Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算

非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而,传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来,已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键相互作用的方法,即用Perl脚本调用Discovery Studio 2.0(DS 2.0,Accelrys Inc.)底层模块中的非键相互作用协议,实现了直接利用命令行批量计算非键相互作用能量,而无需通过DS2.0的图形界面。该方法扩展了DS2.0的计算模块,并于近期运用到了复合结构的研究分析中。

Discovery Studio软件在分析中药成分透过血脑屏障中的应用

血脑屏障是药物能否进入脑组织发挥作用的重要屏障。中药有效成分的结构与其透过血脑屏障的能力有一定的关系。Discovery Studio软件对非糖苷类成分通过血脑屏障的分析结果与文献报道基本吻合,而对糖苷类成分则无法准确预测。

Autodock Vina与Discovery Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较

随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定,从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物,成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本。本文介绍了Autodock Vina和Discovery Studio在基于分子对接法的虚拟筛选中的使用,并对比分析其对β-内酰胺酶活性位点的筛选结果。希望通过这种比较促进虚拟筛选在药物设计领域中的应用,提高耐药基因抑制剂的发现速度。

Discovery Studio软件在药物化学教学中的应用

借助Discovery Studio软件,以3D和2D图形的方式直观展示ATP敏感钾离子通道、雌激素受体等生物大分子的空间结构,对接模拟格列本脲等药物与相关靶点间的作用方式,进而对药物的结构特征或构效关系进行“可视化”解释,帮助学生更好地理解掌握药物化学课程中的重难点内容。

Discovery Studio软件在兽医药物化学中的应用实践

药物化学是发明新药、研究药物相互作用规律的领军学科。药物化学的学习过程具有分子互作理论繁杂、概念抽象,不易理解的特点。将Discovery Studio(DS)引入到动物药学专业的药物化学的学习中,应用DS对磺胺类药物靶标蛋白二氢蝶酸合成酶(dihydropteroate synthase,DHPS)进行同源建模,并与配体磺胺甲噁唑(sulfamethoxazole,SMZ)分子对接进行DHPS-SMZ的相互作用分析,阐明磺胺类药物的作用机制。实践表明,使用Discovery Studio软件辅助学习药物化学,有利于形象、直观的理解分子相互作用机制,明显提高学习效果,对于深化理解兽医学科药物化学的内涵具有重要的意义。

基于Discovery Studio平台纤维素酶E4同源建模

利用Discovery Studio平台以同源建模的方法构建E4的完整三维结构模型,并对其进行结构优化和评估,Ramachandram图谱检测和Verify-3D评估显示模拟出的模型结构合理,整体的相容性较为可信。本结果为今后的纤维素酶E4的深入研究提供了理论依据。

基于Discovery Studio分子模拟药物设计软件的拉伸分子动力学

Discovery Studio是BIOVIA公司研发的一款药物发现计算模拟平台。在Discovery Studio 2017中新增拉伸分子动力学模块,拉伸分子动力学模块的功能包括研究配体(药物分子)与受体的结合方式、蛋白质的去折叠构象变化、拉伸配体(药物分子)通过通道蛋白等。本文介绍Discovery Studio 2017的拉伸分子动力学功能。

2.0式合作:谈圕林虚拟学术团队

将研究者通过Web2.0的方式结识并开展学术交流和合作描述为2.0式学术合作,将这种合作中两人及以上相对稳定的群体视为虚拟学术团队。以"图书馆2.0工作室"、"图林五散人"为个案进行分析,认为虚拟学术团队能弥补当前多数图书情报机构面临的团队力量薄弱、难觅科研合作者等困境,成员间通过学术讨论、资源共享、论著评审和著述合作等方式,可以构建结构松散但力量强大的研究团队,并认为鼓励图书馆界发展虚拟学术团队,能促进图书馆事业的发展。

Visual studio 2005中的TableAdapter对象及其应用

探讨了ADO.NET2.0版TableAdapter的构成、属性、方法及创建。通过在Visual studio 2005中向TableAdapter添加新查询,说明了它的应用。

Dolby Master Studio认证主板——技嘉GA-81955X Royal

技嘉GA-81955X Royal是全球首款取得Dolby音效Design for Master Studio认证的主板，采用了i955X+ICH7R芯片组，支持LGA 775 Pentium 4、Pentlum XE和Pentium D处理器，支持双通道DDR2 800内存。该主板除提供了1个PCI Express X16、2个PCI Express x1、3个PCI、6个SATA2、2个千兆网卡和8个USB 2.0接口外，同时还拥有独特的U—Plus双回路电源系统强效致冷二合一以及双BIOS等功能，

使用Visual Studio 2005建设网站

介绍使用Visual Studio 2005中的Visual Web Developer建设网站的基本技术。

SQL Server CE 2.0的移动MIS系统开发

介绍基于微软．NET Compact Framework框架和SQL Server2000 WindowsCE Edition 2．0(简称SQL Server CE 2．0)数据库,在Pocket PC上开发管理信息系统的原理、方法和实现过程。

丙酸倍氯米松吸入气雾剂中新杂质的定性定量分析

目的建立丙酸倍氯米松吸入气雾剂中一种新杂质的定性鉴别与定量测定的方法。方法基于超高效液相色谱仪-四极杆静电场轨道阱质谱(UPLC-QE-MS)技术结合Discovery Studio软件对丙酸倍氯米松吸入气雾剂中的新杂质进行鉴别与毒性预测,同时采用UPLC法对该物质进行含量测定。结果丙酸倍氯米松吸入气雾剂中的新杂质为环对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)二聚体,Discovery Studio软件预测PBT二聚体有潜在发育毒性、无致突变性、无眼部和皮肤刺激性、无啮齿动物致癌性。9批市售丙酸倍氯米松吸入气雾剂中PBT二聚体的含量范围为每瓶20.5~116.6μg。结论本研究可实现对制剂中新杂质的快速鉴别与毒性预测,同时通过对其进行含量测定,为制剂的质量控制提供一定的理论基础。

“建筑技能大师工作室”赋能乡村振兴模式实践探索

“技能大师工作室”建设是新时期人才培养的重要措施之一。德国包豪斯工作坊教学模式存在的主要问题,影响了其可持续发展,而高校的“建筑技能大师工作室”针对“工作坊”的不可持续性问题,提出了多方面的改进意见,成为包豪斯工作坊2.0模式。以华南农业大学“广府古建筑技能大师工作室”为案例,结合该工作室在乡村振兴领域的研究实践,探索“建筑技能大师工作室”与乡村振兴相互促进的特色之路。工作室在包豪斯“工作坊”体系的基础上改进,突出自身的优势和特点,贯彻教学、科研、实践“三位一体”的教学理念。运用“以行促学,学科融合,扎根乡建”的教学方法,与教学体系高度结合,促进建立特色教学体系;开拓本校建筑学专业多学科交叉的新研究领域;通过不断实践培养熟悉乡村振兴的创新型人才。教学达到了学科发展、人才培养、回馈社会的教学效果,建立起高校学科与外部系统的联系,培养多学科交叉型人才,学院式研究与科普公益工作相结合。

植物挥发性有机物数据库的建立及应用

通过收集已有植物挥发性有机物信息,利用MDL ISIS Base化学信息管理系统,构建了植物挥发性有机物数据库;同时,运用Discovery Studio模拟结合板块,对数据库进行了虚拟筛选。该数据库包含2 410个挥发性有机物的分子式、结构式、分子质量、CAS号等基本参数;以斜纹夜蛾普通气味结合蛋白Ⅱ(SlitGOBPⅡ)为靶标,应用此数据库对其进行虚拟筛选并得到6个备选活性化合物,其中泼尼松(prednisone)和SlitGOBPⅡ能够结合成稳定的复合物。植物挥发性有机物数据库的构建,以及Discovery Studio的分子模拟对接技术的应用,可为今后新型农药的研制提供理论依据。

HIV辅助受体CCR5常见小分子抑制剂抑制效果的综合评价

通过系统比较CCR5常见小分子抑制剂的抑制效果,寻找CCR5的优化对接靶点,筛选最优抑制剂,为新型抑制剂的研发提供理论依据。基于Material Studio软件,我们构建了7类29种小分子抑制剂的三维结构,全面模拟了各种抑制剂与CCR5对接的效果;利用分子对接绝对自由能、相对自由能、对接姿态百分比和Lib-Dock综合得分等参数评估小分子抑制剂的抑制效果。研究初步发现,CCR5小分子抑制剂的最优对接位点是第二个胞外环与N末端之间的site4。小分子抑制剂的抑制效果由强到弱排序依次为:抑制剂27(吡咯烷类)、抑制剂8(苯并环庚烯类)、抑制剂12(哌啶类)、抑制剂14(螺环二酮哌啶类)、抑制剂21(4-哌啶-1-丁胺类)、抑制剂5(天然小分子类)和抑制剂17(托品烷类);其研究表明,吡咯烷类抑制剂27可能成为CCR5最优抑制剂候选对象。

基于Discovery Studio软件的本科生创新实验项目设计--卡托普利与血管紧张素转化酶的分子对接

基于Discovery Studio软件高质量的分子三维结构可视化功能和分子对接模拟模块,设计了卡托普利与血管紧张素转化酶的分子对接实验,让学生通过分子对接模拟过程,掌握药物分子结构特征,理解构效关系特征,认识酶抑制剂和靶蛋白的作用机制,了解药物研究新手段。

参与式图书馆:现代图书馆发展模式的新趋势研究

探讨了图书馆和用户之间不断发展的关系,重点研究了从信息用户到信息合作创建者/信息提供者、用户正向馆员转化、以用户为中心的服务模式正在被强化等五个变化,从图书馆2.0、图书馆模式的本质和未来图书馆的发展重点等方面分析了"参与式图书馆"所产生的必然,指出了参与式图书馆建设中的注意事项,最后指出参与式图书馆是现代图书馆未来发展的必然趋势。

HIV-1辅助受体CCR5与其天然配体结合效果的综合评价

【目的】探讨CCR5蛋白与天然配体的结合姿态位置,寻找CCR5的优化对接靶点及与天然配体结合的最优姿态,为HIV-1新型药物研发提供依据。【方法】运用SWISS-MODEL构建天然配体的三维结构,运用Discovery studio软件ZDOCK模块模拟3种天然配体RANTES,MIP-1α和MIP-1β与CCR5对接,分析对接姿态,计算ZDOCK综合得分,评估结合效果优劣。【结果】RANTES、MIP-1α和MIP-1β这3种天然配体主要是在N末端或第二个胞外环与CCR5蛋白结合。并且RANTES较MIP-1α和MIP-1β有更强的抑制作用。【结论】第二个胞外环可能是多肽抑制剂与CCR5结合的主要位点。对于RANTES的分子修饰是未来研发多肽类CCR5抑制剂的首选方向。