为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果...为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。结果显示,接种南方根结线虫后6、12、24和48 h分别有350、390、580、1154个基因差异表达,其中差异表达转录因子分别为11、11、19、50个。这些转录因子属于15个家族,其中数量最多的为MYB家族和bHLH家族(均为20个),其次是ERF家族19个、WRKY家族15个、bZIP家族9个。南方根结线虫侵染过程差异表达最明显的主要为ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子,其中Solyc03g005520、Solyc02g094270和Solyc09g066350显著上调,接种后48 h log2FC分别为9.16、6.49和6.33;Solyc02g079280、Solyc12g100140和Solyc04g072460显著下调,接种后48 h log2FC分别为-2.60、-1.72和-1.70。qRT-PCR验证结果显示,6个随机选取基因的表达趋势与测序结果基本一致。以上结果表明,ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子可能参与番茄与南方根结线虫互作,在番茄响应南方根结线虫侵染反应中发挥着重要的调控作用。展开更多
【目的】南方根结线虫是威胁桃产业绿色发展的地下主要害虫,开发抗性分子标记,对抗性砧木分子育种具有重要意义。【方法】根据前人对桃砧木抗根结线虫的定位结果,在GDR网站peach genome V2.0查询定位区间的候选基因。在5个抗病、5个感...【目的】南方根结线虫是威胁桃产业绿色发展的地下主要害虫,开发抗性分子标记,对抗性砧木分子育种具有重要意义。【方法】根据前人对桃砧木抗根结线虫的定位结果,在GDR网站peach genome V2.0查询定位区间的候选基因。在5个抗病、5个感病种质中扩增候选基因,并通过DNAMAN、IGV等软件对候选基因进行序列差异分析,开发抗南方根结线虫KASP分子标记,在抗性种质筑波3号与感性种质哈露红的杂交F2群体中对该分子标记进行验证,并与前人开发的SCAR和35 bp indel抗南方根结线虫分子标记的准确性进行比较。【结果】KASP标记结果将基因型划分为3种,分别为抗性纯合型(A),抗性杂合型(B),感性纯合型(C),A∶B∶C=42∶94∶64,与表型符合率为88.5%;SCAR标记检测结果划分为2种,分别为抗病型(A1)和感病型(C1),A1∶C1=135∶65,与表型符合率为87.0%;35 bp indel分子标记分为3种类型,分别为抗性纯合型(A2),抗性杂合型(B2),感性纯合型(C2),A2∶B2∶C2=1∶154∶45,与表型符合率为52.0%。【结论】本研究中开发的KASP标记提高了分子标记选择准确率,对抗南方根结线虫分子育种具有重要意义。展开更多
本研究旨在挖掘烟草抗南方根结线虫病程相关基因非表达子NPR1(non-expressor of PR genes)家族成员,并明确其功能。基于拟南芥AtNPR1家族成员蛋白序列,利用生物信息学方法鉴定分析烟草NtNPR1基因家族成员及其特征。通过qRT-PCR检测南方...本研究旨在挖掘烟草抗南方根结线虫病程相关基因非表达子NPR1(non-expressor of PR genes)家族成员,并明确其功能。基于拟南芥AtNPR1家族成员蛋白序列,利用生物信息学方法鉴定分析烟草NtNPR1基因家族成员及其特征。通过qRT-PCR检测南方根结线虫侵染后抗病(NC95)、感病(长脖黄)烟草品种Nt-NPR1家族重要候选抗性基因的相对表达量,采用LC-MS/MS方法对2个品种烟草根系内源水杨酸含量进行检测。结果表明,从普通烟草基因组中共鉴定到12个NtNPR1基因,这些基因被分为3个亚组,同一亚组中NtNPR1家族成员蛋白结构、保守基序的长度和位置都极为相似。编码氨基酸长度范围为462~588,均为亲水性蛋白,均位于细胞核。南方根结线虫侵染抗、感烟草品种后,根系中水杨酸含量、NtNPR1基因家族成员表达量在抗病品种中均升高,在感病品种中则降低,其中NtNPR6的变化最为明显。综上,NPR1基因与烟草南方根结线虫抗性密切相关,NtNPR6基因可作为烟草响应南方根结线虫胁迫的重要基因。展开更多
文摘为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。结果显示,接种南方根结线虫后6、12、24和48 h分别有350、390、580、1154个基因差异表达,其中差异表达转录因子分别为11、11、19、50个。这些转录因子属于15个家族,其中数量最多的为MYB家族和bHLH家族(均为20个),其次是ERF家族19个、WRKY家族15个、bZIP家族9个。南方根结线虫侵染过程差异表达最明显的主要为ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子,其中Solyc03g005520、Solyc02g094270和Solyc09g066350显著上调,接种后48 h log2FC分别为9.16、6.49和6.33;Solyc02g079280、Solyc12g100140和Solyc04g072460显著下调,接种后48 h log2FC分别为-2.60、-1.72和-1.70。qRT-PCR验证结果显示,6个随机选取基因的表达趋势与测序结果基本一致。以上结果表明,ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子可能参与番茄与南方根结线虫互作,在番茄响应南方根结线虫侵染反应中发挥着重要的调控作用。
文摘【目的】南方根结线虫是威胁桃产业绿色发展的地下主要害虫,开发抗性分子标记,对抗性砧木分子育种具有重要意义。【方法】根据前人对桃砧木抗根结线虫的定位结果,在GDR网站peach genome V2.0查询定位区间的候选基因。在5个抗病、5个感病种质中扩增候选基因,并通过DNAMAN、IGV等软件对候选基因进行序列差异分析,开发抗南方根结线虫KASP分子标记,在抗性种质筑波3号与感性种质哈露红的杂交F2群体中对该分子标记进行验证,并与前人开发的SCAR和35 bp indel抗南方根结线虫分子标记的准确性进行比较。【结果】KASP标记结果将基因型划分为3种,分别为抗性纯合型(A),抗性杂合型(B),感性纯合型(C),A∶B∶C=42∶94∶64,与表型符合率为88.5%;SCAR标记检测结果划分为2种,分别为抗病型(A1)和感病型(C1),A1∶C1=135∶65,与表型符合率为87.0%;35 bp indel分子标记分为3种类型,分别为抗性纯合型(A2),抗性杂合型(B2),感性纯合型(C2),A2∶B2∶C2=1∶154∶45,与表型符合率为52.0%。【结论】本研究中开发的KASP标记提高了分子标记选择准确率,对抗南方根结线虫分子育种具有重要意义。
文摘本研究旨在挖掘烟草抗南方根结线虫病程相关基因非表达子NPR1(non-expressor of PR genes)家族成员,并明确其功能。基于拟南芥AtNPR1家族成员蛋白序列,利用生物信息学方法鉴定分析烟草NtNPR1基因家族成员及其特征。通过qRT-PCR检测南方根结线虫侵染后抗病(NC95)、感病(长脖黄)烟草品种Nt-NPR1家族重要候选抗性基因的相对表达量,采用LC-MS/MS方法对2个品种烟草根系内源水杨酸含量进行检测。结果表明,从普通烟草基因组中共鉴定到12个NtNPR1基因,这些基因被分为3个亚组,同一亚组中NtNPR1家族成员蛋白结构、保守基序的长度和位置都极为相似。编码氨基酸长度范围为462~588,均为亲水性蛋白,均位于细胞核。南方根结线虫侵染抗、感烟草品种后,根系中水杨酸含量、NtNPR1基因家族成员表达量在抗病品种中均升高,在感病品种中则降低,其中NtNPR6的变化最为明显。综上,NPR1基因与烟草南方根结线虫抗性密切相关,NtNPR6基因可作为烟草响应南方根结线虫胁迫的重要基因。