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2014-2018年新疆人感染H7N9禽流感分子流行病学特征分析
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作者 郜振国 马合木提 +6 位作者 赵俊 黄佳 张璇 陈媛 丽娜·吐尔逊巴依 李泉希 马鑫 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期774-781,共8页
目的分析2014-2018年新疆14例人感染H7N9禽流感病例的分子流行病学特征,为防控及治疗提供科学依据。方法提取核酸后采用高通量基因测序技术获得基因组序列,并用生物信息学分析软件对基因组序列进行同源性分析、进化分析、变异位点分析... 目的分析2014-2018年新疆14例人感染H7N9禽流感病例的分子流行病学特征,为防控及治疗提供科学依据。方法提取核酸后采用高通量基因测序技术获得基因组序列,并用生物信息学分析软件对基因组序列进行同源性分析、进化分析、变异位点分析及同源建模。结果14例人感染H7N9禽流感病毒HA基因核苷酸同源性介于97.39%~100%,氨基酸同源性介于98.38%~100%;NA基因核苷酸同源性介于97.73%~100%,氨基酸同源性介于97.73%~100%,均属于长江三角洲谱系和低致病性禽流感病毒,分属于2个亚分支,与A/Hunan/02650/2016疫苗株最为接近。HA蛋白G186V、T160A全部发生了变异,Q226L中13株病毒发生了变异,NA蛋白4个关键的神经氨酸酶抑制剂耐药位点全部未发生变异。M2蛋白S31N和V27A位点全部发生了突变,PB1蛋白T368V位点全部发生了突变,PA蛋白位点K356R全部发生了突变。结论新疆H7N9禽流感病毒具有双受体结合性,对金刚烷胺类药物耐药,对神经氨酸酶抑制剂敏感,可在疾病发生早期及时使用神经氨酸酶抑制剂。需加强禽流感病毒基因组变化的监测,做好基因突变的应对措施。 展开更多
关键词 禽流感 H7N9 分子流行病学
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2020年江苏地区鸭圆环病毒分子流行病学调查及分离方法的初步研究
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作者 李子晗 林梦舟 +5 位作者 吴双 杨静静 谢军 吴植 王海燕 朱善元 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第3期134-140,共7页
为了解2020年江苏地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况、分子特性及探索其分离方法,通过采集江苏部分地区疑似患鸭圆环病的病、死鸭脏器组织,研磨后提取DNA,运用PCR技术扩增该病毒全基因组并测序,分析其分子流行病学特征,确定遗传谱系。将PC... 为了解2020年江苏地区鸭圆环病毒(DuCV)的流行情况、分子特性及探索其分离方法,通过采集江苏部分地区疑似患鸭圆环病的病、死鸭脏器组织,研磨后提取DNA,运用PCR技术扩增该病毒全基因组并测序,分析其分子流行病学特征,确定遗传谱系。将PCR检测阳性的组织病料上清经绒毛尿囊膜接种9日龄SPF鸭胚,分别收集鸭胚绒毛尿囊膜和尿囊液,以相同的方法将PCR检测阳性的尿囊膜/尿囊液进行鸭胚传代,尝试探索分离DuCV的方法。采集的23份样品中共检测出阳性样本10份。病毒基因组序列分析结果表明10株分离株均属于DuCV 1型的分支,传代结果表明多数样本在第1代绒毛尿囊膜和尿囊液样品中可检出DuCV,仅有部分样本在第2、3代的绒毛尿囊膜PCR检测结果呈阳性,传至第4代次时就检测不到病毒核酸。检测的结果一定程度上也表明绒毛尿囊膜检出率高于尿囊液。该结果为江苏地区该病的防控提供了一定的参考价值。 展开更多
关键词 鸭圆环病毒 PCR 分子流行病学 SPF鸭胚
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青海省共和县牦牛芽囊原虫分子流行病学调查
3
作者 马丁允 陈九思 +6 位作者 马金秀 林妹琪 刘一飞 李文 余复昌 齐萌 菅复春 《畜牧与饲料科学》 2024年第4期115-120,共6页
[目的]了解青海省共和县牦牛芽囊原虫(Blastocystis)的流行情况及其基因亚型分布特征。[方法]从共和县桑德牧场(n=89)、看着项毛牧场(n=12)和赞拉家庭牧场(n=374)采集新鲜牦牛粪便样本475份,全部提取粪便样本DNA,采用巢氏PCR方法扩增芽... [目的]了解青海省共和县牦牛芽囊原虫(Blastocystis)的流行情况及其基因亚型分布特征。[方法]从共和县桑德牧场(n=89)、看着项毛牧场(n=12)和赞拉家庭牧场(n=374)采集新鲜牦牛粪便样本475份,全部提取粪便样本DNA,采用巢氏PCR方法扩增芽囊原虫SSU rDNA;对获得的部分阳性样本序列进行双向测序,基于SSU rDNA序列进行基因亚型鉴定,并构建系统发育进化树。[结果]475份牦牛粪便样本中,检测出361份芽囊原虫阳性样本,总感染率为76.00%(361/475);桑德牧场、看着项毛牧场和赞拉家庭牧场均检出芽囊原虫阳性样本,感染率依次为96.63%(86/89)、91.67%(11/12)和70.59%(264/374)。选择126条芽囊原虫SSU rDNA测序,进行基因亚型鉴定,经序列比对分析,共发现5种芽囊原虫的基因亚型,其中,ST10亚型检出率最高,为80.95%(102/126);其次为ST26、ST25、ST21和ST5亚型,检出率分别为9.52%(12/126)、6.35%(8/126)、2.38%(3/126)、0.80%(1/126)。[结论]共和县牦牛芽囊原虫感染较为常见,其基因亚型存在遗传多样性;发现了人兽共患基因亚型ST5,应加强对该地区牦牛芽囊原虫的感染情况监测。 展开更多
关键词 牦牛 芽囊原虫 基因亚型 分子流行病学调查 SSU rDNA
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胃肠道癌症患者肠道原虫共感染的分子流行病学调查
4
作者 张楠 张洪波 +7 位作者 于秀艳 于艳辉 宫鹏涛 李建华 王晓岑 李新 张旭 张西臣 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2024年第2期123-128,共6页
目的寄生虫感染与癌症的关系已成为研究热点之一。目前胃肠癌患者肠道单一原虫感染已有报道,但共感染报道较少见。本研究旨在明确胃肠癌患者肠道原虫共感染情况。方法根据人五毛滴虫、十二指肠贾第虫、微小隐孢子虫、人芽囊原虫、脆弱... 目的寄生虫感染与癌症的关系已成为研究热点之一。目前胃肠癌患者肠道单一原虫感染已有报道,但共感染报道较少见。本研究旨在明确胃肠癌患者肠道原虫共感染情况。方法根据人五毛滴虫、十二指肠贾第虫、微小隐孢子虫、人芽囊原虫、脆弱双核阿米巴和毕氏肠微孢子虫特异的基因序列设计引物进行巢氏PCR扩增,检测195例临床胃肠癌患者肠道原虫共感染情况。结果巢氏PCR检测结果显示胃肠癌患者肠道原虫总感染率为48.72%(95/195)。其中2种原虫共感染23例(8例:人五毛滴虫+人芽囊原虫;11例:人五毛滴虫+微小隐孢子虫;3例:人五毛滴虫+十二指肠贾第虫;1例:十二指肠贾第虫+微小隐孢子虫),占肠道原虫感染的24.21%。3种原虫共感染为3例(1例:人五毛滴虫+微小隐孢子虫+人芽囊原虫;2例:人五毛滴虫+十二指肠贾第虫+微小隐孢子虫),占原虫感染的3.16%。1种原虫感染67例(56例:人五毛滴虫;9例:微小隐孢子虫;1例:人芽囊原虫;1例:脆弱双核阿米巴),占原虫感染的70.52%,未检测到毕氏肠微孢子虫感染。结论胃肠癌患者存在肠道原虫共感染且感染率较高。单因素方差分析发现人五毛滴虫单独感染病例显著高于含人五毛滴虫的2种原虫共感染(P=0.0022)以及3种原虫共感染病例(P=0.0019),而2种和3种原虫共感染病例的感染率间无明显差异(P=0.2775),表明胃肠道癌症患者中人五毛滴虫单独感染病例高于2种或以上原虫共感染病例。BLAST和单核苷酸多态性分析发现,不同感染原虫的基因序列除个别与GenBank参考序列同源性为100%外,其他基因序列在不同位点出现不同程度的碱基突变、插入或丢失现象。该研究结果为今后胃肠癌患者病因学以及诊断和防治提供了重要参考。 展开更多
关键词 胃肠癌患者 肠道原虫 共感染 分子流行病学
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2020-2021年我国规模化猪场猪圆环病毒2型和3型的分子流行病学调查分析 被引量:3
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作者 陈翔鸿 曹琪 +5 位作者 谌磊 邓文芳 袁意 孔丹妮 宋文博 汤细彪 《动物医学进展》 北大核心 2024年第3期88-96,共9页
采集13个省市自治区的491个规模化猪场的1447份疑似猪圆环病毒感染样本,通过荧光定量PCR方法进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的检测。分别随机选取50份PCV2和PCV3阳性样品,对其ORF2基因进行测序并分别进行核苷酸同源性比... 采集13个省市自治区的491个规模化猪场的1447份疑似猪圆环病毒感染样本,通过荧光定量PCR方法进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的检测。分别随机选取50份PCV2和PCV3阳性样品,对其ORF2基因进行测序并分别进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析。结果显示,样本中PCV2和PCV3检出率分别为29.16%(422/1447)和18.93%(274/1447)。规模化猪场中PCV2和PCV3检出率分别为47.05%(231/491)和15.68%(77/491),PCV2和PCV3混合感染率为23.81%,混合感染高于单一感染,与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪肺炎支原体(MhP)等病原体以多种组合的混合感染形式出现。50个PCV2序列与16个参考毒株序列的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为75.6%~100%和83.1%~99.1%,PCV3对应同源性分别为95.9%~100%和96.3%~100%。分子遗传进化分析显示PCV2d占80%(40/50),PCV2a占4%(2/50),PCV2b占16%(8/50),未检测到PCV2c和PCV2e。PCV3a、PCV3b和PCV3c分别占28%(14/50)、22%(11/50)和50%(25/50)。表明2020-2021年我国规模化猪场PCV2的主要流行基因型是PCV2d,其次为PCV2a和PCV2b。PCV3c为我国规模化猪场中的主要流行基因型,而PCV3a和PCV3b流行率也依然较高。论文对我国猪圆环病毒的分子流行病学进行了数据补充,对临床防控起到了预警作用,也为猪圆环病毒疫苗的研发提供参考。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 猪圆环病毒3型 混合感染 分子流行病学
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上海某三甲医院血流感染患儿肺炎克雷伯菌的耐药性及分子流行病学特征
6
作者 韩碧芸 张泓 王春 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第5期899-903,共5页
目的分析上海地区某医院血流感染患儿肺炎克雷伯菌(KP)的耐药性及分子流行病学特征。方法收集上海市儿童医院2021年1月至2022年11月接受治疗的血流感染患儿血液样本,分离培养鉴定PK菌株,采用纸片扩散法(K-B)测定耐药性,检测耐药基因;采... 目的分析上海地区某医院血流感染患儿肺炎克雷伯菌(KP)的耐药性及分子流行病学特征。方法收集上海市儿童医院2021年1月至2022年11月接受治疗的血流感染患儿血液样本,分离培养鉴定PK菌株,采用纸片扩散法(K-B)测定耐药性,检测耐药基因;采通过全基因组测序分期荚膜型、毒力基因以及多位点序列分型(MLST)分析。结果收集120份血液样本中,共检出KP菌株74株,总检出率为61.67%(74/120)。74株KP菌株对氨苄西林/舒巴坦耐药率最高,耐药率为35.14%;其次为哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南、左氧氟沙星,耐药率分别为20.27%、21.62%、22.97%。耐药基因检测显示,肺炎克雷伯菌blaKPC基因携带率最高21.62%(16/74);黏膜血液型与毒力基因检测显示,K64型KP检出最多28株(37.84%)。ST型分型结果显示,74株KP菌株公共检出32种ST型;其中ST23型9.46%(7/74),其次为ST29、ST111、ST412、ST36、ST20、ST37型各2株。结论引起血流感染患儿KP的耐药性还处于相对较低的水平,但仍存在一定的KP抗菌药物耐药菌株和多重耐药菌株,且耐药基因与毒性基因携带率较高,应予以关注。 展开更多
关键词 血流感染 肺炎克雷伯菌 耐药性 分子流行病学
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2021-2022年我国部分地区猪轮状病毒分子流行病学调查 被引量:1
7
作者 何晓明 田小艳 +3 位作者 王东东 刘桂武 李春梅 叶敏慧 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第3期77-85,共9页
为了解我国部分地区猪场猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)的流行情况及分子特征,对2021-2022年我国部分省份的86个规模化猪场的6 472份腹泻样品进行检测,用RT-PCR方法调查PoRV的流行率,并对PoRV阳性样本进行VP7和VP4基因扩增、测序... 为了解我国部分地区猪场猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)的流行情况及分子特征,对2021-2022年我国部分省份的86个规模化猪场的6 472份腹泻样品进行检测,用RT-PCR方法调查PoRV的流行率,并对PoRV阳性样本进行VP7和VP4基因扩增、测序,使用MegAlign软件进行同源性分析,利用MEGA11.0构建系统进化树。结果显示,PoRV的样品阳性率为27.89%(1 805/6 472),猪场阳性率为65.12%(56/86);从98份阳性PoRV样本中扩增出76个VP7片段,G9为优势基因型(42.11%),基因型G5、G26、G3、G4、G1、G2和G11各占26.32%、9.21%、6.58%、6.58%、3.95%、2.63%和2.63%。扩增出的35个VP4基因片段,以P[13]型为主,占57.14%;其次为P[7]、P[23]、P[3]和P[6]型,分别占20%、14.29%、5.71%和2.86%。35个毒株成功鉴定出G/P基因型,G9P[13](28.57%)为优势组合基因型,其他基因型为G5P[13](11.43%)、G4P[13](8.57%)、G9P[23](8.57%)、 G26P[13](5.71%)、G1P[7](5.71%)、G26P[3](5.71%)、G5P[7](5.71%)、G3P[7](2.86%)、G11P[23](2.86%)、G5P[23](2.86%)、G11P[7](2.86%)、G3P[13](2.86%)、G5P[6](2.86%)和G4P[7](2.86%),其中G11P[7]为国内首次鉴定到的基因型。综上,目前PoRV的流行率高且基因型复杂,优势组合基因型为G9P[13]。该结果丰富了PoRV的分子流行病学资料,对我国猪PoRV感染的防控具有重要意义,也为新型疫苗研发提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪轮状病毒 VP4基因 VP7基因 分子流行病学
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人腺病毒55型分子流行病学研究
8
作者 李宗倍 吴玉灵 吴忠兰 《宁夏医科大学学报》 2024年第8期854-859,共6页
近年来,人腺病毒55型(HAdV-55)在新兵、学生、医务人员中引起急性呼吸道感染的病例报道开始增多,HAdV-55已成为我国社区获得性肺炎的主要病原体之一,此型腺病毒应引起高度重视。本文对HAdV-55的一般特征、流行分布、疾病负担和基因进化... 近年来,人腺病毒55型(HAdV-55)在新兵、学生、医务人员中引起急性呼吸道感染的病例报道开始增多,HAdV-55已成为我国社区获得性肺炎的主要病原体之一,此型腺病毒应引起高度重视。本文对HAdV-55的一般特征、流行分布、疾病负担和基因进化进行综述,以期为人腺病毒55型疾病预防控制和疫苗研制提供参考依据。 展开更多
关键词 人腺病毒 分子流行病学 基因型
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猪链球菌病的分子流行病学及其防控策略 被引量:1
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作者 岑鑫 《农村科学实验》 2024年第6期157-159,共3页
猪链球菌病是威胁猪群健康的重要传染病之一。该文对猪链球菌病的分子流行病学特征进行了深入分析,并探讨了有效的防控策略。利用基因分型和分子标记技术,揭示了猪链球菌的分子特性及其在不同地区的流行特征,研究了猪链球菌病的主要传... 猪链球菌病是威胁猪群健康的重要传染病之一。该文对猪链球菌病的分子流行病学特征进行了深入分析,并探讨了有效的防控策略。利用基因分型和分子标记技术,揭示了猪链球菌的分子特性及其在不同地区的流行特征,研究了猪链球菌病的主要传播途径和影响其流行的风险因素。在此基础上,该文从免疫策略与疫苗研发、生物安全与环境管理措施、抗菌药物的合理使用与抗药性管理等方面入手,提出了一系列有针对性的防控措施,旨在为相关工作者提供一些有益建议。 展开更多
关键词 猪链球菌病 分子流行病学 防控策略 生物安全
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ICU碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的毒力基因分布及分子流行病学特征
10
作者 黄雅轩 蔡依含 +2 位作者 何婉霞 张莉滟 赵越 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期730-736,共7页
目的:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)携带的耐药基因会限制临床用药选择,其毒力基因也会严重影响患者预后。本研究旨在探讨重症监护室(intensive care unit,ICU)CRKP的毒力基因分布、荚膜... 目的:碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)携带的耐药基因会限制临床用药选择,其毒力基因也会严重影响患者预后。本研究旨在探讨重症监护室(intensive care unit,ICU)CRKP的毒力基因分布、荚膜血清型及分子流行病学特征,了解ICU中CRKP的感染特点,为ICU有效监测和防控CRKP感染提供科学依据。方法:收集2021年1月至2022年12月广东省人民医院ICU所分离并已确定为CRKP的非重复菌株共40株。采用全基因组测序方法,分析待测菌株耐药基因、毒力基因、荚膜血清型的分布,同时将CRKP基因组7个管家基因序列上传至肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KPN)多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)数据库进行分析,以明确菌株的序列型(sequence typing,ST)。结果:40例ICU CRKP感染患者年龄为(69.03±17.82)岁,且伴有多种基础疾病,临床结局好转和死亡各20例。所分离菌株主要来源于中段尿、肺泡灌洗液等标本。全基因组测序结果显示其主要携带blaKPC-1(29株,72.5%)和blaNDM-1(6株,15.0%),另有5株同时携带blaKPC-1和blaNDM-1。所携带的毒力基因有多种,其中entA、entB、entE、entS、fepA、fepC、fepG、yag/ecp、ompA等基因的携带率达100%,entD、fimB、iroB、iroD、fes、pla等基因携带率较低。ICU所分离的CRKP以ST11型(27例,67.5%)为主,荚膜血清型以KL64型(29例,72.5%)为主。共检出23例ST11-KL64型CRKP,占57.5%。结论:ICU CRKP主要为ST11-KL64型,并携带多种毒力基因,其中以铁吸收类毒力基因为主;且blaKPC已由blaKPC-2转为blaKPC-1。因此,需密切监测CRKP的分子流行病学变化,同时制订严格的防控措施,有效遏制CRKP感染的发生。 展开更多
关键词 重症监护室 碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌 全基因组测序 毒力基因 荚膜血清型 多位点序列分型 分子流行病学
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呼伦贝尔地区HvKp分子流行病学特征及其感染的危险因素分析
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作者 田媛 高万里 +3 位作者 孙辉 刘先伟 张仕华 孙刚 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第20期2443-2448,共6页
目的探讨高毒力肺炎克雷伯菌(HvKp)的分子流行病学特征与其感染发生的独立危险因素,为抗感染治疗提供研究依据。方法收集2020年1月至2022年12月内蒙古林业总医院鉴定为肺炎克雷伯菌的519株菌株。采用拉丝试验区分高黏菌株(HMV-Kp)与非HM... 目的探讨高毒力肺炎克雷伯菌(HvKp)的分子流行病学特征与其感染发生的独立危险因素,为抗感染治疗提供研究依据。方法收集2020年1月至2022年12月内蒙古林业总医院鉴定为肺炎克雷伯菌的519株菌株。采用拉丝试验区分高黏菌株(HMV-Kp)与非HMV-Kp,普通PCR琼脂糖凝胶电泳法进行rmpA、rmpA2、iutA基因的检测并筛选出HvKp菌株,对其中60株HvKp菌株进行多位点序列分型分析并绘制最小生成树,采用多因素Logistic回归分析HvKp感染发生的危险因素。结果HMV-Kp检出率为39.69%,HvKp检出率为37.19%,HvKp中HMV-Kp占76.68%。科室中普外科HvKp检出率最高,标本中脓液标本HvKp检出率最高。经ST分型比对,60株HvKp菌株共检出18种分型,ST23型最常见,占50.00%,其次为ST86型占8.33%。多因素Logistic回归分析结果显示,男性、肝脓肿、其他组织器官感染或化脓、近3个月使用大环内酯类抗菌药物为HvKp感染发生的独立危险因素(P<0.05)。结论HvKp与HMV-Kp菌株存在较强的关联,ST23型为本研究的优势分型,男性、肝脓肿、其他组织器官感染或化脓、近3个月使用大环内酯类抗菌药物为HvKp感染发生的独立危险因素。 展开更多
关键词 高毒力肺炎克雷伯菌 分子流行病学 危险因素 呼伦贝尔地区
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HIV-1基因分型及分子流行病学研究进展
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作者 张菲 梁冰玉 +2 位作者 蒋俊俊 叶力 梁浩 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第10期1338-1344,共7页
人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)具有高度的遗传变异性,已经演变出9种亚型、上百种流行重组亚型(CRFs)以及一系列独特重组亚型(URFs)。由于不同毒株的基因组结构和调控基因存在显著差异,HIV-1亚型的多样性可对病毒传播、疾病进展、药物治疗... 人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)具有高度的遗传变异性,已经演变出9种亚型、上百种流行重组亚型(CRFs)以及一系列独特重组亚型(URFs)。由于不同毒株的基因组结构和调控基因存在显著差异,HIV-1亚型的多样性可对病毒传播、疾病进展、药物治疗、疫苗研发等方面产生重要影响。全球范围内,HIV-1亚型的分布极不均匀,而我国已成为HIV-1亚型种类最多的国家之一。因此,快速、准确地开展HIV-1分型对我国的艾滋病疫情防控具有重要意义。本文旨在综述国内外学者在HIV-1亚型种类与分布、亚型分型方法以及分型的重要意义等方面的研究工作,为进一步深入开展相关研究提供参考依据。 展开更多
关键词 获得性免疫缺陷综合征 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 分子流行病学
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猪繁殖与呼吸综合征的分子流行病学调查及防控研究
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作者 李斌茹 《农业开发与装备》 2024年第9期211-213,共3页
对猪繁殖与呼吸综合征分子流行病学调查和防控方面的研究进行了综述。首先,对流行病学调查的内容进行了介绍,包括调查范围、采样方法和数据收集方法,以便更好地了解病原的分布和变化规律。其次,对病原的分布特征、变化趋势、传播路径及... 对猪繁殖与呼吸综合征分子流行病学调查和防控方面的研究进行了综述。首先,对流行病学调查的内容进行了介绍,包括调查范围、采样方法和数据收集方法,以便更好地了解病原的分布和变化规律。其次,对病原的分布特征、变化趋势、传播路径及影响因素进行深入分析,为制定有效的防控策略提供科学依据。在防控方面,从疫苗研制、生物安全管理和养殖管理等方面进行了论述,以提高防控措施的有效性与可行性。在此基础上,总结猪繁殖与呼吸综合征分子流行病学调查在疾病防控中的重要作用,并分析其有效性、可行性。为猪繁殖与呼吸综合征的防控提供理论依据,对推动我国养殖业的健康发展具有重要意义。 展开更多
关键词 猪繁殖 呼吸综合征 分子流行病学调查 防控
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龙江和牛十二指肠贾第虫分子流行病学调查及基因型分析
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作者 高满慧 陈剑冰 《浙江畜牧兽医》 2024年第5期23-25,共3页
十二指肠贾第虫是贾第虫属目前唯一的人畜共患寄生虫,经粪-口传播,能够引起大多数哺乳动物自限性的临床疾病。这种由十二指肠贾第虫引起的疾病被称为贾第虫病。贾第虫病的特征在于水样腹泻、腹部痉挛、减重和吸收不良。我国每年都能从... 十二指肠贾第虫是贾第虫属目前唯一的人畜共患寄生虫,经粪-口传播,能够引起大多数哺乳动物自限性的临床疾病。这种由十二指肠贾第虫引起的疾病被称为贾第虫病。贾第虫病的特征在于水样腹泻、腹部痉挛、减重和吸收不良。我国每年都能从人群中检出约2850万贾第虫病例,但这个数字仍可能是被低估的。 展开更多
关键词 人畜共患寄生虫 贾第虫病 十二指肠贾第虫 水样腹泻 吸收不良 基因型分析 分子流行病学调查 临床疾病
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我国禽传染性支气管炎病毒分子流行病学研究进展 被引量:2
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作者 高明燕 姜逸 +4 位作者 程旭 俞燕 范建华 贾雪波 孟闯 《中国家禽》 北大核心 2023年第12期87-94,共8页
禽传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由禽传染性支气管炎病毒(Infec-tiousbronchitisvirus,IBV)引起的雏鸡和成年鸡呼吸系统以及泌尿生殖道组织损伤和病变的急性、高度接触性疾病。虽然临床上广泛使用疫苗免疫防控该病,但由于... 禽传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由禽传染性支气管炎病毒(Infec-tiousbronchitisvirus,IBV)引起的雏鸡和成年鸡呼吸系统以及泌尿生殖道组织损伤和病变的急性、高度接触性疾病。虽然临床上广泛使用疫苗免疫防控该病,但由于IBV基因组存在频繁的变异和重组,导致新基因型和血清型不断出现,从而造成我国鸡IB未能得到有效控制。文章详细介绍了基于IBVS1基因系统发育学建立的分型方法以及我国流行的IBV4个基因型、18个分支的来源、传播和流行现状,为IB防控和疫苗研发提供参考。 展开更多
关键词 禽传染性支气管炎病毒 分子流行病学 S1基因序列系统发育分析 基因重组
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中国兔源十二指肠贾第虫分子流行病学研究进展 被引量:2
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作者 李俊强 张苗苗 +4 位作者 张峻晨 付寅 秦子扬 李晓迎 张龙现 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第3期363-371,共9页
对中国兔源十二指肠贾第虫的分子流行病学研究进行了总结,分析了不同地区、年龄、品种、经济用途和饲养地点的兔源十二指肠贾第虫的感染情况,阐明了不同地区兔源十二指肠贾第虫的基因型分布情况,以更好地了解十二指肠贾第虫在家兔中的... 对中国兔源十二指肠贾第虫的分子流行病学研究进行了总结,分析了不同地区、年龄、品种、经济用途和饲养地点的兔源十二指肠贾第虫的感染情况,阐明了不同地区兔源十二指肠贾第虫的基因型分布情况,以更好地了解十二指肠贾第虫在家兔中的流行情况。兔源十二指肠贾第虫集聚体B具有广泛的宿主适应性特征,其宿主适应性的分子机制值得深入研究,也是今后的重要研究方向之一。 展开更多
关键词 家兔 十二指肠贾第虫 分子流行病学 集聚体分布 人兽共患病
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高明地区手足口病EV71的分子流行病学情况及核酸序列同源性的进化性分析 被引量:1
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作者 钟剑文 陈卓仪 +3 位作者 陈健珍 谭安琦 刘翠娴 张宇 《医学理论与实践》 2023年第23期4099-4103,共5页
目的:探究高明地区手足口病肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学,并对其核酸序列同源性进行进化分析。方法:选择2020年1月-2022年12月高明区人民医院及疾控中心提供来源于1547例手足口病患者的标本共1547份,采用荧光定量RT-PCR对标本进行... 目的:探究高明地区手足口病肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学,并对其核酸序列同源性进行进化分析。方法:选择2020年1月-2022年12月高明区人民医院及疾控中心提供来源于1547例手足口病患者的标本共1547份,采用荧光定量RT-PCR对标本进行肠道病毒核酸检测,并对其进行EV71、柯萨奇病毒A组16型(CA16)、非EV71/CA16(N)分类,从时间、地区、年龄、性别、疾病类型5个方面对EV71病毒引起手术口病的分子流行病学进行调查,分离部分EV71毒株进行全基因测序分析,另采用生活信息学软件对病毒基因特征进行分析。结果:5-7月为EV71病毒引起手足口病高发时间;高明地区与佛山市其他地区EV71病毒引起手足口病病例占比无显著差异;≤1岁患者为手足口病高发群体,2021年和2022年EV71病例占比分别为36.36%和36.28%;男性为手足口病高发群体,2021年和2022年EV71病例男女比例分别为2.140∶1和2.092∶1。基于全基因序列构建亲缘进化树,分离的6株EV71毒株与C4亚型毒株具有最近的亲缘性和最高的同源性。结论:2021-2022年EV71病毒是高明地区手足口病流行的主要病原,EV71毒株属C4型且遗传性较为稳定。 展开更多
关键词 手足口病 EV71 分子流行病学 核酸序列 同源性 高明地区
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昆明地区耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌的分子流行病学特点及耐药特征分析 被引量:2
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作者 周飞 李小凤 +4 位作者 梁媛 李洁 姜波 单斌 宋贵波 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期820-825,共6页
目的研究耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌分子流行病学规律及耐药机制,为临床预防和治疗铜绿假单胞菌的感染提供理论依据。方法对多中心收集的耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌(carbapenems-resistant Pseudomonas aeruginosa,CRPA)开展... 目的研究耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌分子流行病学规律及耐药机制,为临床预防和治疗铜绿假单胞菌的感染提供理论依据。方法对多中心收集的耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌(carbapenems-resistant Pseudomonas aeruginosa,CRPA)开展多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和遗传信息研究,并对碳青霉烯酶基因与外膜孔蛋白OprD编码基因进行序列分析。结果多位点序列分型方法将81株CRPA分为36个ST型,总体以ST3390(41.98%,34/81)为主,其中有5种为新发现的ST型别;CRPA菌株中碳青霉烯酶基因的检出率较高(65.43%,53/81),尿液标本检出率最高(80.00%,28/35),其中IMP、VIM和NDM型碳青霉烯酶基因检出率分别为37.04%、27.16%和1.23%,未检测到KPC、GES、SPM和OXA-40型碳青霉烯酶基因;oprD基因的序列比对分析发现,高达96.29%(78/81)CRPA临床分离株发生了各种类型的突变,以单个或者多个碱基的插入或缺失为主(76.54%,62/81)。结论81株CRPA主要的耐药机制为膜孔蛋白基因突变和产碳青霉烯酶;存在ST3390克隆株的局部流行,应加强医院感染防控措施,防止暴发流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 分子流行病学 多位点序列分型 碳青霉烯类抗生素 耐药机制
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新疆地区牛冠状病毒的分子流行病学调查 被引量:3
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作者 王梦娇 蒋倩 +6 位作者 马学军 夏瑞阳 郭雪萍 孙磊 钟旗 马雪连 姚刚 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5125-5133,共9页
牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)是造成犊牛腹泻的主要病原之一。新疆养牛业发展迅速,国内外引入品种数量日益增多,BCoV感染呈上升态势,但对其流行现状与规律缺乏全面了解。本研究于2020—2022年对新疆南、北疆养牛业主产区BCoV感... 牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)是造成犊牛腹泻的主要病原之一。新疆养牛业发展迅速,国内外引入品种数量日益增多,BCoV感染呈上升态势,但对其流行现状与规律缺乏全面了解。本研究于2020—2022年对新疆南、北疆养牛业主产区BCoV感染的流行情况进行了两年跟踪调查,共采集犊牛腹泻粪样本652份,采用RT-PCR方法进行了BCoV检测。对分离鉴定到的毒株进行了遗传进化分析。结果发现,BCoV总阳性率23.93%(156/652)。BCoV感染呈季节性变化,冬季为主要感染季节,检出率高达50.85%。南疆地区BCoV发病率高于北疆地区。与奶用犊牛相比,肉用犊牛更易感染。遗传进化分析表明:本试验分离到的BCoV毒株暂命名为BCoV/China/XJ-CJ/2022,该毒株的S基因与2018年毒株MN982199.1进化关系最近,N基因与2018年毒株MK095169.1BCOV-China/SWUN/LN4/2018进化关系最近,M基因与2017年毒株MK095148.1 China/SWUN/SC1/2017进化关系最近,HE基因与2017年毒株MK095136.1 BCOV-China/SWUN/SC2/2017进化关系最近。使用软件分析BCoV/China/XJ-CJ/2022与其它国家出现的BCoV毒株之间未出现基因重组现象。经5个结构蛋白的核苷酸和氨基酸相似性分析,发现其基因依然与中国国内本土毒株FJ938064.1_E-AH187-TC相似度最高,分别最低达到91.50%和96.70%。调查结果表明,BCoV在新疆规模化牛场呈现出的季节、地域和品种间的感染差异性可为精准防控策略的制定提供数据支撑。 展开更多
关键词 牛冠状病毒 分子流行病学 遗传进化分析
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2022—2023年我国部分地区猪A群轮状病毒分子流行病学调查分析 被引量:1
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作者 谷拉强 陶然 +5 位作者 程曦 张雪寒 周金柱 王丹丹 王建新 李彬 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3083-3091,共9页
【目的】探究我国部分地区猪A群轮状病毒(RVA)的分子流行病学特征,明确当前的优势基因型,为RVA科学防控与疫苗研发提供理论依据。【方法】2022年1月—2023年3月收集江苏、江西、福建、山西和贵州5省36个规模化猪场送检的434份腹泻仔猪... 【目的】探究我国部分地区猪A群轮状病毒(RVA)的分子流行病学特征,明确当前的优势基因型,为RVA科学防控与疫苗研发提供理论依据。【方法】2022年1月—2023年3月收集江苏、江西、福建、山西和贵州5省36个规模化猪场送检的434份腹泻仔猪粪便样品,采用RT-PCR检测样品RVA阳性情况,对部分RVA阳性样品的VP7和VP4基因进行扩增及测序,与各型参考序列进行多序列比对,使用MegAlign进行核苷酸序列同源比对分析,并采用MEGA 7.0的邻接法构建系统发育进化树。【结果】RT-PCR检测结果显示,434份腹泻仔猪粪便样品中RVA阳性样品为196份,阳性检出率为45.16%。2022年与2023年初的阳性检出率分别为40.37%(132/327)和59.81%(64/107)。根据样品来源地区,RVA阳性检出率最高的是江苏(57.70%),其次是江西(55.71%),福建、贵州和山西的RVA阳性检出率分别是35.66%、30.00%和22.23%。共获得各地区12株RVA的VP4和VP7基因序列信息,遗传进化分析结果表明,G型中G9为优势基因型(占83.4%),G4和G5分别占8.3%;而P型中P7为优势基因型(占75.0%),其次为P13和P23,分别占16.7%和8.3%;12株RVA分属4种基因型组合,分别为G9P[7](占75.0%)、G5P[13](占8.3%)、G9P[13](占8.3%)和G4P[23](占8.3%)。【结论】我国部分省份猪场RVA阳性检出率持续升高,猪群中RVA基因型复杂多样,优势基因型组合为G9P[7]。因此,今后有必要对猪群中RVA的流行情况进行持续监测,结合基因型致病性制定预防措施并开发针对性疫苗。 展开更多
关键词 猪A群轮状病毒 VP4基因 VP7基因 分子流行病学
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