虾类十足目虹彩病毒1(DIV1)LAMP-HNB快检方法的建立

[目的]建立一种操作简便、快速、可视化的虾类病原检测方法,实现基层养殖户自检。[方法]针对十足目虹彩病毒1(DIV1),设计环介导等温扩增(LAMP)特异性引物,对反应试剂用量、温度、反应时间等条件进行优化,建立LAMP与羟基萘酚蓝(HNB)结合的LAMP-HNB可视化快速检测方法。[结果]在LAMP反应体系中添加12 mmol/L Mg^(2+)和250μmol/L HNB,65℃恒温条件下反应60 min最佳;DIV1病原质粒最低检出限为102 copies/μL,稳定性和特异性较好,通过带有靶标基因的阳性质粒进行16次重复性试验结果均较为稳定,多种模板扩增试验均未发生假阳性情况,符合试验要求。[结论]该研究建立的LAMP-HNB可视化快速检测方法,适用于上述对虾DIV1的现场快速检测。

三疣梭子蟹十足目虹彩病毒1 SYBR Green I荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

为建立十足目虹彩病毒1(decapod iridescent virus 1,DIV1)的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,根据DIV1的MCP和ATPase基因序列,设计并筛选出引物,以制备的DIV1阳性质粒标准品为模板构建标准曲线,建立DIV1的SYBR Green I qPCR方法,并对该方法进行临床初步应用。结果显示,建立的qPCR方法阈值循环数(cycle threshold value,Ct)与标准品拷贝数的对数线性关系良好,标准曲线相关系数(R^(2))为0.999;对DIV1阳性的虾蟹核酸样本能够进行特异性扩增,但对传染性脾肾坏死病毒(infectious spleen and kidney necrosis virus,ISKNV)和白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)阳性核酸样本均无扩增;最低检测限为9.77 copies/μL;Ct值的组内和组间变异系数均小于1%。运用该方法对70份疑似感染DIV1的虾蟹类样本进行DIV1检测,该方法阳性率为48.57%,与套式PCR检测方法的阳性率一致;利用建立的方法对DIV1阳性三疣梭子蟹的血淋巴、肝胰腺及心脏等组织进行定量检测分析,结果显示各组织中均存在DIV1,其中血淋巴中DIV1平均拷贝数最高。研究表明,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于对DIV1的快速、定量检测,对十足目虹彩病毒病的诊断和防控具有重要意义。

虾十足目虹彩病毒1、肝肠胞虫及传染性早熟病毒多重Taq Man荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立检测十足目虹彩病毒1(DIV1)、肝肠胞虫(EHP)、传染性早熟病毒(IPV)的多重Taq Man荧光定量PCR检测方法,本研究根据DIV1 MCP基因、EHP SSU基因与IPV polyprotein A基因设计特异性引物和Taq Man探针,经各反应条件的优化建立了同时检测DIV1、EHP及IPV的多重Taq Man荧光定量PCR方法。利用该方法检测DIV1、EHP、IPV、白斑综合征病毒、致急性肝胰腺坏死弧菌、传染性皮下及造血器官坏死病毒、虾偷死病毒、传染性肌肉坏死病毒、桃拉病毒、黄头病毒1型等主要虾类病毒,结果显示,该方法仅能扩增出DIV1、EHP和IPV,与其他主要虾类病原均无交叉反应,特异性较强。对10倍倍比稀释后等浓度等体积混合的DIV1、EHP和IPV质粒标准品混合物的检测结果显示,该方法对3种病原的质粒标准品的检测限均为1.67×10^(1)拷贝/μL,各病毒单一荧光定量PCR方法的检测限均为1.67×10~0拷贝/μL,多重Taq Man荧光定量PCR方法的灵敏度虽略低于单一荧光定量PCR方法,但是可以同时检测3种病原,检测效率高。选取3个浓度的pDIV1、pEHP、pIPV(5×10^(5)拷贝/μL、5×10^(4)拷贝/μL、5×10^(3)拷贝/μL)等浓度等体积混合的质粒标准品为模板,进行组内和组间重复性试验,结果显示组内与组间重复性试验的变异系数均小于1%,该方法重复性较好。利用该方法与DIV1、EHP、IPV单一荧光定量PCR方法同时检测105份虾苗和亲虾样品,结果显示,本研究建立的多重Taq Man荧光定量PCR方法对DIV1的检出率为21.9%(23/105),对EHP的检出率为14.3%(15/105),对IPV的检出率为45.7%(48/105),3种病原混合感染率为1.9%(2/105),与DIV1、EHP、IPV各单一荧光定量PCR方法的检测结果均一致,阳性样品的符合率达100%。本研究建立的DIV1、EHP、IPV多重Taq Man荧光定量PCR方法为临床同时检测该3种病原提供了特异、敏感、高效的技术手段。

十足目虹彩病毒(DIV1)环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用

本研究以十足目虹彩病毒(Decapod iridescent virus 1,DIV1)主要衣壳蛋白基因为靶序列设计引物,建立了DIV1的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并以pMD18-DIV1质粒标准品为模板对该方法的检测灵敏度、检测特异性等进行了评估。结果显示,此方法最适反应温度为64.4℃,优化后的25μl反应体系中包含2.5μl 10×Isothermal amplification buffer、4.0 mmol/L Mg^2+、1.2 mmol/L dNTPs、6.4 U Bst 2.0 WarmStart■DNA聚合酶、0.8μmol/L EvaGreen■和4.4μl ddH2O。该方法检测灵敏度下限为3.54×10^2拷贝/反应;与虾肝肠胞虫(EHP)、致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)、对虾偷死野田村病毒(CMNV)、传染性皮下及造血组织坏死病病毒(IHHNV)、白斑综合征病毒(WSSV)、桃拉综合征病毒(TSV)和黄头病毒(YHV)等主要虾类病原没有交叉反应;具有较好的重复性和稳定性。以GeneFinder■替换EvaGreen■并将其预置于反应管内,结合上述扩增方法可实现对DIV1的现场快速高灵敏检测。本研究建立的DIV1-LAMP实时荧光定量和现场检测方法具有灵敏、特异和快速等特点,为近几年新发虾类病原DIV1的定性、定量以及现场快速检测提供了新的技术选择,有利于对虾养殖业中开展DIV1的监测、预警和防控。

重组酶快速检测十足目虹彩病毒1方法的建立

为建立十足目虹彩病毒1的快速检测方法,根据十足目虹彩病毒1的ATP酶基因(ORF114R)保守序列设计特异性引物,通过条件优化,建立基于重组酶聚合酶扩增技术的十足目虹彩病毒1检测方法。重组酶聚合酶扩增技术的最优扩增温度为30 ℃,恒温反应20 min内即可完成。特异性试验结果显示,该方法与其他常见虾类感染病毒无交叉反应。敏感性试验结果显示,该方法对十足目虹彩病毒1的最低检出限为7 拷贝/μL,低于传统的巢式PCR方法。利用已建立的重组酶聚合酶扩增技术方法和PCR方法对采集的509批临床样品进行检测,试验结果表明,重组酶聚合酶扩增技术能够有效检出PCR方法的弱阳性样品,表明重组酶聚合酶扩增技术可以用于临床检测。笔者建立的检测十足目虹彩病毒1的重组酶聚合酶扩增技术具有快速、简便、特异性强、灵敏度高的特点,适合基层实验室及现场检测。

罗氏沼虾野田村病毒和十足目虹彩病毒1二重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立能同时检测罗氏沼虾野田村病毒(MrNV)和十足目虹彩病毒1(DIV1)的二重荧光定量PCR,为罗氏沼虾白尾病(WTD)及虹彩病毒病(DIV1D)的临床诊断和疫情监测提供更简便和高效的检测方法。【方法】分别根据MrNV-CP基因和DIV1-MCP基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,将目的基因片段分别克隆至pGM-T载体上制备重组质粒(pGM-T-CP^(MrNV)和pGM-T-MCP^(DIV1)),其中,pGM-T-CP^(MrNV)用Sal I酶切后经体外转录获得MrNV标准品RNA,pGM-T-MCP^(DIV1)则直接作为DIV1标准品DNA;以标准品为模板进行反应条件优化及标准曲线制定,建立可同时检测MrNV和DIV1的二重荧光定量PCR,并对该方法进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。【结果】制备的MrNV标准品RNA和DIV1标准品DNA均具有很好的稳定性,可作为标准品和阳性对照使用;标准品起始模板范围为1.0×10^(1)~1.0×10^(8)Copies/反应时,建立的标准曲线具有良好线性关系。优化后的二重荧光定量PCR灵敏度高,对标准品的检测灵敏度可达10 Copies/反应,对罗氏沼虾组织样品的检测灵敏度约10 Copies/mg;与其他虾类常见病原无交叉反应,且整个检测过程仅需1 h左右。二重荧光定量PCR检测MrNV的组内试验和组间试验变异系数分别为0.31%~0.93%和0.96%~1.33%,检测DIV1的组内试验和组间试验变异系数分别为0.35%~0.81%和0.78%~1.04%。应用建立的二重荧光定量PCR和国内现行有效标准的套式PCR分别对117份临床样品进行MrNV和DIV1检测,结果显示对MrNV和DIV1检测的符合率分别为99.15%和97.44%,且二重荧光定量PCR检测目标病毒拷贝数较低样品时较套式PCR具有更高的灵敏度。2020年广西罗氏沼虾样品MrNV和DIV1的阳性检出率分别为6.0%和11.0%。【结论】结合TaqMan-MGB探针技术建立的二重荧光定量PCR能同时检测MrNV和DIV1,且具有灵敏度高、特异性强、重复性好、简便快速的特点,可为WTD和DIV1D的临床诊断及实时监测提供技术保障。

凡纳滨对虾LvML1基因克隆与表达分析

髓样分化蛋白2相关脂质识别(ML)蛋白是无脊椎动物先天免疫与脂质代谢方面具有重要功能的一类蛋白。克隆凡纳滨对虾1个新的ML基因cDNA全序列,命名为LvML1,包含254 bp的5′非编码区、913 bp的3′非编码区和462 bp的开放阅读框,开放阅读框共编码153个氨基酸。LvML1蛋白具有7个半胱氨酸残基,预测可形成3对二硫键,且具有1个典型ML家族结构域。多重序列对比发现,ML结构域和半胱氨酸残基位置均相对保守。系统进化显示,LvML1蛋白与斑节对虾、日本囊对虾、美洲螯龙虾等甲壳动物的ML蛋白聚为一支。实时荧光定量PCR结果显示,LvML1基因在所有检测组织中均有表达,在心脏中表达量最高。发育表达结果显示,LvML1基因自无节幼体期已有表达,在变态至溞状幼体期、糠虾幼体期及仔虾的每次转换均上调表达,表明其参与了对虾幼体的发育过程。十足目虹彩病毒1人工感染24 h后,LvML1基因在肝胰腺和鳃中表达量下降,差异极显著(P<0.01),说明其参与了对虾抗病毒的先天免疫过程。本试验结果可为了解凡纳滨对虾ML蛋白家族的结构功能及其在对虾先天免疫和幼体发育中的重要作用提供基础资料。

2021年浙江省宁波市南美白对虾养殖期EHP和DIV1病原监测

为了解浙江省宁波市南美白对虾主养区虾肝肠胞虫(EHP)、十足目虹彩病毒1(DIV1)的流行规律,2021年3—9月,在宁波市鄞州、象山、宁海、奉化等地区的15个养殖场共采集119批次南美白对虾养成期样本,采用PCR方法检测EHP和DIV1。结果显示:EHP批次阳性率为26.9%(32/119),DIV1批次阳性率为10.9%(13/119),EHP+DIV1混合感染批次阳性率为2.5%(3/119);EHP批次阳性率在各个养殖区域之间差异不显著(P>0.05),象山的DIV1批次阳性率最高,为30.4%(7/23),显著高于奉化(P<0.05),但与其他两地差异不显著(P>0.05);EHP批次阳性率在体长3 cm以上的虾样中显著高于小于3 cm的虾样(P<0.05),而DIV1批次阳性率在不同体长对虾中均无显著差异(P>0.05);EHP批次阳性率4—5月显著低于6—9月(P<0.05),DIV1批次阳性率7—8月显著高于其他月份(P<0.05);EHP在体表发红症状的批次中未检出,在其余症状的批次中均有检出,DIV1在有体表发红症状的批次中阳性率较高,为91.0%(10/11)。结果表明:EHP在宁波市流行严重,主要流行于体长大于3 cm的养殖中后期对虾,前期感染症状不明显;DIV1流行得到一定的控制,现主要流行于体长3~6 cm的对虾,体表发红是DIV1感染的重要病症;两种病原在夏季都有较强的流行趋势,需针对性加强防控。本监测初步掌握了宁波市南美白对虾中EHP和DIV1的流行规律,为宁波市南美白对虾病害防控提供了参考。

WSSV和DIV1感染凡纳滨对虾对血淋巴凝固的影响

研究发现白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)和十足类虹彩病毒1(decapod iridescent virus 1,DIV1)感染凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)会抑制血淋巴的凝固。为了探究对虾凝血相关基因在抵御病毒感染过程中的作用,使用qPCR检测凡纳滨对虾凝血相关基因LvTGI、LvTGII和LvCP在两种病毒感染后的表达量差异,研究这些基因与病毒感染的互作关系;通过RNAi敲降LvTGI和LvTGII,分析它们在血淋巴凝结及宿主抗病毒免疫中的作用。结果显示,凝血系统关键基因LvTGI、LvTGII和LvCP在WSSV和DIV1感染后在不同组织中的表达模式存在显著差异,表明这些基因能够响应两种病毒的感染。RNAi敲降LvTGI和LvTGII后,对虾血淋巴凝固受到显著抑制,并且感染WSSV和DIV1的对虾累积死亡率较对照组明显增加,提示血淋巴凝固可能在抵抗两种病毒感染过程中发挥重要作用。研究结果为深入探讨对虾凝血系统与病毒的互作关系提供了重要参考信息。

重组酶聚合酶扩增结合CRISPR-Cas12a快速检测十足目虹彩病毒1方法的建立

【背景】十足目虹彩病毒1 (Decapod Iridescent Virus 1,DIV1)可感染南美白对虾、中国对虾和日本对虾等,是危害对虾养殖业的主要病毒之一。当前高效、快速、简便地检测对虾是否感染DIV1是减少其发生和危害的重要途径。【目的】将成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats,CRISPR)及其相关蛋白12a (CRISPR Associated Protein 12a,Cas12a),即CRISPR-Cas12a系统,与重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification,RPA)技术相结合,建立快速检测DIV1的方法(RPA-Cas12a),并探讨该方法在实际样本检验中的应用价值。【方法】通过提取DIV1DNA,设计其RPA引物、crRNA及报告探针,优化并建立RPA结合CRISPR-Cas12a的快速检测方法,进一步分析该方法检测DIV1的灵敏度与特异性,并比较建立的方法与qPCR法的一致性。【结果】建立的RPA-Cas12a快速检测方法可在40min内实现对虾样本DNA中DIV1的检测,检测限为10 copies/reaction。用该方法分别对对虾白斑综合征病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus,IHHNV)、虾肝肠胞虫(Enterocytozoon Hepatopenaei,EHP)及DIV1进行检测,结果仅DIV1发生特异性反应,而WSSV、IHHNV和EHP的检测结果均为阴性。采用RPA-Cas12a检测61份实际样本,结果均与qPCR检测法的阳性检出率一致。【结论】建立的RPA-Cas12a方法检测十足目虹彩病毒1具有快速、简便、灵敏度高且特异性强的特点,为十足目虹彩病毒1的快速检测提供了新的工具。

中华绒螯蟹(Eriocheir japonica sinensis)内转录间隔区1(ITS1)大小变异的研究(英文)

在对中华绒鳌蟹(Eriocheirjaponicasinensis)(又称河蟹)核糖体DNA内转录间隔区1(ITS1)进行研究时,由于在软甲亚纲中还没有已知序列和5.8SrDNA序列的报道,所以在设计引物时,主要参考了其它节肢动物的序列。用此引物对河蟹的ITS1进行扩增,发现其个体内ITS1如同其他一些无脊椎动物一样,存在其大小变异。为了进一步确证这一发现,首先将得到的所有扩增产物进行测序,然后再扩增出河蟹的整个ITS区并测序。通过所得序列的比较,发现河蟹个体内ITS1的大小变异是由引物错配而引起的赝相。为了检验这一结论的可靠性,该文在测出河蟹5.8SrDNA序列的基础上,重新设计了引物,并再次扩增了河蟹的ITS1,然后对产物进行测序,最后再同上述结果进行比较;同时在改变扩增条件的情况下用原引物重新扩增ITS1,并检验其结果。最终证实河蟹个体内ITS1的大小变异是由引物错配而引起的赝相。该文同时还报道了中华绒螯蟹ITS1的序列。

2022年宁波市南美白对虾主要病原流行病学调查

为了解虾肝肠胞虫(EHP)、十足目虹彩病毒1(DIV1)、白斑综合征病毒(WSSV)和致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(Vp AHPND)在宁波地区养殖南美白对虾中的致病途径和流行规律,采用PCR方法检测了该地区不同养殖模式下南美白对虾及其周边环境和生物中这4种病原的感染情况。结果显示:南美白对虾样本中,WSSV在整个养殖过程中未检出,Vp AHPND阳性率最高,为14.6%,其次是EHP和DIV1,阳性率分别为10.2%和2.9%;土塘养殖模式下对虾病原检出率最高,为61.3%,其次为小棚模式和帆布池模式,病原检出率分别为26.3%和22.2%,大棚养殖的南美白对虾中未检出病原;水样中检出WSSV、EHP、Vp AHPND、DIV1阳性批次数分别为1、14、8、6;底泥样品中未检出病原;周边环境生物中,仅1个批次的脊尾白虾检出EHP阳性。结果表明:4种病原在夏季有较强的流行趋势,需要针对性地加强防控;大棚养殖模式的抗风险能力要高于其他养殖模式,在该模式下水质相对稳定,受外界因素影响较小;病原在底泥和周边环境生物中检出率较低,而在养殖水体中检出率较高,养殖水体可能在南美白对虾感染病原的过程中起着重要的传播媒介作用。因此,在养殖过程中加强水体调控十分重要。

微流控芯片技术检测虾四种病原微生物方法的建立

针对虾的白斑综合征病毒、桃拉综合征病毒、黄头病毒和十足目虹彩病毒1的基因保守序列设计LAMP引物,将引物包被于芯片反应槽中,将微流控芯片技术与LAMP等温扩增技术相结合,建立针对这四种病毒的高效准确检测方法。用不同浓度的病毒阳性模板检测了建立的检测方法对4种虾病毒与另1种常见虾病毒的特异性,并对20份阳性和30份阴性虾组织样本的特异性、敏感性和重复性进行了临床对比验证实验。结果表明:本研究方法灵敏度高,特异性强,重复性好,各病毒间无交叉反应,为同时快速检测虾的四种病毒提供了技术手段。

上海主养区凡纳滨对虾8种流行病病原监测及分析

为进一步掌握上海地区养殖凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)病原的流行趋势及特点,定期对上海主养区的凡纳滨对虾开展了8种流行病病原监测及分析工作。51份样品的分子检测和细菌分离鉴定结果显示,有4种病原检测出阳性,其中虹彩病毒1(DIV1)阳性检出率为29.41%,传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)为3.92%,致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(Vp AHPND)为1.96%,副溶血弧菌(Vp)为19.61%;而白斑综合征病毒(WSSV)、桃拉综合征病毒(TSV)、偷死野田村病毒(CMNV)、虾肝肠胞虫(EHP)等4种病原未检出。408项病原检测结果中,4种病原的阳性总样本数量为28份,总体阳性率为6.86%。结果表明,上海地区养殖凡纳滨对虾的病原携带率处于较低水平,DIV1、副溶血弧菌(Vp)是携带的主要病原。在实际生产中应根据病原流行特点,从苗种选购、养殖过程管理、药物选用等方面进行综合防控,减少病害发生。