目的通过网络药理学和分子对接,预测柴胡疏肝散(Chai Hu Shu Gan San,CHSGS)治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的分子靶点,构建预后模型和列线图。方法从TCGA和GEO数据库筛选出差异表达基因、加权共表达基因和聚类模块与正常...目的通过网络药理学和分子对接,预测柴胡疏肝散(Chai Hu Shu Gan San,CHSGS)治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的分子靶点,构建预后模型和列线图。方法从TCGA和GEO数据库筛选出差异表达基因、加权共表达基因和聚类模块与正常组的差异基因;将四者取交集,得到HCC发生发展密切相关的基因;从TCMSP和SymMap数据库下载CHSGS的化合物和靶点,进一步将CHSGS的靶点与HCC相关基因进行取交集得到治疗HCC相关靶点,将其治疗HCC相关靶点进行GO和KEGG功能富集分析;使用SymMap数据库,构建CHSGS治疗HCC“病-证-方/药”网络。将PPI和构建的药物靶点网络取交集,得到核心的靶点,进一步使用cox LASSO回归分析构建相关的预后模型;结合临床性状使用单因素和多因素cox分析构建列线图;使用分子对接评估分子靶点的结合情况。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库进行核心靶点的免疫组织化学染色验证。结果得到了HCC发生发展密切相关基因890个。CHSGS治疗HCC靶点38个。GO和KEGG分析显示,CHSGS治疗HCC可能与对无机物的反应、类固醇代谢过程和对细胞外刺激的反应有关;CHSGS治疗HCC可能与FOXM1信号通路有关。cox LASSO回归构建了预后模型,其模型公式为:(0.1165)*CCNB1+(-0.0396)*PON1+(0.0888)*CHEK1+(0.0521)*SPP1+(0.0093)*NQO1+(0.0102)*SERPINE1+(0.0012)*IGFBP3。单因素cox联合多因素cox分析显示,ESR1、T分期是独立的预后危险因素。列线图结果显示,其c-index为0.622,P<0.001。分子对接结果显示,异鼠李素与ESR1的结合良好。免疫组织化学染色结果在蛋白质水平验证了结果的准确性。结论异鼠李素可能是CHSGS治疗HCC的主要成分之一,CHSGS治疗HCC的靶点用以构建的预后模型可以用于患者预后的评估,根据ESR1的表达水平、T分期构建的列线图可用于患者总体生存率的估算。展开更多
文摘目的通过网络药理学和分子对接,预测柴胡疏肝散(Chai Hu Shu Gan San,CHSGS)治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的分子靶点,构建预后模型和列线图。方法从TCGA和GEO数据库筛选出差异表达基因、加权共表达基因和聚类模块与正常组的差异基因;将四者取交集,得到HCC发生发展密切相关的基因;从TCMSP和SymMap数据库下载CHSGS的化合物和靶点,进一步将CHSGS的靶点与HCC相关基因进行取交集得到治疗HCC相关靶点,将其治疗HCC相关靶点进行GO和KEGG功能富集分析;使用SymMap数据库,构建CHSGS治疗HCC“病-证-方/药”网络。将PPI和构建的药物靶点网络取交集,得到核心的靶点,进一步使用cox LASSO回归分析构建相关的预后模型;结合临床性状使用单因素和多因素cox分析构建列线图;使用分子对接评估分子靶点的结合情况。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库进行核心靶点的免疫组织化学染色验证。结果得到了HCC发生发展密切相关基因890个。CHSGS治疗HCC靶点38个。GO和KEGG分析显示,CHSGS治疗HCC可能与对无机物的反应、类固醇代谢过程和对细胞外刺激的反应有关;CHSGS治疗HCC可能与FOXM1信号通路有关。cox LASSO回归构建了预后模型,其模型公式为:(0.1165)*CCNB1+(-0.0396)*PON1+(0.0888)*CHEK1+(0.0521)*SPP1+(0.0093)*NQO1+(0.0102)*SERPINE1+(0.0012)*IGFBP3。单因素cox联合多因素cox分析显示,ESR1、T分期是独立的预后危险因素。列线图结果显示,其c-index为0.622,P<0.001。分子对接结果显示,异鼠李素与ESR1的结合良好。免疫组织化学染色结果在蛋白质水平验证了结果的准确性。结论异鼠李素可能是CHSGS治疗HCC的主要成分之一,CHSGS治疗HCC的靶点用以构建的预后模型可以用于患者预后的评估,根据ESR1的表达水平、T分期构建的列线图可用于患者总体生存率的估算。