绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选

绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献报道,筛选出8个候选内参基因(β-Actin、β-Tubulin、α-Tubulin、AK、GAPDH、RPL40、Hsc70、eEF1-α),采用qRT-PCR技术分析在绿豆象不同发育阶段(幼虫、蛹、雌雄成虫)以及成虫不同组织中的(触角、头、腹、足、翅)各候选基因的表达量;利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper和在线网站RefFinder并结合△Ct值评估8个候选内参基因的稳定性。结果显示,在绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中,各候选内参基因Ct值和跨度均不同,表明各候选内参基因表达量存在差异。不同算法综合比较内参基因稳定性以及GeNorm软件最佳内参基因数目的分析显示,在绿豆象虫不同发育阶段中推荐采用β-Act、β-Tub作为内参基因,而在绿豆象成虫不同组织中推荐采用β-Tub、α-Tub作为内参基因,这有利于在绿豆象的基因表达研究中取得更为可靠、准确的数据。

低温弱光胁迫下茄子幼苗实时荧光定量PCR内参基因的筛选与评价

为了探索茄子Solanum melongena L.的基因表达模式,利用qRT-PCR方法分析了茄子ACT、EF1α、TUA、TUB、GAPDH、eIF、UBQ、UBI3、PP2A、CYP、RPL28、L25、SAND、TBP、DNAJ、APRT、EXP、CAC、HSP20和CysPro 20个候选内参基因mRNA的表达差异情况,并运用GeNorm、NormFinder和BestKeeper 3种计算方法评价茄子20个候选内参基因在低温、弱光、低温弱光叶片样品中的表达稳定性。结果表明:茄子20个候选内参基因荧光定量引物扩增效率(E)数值在96.8%~117.6%,相关系数(R^(2))介于0.9688~0.9999,扩增效率良好,扩增反应具有高度的专一性,引物能特异性扩增,特异性好,均为单峰,样品间扩增曲线重复性强,可用于qRT-PCR扩增。茄子20个候选内参基因C_(T)值表达丰度分析,发现茄子20个候选内参基因平均CT值在19.76~31.20。3种计算方法的综合评价分析结果显示,TBP基因在所有样本中为最稳定的内参基因。研究可为茄子低温、弱光和低温弱光胁迫下基因特异性表达研究提供了合适的内参基因。

黑线姬鼠睾丸实时荧光定量PCR内参基因的筛选及验证

为筛选出不同季节黑线姬鼠睾丸的最适内参基因,基于黑线姬鼠睾丸转录组数据,初步筛选出12个候选内参基因,即ALDOA、GLUL、RABAC1、TEGT、EID3、SYF2、MRPL20、GAPDH、HPRT、18s、B2M、NWD1。以不同季节(春季、夏季、秋季)成年黑线姬鼠的睾丸作为试验材料,进行RNA的提取并反转录成cDNA,再通过实时荧光定量PCR技术(Real-time Quantitative PCR,RT-qPCR)检测上述候选内参基因的表达水平。将所得到的循环阈值(Cyclethreshold,Ct)通过GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder等分析软件进行基因稳定性的综合分析。结果表明,不同季节黑线姬鼠睾丸中12个候选内参基因表达稳定性由高到低排序为STF2>B2M>GAPDH>MRPL20>18s>HPRT>ALDOA>EID3>RABAC1>TEGT>NWD1>GLUL,其中SYF2是最稳定的内参基因,GLUL是最不稳定的基因。综上,本研究确定了不同季节下黑线姬鼠睾丸的内参基因,为黑线姬鼠功能基因的开发及基因表达的研究提供基础,并为后续黑线姬鼠基因组学的研究提供参考。

甜瓜属异源多倍体不同倍性材料内参基因的筛选及评估

[目的]多倍化是植物界普遍存在的现象,但是内参基因的缺乏限制了多倍化相关基因表达研究的进程。本文旨在建立一组稳定的内参基因,以提高多倍体目标基因定量的准确性和重复性。[方法]以甜瓜属人工异源四倍体、其二倍体双亲和三倍体后代为材料,通过实时荧光定量反应(qPCR)比较了10个候选内参基因(UBI-ep、ACT、ACT3、TUA、EF-1α、CACS、TIP41、F-box、CYP和UBQ)的表达丰度,并利用geNorm和NormFinder软件对其表达稳定性进行分析。同时,通过转录组测序(RNA-seq)的方法对候选内参基因进行定量,并统计与荧光定量数据的相关性。[结果]荧光定量结果表明,二倍体黄瓜的CYP表达丰度最高,CT值为15.8;四倍体材料的F-box表达量最低,CT值为30.5。结合geNorm和NormFinder软件结果,一共筛选出4个稳定的参考基因F-box、TIP41、ACT3和ACT。其中F-box和TIP41在多倍性水平下稳定性值M比ACT3和ACT基因的小,但表达丰度低。以ACT3为内参时,qPCR与RNA-seq定量结果极显著相关(R^(2)=0.844,P<0.01),F-box为内参时相关性最小。[结论]当比较不同倍性水平或跨物种的转录本丰度时,需要注意内参基因的选择。针对甜瓜属多种倍性材料的低丰度表达基因,可以选择TIP41作为内参基因;对于高表达基因,可采用ACT3作为内参基因。

橡胶灵芝菌内参基因筛选与分析

【目的】分析评价不同胁迫处理的橡胶灵芝菌候选内参基因的稳定性,为探索橡胶灵芝菌基因的功能及其侵染橡胶树的分子机制等提供参考。【方法】以5个非生物因子(温度、盐、氧化、pH、干旱)和1个生物因子(生防细菌)胁迫下的橡胶灵芝菌作为材料,提取RNA并反转录为cDNA,采用实时荧光定量PCR技术,扩增6个候选内参基因(UBC、ACT、RPL6、β-TUB、APT、28s),利用分析软件geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder根据基因表达的稳定性对基因进行排序,选择最适合不同胁迫的内参基因组合。【结果】所有样品RNA均为清晰的两条带,且6个候选内参基因的熔解曲线为明显单一峰。结合geNorm、NormFinder、Bestkeeper和RefFinder对其进行表达稳定性分析发现,温度胁迫下基因表达稳定性为UBC>ACT>RPL6>β-TUB>28s>APT,盐胁迫下基因表达稳定性为ACT>RPL6>UBC>APT>β-TUB>28s;氧化胁迫下基因表达稳定性为UBC>ACT>28s>APT>β-TUB>RPL6;pH胁迫下基因表达稳定性为RPL6>UBC>APT>ACT>β-TUB>28s,干旱胁迫下基因表达稳定性为ACT>UBC>β-TUB>RPL6>APT>28s,生物胁迫下基因表达稳定性为UBC>ACT>RPL6>28s>APT>β-TUB。【结论】结合所有候选基因稳定性和胁迫条件,推荐基因ACT和UBC作为在干旱、氧化、温度和生物胁迫下的内参基因,基因ACT和RPL6为盐胁迫下的内参基因,UBC和RPL6为pH胁迫下的内参基因。本研究结果为不同胁迫下橡胶灵芝菌相关基因的表达研究提供了合适的内参基因。

文冠果种子发育基因表达分析内参基因的选择

[目的]验证ACT基因是否适用于文冠果种子发育的相关基因表达分析,并筛选出在文冠果基因表达分析中最稳定的内参基因。[方法]本研究采用了4种数学算法(ΔCT、BestKeeper、NormFinder、geNorm)评估12个候选内参基因的表达稳定性,并利用在线工具RefFinder综合评价。[结果]在文冠果不同发育时期种子内参基因综合评分排名为PP2A>Tip41> EF-1α>18r>UCE>β-TUB>UBQ>α-TUB>CYP>SAM>ACT>GADPH;在文冠果不同组织内参基因综合评分排名为PP2A>Tip41>CYP>18r>UBQ>SAM>EF-1α>UCE>GADPH>α-TUB>ACT>β-TUB。[结论] PP2A和Tip41基因是文冠果基因表达分析最稳定的内参基因。

氟胁迫条件下茶树叶部实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选与验证

为了筛选氟胁迫条件下茶树(Camellia sinensis)叶部用于实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析的内参基因,以课题组前期筛选的低氟茶树品种福鼎大白茶和高氟茶树品种金观音为试验材料,利用qRT-PCR技术结合geNorm、NormFinder和BestKeeper软件,分析氟胁迫条件下(0.42 mmol·L^(-1)NaF)8个候选内参基因(CsACTIN、CsEF-1α、CseIF-4α、CsGAPDH、CsPP2A、CsTBP、CsTIP41和CsUBC)在茶树不同叶位(新梢和老叶)、不同胁迫时间(0、1、3、7 d)的表达稳定性。结果显示,在氟胁迫条件下,茶树新梢中最优内参基因组合是CsEF-1α、CsTIP41、CsTBP和CsACTIN,老叶中最优内参基因组合是CsPP2A和CsUBC。利用筛选得到的最优内参基因组合分析氟输出蛋白基因(CsFEX)的表达情况,发现CsFEX在两个茶树品种的新梢和老叶中的表达趋势一致,说明筛选的内参组合可用于氟胁迫条件下茶树新梢和老叶中目的基因的检测。

猪卵泡发育过程中颗粒细胞内参基因表达稳定性分析

[目的]本研究旨在分析猪卵泡发育不同阶段颗粒细胞中内参基因的表达稳定性,筛选有效内参基因用于鉴定猪卵泡发育关键调控基因及其表达模式。[方法]基于形态学观察与类固醇激素检测分离猪腔前、有腔、成熟和闭锁卵泡,并收集相应颗粒细胞;利用RT-qPCR检测甘油醛3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、β-肌动蛋白(ACTB)、ATP合酶F1(ATP5F1)、β2-微球蛋白(B2M)、真核翻译伸长因子1α(EEF1A1)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(HPRT1)、核糖体蛋白S3(RPS3)、微管蛋白α-1b(TUBA1B)和泛素C(UBC)等9个候选内参基因在猪卵泡不同发育阶段颗粒细胞中的表达水平;综合ΔCt、geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder等算法分析候选内参基因在猪卵泡发育过程中的表达稳定性。[结果]候选内参基因在猪卵巢颗粒细胞中的表达水平存在较大差异,其中EEF1A1和TUBA1B的表达水平较高,而HPRT1和UBC的表达水平较低;不同算法得到的稳定性存在差异,用ΔCt、NormFinder和BestKeeper分析发现RPS3和ATP5F1的稳定性较高,用geNorm分析发现GAPDH和HPRT1的稳定性较高,最终利用RefFinder进行综合权重分析得出候选内参基因的稳定性从高到低依次为RPS3、ATP5F1、HPRT1、EEF1A1、GAPDH、ACTB、TUBA1B、B2M、UBC。进一步以不同表达稳定性内参基因为参照对母猪繁殖力候选基因FSHR和NORFA在卵泡发育过程中的表达模式进行检测,结果表明内参基因稳定性对准确鉴定目的基因表达水平和变化模式至关重要。[结论]RPS3和ATP5F1在猪卵泡发育过程中具有较高的表达稳定性,可作为有效内参基因用于后续猪卵泡发育相关研究,为鉴定猪卵泡发育关键调控基因及其表达模式等相关内参基因研究提供理论依据。

非生物胁迫下黄缨菊实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证

为了筛选基因分析中黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)稳定表达的内参基因,本研究以冷、盐和干旱胁迫下黄缨菊的根、茎和叶为材料,依据三代转录组数据选取8个常用内参基因(18S rRNA,GAPDH,PAL,UBQ,TIP,RPS,SAND,TUA)作为候选基因,利用qRT-PCR技术并结合geNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder软件综合评价候选内参基因的表达稳定性。结果表明,冷胁迫下黄缨菊根、茎、叶中最佳稳定性的内参基因分别为SAND,TIP和GAPDH;干旱胁迫下最稳定的内参基因分别是SAND,TUA和UBQ;盐胁迫下稳定性最好的内参基因分别为RPS,RPS和SAND。此外,分别以干旱胁迫处理下黄缨菊根、茎、叶中2个稳定性最佳和1个稳定性最差的基因作为内参基因,衡量耐逆基因WRKY表达量的准确性,表明不同胁迫下筛选出的黄缨菊不同组织中内参基因的稳定性结果均是可靠的。研究结果为今后黄缨菊耐逆基因的表达分析提供了基因资源和理论依据。

霜霉病菌胁迫下藜麦内参基因的筛选及其稳定性验证

【目的】筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因,为深入开展藜麦抗霜霉病菌相关基因表达的研究提供依据。【方法】通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性,并通过对CqSGAT基因表达进行分析,进一步验证候选内参基因的稳定性。【结果】geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示,藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18;geNorm软件分析结果显示,藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18;以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证,发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。【结论】藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。

非生物胁迫下青花菜内参基因的筛选

【目的】检测非生物胁迫下常见内参基因的表达稳定性,筛选出青花菜的适宜内参基因。【方法】以青花菜高代自交系“KU19-3”为试验材料,利用已有的转录组数据和文献,筛选出31个候选内参基因,对其在不同非生物胁迫下(盐、干旱、渍水、弱光、高温和低温)的表达水平进行荧光定量PCR检测,采用geNorm、Normfinder和BestKeeper软件分析其表达稳定性,从而筛选出适宜的内参基因。【结果】31个候选内参基因的扩增特异性良好,且表达水平差异明显。其中BOL029171的Ct值最小,表达量最大;而BOL001470的Ct值最大,表达量最小。其他基因的Ct值介于20~40。3种软件综合分析结果表明:BOL034565和BOL008820在高温胁迫下最稳定,BOL043724和BOL005937在弱光胁迫下表达稳定性最好,BOL043724和BOL001470、BOL005937和BOL006136分别在低温和盐胁迫下表达最稳定,BOL024326和BOL025875、BOL008820和BOL001788分别在渍水和干旱胁迫处理下表达最稳定。综合上述得出BOL006136和BOL008820可作为非生物胁迫下青花菜的通用内参基因。【结论】本研究筛选出青花菜在非生物胁迫下通用内参基因是BOL006136和BOL008820,结果可为以后开展青花菜逆境胁迫下相关基因的表达特征研究和青花菜抗逆种质创建提供一定的科学基础。

藜叶片响应出芽短梗霉菌侵染内参基因筛选及光合作用相关基因表达分析

【目的】筛选适合出芽短梗霉菌株PA-2侵染藜的稳定表达的最适内参基因,并进行PA-2侵染下藜光合作用相关基因的表达分析验证。【方法】分别以菌株PA-2孢子侵染0、1、3、5、7 d的藜叶片和正常生长藜的根、茎、叶为供试材料,通过qRT-PCR技术和Ct值评估3个候选内参基因GAPDH、β-ACTIN、β-TUBULIN的表达稳定性,并利用筛选出的内参基因,对藜光合作用相关基因(LFRN、MDH、PetC、psaA、CAB40、psaN、BHY和MO_(2))的表达水平进行定量分析。【结果】在菌株PA-2侵染藜不同时间点和不同组织的样本中,藜最适内参基因为GAPDH,可用于后续分析光合作用相关基因的表达水平。以GAPDH作为内参基因检测8个光合作用相关基因的表达水平,在不同侵染时间点,8个光合作用相关基因的表达量均出现不同程度的下调,除MDH基因外,其余基因均在5 d时达到最低水平。其中PctC、psaN、CAB40、BHY、MO_(2)基因在藜受侵染0~1 d中下调表达,在3 d达到较高水平,后期表达量下调;pasA先上调表达后下调表达;LFRN在受侵染后持续下调表达;MDH在受侵染后先显著下调,在3 d达到较低水平,后上调表达。在藜受侵染的不同组织中,8个基因在藜叶中均有大量表达,其中MDH基因在茎中大量表达,PctC和CAB40在根中表达量最低,除MDH基因外,其余7个基因在不同组织中的表达量高低排序为:叶>茎>根。【结论】本研究为后续利用qRT-PCR分析藜基因表达及研究PA-2致病机理奠定基础。

基于转录组测序对黄秋葵籽内参基因的发掘与验证

为获得黄秋葵籽不同发育时期均稳定表达的内参基因,本研究对授粉后3 d、6 d、15 d、25 d和40 d的黄秋葵籽粒进行转录组测序,基于黄秋葵全基因组注释信息和黄秋葵籽转录组测序数据,筛选出6个新的候选内参基因ZCCHC11、SEU、RPL11、FKBP62、MBR2L、BOB1,与文献报道的6个常用持家基因GAPDH、EF1-α、TUA5、YLS8、ACT2、eIF4A的稳定性进行对比。采用qRT-PCR检测上述基因在不同发育时期黄秋葵籽中的表达水平,运用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder综合评价其表达稳定性,然后利用淀粉合成酶基因AeAGPL2对筛选出的内参基因进行验证。结果表明,ZCCHC11L和SEU的稳定性最佳,TUA5稳定性最差;新发掘的内参基因ZCCHC11L、SEU及其ZCCHC11L+SEU组合可作为黄秋葵籽不同发育时期的内参基因。

胡子鲇qRT-PCR内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达有效的工具之一,选取合适的内参基因,是获得可靠的基因表达结果的关键。本研究以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,采用qRT-PCR技术检测了13个候选基因(actb1、actb2、ef1a、eef1b2、rpl13a、rpl13、ccdc124、cfl1、nm23、eif3g、rap1a、ikbkg和ywhab)在胡子鲇性腺不同发育阶段和成鱼不同组织中的基因表达情况,并利用BestKeeper、GeNorm、NormFinder和RefFinder软件分析其表达稳定性,以筛选在胡子鲇性腺发育和不同组织中稳定表达的内参基因。结果显示,13个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物。在性腺不同发育阶段,候选基因表达稳定性顺序为actb2>rpl13>actb1>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>eef1b2>ywhab>ccdc124,成鱼不同组织中稳定性顺序为actb2>rpl13>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>actb1>eef1b2>ywhab>ccdc124。随后,选择稳定性前二的actb2和rpl13作为候选内参基因,分析zp3、atp2b3、slc13a5和parp8基因在胡子鲇雌、雄性腺中的相对表达量,结果进一步证实,以actb2为内参时,其雌雄性状差异基因表达水平更接近于转录组结果。综合分析表明,actb2基因可作为内参基因用于今后胡子鲇性腺不同发育时期和不同组织间功能基因表达特征的研究。

三疣梭子蟹附肢再生过程中qRT-PCR内参基因的筛选与Wnt7b表达研究应用

为筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)附肢再生过程中的最适内参基因,以附肢再生不同阶段的三疣梭子蟹为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对细胞骨架蛋白基因(β-actin)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、18S rRNA(18S)、转录延伸因子基因(EF1α)、核糖体蛋白L18基因(RPL18)、细胞色素C氧化酶基因(COX)和组蛋白基因(HIS)共7个候选内参基因在肌肉、眼柄、血淋巴、肝胰腺、鳃、心脏和再生附肢共7种组织中的表达水平进行检测,并利用△Ct、geNorm、NormFinder和BestKeeper程序对候选内参基因的稳定性进行评价,筛选出合适的内参,最后以最适内参基因作为参考,分析再生相关基因Wnt7b的表达水平。结果显示,在不同组织中综合稳定性最好的是RPL18,而在不同再生阶段的再生附肢中β-actin和RPL18基因做双内参基因更适合。以RPL18和β-actin作双内参基因研究Wnt7b的表达水平时发现,Wnt7b基因在三疣梭子蟹附肢再生过程中的表达呈先上升后下降再上升的趋势;Wnt7b基因在三疣梭子蟹各组织中均有表达,除再生附肢和血淋巴外其他组织中的表达量都较低。本研究结果为甲壳类再生发育相关研究内参基因的选择及分子调控机制研究提供了参考。

少花蒺藜草荧光定量PCR内参基因筛选与验证

少花蒺藜草(Cenchrus pauciflorus Benth.)为禾本科蒺藜草属,是入侵我国北方地区的一年生恶性杂草,少花蒺藜草的入侵态势逐年扩增,因此对于少花蒺藜草的基因研究,以及在分子水平对于防治少花蒺藜草入侵的研究显得尤为重要。本研究以少花蒺藜草转录组数据为基础,候选了6个内参基因,荧光定量PCR检测候选内参基因的表达,通过geNorm、NormFinder、BestKeeper、比较△Ct法和RefFinder五种评价方式,综合评估筛选了最佳内参基因。结果表明,6个候选内参基因的综合排名为TCTP1>RH37>ACX4>TCTP2>GAPDH>TBP,TCTP1基因在少花蒺藜草不同时期不同组织样本中表达最高最稳定,最不稳定表达的是基因TBP,TCTP1为综合评估下少花蒺藜草的最佳内参基因,因此TCTP1可作为内参基因用于少花蒺藜草荧光定量PCR检测研究中。本研究为少花蒺藜草后续的基因研究以及在分子水平上为少花蒺藜草生物防治提供一定的理论基础。

新西兰兔下丘脑qPCR内参基因的筛选和验证

为筛选适合新西兰白兔下丘脑的最佳内参基因,试验选定甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、肌动蛋白β(ACTB)、β-2-微球蛋白(B2M)、酪氨酸3-单加氧酶(YWHAZ)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(HPRT1)、核糖体蛋白L4(RPL4)和TATA-box结合蛋白(TBP)共7个候选内参基因,利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术对不同年龄、性别及发情状态的新西兰白兔下丘脑组织的基因表达水平进行检测;通过RefFinder在线软件综合ΔCt、GeNorm、NormFinder和BestKeper等4种算法的分析结果来评估内参基因表达的稳定性,并选取在下丘脑表达的功能基因雌激素受体(ER1)、孕激素受体(PGR)和RFamide神经肽VF(NPVF)对候选内参基因稳定性和评价结果的可靠性进行验证。结果:不同年龄的雌性新西兰白兔下丘脑稳定表达的内参基因是YWHAZ和GAPDH;雄性新西兰白兔下丘脑稳定性表达的内参基因YWHAZ和TBP,而不同发情期新西兰白兔适合使用HPRT1和YWHAZ作为内参基因。当使用不同内参基因进行标准化时,目的基因表达水平受到样本不同生理状态而出现明显变化,强调了先行验证内参基因对于qPCR研究基因表达水平的重要性。

外源AHLs培养下荧光假单胞菌qPCR内参基因的筛选

目的:荧光假单胞菌是冷藏食品的优势腐败菌,其致腐基因受到群体感应系统的调控。为了准确定量腐败基因的表达,研究群体感应调控食品腐败的机制,需筛选荧光假单胞菌的内参基因。方法:以荧光假单胞菌PF-08为研究对象,选择8个常见的内参基因(dsbA、carA、rpsL、gyrB、atpD、rpoD、gltA、16S rRNA),添加不同类型群体感应信号分子培养后,利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测其基因表达量,采用geNorm、Normfinder、BestKeeper和RefFinder综合评估候选内参基因的表达稳定性,筛选最适内参基因。结果:在不同类型外源信号分子培养下,荧光假单胞菌中Ct值变化程度最小的是gltA,16S rRNA的Ct值过低;geNorm分析表达最稳定的内参基因是atpD和rpoD,且二者联用能准确定量目的基因表达水平;Normfinder和BestKeeper的分析结果都显示gltA是最稳定的内参基因;进一步用RefFinder综合评估,内参基因中表达较稳定的是rpoD和gltA。结论:rpoD和gltA在荧光假单胞菌经不同QS信号分子处理后均稳定表达,可用于后续荧光假单胞菌腐败基因的表达研究,也可为研究其它腐败菌的QS相关基因表达提供内参基因参考。

不同组织与逆境胁迫下茄子qRT-PCR内参基因筛选

为了筛选茄子中不同组织与不同逆境胁迫下合适的内参基因,本研究选取UBC、EF-1a、18S、Actin、GAPDH、β-TUB、L33和EF28个候选内参基因,在涝害胁迫、干旱胁迫、冷胁迫、热胁迫、大丽轮枝菌侵染、盐胁迫、水杨酸处理和不同组织部位8种试验条件下,利用geNorm、NormFinder、ΔC_(T)、Bestkeeper和RefFinder对其稳定性进行分析。结果显示,在全部样品、冷胁迫、热胁迫、大丽轮枝菌侵染和盐胁迫下,Actin均为最稳定内参基因,β-TUB是涝害胁迫下表达最稳定的基因,干旱胁迫下表达最稳定的是EF2,水杨酸处理下表达最稳定的是EF-1a,18S在不同组织部位的处理下稳定性最好。UBC、L33和GAPDH在各个处理下均不稳定表达。本研究为茄子不同组织及逆境胁迫下基因特异性表达研究提供了合适的内参基因。

出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜qRT-PCR内参基因的筛选与验证

为筛选适合出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜中稳定表达的内参基因,在转录组数据(NCBI登录号为:SRA:SRR12674257)分析的基础上,以PA-2不同时间胁迫的藜叶片为材料,分析藜中ACT-1、TUB-1、GAPDH、eEF1α、eIF3、UBQ、PTB、COX10、UPL6、TIP41L、RAN-B1和IDH-5等12个内参基因的表达水平,并利用ΔCt、GeNorm、NormFinder、BestKeeper及RefFinder分析候选内参基因的表达稳定性。结果表明,内参基因COX10是PA-2不同时间胁迫下藜中最稳定的内参基因,最优组合是COX10+eEF1α。通过分析藜ACC基因的相对表达水平,验证了内参基因的可靠性,为今后杂草藜胁迫响应基因的表达分析提供了参考基因和理论依据。