基于公共数据库挖掘并分析雄激素性脱发的关键基因

目的:利用生物信息学方法探讨雄激素性脱发(AGA)的潜在分子机制。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台的基因表达数据库中下载基因芯片数据集(GSE45512、GSE36169),利用GEO2R在线分析工具对其进行分析并获得各自的差异基因(DEGs),采用DAVID线上工具对差异基因进行GO、KEGG富集分析。利用STRING数据库对DEGs进行蛋白网络的构建,利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件计算,并根据MCC评分由高到低排序,根据评分结果,选取排名前三的基因作为Hub基因,并在临床样本中进一步验证。结果:从2个芯片数据集中分别筛选出与AGA相关DEGs,并进一步取交集,得出共有的DEGs 29个,其中上调13个,下调16个。对29个DEGs进行GO富集分析,提示蛋白质加工、淀粉样蛋白代谢等生物学过程与疾病的发病相关。KEGG富集分析提示扩张型心肌病、阿尔兹海默病等相关的通路与其相关。利用STRING数据库构建蛋白网络,结果上传Cytoscape软件,根据MCC评分筛选出3个评分最高的关键基因MYH11、TPM4、SORBS1作为Hub基因。Hub基因在临床样本中验证显示,与健康对照组相比,MYH11在AGA病人中表达明显下调(P<0.01),TPM4、SORBS1表达均明显上调(P<0.01)。结论:利用生物信息学方法筛选AGA关键基因TPM4、SORBS1、MYH11,对探寻AGA的发病机制和治疗方案具有潜在价值。

基于OPC技术的公共数据库平台

分析了目前国内电力生产中各自动化系统独立运行而导致普遍存在的“数据孤立”和“数据冲突”等问题,针对其问题,构建开发了基于过程控制互操作规范OPC(OLEforProcessControl)技术及其他异构数据库交换技术的一体化公共数据库平台,利用C/S通信方式,通过OPC的TCP/IP网络传输协议,提供生产数据。还详细阐述了数据集成、数据处理整合以及公共数据库和自动化应用程序的接口通信技术。

数字油田公共数据库的结构设计构思

在进行需求分析基础上,对数字油田公共数据库的结构进行了详细设计,设计主要是本着对象模型和关系模型相结合的原则进行的,而应用系统的设计主要考虑了系统的层次结构、硬件体系结构和软件体系结构等方面。

基于公共数据库构建甲状腺癌差异基因Cox比例风险回归模型对患者预后评估价值

目的探讨基于公共数据库构建甲状腺癌差异基因Cox比例风险回归模型对患者预后评估价值。方法对GEO数据库中甲状腺癌数据集GSE138198和GSE50901进行批次校正,联合TCGA数据库,筛选甲状腺癌样本中发生改变的基因。利用R软件将TCGA数据库中甲状腺癌患者随机分为试验组和验证组,在试验组中建立Cox比例风险回归模型,采用Kaplan-meier生存曲线分别在试验组、验证组和整体组(TCGA数据整体)中分析高和低风险组生存状态,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估模型预测甲状腺癌患者生存率准确性。分析甲状腺癌高和低风险组差异基因并进行GO和KEGG功能富集分析。采用单因素和多因素Cox回归分析探讨甲状腺癌患者临床病理特征与预后关系。结果单因素Cox回归分析显示,57个差异基因与甲状腺癌患者预后相关(P<0.05)。经LASSO回归分析和多因素Cox回归分析确定PHLDA2、GPR137B、PORCN、MAPK4和TSPYL2共5个基因参与模型构建。在试验组、验证组和整体组中,高风险组生存时间和生存率低于低风险组。高和低风险组差异基因GO功能富集分析发现,受体介导的内吞作用和先天免疫应答激活信号传导等显著富集;KEGG功能富集分析发现,mTOR信号通路、甲状腺激素信号通路和HIF1信号通路等显著富集。多因素Cox回归分析显示,甲状腺癌患者年龄和风险值评分与预后相关(P<0.05或P<0.01)。结论通过GEO和TCGA数据库构建的基于5个差异基因的甲状腺癌Cox比例风险回归模型,具有较高的准确性和可靠性,有助于临床医生判断甲状腺癌患者预后。

基于公共数据库和PubMed快速获取Joubert综合征相关的基因

目的基于公共数据库和PubMed文献知识库快速获取Joubert综合征相关的致病基因。方法使用R VarfromPDB软件包,分别从HPO、Orphanet、ClinVar、UniProt等公共数据库提取Joubert综合征相关的基因和变异信息;从PubMed文献库中,检索Joubert综合征相关的文献,基于文本挖掘的方法提取基因和变异信息,建立不同信息之间的关联;并对不同来源的基因信息进行标准化和整合。最后对该方法获得的Joubert相关基因与DisGeNET数据库中的基因进行比较评价。结果利用本研究建立的方法,从各个数据库和PubMed中共抽取了35个Joubert综合征相关的基因。与DisGeNET数据库的比较后,获得33个与Joubert综合征相关的基因。该列表包含的基因比从DisGeNET数据库中获取的Joubert综合征相关基因更加完整。整个过程可在内存4G以上电脑单个CPU下10min左右自动化完成。结论本研究提供了一种全自动化的方法,基于公共数据库和PubMed文献知识库来获取Joubert综合征相关的基因。该方法对精准医学时代下Joubert综合征相关的研究和遗传检测产品的开发应用具有较大的参考价值。同时,该方法可以为获取其它单基因病相关的致病基因提供借鉴。

基于公共数据库的校园一卡通系统数据库集成研究

校园一卡通系统是数字化校园建设中的重要基础平台。重点研究基于数字化校园公共数据库的校园一卡通系统的数据库集成,实现一卡通系统从公共数据库共享身份信息,并设计数据库同步策略。

网络公共数据库的有限共享结构设计

文中提出了一种网络公共数据库的有限共享结构设计思想。首先介绍关于有限共享的基本概念 ;其次给出共享信息筛取的流程图 ;进而分别阐述了两种可行的公共数据库结构设计思想 ;

大数据视域下公共数据库模型的几种设想

大数据,或称"巨量资料",指的是需要新处理模式才能具有更强的决策力、洞察力和流程优化能力的海量、高增长率和多样化的信息资产。数据分析以其精确的量化分析方法,区别于传统的质化分析方法,在功能多样化、速率高效化、预测精准化方面有着先天的优势。虽然大数据目前已应用于许多领域,但在公共服务领域还未有所建树,在办公电子化、网络化的时代,笔者认为大数据在公共服务领域的创新性应用,尤其是公共数据库的建设,有助于解决当今办公效率低下、功能粗放、机构冗杂等问题,推动公共服务的蜕变升级,从而使得公共服务更好地惠及大众。

Drupal如何与“公共数据库”进行数据交换?

Drupal是使用PHP语言编写的开源内容管理系统(CMS)和内容管理框架(CMF),曾连续多年荣获全球最佳CMS大奖。世界顶尖的前100所大学当中就有71所大学使用Drupal,国内也有不少高校在使用它建设网站。然而仅仅只是使用Drupal来建站,实在是有点大材小用,做为CMF的Drupal,有着灵活的架构和丰富的模块,通过它来构建业务系统,可以让Drupal在国内高校的"数字校园"中发挥出更大的作用,而不仅仅只是个CMS。

智慧城市建设中公共数据库构建的思考

智慧城市已成为我国目前热门的发展战略。本文在国家智慧城市试点指标体系基础上,分析了影响公共教据库构建的主要技术因素,并从数据采集与更新、数据查询与分析等方面阐述了具体的应对措施。

基于公共数据库识别与乳腺癌发生发展及预后的相关基因

目的从基因等分子角度探索乳腺癌发生、发展的机制和预后潜在生物标志物。方法perl平台用于基因名注释;limma包进行基因差异表达分析;WGCNA包对两数据集差异基因加权共表达分析;clusterProfiler包对重叠基因进行基因功能注释;STRING数据库、Cytoscape软件及Cytohubba插件用于构建PPI网络、可视化处理和筛选关键基因;GEPIA2数据库、相关R包、Ualcan及HPA在线数据库用于分析关键基因的表达模式、预后价值和蛋白表达情况,探索它们与临床病理特征和乳腺癌亚型的关系。结果从癌症基因组图谱和基因表达综合数据库下载乳腺癌数据经整理分析得到PTGS2、KRT18、SFRP1、RGS2、FGF1、LTF、TUBB6、KRT15、CSN1S1、RND3共10个关键基因。Kaplan-Meier Plotter生存分析表明,基因SFRP1与KRT15低表达水平的患者总体生存期较短,差异有统计学意义(P<0.05);与正常组织相比,肿瘤组织基因SFRP1与KRT15的蛋白表达水平较低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论与生存显著相关的基因SFRP1与KRT15可能作为乳腺癌潜在的生物标志物,有助于临床医生判断患者预后。

基于公共数据库和cDNA芯片研究CCT6A在肝细胞癌中的表达及意义

目的分析CCT6A在肝癌中的表达及其与肝癌预后的关系。方法采用Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片检测研究CCT6A在肝癌等恶性肿瘤及其癌旁组织中的差异表达,并且分析CCT6A在肝癌组织中的表达与肝癌预后的关系。结果 Oncomine数据库分析发现,CCT6A在乳腺癌、肺癌、胃癌、肝癌等多种癌组织中的表达显著高于其对应的正常组织。Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片结果分析证实,CCT6A的mRNA和蛋白表达在肝癌组织均明显高于癌旁组织(P<0.05)。GEPIA数据库生存期分析,CCT6A在肝癌组织中高表达与肝癌患者生存期短密切相关。结论 CCT6A在肝癌组织中显著升高,且其高表达与肝癌患者的预后差密切相关。

公共数据库分析RACGAP1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:探讨Rac GTP酶活性蛋白-1(RACGAP1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中有关RACGAP1信息,对所获取的数据资料进行二次分析,对其在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。通过GOBO数据库分析该基因在乳腺癌亚型中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotters数据库进行患者的生存周期分析。结果:Oncomine数据库中共收集了349项不同类型的研究结果,其中关于RACGAP1表达差异有统计学意义的研究共有74项,RACGAP1表达增高的有69项,表达降低的有5项。共有3项研究,10个数据集涉及RACGAP1在乳腺癌组织和正常组织中的表达,包括2776个样本。综合比较3项研究成果,发现RACGAP1在乳腺癌中的表达量高于正常组(P<0.05)。此外,通过GOBO数据库分析发现RACGAP1表达水平在激素受体(HR)敏感亚型、三阴性(TN)和HER-2亚型间有统计学差异(P<0.05)。不仅如此,RACGAP1表达量与乳腺癌患者总体生存率存在相关性,高表达者总体生存率较差,低表达者预后较好。结论:RACGAP1在乳腺癌组织中呈现高表达,且与乳腺癌预后有关,可为乳腺癌的药物开发和预后预测提供一定的理论依据。

利用公共数据库探索UBE2C在肝细胞癌中的表达及意义

目的探讨泛素偶联酶2C(UBE2C)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义。方法整合目前公共数据库和公共网站资源,深入探讨分析并验证UBE2C在肝细胞癌组织中的异常表达及临床病理、预后相关性,探索肝细胞癌预后的独立影响因素。结果在肝细胞癌组织中UBE2C无论在mRNA水平还是蛋白质水平,均呈现显著高表达;随着病理分期增高,UBE2C表达显著增高;在2个独立队列中,UBE2C高表达组肝细胞癌患者预后均显著优于低表达组患者;Cox单因素及多因素分析结果提示,病理分期和UBE2C是肝细胞癌的独立预后影响因素。结论UBE2C在肝细胞癌组织中显著高表达,且与肝细胞癌患者不良预后密切相关,是肝细胞癌患者的预后独立影响因素,未来其抑制剂可能在肝细胞癌的临床治疗中发挥重要作用。

公共数据库在中小型企业CIMS工程中的应用

介绍了中小型企业中实施CIMS工程的实用方法 ,提出PDM和MRPII系统使用公共数据库的技术 ,研究了基于CIMS信息集成的一些关键技术 ,并在济南燕山制版厂实施取得成功 .

公共数据库检索在模拟机维护中的应用

公共数据库(Common Database, CDB)检索也称为公共数据库查询技术,在数据库中获得的变量和参数可以用于模拟机接口系统的状态跟踪。在过去的模拟机维护实践中,凭借电路图寻找对应故障设备的特征变量(label),并在软件上进行监控,一般能够发现故障的症结,同时,公共数据库检索的方法对于操作者的知识储备、维护经验以及实验手段都有较高的要求,因此这种方法并不常用。但使用航空无线电协议(Aeronautical Radio Inc, ARINC)的器件对应的图纸、软件中,label通常不被明确标注,同时由于ARINC信号对采样设备要求较高、测量难度较大,无法在短时间内找到故障的位置或成因。因此就模拟机运行的软硬件环境进行了分析,提出了变量赋值对应现象观察的实验手段,将这种方法引入到普遍的故障性维护流程中,以期减少人员、工时和备件带来的额外成本。

基于多个公共数据库分析URG11在人宫颈癌组织中的表达及其意义

目的 通过公共数据库,分析上调基因(up-regulated gene,URG)11在宫颈癌中的表达水平及意义。方法 基于BioGPS基因库分析URG11基因在人体正常组织中的表达情况;基于GEPIA和ULACAN数据库,分析URG11在宫颈癌组织和正常宫颈组织中的表达水平;分析URG11表达水平与宫颈癌患者临床生存预后的关系。结果 URG11基因在人体各个正常组织包括正常宫颈组织中均有表达,URG11mRNA在肿瘤组织中的表达较正常对照组明显降低,差异有统计学意义(P<0.05)。URG11表达水平与宫颈癌患者病理分期、种族、年龄、体重、组织病理学亚型及预后无关。结论 UGR11基因在宫颈癌中的表达降低,提高URG11表达水平,可作为宫颈癌潜在的治疗策略。

网络公共数据库的有限共享结构设计探索

本文提出了一种全新的网络公共数据库的有限共享结构设计的基本思想。论文首先介绍关于有限共享的基本概念；其次阐述了共享信息的筛选流程图；进而分别讨论了两种可行的公共数据库结构设计思想；最后介绍了两种关于公共数据库的保密方法和实施步骤。