国际人类基因组单体型图计划

国际人类基因组单体型图计划(theinternationalHapMapproject)是一项旨在构建人类DNA序列中多态位点的常见模式图,即单体型图(简称HapMap),并免费向公众开放全部数据的国际性合作研究计划。HapMap的预期成果将成为研究人员确定对人类健康和疾病以及对药物和环境的反应有影响的相关序列变异的关键信息,并有助于加速相关诊断工具的发展,有效增强科学家对介入治疗的靶点进行选择的能力。

江浙沪地区汉族人群HLA单体型研究

利用HLA血清学和分子生物学分型方法对江浙沪地区汉族人群 16 6对夫妻进行HLA A ,B和DRB1单体型调查 ,并分析HLA单体型的分布特征。结果显示 ,江浙沪地区汉族人群HLA A2 ,A11,A2 4 ,B13,B4 6 ,B6 0 ,DRB1 0 4 ,DRB1 0 8,DRB1 0 9,DRB1 12和DRB1 15有较高的频率分布 ( >10 % )。研究中发现HLA A B ,B DRB1单体型分别有 12 8条和 182条 ,占理论单体型总数的 19 2 8% ( 12 8 6 6 4 )和 2 7 4 1% ( 182 6 6 4 )。其中有 18种A B单体型频率大于 0 5 % (连锁不平衡参数△ >0 ) ,有 2 3种B DRB1单体型频率大于 0 5 % (△ >0 )。A B DRB1单体型有 35 1条 ,占理论单体型总数的 5 2 86 % ( 35 1 6 6 4 ) ,其中 8种单体型频率大于 0 5 % (△ >0 ) ,A 30 B13 DRB1 0 7( 4 2 2 % ) ,A2 B4 6 DRB1 0 9( 3 77% ) ,A33 B5 8 DRB1 17( 3 0 1% ) ,A33 B5 8 DRB1 13 1( 1 81% )和A11 B75 DRB1 12( 1 5 1% )是最常见单体型。江浙沪地区汉族人群HLA单体型有其自身分布特点 ,遗传特征介于南北汉族之间 。

单体型分析在肿瘤侯选基因研究中的应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是第3代分子遗传标志,由其构成遗传组合称为单体型。它决定基因的功能单位和人群遗传变异的内在特征。单体型的存在可以极大地减少疾病关联研究的工作量,以单个SNP为中心进行复杂性状疾病的易感基因研究常欠说服力,而利用相邻的SNP信息关联构成的单体型分析就越来越受到欢迎。目前多应用统计学方法进行单体型构建,常用来推断单体型的软件较多,各有优缺点,研究者需结合课题选择最佳方法。单体型分析在肿瘤候选基因中的应用目前主要在肿瘤发病的相关性研究方面,随着研究的深入和技术的进步,单体型分析被越来越多地应用于肿瘤候选基因的筛选与鉴定。对侯选基因进行单体型分析可为疾病的诊断及个体化治疗提供新的手段,并可能发现新的预后预测指标。

中国汉族人群GH1基因启动子区单体型及与身高的关系

目的研究中国汉族人群GH1基因启动子区域的单核苷酸多态性及其在中国汉族人群中的分布规律,建立其单体型分析方法并探索与成年人身高间的关系,为今后个体身高特征推测研究奠定基础。方法采用直接测序法进行SNP检测,获得其分型数据;采用等位位点特异性PCR方法和基于人群的单体型推断方法分别进行单体型分析,并采用Haplo.stats软件构建单体型与身高的广义线性模型。结果 GH1基因启动子区域含有多个SNP位点,在前人研究的基础上发现了-261、-250、+20三个新SNP位点;找到-278、-57、-6三个标签SNP位点,以最常见的单体型GTA为参照,TTA、GGG、TTG携带者的身高更矮(P<0.05),差异具有统计学意义。结论基于人群的单体型推断方法是一种比较准确可行的方法,可以在后续的研究中单独使用,不需要再进行复杂费时的等位位点特异性PCR操作;GH1基因启动子区域在中国汉族人群中表现出高度多态性,并存在一定的人种差异;GH1基因启动子区域的序列及单体型与身高存在一定的关系。

单体型装配问题的研究现状

单核苷酸多态性(SNP)是指不同个体DNA序列上的单个碱基的差异,是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位基因。研究表明在复杂性疾病研究方面,由多个变异位点组合构成的单体型所携带的信息比单个的SNP数据的信息更有价值,由此衍生了单体型装配问题。文章论述了SNP,单体型,基因型的定义,综述了求解单一个体单体型装配问题的主要模型及算法,同时阐述了求解群体单体型装配问题的5种方法及算法。

人类基因组单核苷酸多态性和单体型的分析及应用

单核苷酸多态性是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点,单体型已经成为近年来人类遗传研究的组成部分。人类基因组单体型图(HapMap)计划的目标就是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式,找出代表整个人类基因图谱之中的SNP集合的标签SNP。在复杂性疾病研究中,由多个变异位点组合构成的单体型分析优于单个SNP的分析。文章论述了SNPs、基因型、表现型的定义与HapMap计划的一些情况,综述了单体型的3种推断算法和单体域的不同定义与构建方法,同时介绍了标签SNP的选择及单体型与复杂疾病关联分析的方法,可利用公共SNP数据库的情况以及SNPs与单体型在复杂疾病与药物反应方面的应用。

人类基因组计划和人类基因组单体型图计划：口腔医学的机遇、挑战与对策思考

人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的实施与逐步完成,构建起一张精度更高信息更完整的多人种遗传多态图谱,有望破译人类遗传密码,实现疾病的分子诊断与个体化治疗。本文简要在回顾人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的建立过程、目标和已获得成果的基础上,提出口腔医学领域通过人才培养模式的改进,多学科交叉联合,加强国家口腔医学研究基地的建设,启动口腔医学领域国家重大基础研究计划4个方面的应对策略,以迎接挑战。

广州地区106例汉族人群MICA和MICB微卫星基因座单体型研究

利用聚合酶链反应和荧光(6-FAM)自动化检测技术对广东地区汉族106例无亲缘关系样本进行MICA基因外显子5和MICB基因内含子1微卫星基因座多态性及其单体型分布调查。根据群体资料估算两者间的单体型频率、连锁不平衡参数、相对连锁不平衡参数。结果显示,广州地区汉族人群MICA和MICB微卫星基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡法则,共检出MICA微卫星基因座5个等位基因,MICB微卫星基因座14个等位基因。其中MICA A5基因频率最高(0.2877),A4基因频率最低(0.1321)。MICB CA14等位基因频率最高(0.3255),CA19、CA28等位基因频率最低(0.0047),未检出CA27。21种MICA-MICB单体型频率大于1％(连锁不平衡参数>0),其中单体型A5-CA14(16.73％),A5.1-CA18(8.75％),A4-CA26(3.76％),A9-CA15(3.66％)和A6-CA21(2.61％)为强连锁常见单体型(x^2>3.84,P<0.05)。

中国南方汉族人群HLA-A、B、DRB1基因的序列分析和单体型分布

目的分析中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的序列多态性和单体型的分布情况。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对421名随机南方汉族个体的HLA-A、-B、-DRB1基因进行序列分析,进而采用最大似然性方法计算等位基因和单体型的分布频率。结果26个HLA-A等位基因中,频率>0.05的6种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303和A*0203的频率总和为78.15%;53个HLA-B等位基因中,频率>0.05的5种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801、B*1502和B*1301的频率总和为50.59%;36个HLA-DRB1等位基因中,频率>0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*0405和DRB1*0301的频率总和为60.21%。372条A-B、494条B-DRB1和1658条A-B-DRB1单体型中,分别有39、43和26条单体型,频率>0.005,其频率总和分别为66.07%、58.91%和34.30%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其最主要单体型。结论获得了中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的高分辨等位基因频率和单体型分布数据,进一步为人类学、法医学、移植配型和疾病相关研究提供了信息。

单体型装配问题的启发式算法研究

单体型装配问题是生物信息学的一个研究重点,针对的是染色体上的大量SNP数据,通过适当的方法,将其装配成一对单体型。文章介绍了求解单体型装配问题的三种主要的启发式算法,分别是基于遗传算法的启发式算法,基于粒子群算法的启发式算法和基于前馈神经网络算法的启发式算法。

广州地区献血人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性的研究

目的:研究广州地区献血人群HLA-A、B、DRB1等位基因多态性的分布特征。方法:应用序列特异引物-聚合酶链反应(polymerase chain reaction-sequence-specific primer,PCR-SSP)高分辨试剂分型,对广州地区1691名无血缘关系的健康人群HLA-A、B、DRB1进行基因分型。结果:检出HLA-A、B、DRB1等位基因分别有37、76、43种,经统计分析这3个基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05),A*02:07-B*46:01-DRB1*09:01(4.293%)和A*33:03-B*58:01-DRB1*03:01(3.284%)单体型是广州地区献血人群最常见单体型。结论:广州地区献血人群HLA-A、B、DRB1基因座单体型分布具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点。研究获得的HLA-A、B、DRB1基因座单体型分布数据及相关遗传参数资料,为HLA在人类学、免疫遗传学、法医学和其它的组织器官移植方面的应用和科学研究提供和积累了基础资料。

中国人群携带m.14484T>C突变的Leber’s遗传性视神经病变线粒体单体型及多态位点分析

线粒体ND6基因（MT-ND6）上的m.14484T＞C突变是Leb er＇s遗传性视神经病变（Leber＇s hereditary optic neuropathy,LHON）的一个原发性突变,但该突变自身不足以产生视力损伤.为研究线粒体单体型对携带该突变人群LHON发病的影响,文章对1 177例中国汉族LHON患者MT-ND6基因进行了全面系统的筛查,共筛查到67例患者携带m.14484T＞C同质性突变,在该研究群体中所占比例为5.7％.携带m.14484T＞C突变的51例家系LHON的外显率从5.6％～100.0％不等,平均外显率为21.5％.对家系中51例先证者线粒体全基因组进行分析,各表现为不同的多态性,分别属于18个东亚线粒体单体型.其中单体型A和单体型F在病例组频率均明显低于106例对照组.另外,单体型M10a在病例组中占9.8％,在对照组中未被发现,进一步发现该单体型家系LHON的平均外显率（46.13％）显著高于其他单体型家系的平均外显率,提示线粒体单体型M10a可能增加视力损伤的风险.

江苏汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨基因多态性和单体型研究

目的:分析中国江苏地区汉族人群中造血干细胞捐献志愿者人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1在高分辨基因分型水平上的基因多态性和单体型的分布特征。方法:采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型以及基因序列分型(sequence-based typing,SBT)技术,对中国造血干细胞捐献者资料库江苏分库644例无关供者的HLA-A、B、DRB1位点上的等位基因作高分辨分型,直接计数法计算等位基因频率。应用Arlequin 3.01软件,以最大似然法分析单体型频率。结果:在644例无关捐献志愿者中共检出高分辨HLA-A基因29个,HLA-B基因60个,HLA-DRB1基因36个。A位点频率最高的是A*1101(17.86%),B位点频率最高的是B*4601(9.55%),DRB1位点频率最高的是DRB1*0901(15.76%)。频率最高的HLA-A、B、DRB1单体型是A*3001-B*1302-DRB1*0701(5.98%),频率最高的HLA-A、B单体型是A*3001-B*1302(6.68%),频率最高的HLA-B、DRB1单体型是B*1302-DRB1*0701(7.22%),频率最高的HLA-A、DRB1单体型是A*3001-DRB1*0701(6.06%)。结论:本资料从高分辨水平分析了江苏地区汉族人群HLA的分布状况,对指导临床寻找HLA匹配的无关造血干细胞供者、HLA与疾病相关研究和我国人群群体遗传学研究等有重要意义。

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征。方法采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B、DRB1等位基因及单体型频率。结果 4 082例样本中,共观察到204个HLA等位基因,其中频率>0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11∶01、A*24∶02、A*02∶01、B*46∶01、DRB1*09∶01、DRB1*15∶01。841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是"可靠的"(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条。结论获得上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据。

HLA高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族髓系白血病的关联性研究

目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,DRB1高分辨分型,运用Arleguin 3.5.2软件计算基因频率及单体型频率,病例对照研究计算疾病比值比(ocld ratio,OR);用Swiss-Model对差异HLA分子进行同源建模,Swiss-Pdb Viewer v4.1软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:经χ~2检验、连续校正显示,AML组(n=189)的A*02:07(8.47%vs 5.28%,P=0.013)、A*29:01(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*07:02(5.29%vs 3.10%,P=0.029)、B*07:05:01G(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*35:02(1.06%vs 0.20%,P=0.023)的基因频率高于对照组,而AML组的A*02:03频率则低于对照组(0.79%vs 3.10%,P=0.011)。CML组(n=70)的B*46:01频率低于对照组(2.86%vs 7.82%,P=0.031),但上述等位基因经Bonferroni校正后,均显示无统计学差异。经Fisher精确概率检验和Bonferroni校正,DRB1*11:28及其单体型A*24:02-B*15:01-DRB1*11:28频率在陕西籍CML患者中显著升高(1.43%vs 0.00%,Pc'=0.015;1.43%vs 0.00%,P=0.003)。Swiss-Pdb Viewer v 4.1软件计算DRB1*11:28和DRB1*11:01分子肽结合区主链间均方根偏差(RMSD)为0.09 nm。经Bonferroni校正单体型A*03:01-B*50:01-DRB1*07:01和A*11:01-B*40:06-DRB1*09:01分别在AML和CML患者中频率显著升高(1.06%vs 0.00%,Pc=0.000;2.86%vs 0.07%,Pc=0.000),与白血病呈正相关(OR=59.66,95%CI=3.21-1110.39;OR=42.91,95%CI=7.07-260.32)。结论:北方汉族AML和CML患者携带有特定的易感单体型,DRB1*11:28与CML发病呈正相关,可能不能有效结合并提呈bcr-abl肽段给CD4^+T细胞,是北方汉族尤其陕西籍发生CML的易感基因(OR=89.62,95%CI=4.28-1875.87),并与其特定单体型关联。

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨单体型频率初步分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB15位点在高分辨基因分型水平上的单体型频率及连锁不平衡特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用Arle-quin3.1软件以最大似然法分析单体型频率。结果双座位连锁不平衡分析显示,HLA-C与HLA-B、HLA-DRB1与HLA-DQB1呈现较为显著的连锁不平衡;多位点单体型频率分析结果显示,最常见的2、3、4、5位点单体型分别为:A*0207-B*4601(7.34%)、Cw*0102-B*4601(8.71%)、B*1302-DRB1*0701(6.19%)、DRB1*0901-DQB1*0303(14.27%)、A*3001-B*1302-DRB1*0701(5.36%)、A*0207-B*4601-Cw*0102(7.06%)、A*3001-Cw*0602-B*1302-DRB1*0701(5.36%)、Cw*0602-B*1302-DRB1*0701-DQB1*0202(6.12%)、A*3001-Cw*0602-B*1302-DRB1*0701-DQB1*0202(5.29%)。结论本研究提供了中华骨髓库718名捐献者HLA5位点高分辨单体型频率遗传学数据,将为临床寻找HLA匹配的无关供者、法医学鉴定、HLA与疾病相关研究等提供分子遗传学参考。

HLA-A,B,DRB1单体型频率计算及其在骨髓库中的应用

目的从群体资料计算HLAA,B,DRB1三座位单体型频率,并用于骨髓库寻找HLA匹配供者。方法根据HLA表型群体资料,使用最大数学预期值算法(ExpectationMaximization,EM)计算HLA三座位单体型频率。通过实例运算介绍HLA表型频率以及发现HLA匹配无关供者的概率。结果①使用DNA基因分型技术鉴定12193例无关汉族健康个体HLA表型,计算求得HLAA,B,DRB1单体型频率。②预期概率与观察结果吻合,并用于评估骨髓库的最适大小。结论使用EM算法估计大样本汉族群体HLAA,B,DRB1三座位单体型频率,结果可靠,可用于评估骨髓库的最适大小和组份。

中国老年心脑血管疾病患者阿司匹林抵抗与环氧化酶-1单体型关联分析

目的:旨在研究老年心脑血管病患者阿司匹林抵抗与阿司匹林作用靶点环氧化酶-1(COX-1)基因单体型的关联性。方法:入选北京地区服用阿司匹林的老年汉族心脑血管疾病患者431例,通过花生四烯酸诱导光比浊法,筛选出阿司匹林抵抗患者59例作为病例组,372例阿司匹林不抵抗者作为对照组,使用美国Sequenom系统SNP分型技术鉴定了COX-1基因6个常见单核苷酸多态性位点(SNP)与阿司匹林抵抗的关联性。6个SNP分别是:rs1888943(8759C/T)、rs1330344(1676A/G)、rs3842787(exon 2,50C/T,p.Pro17Leu)、rs5787(exon 4,323G/A,p.Arg108Gln)、rs5789(exon7,709C/A,p.Leu237Met)和rs5794(exon10,1330G/A,p.Val481Ile)。结果:突变COX-1单体型CGCGCC,在病例组频率为0.48(57/118),对照组频率为0.39(286/742),显著高于对照组(P≤0.05)。结论:中国老年汉族心脑血管疾病患者阿司匹林抵抗与COX-1单体型相关联,突变COX-1单体型CGCGCC显著增加了阿司匹林抵抗的发病风险。

天津3000份脐带血HLA单体型多态性分析

目的对3000份脐带血HLA-AB和ABDR单体型频率进行计算,找出分布特征,预计不同型别的患者找到相同供者的可能性。方法用方根法、四格表、2×2×2表对3000份脐带血HLA -AB和ABDR单体型频率进行计算。结果计算出AB单体型372种,>1%的25种,以A30B13居多。ABDR单体型2753种,>0.5%的27种,以A30B13DR7居多。与美国资料相比接近亚裔美国人,与台湾资料相比接近北方汉族人。结论根据ABDR单体型频率计算出的表型例数与实际查询结果大致相同。这说明计算出的单体型频率基本正确。HLA- AB和AB -DR单体型频率貌反映出了天津脐血库的特征。

青岛市部分患者与献血者人群Rh表型及单体型频率分布特征分析

目的了解本院患者人群与本地献血者人群Rh血型系统抗原表型及单体型和不规则抗体等的分布特征,以确保临床安全、有效输血及提高临床用血合理性与科学性。方法选取本院2015年10月~2020年3月住院患者和在此期间青岛市中心血站发往本院的献血者血液共113 326人(份)的Rh抗原分型和不规则抗体检测结果数据,回顾性分析并计算其Rh表型、单体型及不规则抗体的分布频率。不同人群间的比较采用χ2检验。Rh抗原分型和不规则抗体检测均在全自动血型分析仪上完成。结果本组受试人群的RhD阴性率为0.36%(408/113 326);常见的Rh表型为DCCee[40.69%(46 112/113 326)]、DCcEe[36.82%(41 727/113 326)];不规则抗体最多的是抗-E[0.26%(295/113 326)];最常见的单体型是DCe[62.51%(70 840/113 326)]。而在德国白人、北印度人和北非人中最常见的Rh表型分别为DCcee、DCCee、Dccee,最常见的单体型分别为DCe、DCe、Dce。结论本院就诊患者及本市献血者Rh表型、单体型和不规则抗体的分布特征符合中国北方地区人群的分布规律;可据此制定备(贮)血及采(献)供血计划,有针对性的建立Rh血型资料库,切实保障临床用血安全、合理、科学,提升精准输血医学水平。