为油菜株高性状改良和抗倒伏油菜品种选育奠定基础。【方法】利用矮秆油菜DW1分别与高秆油菜WH14和WH20进行正反交,探究F_(1)代和F_(2)代矮秆性状遗传规律。同时,利用BSA-seq技术对油菜DW1和WH20的F2分离群体中极端高秆和极端矮秆2个DNA混池测序并鉴定矮秆性状的显著关联区域和候选基因。【结果】(1)油菜DW1矮秆性状为质量性状,由1对不完全显性基因控制。(2)在A06染色体21.78—23.88 Mb鉴定到22个与矮秆性状显著关联区,其中置信区间最大为46.71 kb,最小为0.64 kb。(3)在A06染色体上与矮秆性状显著关联区域鉴定到BnaA06g27050D、BnaA06g34100D、BnaA06g34810D、BnaA06g35080D和BnaA06g36480D,其功能涉及植物生长素调控和赤霉素信号转导。【结论】油菜DW1的矮秆性状属于质量性状,由1对不完全显性基因控制。A06染色体上的21.78—23.88 Mb区域为矮秆性状显著关联区域,该区域包含5个候选基因,其功能与植物生长素生物合成和赤霉素信号转导相关。

基于BSA-seq发掘水稻抽穗期相关QTLs及候选基因

抽穗期作为水稻重要的性状之一,不仅与水稻生育时期密切相关,还与水稻产量、品质和抗逆性密切相关,决定了水稻品种的种植地区和季节适应性,因此,定位水稻抽穗期相关基因在水稻生产中有着重要的作用。利用HQ20和金23B及其杂交构建的F4群体为试验材料,根据群体中水稻抽穗期划分3个等级:抽穗期早、抽穗期适中、大青棵(不抽穗),并构建早、中、青3个混池,采用BSA-seq(bulked-segregant analysis sequencing)方法挖掘水稻抽穗期基因。结果表明,BSA-seq结果与参考基因组比对率在94%以上,4×基因组覆盖率在80%以上;基于此,在置信度为0.95时,经SNP-index算法获得位于4条染色体(6、7、8和9号)的17个SNPs与Indels一致的关联区间,进一步分析区域内的候选基因,发现61个基因存在非同义突变。GO与KEGG富集分析表明,与水稻抽穗期密切相关的途径有UDP-糖基转移酶活性、细胞周期G2/M期转变的正向调控和植物激素信号转导等。结合3K水稻数据库中的单倍型分析与已公布的表达量数据,挖掘出3个抽穗期关键候选基因:LOC_Os07g22720、LOC_Os07g23740、LOC_Os08g07200。以上结果为开展水稻抽穗期性状遗传改良以及遗传基础解析奠定了基础。

基于DNA-BSA重测序和SSR技术的番茄ty-5基因分子标记的筛选

利用DNA-BSA重测序和SSR标记技术对番茄黄化曲叶病毒抗病基因ty-5开展定位研究。DNA-BSA重测序获得7个与番茄ty-5基因相关的侯选区域,分别位于1,4,9号染色体上,总长度为21.68Mb。利用SSR标记获得C_2at4g34700和SSR383标记,与番茄抗黄化曲叶病毒病基因ty-5紧密连锁,并且没有发现重组单株。最后,对DNA-BSA重测序和SSR标记结果联合分析,标记C_2at4g34700和SSR383位于重测序关联分析的1号和9号染色体的抗病关联区域附近。由此初步认定,这2个标记可以作为番茄抗黄化曲叶病毒病ty-5基因的分子标记。

基于BSA-seq和RNA-seq挖掘西瓜果皮硬度候选基因

为了挖掘西瓜果皮硬度关键调控基因,选育耐裂高硬度果皮西瓜品种。以西瓜果皮硬度差异显著的高硬度材料901和低硬度材料BSH为亲本,构建F 2分离群体,采用极端性状混池重测序接合BSA(BSA-seq)方法进行定位,并结合转录组测序(RNA-seq)数据进行关联分析,挖掘果皮硬度关键调控基因。BSA-seq结果表明,SNPs和InDels关联区域交集位于10号染色体1620000—3760000 bp区间内共2.14 Mb的区段,包含150个候选基因,其中2个非同义突变基因和1个移码突变基因。将BSA-seq测序结果与RNA-seq测序结果进行联合分析发现,共有Cla97C10G187120、Cla97C10G187020、Cla97C10G187430、Cla97C10G187510、Cla97C10G187280和Cla97C10G1865406个基因相关联,经生物信息学分析,确定Cla97C10G187120基因为西瓜果皮硬度候选基因。实时荧光定量(qRT-PCR)试验结果表明,转录组试验数据可靠,并且候选基因Cla97C10G187120在901中表达较BSH明显降低。本研究为进一步精细定位西瓜果皮硬度调控基因奠定了基础。

基于BSA-seq技术挖掘番茄耐裂果候选基因

[目的]明确番茄耐裂基因在染色体上的位置。[方法]以耐裂果番茄14FP5和易裂果番茄14FP26为试材,将二者杂交得到F 1代,F 1自交得到F 2,分别构建2个极端性状的DNA混合池,采用BSA-seq方法进行定位。[结果]利用BSA-seq对F 2群体的2个极端混池进行基因组重测序分析,将番茄耐裂基因定位在5号染色体上,位于34140000~38120000 pb,区间大小为3.98 Mb,候选区间内共注释到38个基因,其中非同义突变基因4个。[结论]该研究结果可为番茄耐裂基因的精细定位提供数据支撑,为番茄耐裂分子育种奠定基础。

基于BSA-ELM模型的建筑项目施工成本预测研究

为降低建筑施工项目的管理成本,提出一种基于BSA-ELM的建筑项目施工成本预测模型。首先介绍ELM神经网络算法和BSA算法;其次利用BSA算法的优势对ELM模型进行优化,从而形成一种基于BSA-ELM的预测模型;最后对基于BSA-ELM建筑项目施工成本预测模型进行测试,将其与传统的预测模型进行对比。结果证明,BSA-ELM预测模型的性能更好,预测精度更高。

基于BSA-seq技术对乌拉尔图小麦条锈病抗病基因的初步定位

【目的】发掘和克隆小麦条锈病抗病基因,为小麦条锈病抗病育种提供遗传基因资源。【方法】以乌拉尔图小麦为材料,通过接种鉴定筛选具有条锈病抗性的材料,利用正向遗传学和混合分组测序分析法(BSA-seq)在乌拉尔图小麦材料中鉴定新的条锈病抗病基因位点。【结果】通过接种鉴定筛选到6个具有小麦条锈病抗性的乌拉尔图小麦材料,通过构建杂交群体结合BSA-seq技术在其中1个抗病材料TuW1中鉴定出1个新的条锈病抗病基因位点,定位于7AS染色体的0~35.2 Mb区间。【结论】通过正向遗传学结合BSA-seq技术在乌拉尔图小麦中鉴定到1个新的条锈病抗病基因位点,为小麦条锈病抗病育种提供了基因资源。

Ag纳米粒子表面BSA隔离层对聚苯乙烯荧光的增强效应

通过氧化还原法制备了粒径处于50-65nm的球形银（Ag）纳米粒子,采用扫描电子显微镜（SEM）分析其形貌及单分散性.在Ag纳米粒子基础上采用沉积自组装法合成了有效粒径为80.8nm 的Ag/牛血清白蛋白（BSA）核壳结构纳米粒子. 结合SEM、透射电子显微镜（TEM）、X 射线衍射（XRD）和荧光发射光谱（FL）分析发现,BSA 有效地包覆在Ag 纳米粒子的外层,Ag/BSA 核壳结构纳米粒子单分散性良好,加入Ag/BSA 核壳结构纳米粒子的聚苯乙烯（PS）的荧光强度从100增强到6000.研究结果表明,BSA隔离层对位于Ag表面附近的PS分子的荧光强度有显著的增强效应.

海藻酸钙-壳聚糖微胶囊组成对BSA通透性能影响的研究

对海藻酸钙-壳聚糖微胶囊的牛血清白蛋白(BSA)双向通透性能进行了定量和定性的初步研究,并初步考察了微胶囊的组成成分及海藻酸钠、壳聚糖的溶液浓度对BSA通透性能的影响.结果表明海藻酸钙-壳聚糖微胶囊在pH1.5～2.0时通透性减弱,pH6.8时通透性增强,且海藻酸钙微胶囊通透性大于海藻酸钙-壳聚糖微胶囊;海藻酸钙-壳聚糖微胶囊中壳聚糖浓度越小,通透性越好;海藻酸钠浓度的影响不显著.

利用SSR-BSA技术筛选玉米粗缩病抗性基因分子标记

采用网棚集团接种法,对感病自交系苏951和抗病自交系87-1的P1、P2、F1和F2群体进行了玉米粗缩病抗病性鉴定。并用168对引物进行了亲本间SSR-PCR扩增,其中48对引物在亲本间表现多态性。然后利用这些多态性引物检测F2的抗池和感池,只有6个SSR标记在F2的抗池和感池之间表现出多态性。这6个标记为:5号染色体上的Blng1237(Bin5.05-5.06)、umc1941(Bin5.06)、phi087(Bin5.06)、umc1155(Bin5.05)和9号染色体的phi065(Bin9.03)、umc1505(Bin9.07)。进一步利用这6个SSR标记检测了465个经抗病性鉴定的F2单株的基因型,其中Blng1237和phi087明显表现为偏分离。其余4个标记用于分析表型鉴定表现为抗的181个F2单株的基因型,并对每一标记的分离数值与其相应的孟德尔理论比例(共显性1∶2∶1)相比较,进行χ2适合度检验。结果表明,umc1155、umc1505这2个标记可能与抗性基因有关。

苦马豆素-BSA的合成研究

用溴乙酸制备的活性酯与苦马豆素反应 ,产物真空干燥后得到白色粉末状物 ,产率为 77%。经MP、IR鉴定和元素分析的结果判定 ,白色粉末状物为苦马豆素 -活性酯结合的季铵盐。季铵盐再与 BSA反应 ,产物经透析、冻干后呈白色针状结晶 ,按 BSA计算 ,产率为 91% ,经测定 ,平均每个 BSA分子上结合了 18.17个季铵盐分子。

利用SRAP-BSA法筛选棉花抗病基因的分子标记

【目的】以高抗黄萎病品种辽棉18号和高感黄萎病品种军棉1号及其杂交后代F2为材料,筛选棉花抗病基因。【方法】采用分离群体分组分析(Bulked Segregate Analysis,BSA)法,对棉花抗病基因进行SRAP分析。【结果】在88对SRAP引物中筛选出3对引物在两亲本及抗、感基因池中均能扩增出稳定的差异条带,命名为S6-6、S6-10、S8-8。【结论】通过F2代个体验证,抗病个体均能扩增出此差异条带,而感病个体中不能扩增出此差异条带,证明这三对引物是与棉花抗病基因紧密连锁的SRAP分子标记。