结缕草属种质资源EST-SSR遗传多样性分析

本研究以43份不同来源的结缕草属种质为材料,利用表达序列标签-简单重复序列(Expressed Sequence Tag-Simple sequence repeat,EST-SSR)引物对其进行遗传多样性分析。结果表明:从125对EST-SSR引物中筛选出30对能稳定扩增、条带清晰的引物;共检测到124个标记,平均每对引物检测到4个,多态性标记有108个,多态性位点百分率为88.60%;种质间遗传相似性系数为0.530~0.864,平均为0.711;共检测到104个观察等位基因,平均每对引物检测到3个;有效等位基因数范围为0~5,平均为3;Shannon信息指数变化范围为0~1.593,平均为0.940。Nei’s基因多样性指数范围为0~0.793,平均为0.541;在遗传相似性系数为0.800时,利用非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)法将43份种质划分为4个类群,聚类结果与种质地理位置有一定的关联,但联系不紧密。本研究结果表明43份种质的遗传多样性处于上等水平,EST-SSR标记能有效地评价结缕草属种质的遗传差异,为结缕草属种质资源的鉴定评价及分子标记辅助育种提供参考依据。

从棉花ESTs数据库中筛选微卫星标记的初步研究

利用生物信息学方法在含有94709条棉花EST序列的数据库中进行微卫星标记筛选,共发现微卫星序列4396个,占整个EST数据库的4.64%。其中双碱基重复序列1282个、三碱基序列2411个,分别占在EST数据库中发现微卫星序列总数的29.27%和54.8%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物25对,其中24对引物有扩增产物,17对产物条带比较清晰,对这些条带比较清晰的产物作了一系列的分析。

菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析.

基于EST指导的家庭管理模式在手外伤修复术后延续性护理中的应用效果

目的:探究基于生态系统理论(EST)指导的家庭管理模式在手外伤修复术后延续性护理中的应用效果。方法:以某院推行基于EST指导的家庭管理模式的延续性护理方案时间(2022年7月)为分界线,将推行前(2022年1月—2022年6月)的105例手外伤修复术后患者列为对照组,予以常规出院指导及延续性护理,推行后(2022年7月—2023年1月)的103例患者列为观察组,予以基于EST指导的家庭管理的延续性护理。比较2组心理状况[心理弹性量表(CD-RISC)]评分、自我护理能力[自我护理能力量表(ESCA)]评分、自我效能[一般自我效能感量表(GSES)]、日常活动能力[改良Barthel指数(MBI)]及手功能运动情况[手指总主动活动度(TAM)、Jamar握力]。结果:干预6个月后,观察组CD-RISC评分中能力[(20.56±2.79)分]、坚韧性[(17.18±1.47)分]、接受改变[(17.62±1.41)分]、控制[(9.87±1.51)分]、精神影响[(6.98±1.25)分]5个维度评分及总分[(72.21±5.41)分]均高于对照组[(19.23±2.57)分、(16.37±1.71)分、(16.44±1.38)分、(8.18±1.34)分、(5.49±1.28)分、(65.71±5.38)分](P<0.05);观察组ESCA评分中自我护理技能[(36.01±3.18)分]、自我护理责任感[(20.23±2.23)分]、自我护理概念[(25.68±1.91)分]、健康知识水平[(37.11±4.73)分]4个维度评分及总分[(119.03±11.35)分]均高于对照组[(31.58±2.74)分、(17.87±2.17)分、(22.02±2.03)分、(32.99±4.81)分、(104.46±13.38)分](P<0.05);观察组GSES、MBI评分分别为(35.43±4.18)分、(90.05±10.24)分,高于对照组的(32.13±4.44)分、(82.79±10.59)分;观察组TAM和Jamar握力分别为(77.01±12.23)°、(38.23±5.23)kg,高于对照组的(65.58±12.44)°、(30.87±5.17)kg,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:基于EST指导的家庭管理模式在手外伤修复术后延续性护理中应用效果显著,可有效改善患者心理状况、自我护理能力、自我效能及日常活动能力,对手功能运动的恢复具有积极意义。

EST-SSR标记在竹亚科植物纤维资源评价中的应用

开发一批用于竹亚科(Bambusoideae)植物的EST-SSR分子标记,利用其判定样本亲缘关系,结合已有的纤维原料竹种的开发研究数据,给出竹亚科植物纤维资源评价方法与筛选建议。从纤维原料竹种毛竹(Phyllostachys edulis)和早竹(Phyllostachys violascens)转录组中挖掘EST-SSR位点并设计引物,利用PCR-PAGE对50对候选引物进行筛选验证。使用生物信息学软件对条带迁移信息进行处理,得到17份竹样本的亲缘关系。比对近缘种在文献中的竹纤维数据,得出竹亚科植物纤维资源评价方法和筛选建议。结果表明,筛选出14对高通用性和多态性引物;有6对竹样本有较近的亲缘关系,且亲缘关系较近的品种,其竹纤维性能也较为相似。得出结论,在开发竹亚科植物纤维原料新品种时,可以从备选品种中,优先考虑纤维性能优良的品种的近缘种。

水稻抗白叶枯病基因Xa23的EST标记及其在分子育种上的利用

用水稻抗白叶枯病基因Xa23的近等基因系CBB23与其感病轮回亲本JG30杂交,构建了包含2562个单株的F2作图群体。抗性鉴定表明,F2植株抗感分离比严格符合3∶1。根据日本水稻基因组计划RGP的数据,筛选并合成12个EST标记的引物,进行亲本间多态性检测,找到2个在CBB23与JG30间有多态性的EST标记,C189和CP02662。用该标记对F2群体中的571个感病单株进行分子检测和连锁分析,结果表明这两个EST标记位于Xa23基因的两侧,C189靠着丝粒一侧,与Xa23的遗传距离为0.8cM;CP02662靠端粒一侧,与Xa23的遗传距离为1.3cM。将C189成功用于水稻分子育种实践,标记辅助选择的正确率接近100%,已培育出3个将Xa23基因与高产、优质、抗褐飞虱等性状聚合的水稻恢复系。

从小麦EST序列中开发新的SSR引物

小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs分别为 34条 (7 7% )和 347条 (78 0 % )。利用这些SSR ESTs序列共设计 135对cSSR引物 ,其中 82对在小麦上有扩增产物 ,占所设计引物总数的 6 0 8%。利用小麦缺体 四体 ,32对cSSR引物被定位到小麦除 2D、4B和 4D外的 18条染色体上。

香蕉EST-SSRs标记的开发与应用

从NCBI搜索的2282条香蕉EST中，发掘出含有SSR的EST序列110条，共有122个SSR位点，检出率为5.3％。SSR位点可分为37种重复单元，平均长度为20bp，其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位，分别占总SSR的33．1％和47．6％。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型，分别占二、三核苷酸重复类型的75．7％和36．0％；其他重复类型所占比例均不足10％，而四核苷酸重复类型最少，为4．0％。设计的63对EST-SSRs引物中，有41对EST-SSRs引物对巴西蕉基因组DNA能扩增出产物，占总引物数的65．1％。应用进一步筛选出的重复性好、多态性高的19对引物对49个香蕉品种（系）进行PCR扩增。每对51物扩增的多态性带数目为4～12个，平均7．58个；引物多态信息量变化范围为0．3572．0．8744，平均0．7324。在相似系数为0．63的水平可将49个品种聚为2个类群：一类为含B基因组香蕉品种；另一类为不合B基因组的香蕉品种，表明EST-SSR引物可以应用于香蕉品种资源分类的研究。

植物EST-SSR技术及其应用

EST是指从EST cDNA文库中随机挑取克隆进行单轮自动测序所获得的短的、常常是未加编译的cDNA序列。目前,大约有200种植物共超过1500多万条的EST的序列,研究表明对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究的最佳途经之一。分析和比较EST序列就可以得到关于基因的表达、功能及进化信息,利用大量的EST序列已经成为发现新基因及了解植物新陈代谢一种简便有效的方法。通过介绍基于植物表达序列标签(EST)的微卫星(SSR)标记的研究现状,并对一些植物中利用EST-SSR标记在遗传图谱构建、遗传多样性、通用性等方面的应用进行了综合评述。同时也提出利用EST存在的一些不足及发展趋势。

牙鲆EST资源的SSR信息分析

应用生物信息学方法,对牙鲆EST-SSRs的分布频率及碱基重复特点进行了归纳与分析。结果表明,5 927条牙鲆非冗余EST序列通过在线搜索共检索出471个SSRs,分布于390条EST中,出现频率为7.95%,平均分布距离为7.9 kb。包括了112种重复基元,其中二核苷酸重复基元占主导地位,占总SSR的59.02%。AC是二核苷酸中的优势基元,占二核苷酸重复类型的16.91%。三核苷酸重复基元、四核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元分布比较分散,三核苷酸重复基元中GAG数量最多,但仅占三核苷酸重复类型的7.26%。研究结果为牙鲆EST-SSR标记的开发及应用奠定了理论基础。

基于差减cDNA文库EST信息的月季花香突变体SSR标记的开发

在前期月季花香突变体差减文库EST序列信息的工作基础上,文章开发出新的与花香相关的SSR标记。从正反向差减文库391条EST中检索到10条含有10个SSR的序列,SSR的检出率为2.6%,EST-SSR的重复基元共搜索到10种。利用部分EST-SSRs序列设计了6对SSR引物,以花香突变体‘往日情怀’及其野生型‘金银岛’DNA为模板,对引物进行筛选,5对引物有扩增条带,其中3对引物有特异性扩增条带。同时利用这些可扩增的引物对典型芳香和无香两组月季栽培品种进行多态性检测,发现这5对引物均显示多态性。表明所建立的SSR标记是一种可行而有效的方法。

基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸（68.8%）,在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多（46%）;在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多（43%）。基序重复次数以4次（17.8%）、7次（15.3%）和11次（14.9%）为最多。长度主要分布在20~30 bp（76%）。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%。结果表明：利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法。

应用nested和touch down PCR技术分离牦牛CAPN1大亚基基因EST

钙激活中性蛋白酶1(CAPN1)基因是影响肉嫩度的侯选基因。根据GeneBank中已公布的CAPN1基因cDNA序列设计同源PCR引物,通过RT,nested和touch-downPCR技术从牦牛肌肉组织总RNA中分离目的序列,与pGEM-T-easy载体连接后转化DH5α感受态菌株,通过PCR扩增、限制性酶切和测序分析鉴定阳性克隆。分离到的基因片段为牦牛CAPN1大亚基的部分编码序列,在GeneBank中的注册号为AY197555,与奶牛、人、食蟹猴、小鼠、绵羊以及大鼠相应序列的同源性分别为98%,89%,89%,83%,96%和81%,在不同物种之间具有较强的保守性。CAPN1基因EST的分离为进一步研究牦牛CAPN1基因奠定了基础。此研究表明,在总RNA质量不理想的情况下,同时采用这2种技术可以较大限度地获取目的序列。

叶蝉EST资源的微卫星信息分析

【目的】分析叶蝉EST序列信息，为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础。【方法】利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计，并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计，开发出SSR标记。【结果】11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb。按照引物筛选设定的参数，筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列，占总EST序列的17．6％；其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物，平均间距为2．63kb。在2～5个核苷酸重复中，3个核苷酸重复为优势基序，占总基序的77．3％，尤以AAT类最丰富，占3个核苷酸重复总数的40．7％；双核苷酸重复中，AG类所占的比例最大，为39．1％。【结论】从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物，以3个核苷酸重复基序所占比重最大。

植物EST-SSR标记开发及其应用

随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)已经成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SSR标记的计算机开发新策略进行了展望。

基于EST-SSR分子标记的萱草亲缘关系分析

萱草是极具观赏价值的多年生宿根草本植物,在我国具有悠久的栽种历史。为了探明36个萱草品种间的亲缘关系,利用毛细管电泳荧光标记技术对36个萱草品种进行了EST-SSR分子标记检测,利用11对多态性良好的引物对36份供试萱草材料进行PCR扩增。结果显示:11对引物共获得40个多态性位点,样本平均有效等位基因数为2.58个,平均Shannon多样性指数为1.00,平均期望杂合度为0.57,平均观察杂合度为0.52;以遗传距离矩阵为分析对象,36个萱草品种间的遗传距离为0.05~0.70,利用NTSYS软件按UPGMA法聚类结果显示,遗传距离0.48为阈值时,36种萱草品种分为2个大类,遗传距离0.414为阈值时,可进一步将第1大类分为4个亚类。综上,供试的36个萱草品种之间具有较高的遗传多样性和较为丰富的遗传背景,为今后培养萱草优良新品种提供了一定的理论依据。

基于EST理念的中职《成本会计》课程混合式教学策略研究

《成本会计》作为中职会计电算化专业中理论性较高、理解力较难的课程,在学生学习、教师教学等诸多方面都存在一定的问题,一直是教学改革的重点。文章借助EST教学理念和方法,在教学目标、教学方法、课程考核、课程评价等方面提出了实践性较强的教学策略,重在深化课程深度、课堂饱和度和学业紧张度持续改革,以构建《成本会计》课程混合式教学实践能力创新模式。

EST-SSR标记在蔬菜作物中的开发和应用进展

EST-SSR标记是根据表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列而开发的新型分子标记,与传统的基因组SSR相比具有开发费用相对较低、快捷获取基因表达信息、物种间通用性好等突出优点,尤其适用于未完成基因组测序的作物。本文对近年来蔬菜作物中EST-SSR标记的开发和应用进展进行了简述与展望,以期推动EST-SSR标记在蔬菜作物中的进一步应用。

陆地棉耐盐相关EST-SSR以及EST-InDel分子标记的开发

随着棉花基因组学、转录组学等重要学科的快速发展,针对候选基因进行序列多样性分析,开发基于候选基因的分子标记,将能够极大推进棉花分子育种研究。本研究利用高通量的测序技术对耐盐陆地棉品种Miscott 7913-83和盐敏感品种苏棉12盐胁迫前后根、叶总RNA的混样进行了转录组测序,对不同盐处理时期Miscott 7913-83和苏12根和叶分别进行表达谱分析。获得3232条盐胁迫下差异表达基因;基于差异表达基因利用生物信息学手段大规模开发了SSR以及In Del等分子标记;随机选择了部分SSR及In Del引物进行验证,进一步证实了分子标记的准确性。本研究为快速开发陆地棉品种间多态性分子标记提供了高效可行的分析方法,通过开发陆地棉耐盐相关功能标记,以期用于分子标记辅助育种改良陆地棉耐盐性。

EST理论框架下的混合式教学模式研究——以多元统计分析课程为例

概述EST理论框架的核心要素及其对混合式教学模式的指导意义,分析当前多元统计分析课程的教学现状与存在问题,如资源分散、学生参与度低、实践不足等问题。基于EST理论,提出多项改进措施,包括强化教学资源的有效整合、构建沉浸式学习体验、强化实践教学环节,以及构建全面的教学评价体系,旨在提升多元统计分析课程的教学效果,培养学生的创新思维与实践能力,为其未来的学术与职业发展奠定坚实基础。