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生牛乳中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌全基因组序列分析
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作者 蔡丽娜 尚伟 +1 位作者 陆琼 李超敏 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第20期103-110,共8页
目的了解生牛乳中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)的全基因组序列特征,分析其耐药基因和毒力基因的分子特征差异。方法采用全自动微生物鉴定药敏分析仪进行细菌鉴定;通过肉汤微量稀释法进... 目的了解生牛乳中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)的全基因组序列特征,分析其耐药基因和毒力基因的分子特征差异。方法采用全自动微生物鉴定药敏分析仪进行细菌鉴定;通过肉汤微量稀释法进行药物敏感性检测;利用生物信息学工具对全基因组测序结果进行分子特征分析。结果SJ23319菌株和SJ23506菌株经鉴定均为MRSA;SJ23319菌株耐药谱为OXA-PEN-FOX,SJ23506菌株耐药谱为OXA-PEN-FOX-CC,耐药基因分析结果显示两个菌株均携带耐药基因mecA和blaZ,这与耐药表型结果基本一致;2个菌株染色体基因组大小、结构和功能蛋白相似,SJ23319菌株为ST59-t437-SCCmecIVa型,SJ23506菌株为ST398-t034-SCCmecV(5C)型;2个菌株功能蛋白均分布于21个直系同源簇(cluster of orthologous group,COG)条目中,携带13种相同的耐药基因,SJ23319菌株还携带有四环素类耐药基因tet(K);2个菌株携带毒力基因多达67种,SJ23319菌株携带更多的细菌黏附相关基因(fnbA/B、sdrD/E)和外毒素基因(Seb、Selk、Selq、set16-26)。结论SJ23319(ST59)菌株比SJ23506(ST398)菌株携带更多的耐药基因和毒力基因,致病性更强,进一步证明在牲畜相关的MRSA(livestock-associated MRSA,LA-MRSA)菌株中,ST59型比ST398型更容易导致社区流行和感染,应当在MRSA流行监测中更加重视。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 全基因组序列 抗生素耐药基因 毒力基因 生牛乳
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新根瘤菌属模式菌株全基因组序列比较分析
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作者 龙永 李彦生 +3 位作者 韩庆庆 毛梦凡 高利正 于镇华 《土壤与作物》 2024年第3期359-370,共12页
新根瘤菌属(Neorhizobium)隶属于根瘤菌科(Rhizobiaceae),目前有效发布了8个种。为了探究该属下不同模式菌株的全基因组分子机理和遗传特征,本文采用Prodigal等软件对这8个模式菌株的全基因组序列进行基因预测、功能注释和系统发育分析... 新根瘤菌属(Neorhizobium)隶属于根瘤菌科(Rhizobiaceae),目前有效发布了8个种。为了探究该属下不同模式菌株的全基因组分子机理和遗传特征,本文采用Prodigal等软件对这8个模式菌株的全基因组序列进行基因预测、功能注释和系统发育分析,并在此基础上进行了基因组比较分析。基因组预测结果显示,这8个模式菌株的CDS(Coding Sequences)数量为4471~6669个,GC含量在60.0%至61.6%之间,rRNA数量为3至9个,tRNA数量为43至51个。通过比较基因组分析发现,所有菌株共享的直系同源基因簇有2563个,独立拥有的基因簇数量少。通过平均核苷酸一致性(ANI)、数字DNA-DNA杂交(dDDH)和系统发育树的分析,发现菌株CCBAU 05176^(T)和菌株T17_20^(T)具有最高的同源性,而菌株T786^(T)和NTR19^(T)的遗传距离最远。COG(Cluster of Orthologous Groups of Proteins)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类的比较分析显示,注释的基因功能整体差异较小,但在SL-1T中,异种生物的生物降解和代谢的注释比例和数量明显高于其他模式菌株。本研究为新根瘤菌属的系统分类以及在生态系统中的应用奠定了理论基础。 展开更多
关键词 新根瘤菌属 模式菌株 全基因组序列 比较基因组分析
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福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析 被引量:18
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作者 谢剑锋 沈晓娜 +11 位作者 王美爱 张拥军 吴冰珊 陈炜 王金章 修文琼 朱莉莉 杨式芹 陈端 翁育伟 郑奎城 严延生 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期745-748,809,共5页
目的分离甲型H1N1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核... 目的分离甲型H1N1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A/Fujian/01/2009(H1N1)进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60.98%。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明:该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A/Swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD-CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感 病毒分离 全基因组序列 序列分析 进化树
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猪II型圆环病毒全基因组序列分析及其ORF1和ORF2基因的克隆与表达 被引量:16
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作者 韩凌霞 陈艳 +3 位作者 崔尚金 王云峰 仇华吉 童光志 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期10-13,共4页
猪II型圆环病毒(PCV_2)的2个主要开放阅读框ORF1和ORF2分别编码病毒的复制酶Rep和结构蛋白Cap。本试验将分离株L株病毒感染PK15细胞系,提取总DNA并以其为模板,通过PCR分别扩增了全病毒基因组、完整的Rep和Cap基因,并克隆到pMD18T载体中... 猪II型圆环病毒(PCV_2)的2个主要开放阅读框ORF1和ORF2分别编码病毒的复制酶Rep和结构蛋白Cap。本试验将分离株L株病毒感染PK15细胞系,提取总DNA并以其为模板,通过PCR分别扩增了全病毒基因组、完整的Rep和Cap基因,并克隆到pMD18T载体中,进行了序列测定。将Rep和Cap基因亚克隆到大肠杆菌表达载体pPROEXTMHT中,以融合蛋白的形式表达了这两种蛋白。根据文献报道,致病性的PCV_2与无致病性的PCV1的型特异性抗原决定簇主要位于Cap基因的羧基端部分,本实验利用原核表达载体pGEX_6p_1融合表达了Cap基因羧基端423bp的片段。通过薄层扫描各重组菌诱导表达产物的SDS_PAGE结果,重组质粒pPRO_Cap和pPRO_Rep以及pGEX_ΔCap的外源基因表达量分别占总菌体总蛋白的15.1%、30.4%和19.6%。将表达的三种蛋白作为抗原,通过酶联免疫吸附试验分别与PCV_2阳性猪血清和SPF猪血清进行了反应,pGEX_ΔCap表达的蛋白(Cap蛋白的羧基端部分)抗原反应性最强,这表明截短的Cap蛋白羧基端部分将是一个良好的诊断PCV_2感染用候选抗原。 展开更多
关键词 PCV-2 诊断抗原 猪II型圆环病毒 全基因组序列分析 ORFl基因 ORF2基因 基因克隆 基因表达
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乌龟线粒体全基因组序列和结构分析 被引量:9
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作者 蒲友光 彭巧玲 +1 位作者 王志方 聂刘旺 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第4期691-696,共6页
龟鳖类同其它类群脊椎动物的系统进化关系一直存在争论。为进一步从分子水平上探讨这一问题,本文参照近源物种的线粒体基因组,设计了16对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得了乌龟线粒体基因组全序列。结果表明:乌龟线粒体基因组序列全... 龟鳖类同其它类群脊椎动物的系统进化关系一直存在争论。为进一步从分子水平上探讨这一问题,本文参照近源物种的线粒体基因组,设计了16对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得了乌龟线粒体基因组全序列。结果表明:乌龟线粒体基因组序列全长16576bp,包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区。乌龟线粒体基因组结构和基因排列顺序与其它龟鳖类相同,在“WANCY区”包含一个“stemloop”结构,ND3基因174位点存在一个额外插入的腺苷酸(A)。本文通过比较分析结构基因在主要脊椎动物类群中的排列顺序。 展开更多
关键词 乌龟 线粒体基因组 基因定位 序列分析 全基因组序列 结构分析 系统进化关系 脊椎动物 基因组序列 RRNA基因
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血管瘤相关J亚群禽白血病病毒ZH-08株的分离与全基因组序列测定 被引量:10
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作者 张小桃 史伟伟 +4 位作者 刘红波 张贺楠 廖明 辛朝安 曹伟胜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期193-199,共7页
本研究从临床表现为典型血管瘤型禽白血病病例的广东某肉种鸡场的病鸡中,分离到1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为ZH-08。利用ELISA抗原检测、PCR和间接免疫荧光试验对分离株进行鉴定,结果都呈阳性。依据ALV-J原型株HPRS-103前病毒全... 本研究从临床表现为典型血管瘤型禽白血病病例的广东某肉种鸡场的病鸡中,分离到1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为ZH-08。利用ELISA抗原检测、PCR和间接免疫荧光试验对分离株进行鉴定,结果都呈阳性。依据ALV-J原型株HPRS-103前病毒全基因组序列设计并合成3对引物,采用分段扩增的方法完成了分离株的全基因组序列测定。结果显示该分离株基因组序列全长7 597 bp,与已公开的全基因组序列大小比较略有差异,但符合典型的复制完全型反转录病毒的基因组结构,基因序列中不含已知致癌基因。将该分离株的亚群特异性gp85基因序列与国内外各参考株相应序列进行相似性比较,发现ZH-08与YZ9901株相似性最高(93.7%)。基于gp85核苷酸序列的系统进化分析表明:ZH-08株与SD07LK1株的亲缘关系最近。本研究为该毒株的生物学特性以及致病机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 血管瘤 J亚群禽白血病病毒 全基因组序列 gp85
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基于香菇全基因组序列开发的部分SSR标记多态性分析与品种鉴定初探 被引量:18
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作者 张丹 巫萍 +5 位作者 章炉军 唐利华 宋春艳 尚晓冬 鲍大鹏 谭琦 《食用菌学报》 北大核心 2012年第4期1-10,共10页
利用香菇(Lentinula edodes)全基因组序列信息开发的35个香菇SSR(simple sequence repeat)分子标记用于中国25个香菇品种的鉴定。所选SSR标记共检测出174个条带,各引物检测到的条带数量变化范围为2~12。筛选出的7对SSR引物组合显示了... 利用香菇(Lentinula edodes)全基因组序列信息开发的35个香菇SSR(simple sequence repeat)分子标记用于中国25个香菇品种的鉴定。所选SSR标记共检测出174个条带,各引物检测到的条带数量变化范围为2~12。筛选出的7对SSR引物组合显示了良好的品种特异性鉴定能力,可以有效地鉴定部分国审香菇品种。 展开更多
关键词 香菇 全基因组序列 SSR 品种鉴定
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两株不同宿主来源的基因VII型新城疫病毒的生物学特性比较及全基因组序列分析 被引量:8
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作者 刘开春 孟春春 +7 位作者 陈素娟 仇旭升 李仕超 孙英杰 谭磊 宋翠萍 彭大新 丁铲 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期89-92,共4页
为研究不同宿主来源的新城疫病毒(NDV)的生物特性及分子特征,本研究比较了两株(Ch/CH/SD/2008/128和Du/CH/SD/2009/134)同属ClassⅡ基因VII型的NDV分离株的生物学特性,并采用RT-PCR方法扩增及测定两株病毒的全基因组序列。结果显示,两... 为研究不同宿主来源的新城疫病毒(NDV)的生物特性及分子特征,本研究比较了两株(Ch/CH/SD/2008/128和Du/CH/SD/2009/134)同属ClassⅡ基因VII型的NDV分离株的生物学特性,并采用RT-PCR方法扩增及测定两株病毒的全基因组序列。结果显示,两株病毒对雏鸡具有相同的高致病性,但鸡源分离株Ch/CH/SD/2008/128对雏鸭致死率高达70%,而鸭源分离株Du/CH/SD/2009/134对雏鸭致死率仅为20%。全基因组序列比较分析显示:两株病毒的基因组长度均为15 192 nt,裂解位点为112RRQKQF117,属于典型的强毒特征,并且两者之间同源性超过96%。Ch/CH/SD/2008/128的F和HN蛋白中某些氨基酸位点与其他VII型病毒存在差异,这可能是导致该病毒对鸭具有高致病性的原因。结果表明两株不同宿主来源的ClassⅡ基因VII型NDV在遗传信息方面差异不大,但对鸭的致病力具有明显差异。 展开更多
关键词 新城疫病毒 全基因组序列 宿主 致病性
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痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析 被引量:15
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作者 刘红 杨帆 +18 位作者 张笑冰 张继瑜 杨国威 董杰 薛颖 侯云德 袁正宏 闻玉梅 徐建国 陈洪松 马大龙 王宇 杨剑 沈岩 强伯勤 吴洪涛 贺秉坤 吕渭川 金奇 《中国工程科学》 2002年第10期40-47,共8页
福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 ... 福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中 展开更多
关键词 福氏2a志贺菌301株 全基因组序列 测定 痢疾岛 毒力岛 痢疾杆菌 痢疾传染病
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猪流行性腹泻病毒变异株(CH/YNKM-8/2013)的分离鉴定和全基因组序列分析 被引量:7
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作者 吴美洲 陈芳洲 +3 位作者 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期93-99,共7页
为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序... 为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序列(GenBank登录号为KF761675.1)。该毒株S基因N端比CV777毒株S基因的N端长9bp,包括15bp的插入和6bp的缺失,表明CH/YNKM-8/2013为变异毒株。同源性分析显示,该毒株的基因组序列与我国广东2011年分离毒株LC的同源关系最近,相似性为99.6%,与韩国毒株KNU-1305和美国毒株USA/Minnesota84/2013的序列相似性均为99.0%,而与CV777疫苗毒株的相似性较低,为96.7%。序列进化树分析表明该毒株和我国新近毒株、韩国及美国的变异毒株进化关系较近,而与我国之前流行的PEDV毒株以及疫苗毒株CV777处于不同分支。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 变异毒株 分离 鉴定 全基因组序列分析
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甘薯羽状斑驳病毒O株系和RC株系中国分离物全基因组序列分析及其遗传特征 被引量:4
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作者 秦艳红 王永江 +4 位作者 王爽 乔奇 田雨婷 张德胜 张振臣 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2207-2218,共12页
【目的】对甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中国分离物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中国分离物(SPFMV-RC-Ch1)的基因组全序列进行克隆,明确SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因组结构特征及其遗传变异情况,为... 【目的】对甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中国分离物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中国分离物(SPFMV-RC-Ch1)的基因组全序列进行克隆,明确SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因组结构特征及其遗传变异情况,为研究甘薯羽状斑驳病毒的致病机制打下基础。【方法】根据GenBank中登录的SPFMV基因组全序列设计2对简并引物和3对特异性引物,利用RT-PCR方法,从感染SPFMV的甘薯叶片中扩增SPFMV O株系和RC株系中国分离物的基因组全长序列,将目的片段分别克隆到pMD19-T载体上,经序列测定、分析和拼接,获得SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的全序列,利用DNAMAN和MEGA7对SPFMV基因组全序列及不同编码区序列进行遗传变异和系统进化树分析,利用RDP软件分析SPFMV基因组重组情况。【结果】经序列测定和拼接,结果表明SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1基因组分别包含10922和10851 nt,均包含一个开放阅读框,分别由10557和10482 nt组成,编码一个多聚蛋白,分别由3518和3493个氨基酸残基组成。两个分离物均在P1蛋白内编码一个P1N-PISPO蛋白,在P3蛋白内编码一个P3N-PIPO蛋白。基因组全序列核苷酸一致性分析表明,SPFMV-O-Ch1与SPFMV-RC-Ch1的一致性为87.3%,与GenBank登录的其他分离物基因组全序列一致性为86.0%—95.8%,与Ruk73分离物的一致性最高,为95.8%,与11-1分离物的一致性最低,为86.0%。SPFMV-RC-Ch1与GenBank登录的其他分离物基因组全序列一致性为85.9%—98.7%,与IS90分离物的一致性最高,为98.7%,与Aus1-2B分离物的一致性最低,为85.9%。基于多聚蛋白基因核苷酸序列的遗传进化树分析表明,SPFMV-O-Ch1与Ordinary、10-O和17-O等O株系的分离物形成一个分支,SPFMV-RC-Ch1与S、IS90和CW137等RC株系的分离物形成一个分支。重组分析结果表明,O-Ch1分离物中发现3个重组事件,分别发生在7731—9710、135—10012和4825—6948 nt,RC-Ch1没有发现重组事件。【结论】我国的SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1分离物的基因组结构与其他分离物相同,O-Ch1与O株系分离物一致性较高,RC-Ch1与RC株系分离物一致性较高,O-Ch1分离物检测到3个重组事件,RC-Ch1未发现重组事件。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 株系 全基因组序列 遗传变异 重组分析
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江西省高安市两株汉城病毒分离鉴定及全基因组序列分析 被引量:4
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作者 刘师文 张艳妮 +5 位作者 肖芳 周珺 刘晓庆 熊英 吴杨博文 龚甜 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期102-107,共6页
目的对2021年江西省高安市采集的鼠肺样本进行肾综合征出血热汉坦病毒分离鉴定及全基因组序列进行分析。方法采用Vero-E6细胞分离肾综合征出血热汉坦病毒,采用实时荧光RT-PCR法和直接免疫荧光法对分离株进行鉴定,采用高通量测序技术对... 目的对2021年江西省高安市采集的鼠肺样本进行肾综合征出血热汉坦病毒分离鉴定及全基因组序列进行分析。方法采用Vero-E6细胞分离肾综合征出血热汉坦病毒,采用实时荧光RT-PCR法和直接免疫荧光法对分离株进行鉴定,采用高通量测序技术对分离株进行全基因组测序,采用CLC、MEGA7.0等软件对基因组序列进行分析。结果从褐家鼠和罗赛鼠各分离到1株汉城病毒(Seoul orthohantavirus,SEOV),分别命名为GAW30/2021、GAW50/2021。2株分离株的3个基因片段大小相同,每个基因编码区长度一致。分离株S、M、L基因分别含1773、3651、6530个核苷酸,分别编码429、1133、2151个氨基酸。2株分离株3个基因核苷酸序列同源性分别为99.7%、99.0%、99.4%、氨基酸序列同源性分别为99.8%、99.7%、99.9%。2株分离株与国内外SEOV参考株全基因组核苷酸同源性为84.3%~94.9%,氨基酸同源性为96.1%~99.8%,在系统进化树上独立分枝。2株分离株与SEOV疫苗株基因组氨基酸同源性为97.6%~99.1%;核蛋白和糖蛋白免疫表位氨基酸序列与疫苗株一致。结论首次在江西省高安市鼠肺样本中分离到2株SEOV变异株,目前疫苗对变异株仍具有保护力。 展开更多
关键词 汉城病毒 病毒分离与鉴定 全基因组序列 疫苗
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一株鸭源H4N6亚型禽流感病毒A/duck/Shanghai/Y20/2006的全基因组序列测定及遗传演化分析 被引量:5
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作者 杨德全 葛菲菲 +4 位作者 刘健 鞠厚斌 王建 刘佩红 周锦萍 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第4期815-822,共8页
为了解鸭源H4N6亚型禽流感病毒A/duck/Shanghai/Y20/2006(DK/SH/Y20/06)的来源、特征及其分子演化规律,进一步丰富水禽流感病毒的基因库,对该病毒8个基因片段分别进行了扩增和序列测定,利用分子生物学软件对测序结果进行序列分析,并与Ge... 为了解鸭源H4N6亚型禽流感病毒A/duck/Shanghai/Y20/2006(DK/SH/Y20/06)的来源、特征及其分子演化规律,进一步丰富水禽流感病毒的基因库,对该病毒8个基因片段分别进行了扩增和序列测定,利用分子生物学软件对测序结果进行序列分析,并与GenBank登录的相关病毒进行了遗传演化分析。结果表明,DK/SH/Y20/06的HA基因切割位点附近的氨基酸序列(PEKASR↓GLF)符合低致病力AIV的特征,其分子遗传演化关系属于欧亚分支;NA基因与A/mallard/Yanchen/2005(H4N6)在同一分支内,核苷酸序列同源性为98.3%;而PB2、PB1、NP、PA基因与目前在国内流行的H6亚型禽流感病毒关系密切;M基因与A/environment/Korea/CSM05/2004(H3N1)处于同一分支;而NS基因与A/wild duck/Korea/YS44/2004(H1N2)同源性最高。且DK/SH/Y20/06的8个基因与美洲H4N6亚型AIV分离株均不处在同一遗传进化分支上,相互之间遗传关系较远。可见,DK/SH/Y20/06可能是由H4N6、H6N2、H6N5、H3N1和H1N2等不同亚型来源的基因在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒。 展开更多
关键词 鸭源禽流感病毒 H4N6亚型 全基因组序列 遗传演化分析 基因重组
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柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析 被引量:6
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作者 黄学勇 许玉玲 +3 位作者 李幸乐 晁灵 陈豪敏 许汴利 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2011年第6期868-871,共4页
目的:了解柯萨奇病毒B5(CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系。方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析。结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7401b... 目的:了解柯萨奇病毒B5(CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系。方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析。结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7401bp。与原型株Faulkner相比,编码区氨基酸同源性为95.6%,核苷酸同源性为79.9%,其中VP4-VP2核苷酸差异为17.8%~20.4%,VP1核苷酸差异为19.5%,P2、P3核苷酸差异分别为19.5%、21.7%。不同型别肠道病毒间VP4-VP2核苷酸差异为14.4%~34.9%,VP1核苷酸差异为18.3%~42.3%,P2、P3核苷酸差异为17.1%~21.0%、15.5%~22.6%。结论:与原型株相比,CoxB5/Henan/2010株编码区发生沉默突变,其核苷酸变异并不影响氨基酸序列的变化;肠道病毒基因组各分区在进化中不同步。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B5 全基因组序列 基因特征
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一株高度变异的中国SV40分离株的全基因组序列分析 被引量:4
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作者 严冬梅 张勇 +3 位作者 赵溯 李兆祥 黄文丽 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期11-16,共6页
对SV40中国云南分离株YNQD38进行了全基因组核苷酸序列测定。覆盖了整个基因组的9个重叠的基因片段被扩增和测序,与其它SV40株进行了序列比对并基于全基因序列建立了遗传进化树。结果显示:基因组全长5125bp,基因组构成与其它SV40毒... 对SV40中国云南分离株YNQD38进行了全基因组核苷酸序列测定。覆盖了整个基因组的9个重叠的基因片段被扩增和测序,与其它SV40株进行了序列比对并基于全基因序列建立了遗传进化树。结果显示:基因组全长5125bp,基因组构成与其它SV40毒株相似,均有6个开放读码框架和1个调控区。YNQD38与已被证实高度保守的其它SV40比,全基因组核苷酸同源性仅为91.0%。在SV40的保守区VP1、VP2、VP3、小t抗原(t—ag)和部分大T抗原(不包括大T抗原C末端)区,YNQD38与其它SV40之间核苷酸同源性分别为90.7%~91.1%、91.7%~92.0%、90.2%~90.8%、92.8%~93.3%、88.5%~89.7%。在SV40的可变区大T抗原C末端(T—ag—C)编码区,YNQD38同源性更低,仅为65.7%~74.3%。YNQD38发生在保守区的核苷酸变异多为无义突变,而发生在变异区的核苷酸变异多为有义突变。YNQD38的调控区缺少一个完整的72bp增强子,这种特别的调控区的结构以前未见报道。基于整个基因组构建的进化树显示该株病毒形成了一个独特的组。以上结果表明YNQD38是目前报道的SV40中变异最大的一株,而且也是第一株被完整测序的SV40中国株。这个报道不仅为SV40中国株的基础研究提供了一个完整清楚的分子生物学资料,还对这样一株高度变异的SV40能否成为人类致病因子进行了初步探讨。 展开更多
关键词 SV40 全基因组序列测定 高度变异
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牛乳头瘤病毒基因1型贵州GZLZ流行株全基因组序列测定及分析 被引量:4
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作者 张海 张军 +7 位作者 杨忠成 廖梅 周碧君 王开功 文明 程振涛 王伟 胡兴义 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期755-757,共3页
为了解牛乳头瘤病毒(BPV)GZLZ流行株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,本研究首先提取贵州六枝患病牛皮肤肿瘤样品DNA,以BPV L1基因的简并引物对其进行PCR扩增,测序并构建BPVL1基因进化树确定其为BPV1基因型。根据GenBank中BPV1参... 为了解牛乳头瘤病毒(BPV)GZLZ流行株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,本研究首先提取贵州六枝患病牛皮肤肿瘤样品DNA,以BPV L1基因的简并引物对其进行PCR扩增,测序并构建BPVL1基因进化树确定其为BPV1基因型。根据GenBank中BPV1参考株设计7对特异性引物,经扩增、测序、拼接后获得BPV流行株全基因组序列。序列分析显示,贵州六枝GZLZ流行株基因组全长为7 946 bp,具有BPV1基因型的结构特征。本研究为贵州地区的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律以及科学的防控提供依据。 展开更多
关键词 牛乳头瘤病毒基因1型 全基因组序列 序列分析
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公共核酸数据库乙肝病毒全基因组序列概况和中国HBV参照序列的建立 被引量:20
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作者 吴光华 丁惠国 曾长青 《自然科学进展》 北大核心 2008年第2期121-129,共9页
截至2007年1月,世界三大核酸数据库(GenBank,EMBL,DDBJ)库中已经登录来自46个国家和地区的HBV全基因组的8种基因型近900条序列.文中对公共核酸数据库中现有的HBV全部基因组序列进行了统计分析并从基因型的地理分布及其临床特征等方面进... 截至2007年1月,世界三大核酸数据库(GenBank,EMBL,DDBJ)库中已经登录来自46个国家和地区的HBV全基因组的8种基因型近900条序列.文中对公共核酸数据库中现有的HBV全部基因组序列进行了统计分析并从基因型的地理分布及其临床特征等方面进行了评述,为进一步研究病毒与宿主的关系,以及HBV的人群分布和进化历史提供帮助.同时,通过系统进化分析对所有登录的229条中国地区HBV全基因组序列及其课题组新近完成的59条全基因组序列进行了基因分型,并根据这些序列建立了中国地区B基因型和C基因型的参照序列,为中国地区HBV的突变研究提供了DNA序列参照体系.此外,对于目前不同数据库信息内容和登录情况进行了分析,提出全面结合宿主临床信息和HBV基因组信息研究的建议. 展开更多
关键词 公共核酸数据库 HBV全基因组序列 基因 中国地区 参照序列
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猪圆环病毒2型10JS-2株的分离与全基因组序列分析 被引量:4
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作者 蔡林 胡冬梅 +8 位作者 李晓霞 汪葆玥 韩雪 倪建强 周智 遇秀玲 翟新验 王文良 田克恭 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第7期6-10,共5页
本试验从江苏某猪场采集猪血清,进行猪圆环病毒2型(PCV2)的检测和分离,根据GenBank中登录的PCV2全基因组序列,设计1对特异性引物,扩增PCV2全基因组,并且进行序列测定和分析。发现一株PCV2 10JS-2的基因组全长为1779nt,在病毒复制起始区... 本试验从江苏某猪场采集猪血清,进行猪圆环病毒2型(PCV2)的检测和分离,根据GenBank中登录的PCV2全基因组序列,设计1对特异性引物,扩增PCV2全基因组,并且进行序列测定和分析。发现一株PCV2 10JS-2的基因组全长为1779nt,在病毒复制起始区域含有11个碱基的插入。在GenBank中对含有11个碱基插入的毒株序列进行BLAST发现,有两株PCV2(AY321993和EF565360)也有11个碱基的插入,但是与10JS-2比较,插入的碱基和插入的位置不同。遗传进化分析显示10JS-2属于PCV2a基因型,AY321993和EF565360属于PCV2b基因型,因此推断10JS-2可能是由PCV2a基因型的毒株在复制起始区域发生碱基插入形成的。这是首次发现此类PCV2毒株。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分离 全基因组序列 序列分析
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蚕豆萎蔫病毒2号山西分离株的全基因组序列测定与分析 被引量:6
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作者 牛颜冰 赵欣 +1 位作者 赵慧琪 张西梅 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期927-932,共6页
本试验在生物学接种的基础上,利用非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)对感病青椒(Capsicum annuum)进行了分子鉴定.序列测定及分析发现,侵染青椒的病毒为蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV2... 本试验在生物学接种的基础上,利用非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)对感病青椒(Capsicum annuum)进行了分子鉴定.序列测定及分析发现,侵染青椒的病毒为蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV2).为明确BBWV2青椒分离物(BBWV2-Ca)的分类地位,对BBWV2-Ca的全基因组序列进行了分段克隆、序列测定和分析.BBWV2-Ca RNA1全长5 929 bp,含有1个ORF.BBWV2-Ca RNA2全长3 559 bp,含有1个ORF,编码3种蛋白:VP53/VP37、外壳蛋白大亚基(large coat protein,LCP)和外壳蛋白小亚基(small coat protein,SCP).全序列核苷酸同源性分析显示,BBWV2-Ca RNA1与BBWV2其它分离物核苷酸同源性在77.9%-93.7%之间;RNA2与BBWV2其它分离物核苷酸同源性在80.2%-93.8%之间.全序列系统进化分析显示,BBWV2-Ca RNA1与BBWV2-XJ14-3以及BBWV2-RP3株系聚为一簇,亲缘关系最近;RNA2与BBWV2-Am形成一个独立分支,亲缘关系最近. 展开更多
关键词 青椒 蚕豆萎蔫病毒2号 全基因组序列
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基于全基因组序列的水稻基因组系统研究 被引量:4
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作者 王俊 于军 +1 位作者 汪建 杨焕明 《世界科技研究与发展》 CSCD 2003年第6期35-41,共7页
“水稻基因组计划”是继人类基因组计划之后的,第一个大型农作物基因组计划。中国在激烈的国际竞争中,领先、独立完成了中国水稻基因组的序列框架图和精细图的绘制,成功研制了世界上第一套全基因组水稻基因芯片。开展了基因组学的系统研... “水稻基因组计划”是继人类基因组计划之后的,第一个大型农作物基因组计划。中国在激烈的国际竞争中,领先、独立完成了中国水稻基因组的序列框架图和精细图的绘制,成功研制了世界上第一套全基因组水稻基因芯片。开展了基因组学的系统研究:从籼、粳稻基因组的比较到序列多态性研究;从基因表达到蛋白质图谱,全方位的对水稻从胚芽到成熟的生长发育过程,进行了基本信息的采集和研究。揭示了水稻在家养化进化过程中基因变异和演化的基本规律,及人工选育过程中产生的性状与野生稻性状的关系和分子机理,为全面探讨水稻的一般遗传规律及高产、优质、抗逆的性状的选择奠定了坚实的基础,也为生态和生物多样性保护及选种育种提供了理论依据。 “中国杂交水稻基因组计划”的阶段性成果,不仅在大科学工程研究上创造了低投入高产出的世界性范例,也开创了对一个重要农业物种进行原创性的,结构与功能,基础与应用相结合的系统研究先例。是中国在生命科学的系统研究领域中标志性的一大步。其成果无疑会对未来世界和中国的农业科学发展产生巨大而深远的影响。中国在高通量生物技术和高性能海量生物信息处理分析方面已经跻身于世界强国之列。 展开更多
关键词 水稻基因组 基因芯片 全基因组序列 序列框架图 精细图 系统研究
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