单核苷酸多态性分析方法

SNP是第三代遗传标记,在法庭科学及其领域中具有重要作用。当前,已建立了许多SNP分析方法,本文介绍变性高压液相色谱法、时间飞行质谱熔解曲线法、熔解温度曲线法、等位基因特异扩增结合熔解曲线法、分子信号和TaqMan等新的SNP分析方法。

单核苷酸多态性分析技术及其在肿瘤研究中的应用

单核苷酸多态性 (SNP)是第 3代遗传标记 ,由于其在基因组中分布的高密度性 ,被认为在多基因疾病的诊断及治疗方面有着广阔的应用前景。

单核苷酸多态性微阵列分析技术在不同产前诊断指征孕妇中的应用价值

目的探讨单核苷酸多态性微阵列分析(SNP array)技术在不同产前诊断指征孕妇中的应用价值。方法选取2017年1月—2022年6月丽水市妇幼保健院具有产前诊断指征的2193例孕妇,根据产前诊断指征分为A组(单一高龄,预产期年龄>35岁)788例、B组(单一高风险,血清学筛查21-三体高风险或18-三体高风险)362例、C组(超声异常,包括单一超声异常、高风险超声异常、高龄超声异常)565例、D组(高龄高风险)103例、E组[无创产前基因检测(NIPT)高风险或合并其他指征异常(高龄、高风险)]179例、F组(不良孕产史、夫妻染色体异常、夫妻表型异常)196例。在超声引导下对所有孕妇行羊膜腔穿刺,收集羊水样本进行核型分析和SNP array检测。分析不同产前诊断指征孕妇SNP array检测结果和核型分析结果的差异。结果2193例羊水样本中,SNP array共检出异常336例(15.3%),其中非整倍体121例(5.5%)、拷贝数变异(CNV)215例(9.8%)。核型分析仅检出2例>10 M的CNV,对非整倍体的检出情况与SNP array一致。E组的总异常检出率、非整倍体检出率和CNV检出率均显著高于A组、B组、C组、D组和F组(P<0.05)。在无NIPT异常的情况下,总异常检出率最高的是C组(15.9%),非整倍体检出率最高的是D组(5.8%),CNV检出率最高的是F组(12.7%)。C组的总异常检出率为15.9%(90/565),高龄超声异常孕妇的总异常检出率、非整倍体检出率和CNV检出率均高于单一超声异常孕妇和高风险超声异常孕妇(P<0.05)。根据超声异常部位数将565例超声异常孕妇分为单项异常组(532例)和多系统异常(含2个及以上的超声异常指征)组(33例)。多系统异常组SNP array的异常检出率显著高于单项异常组(P<0.05)。在单项异常组中,SNP array总异常检出率最高的是神经系统(19.2%),非整倍体检出率最高的是颈项透明层(NT)增厚(8.9%),致病/可能致病CNV检出率最高的是神经系统(7.7%),临床意义未明CNV检出率最高的是消化系统(11.1%)。结论SNP array技术可有效提高CNV的检出率。在不同的超声异常类型中,SNP array对高龄超声异常、多系统异常和神经系统异常的检出率较高。

回顾性分析单核苷酸多态性微阵列分析技术在胎儿先天性心脏病诊断中的应用价值

目的回顾性分析单核苷酸多态性微阵列(SNP array)分析技术在胎儿先天性心脏病(CHD)诊断中的应用价值。方法选取2017年1月至2021年12月因超声心动图提示胎儿CHD就诊于该院遗传咨询门诊的妊娠18~25周孕妇140例为研究对象,入选孕妇均进行染色体核型分析及SNP array分析。结果超声心动图显示,140例CHD胎儿中孤立性心脏畸形、多发性心脏畸形、合并心外畸形分别有66例、34例和40例。染色体核型分析检出染色体异常9例(6.43%),SNP array分析检出染色体异常20例(14.29%);两种检测技术对CHD中微缺失和微重复的总检出率差异有统计学意义(P<0.05)。SNP array分析在未合并心外畸形胎儿中检出染色体异常占8.00%(8/100),在合并心外畸形胎儿中检出染色体异常占30.00%(12/40),差异有统计学意义(P<0.05)。SNP array分析共检出14例染色体拷贝数变异(CNV),其中致病性CNV 3例,临床意义不明确CNV 11例。结论相较于传统染色体核型分析,SNP array分析能提高染色体异常的检出率,胎儿CHD采用染色体核型分析联合SNP array分析更有助于临床医生分析胎儿的产前遗传学病因。

染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片技术在新生儿畸形遗传学诊断中的应用价值

目的探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片(SNP-array)技术检测全基因组DNA拷贝数变异在新生儿畸形遗传学诊断中的应用价值。方法选取2018年10月至2020年1月沈阳第四人民医院收治的畸形新生儿361例进行回顾性分析,收集全部畸形新生儿外周血,进行SNP-array技术检测,并对异常结果进行验证。结果经SNP-array技术检测共检出19.11%的拷贝数变异(69/361)。超声提示各系统异常畸形新生儿中,SNP-array技术异常检出率最高的为结构畸形合并软指标异常(32.14%),其次为多结构畸形(29.41%),其余依次为多软指标异常(20.51%)、单结构畸形(18.42%)和单软指标异常(12.59%),各组比较差异有统计学意义(P<0.05)。69例拷贝数变异中,8.31%(30/361)为染色体数目异常,包括25例非整倍体和5例三倍体,与核型检查结果相符;另外有10.80%(39/361)为核型检测结果正常而SNP-array提示存在拷贝数变异,其中8.86%(32/361)为临床意义明确的致病性拷贝数变异,1.94%(7/361)临床意义不明。结论SNP-array技术检测全基因组DNA拷贝数变异可提高对新生儿畸形的检出率,超声检查提示结构畸形合并软指标异常时建议进行SNP-array技术检测。

DNA修复基因XPC多态性与头颈部肿瘤易感性关系的meta分析

目的 DNA修复基因XPC多态性与头颈部肿瘤易感性关系已有广泛研究,但研究结果不完全一致。本研究采用系统评价的方法探讨DNA修复基因XPC多态性与头颈部肿瘤易感性的关系。方法检索PubMed、EMBASE、中国生物医学文献数据库CBM、中国期刊全文数据库CNKI等公开发表的关于DNA修复基因A939C单核苷酸多态性与头颈部肿瘤易感性的病例-对照研究进行Meta分析。病例组及对照组XPC A939C等位基因分布的比数比(odds ratio,OR)为效应指标,应用统计软件STATA11.0进行数据分析。结果纳入文献研究4篇,Meta分析结果显示:分别以野生型纯合子(A/A)和主要基因型为对照(A/A+A/C),XPC A939C位点突变纯合子(C/C)个体头颈部肿瘤发生风险的OR值分别为1.37和1.20(OR=1.37,95%CI:0.97～1.93,P=0.070;OR=1.20,95%CI:0.87～1.66,P=0.258)。结论 DNA修复基因XPC A939C单核苷酸多态性与头颈部肿瘤易感性间不存在明显相关性,但纳入研究的数量及每个研究的样本量均较少,需加大样本量进一步研究。

单核苷酸多态性微阵列分析在产前基因诊断中的应用价值

目的评价单核苷酸多态性微阵列分析技术(single nucleotide polymorphism array,SNP array)在产前基因诊断中的临床应用价值。方法选择2016年1月至2017年2月在佛山市妇幼保健院产前诊断中心就诊的单胎孕妇进行遗传咨询,238例自愿进行产前诊断的孕妇抽取羊水或脐血进行常规G显带染色体核型分析,对其中染色体核型分析正常的143例病例进一步行SNP array,对SNP array确认拷贝数变异(copy number variant CNV)的病例,同时检测双亲样本,以明确变异的遗传性质及相关临床意义。结果染色体核型分析正常的143例病例行SNP array,检出7例致病性CNVS(4.9%),其中有1例单亲二倍体,2例临床意义不明确的CNVS(1.4%)。对这9例胎儿的双亲进行SNP array均未发现异常。结论 SNP array技术较传统的染色体核型分析方法能显著提高染色体拷贝数异常的检出率。SNP array技术是重要的产前基因诊断方法,可以尽可能的查找胎儿的遗传学病因,有利于产前临床咨询中正确评估胎儿的预后,为孕妇是否继续妊娠提供更客观的理论依据。

单核苷酸多态性微阵列分析技术在孕早期颈项透明层增厚胎儿中的应用

目的探讨单核苷酸多态性微阵列分析技术(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)在孕早期颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚胎儿中的应用。方法采集孕早期产前超声提示胎儿NT增厚的570例孕妇的绒毛膜组织或羊水标本,进行染色体核型分析和SNP-array检测。结果在570例NT增厚的病例中,共检出89例染色体核型异常,比例最高者分别为21、18、13三体和45,X、47,XXY等;SNP-array检出137例结果异常,包括14例已知明确致病的微缺失、微重复遗传性综合征、35例临床意义不明、2例杂合性缺失及1例14号染色体的单亲二倍体等,检出率提高了8.43%。结论对孕早期NT增厚胎儿采用SNP-array技术进行分析,可检出传统核型分析无法识别的染色体微缺失、微重复,为产前诊断及遗传咨询提供更为准确的遗传学信息。

SNP单体型分析在单基因遗传病PGD中的应用

目的探讨单核苷酸多态性(SNP)单体型分析在单基因遗传病植入前遗传学诊断(PGD)中的临床应用价值。方法活检囊胚滋养层细胞全基因组扩增产物,应用SNP单体型分析方法进行诊断,并用Sanger测序进行验证。结果共205枚胚胎同时完成了SNP单体型分析和Sanger测序验证,155枚胚胎(75.61%)诊断结果一致,18枚胚胎(8.78%)诊断结果不一致。Sanger测序失败有30枚胚胎(14.63%),单体型分析有2枚胚胎(0.98%)失败,后者诊断失败率明显低于前者(P<0.05)。41个移植周期共45枚胚胎移植,临床妊娠率为70.73%(29/41),种植率为71.11%(32/45)。胎儿中孕期羊水产前诊断结果与胚胎单体型分析诊断结果一致。结论 SNP单体型分析准确性好,与Sanger测序相比,其失败率较低,能够有效用于临床单基因病PGD。

急性髓系白血病预后相关因素研究进展

急性髓系白血病（AML）是一种具有显著异质性的血液系统恶性克隆性疾病。细胞遗传学改变很大程度上影响了患者的治疗和预后。随着生物学和计算机技术的不断发展，越来越多的预后相关因素被确认：如KIT、FLT3、NPMl和CEBPA等基因突变：微阵列技术也确认了一些与预后相关的独特的基因表达特征；microRNA的表达、单核苷酸多态性分析和DNA甲基化特征也发现了一些重要的AML预后亚型。

亲权鉴定方法概述

本文主要对目前亲权鉴定所采用的常染色体短串联重复序列、单核苷酸多态性分析、性染色体短联重复序列以及线粒体测序等几种技术进行比较,总结特点和优缺点,便于实际工作中借鉴应用。

环介导恒温扩增技术研究进展

环介导恒温扩增技术(LAMP)是2000年由日本学者开发的一种新型核酸体外扩增技术。LAMP不仅广泛应用于细菌、病毒、寄生虫等病原微生物检测,而且可以进行单核苷酸多态性分析。LAMP具有灵敏度高、特异性好、可定量分析、反应时间短、操作简单等优点,特别适合在基层实验室推广应用。随着LAMP技术的不断进展,其在标本前处理、引物设计、产物的特异性可视化检测方面也日臻完善。

结核分枝杆菌基因分型技术研究进展

结核分枝杆菌（Mvcobacterial tuberculosis，MTB）足结核病的病原体，可累及全身多种组织器官，以肺组织受累最常见。近几年由于流动人口的增加和HIV病毒感染的流行，结核病再次成为严亘危害世界公共卫生的传染病之一。结核病再度肆虐，其主要原因之一就是结核分支杆菌的变异。

2022年陕西省一起霍乱疫情调查及全基组溯源分析

目的对2022年陕西省城固县1起霍乱疫情调查溯源。方法对病例进行个案调查,对现场环境进行卫生学调查,收集当地气温及降水资料。采集病例、同餐人员及同期腹泻患者粪便或肛拭子样本,采集剩余食品、环境水体、水产品样本,进行霍乱弧菌核酸检测及分离培养。对分离到的霍乱弧菌进行血清学和质谱鉴定,利用国家致病菌识别网药物敏感试验指南进行药敏试验,提取菌株DNA进行毒力基因检测,利用二代测序平台进行全基因组测序,用测序拼接数据进行毒力基因及耐药基因预测,与既往分离的霍乱弧菌、pubMLST下载的国内外霍乱弧菌基因组序列进行核心基因组多位点序列分析(cgMLST)及核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)。结果本起疫情从1例霍乱病例和1例带菌者中各分离到1株霍乱弧菌,均为O139群,携带ctxAB毒力基因,对磺胺类、碳青霉烯类、三代头孢菌素类、喹诺酮类、β-内酰胺类药物均敏感,而对氯霉素、多粘菌素类、四环素类、氨基糖苷类有抗药性;cgMLST分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联。同餐人员及同期腹泻病例共106人均未检出霍乱弧菌。水体样本96份,鱼类样本35份,环境样本7份,畜禽粪便样本7份。经霍乱弧菌核酸检测阳性2份,分别为文川河某处采集的鱼类样本2份中检出霍乱弧菌hlyA、O139群基因核酸阳性,ctxAB毒力基因阴性。结论本起疫情为霍乱弧菌O139群引起的散发疫情,其病原为国内的大流行菌株,感染来源可能与水产品污染有关,高温、干旱等因素是霍乱发生的原因之一。

胚胎植入前地中海贫血检测试剂评价

目的使用胚胎植入前地中海贫血诊断国家参考品,评价基于半导体测序法的胚胎植入前地中海贫血检测试剂的性能。方法将家系中模拟胚胎细胞样本进行单细胞全基因组扩增。取家系中其它样本和胚胎细胞的基因组DNA作为模板,扩增选定区域,加上通用的测序接头完成文库构建;将文库进行定量;使用测序仪进行测序。结果在国家参考品1号家系中,胚胎CNGB030013的β珠蛋白基因(HBB)基因检测结果:单体型结果为M1/F2(即遗传CNGB030012女方风险染色体中国型δβ,CNGB030011男方正常染色体β^(N));其致病基因检测结果为中国型δβ/β^(N)。HBA基因的检测结果:单倍体结果为M2/F1(即遗传CNGB030012女方正常染色体αα,CNGB030011男方风险染色体α^(⁃3.7)),其致病基因检测结果为αα/α^(⁃3.7)。在国家参考品2号家系中,胚胎CNGB030017的HBA基因检测结果:单体型结果为M1/F2(即遗传CNGB030016女方风险染色体αα^(CS),CNGB030015男方正常染色体αα);其致病基因检测结果为αα^(CS)/αα。在国家参考品3号家系中,胚胎CNGB030021的HBB基因检测结果:单体型结果为M2/F1(即遗传CNGB030020女方正常染色体β^(N),CNGB030019男方风险染色体中国型δβ);其致病基因检测结果为β^(N)/中国型δβ。在国家参考品4号家系中,胚胎CNGB030010的HBB基因检测结果:单体型结果为M2/F1(即遗传CNGB030008男方风险染色体β^(IVS⁃II⁃654),CNGB030009女方正常染色体β^(N));其致病基因检测结果为β^(N)/β^(IVS⁃II⁃654)。结论研制的国家参考品能够满足胚胎植入前地中海贫血检测试剂质量评价的要求。

我院碳青霉烯耐药的鲍曼不动杆菌分子流行病学研究

目的研究我院碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii,CRAB)的流行病学特征。方法分析了我院2019年1月至7月,33株非重复CRAB的分子型别。结果多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)结果显示,33株CRAB共有6种ST类型,其中四种属于CC92克隆群(ST195、ST208、ST369及ST540),另一个ST型别为ST229与另一株未归类的新ST型别(与ST540相差一个GDH位点)。对33株CRAB进行单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms,SNPs)分析结果,显示CC92克隆群中基因组相似性与ST型别差异并不一致。结论由于SNP方法在分析基因组相似度方面更加精确,SNP可能能够成为预防和监测院内感染暴发的新标准。

药用植物研究中的分子标记技术应用进展

通过对近年来常用分子标记技术的原理、技术特点及其在药用植物研究领域中应用现状的总结,以期为药用植物资源开发与评价提供参考,也进一步为药用植物功能基因的筛选和验证提供思路。

一种植物基因组DNA快速提取方法的建立与评估

植物基因组脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)的提取是植物分子实验的基础,但随着样本数量的增加,基因组DNA的提取成为植株基因型鉴定以及单核苷酸多态性检测等分子实验的限速环节.为解决现有技术中提取植物基因组DNA过程繁琐、耗时耗力的问题,从提取液配方和提取条件等方面改良常规快速植物基因组DNA提取法,缩短了样本制备时间并简化了提取步骤,改良后每个样本DNA制备需时不到90 s,同时采用96孔板和配套设施显著提高了实验通量.该方法对植物样本的状态要求低、扩增效率高、成本低,适用于拟南芥、水稻和玉米等多种植物基因组DNA的提取与聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增实验,尤其适用于大样本量的规模化基因型鉴定.

极高危急淋亚型早期前体T细胞白血病的研究进展

起源于早期前体T细胞(ETPs)的急性淋巴细胞白血病(ETP-ALL)造成大约20%罹患该病的儿童死亡,其生物学的异质性尚未认识。CD5低表达与CD1a和CD8表达阙如并存即符合ETP基因型,ETP-ALL致癌的转录因子与典型T-ALL病例表达无明显差异,不能以此来分开这两种白血病亚型。ETP-ALL患者对标准加强化疗反应差,预后不佳,缓解失败或血液学复发的累积发生率以ETP-ALL亚组显著为高。

18q21.2q21.31微缺失致Pitt-Hopkins综合征胎儿的遗传学分析

目的对1例超声提示胼胝体缺如的胎儿进行介入性产前诊断,探讨其遗传学病因。方法选取2022年12月16日于莆田学院附属医院就诊的1例孕妇作为研究对象。采集胎儿的羊水及其父母的外周血样,进行常规染色体G显带核型分析,并联合采用单核苷酸多态性微阵列芯片(SNP-array)技术进行全基因组拷贝数变异分析。结果胎儿及其父母的染色体核型均未见异常,但羊水SNP-array检测提示胎儿染色体18q21.2q21.31区存在4.5 Mb的片段缺失,胎儿父母外周血SNP-array检测均未发现异常。结论通过G显带染色体核型分析及SNP-array检测检出了1例18q21.2q21.31微缺失胎儿,确诊其为Pitt-Hopkins综合征,为孕妇的遗传咨询提供了依据。