改进的反向PCR技术克隆转移基因的旁侧序列

对传统的反向ＰＣＲ 技术作了一些改进： 用巢式ＰＣＲ 扩增含量极少的靶序列； ＰＣＲ 反应体系中加入５ ％ 的甲酰胺以减少非特异性扩增． 结果表明， 改进的反向ＰＣＲ 体系是克隆人基因组已知片段旁侧序列的高度灵敏、高度特异的方法．

反向PCR克隆转基因水稻的外源基因旁侧序列

以反向PCR(IPCR)为基础建立了适合于处理大量材料的克隆转基因水稻中外源基因旁侧序列的技术体系。该方法中用小量法提取转基因水稻总DNA ;总DNA用 10倍过量的限制性内切酶在 50 μL反应体积中进行过夜酶切 ;酶切片段在 2 0 μL体积中进行自连接 ,之后进行套式PCR(nested PCR)扩增旁侧序列。在套式PCR中结合了热启动PCR和降落PCR技术以增强PCR反应的特异性。用这种方法 ,本实验室在一周内克隆了 35个转基因水稻株系中外源基因的旁侧序列 ,长度在 30 0～ 750bp之间 ,PCR产物的特异性用Southern杂交进行了证明。实验结果表明这个方法具有快速、稳定和高效的优点。

利用长引物嵌套式反向PCR方法克隆雅致枝霉Δ6-脂肪酸脱氢酶基因上游序列

用限制酶EcoRⅠ、KpnⅠ分别对雅致枝霉As3.2806基因组DNA进行消化,而后在低浓度条件下利用T4DNA连接酶使DNA自身环化。根据已知基因序列,设计一对长度为35nt的长反向引物和两对较短的引物,以基因组连接产物为模板,通过三轮嵌套式PCR反应,获得一长度约为4kb的扩增片段。经序列测定表明得到了Δ6-脂肪酸脱氢酶基因上游序列约为1.3kb,初步序列分析显示该序列为一潜在的启动子序列。

长距离反向PCR技术高效扩增已知DNA片断的侧翼序列

为解决传统反向PCR技术扩增片段短、假阳性多的不足,建立了长距离反向PCR(LD I-PCR)扩增技术:0.5μg DNA/mL的反应体系使DNA酶解片段充分自身环化连接,其产物用25 nt^30 nt的序列特异引物进行长距离PCR。结果表明该方法能特异地扩增出长达16 kb的序列,在已知DNA片段的侧翼序列克隆方面具有高效、简便、特异的优点。

优化反向PCR法分离转基因油菜外源T-DNA侧翼序列的研究

[目的]优化反向PCR(IPCR)条件分离油菜转基因外源T-DNA的侧翼序列。[方法]以单拷贝的转基因油菜FS4为研究材料,用改良CTAB法提取转基因油菜总DNA,并进行酶切、纯化、自连接,再通过两轮巢式PCR扩增,进行序列对比。[结果]两轮巢式PCR扩增得到1个大小为4.0kb的片段,其序列与油菜数据库中BH652424和BZ044084两序列同源性分别高达97.8%和63.4%。根据序列比对结果设计特异引物对进行PCR验证的结果,也证明了FS4转基因油菜中T-DNA的确插入在该位点。[结论]优化后的IPCR条件能成功分离油菜转基因外源T-DNA的侧翼序列。

运用新型的反向PCR策略高效构建基因的点突变体

基因的点突变体在其结构和功能研究中发挥非常关键的作用,如何高效、经济地构建基因点突变体是许多分子生物学研究遇到的棘手问题.以PIAS3点突变体的构建为对象,设计了新型的以反向PCR为基础的点突变构建流程,获得的点突变体质粒经测序后均与预期相符,并在293T细胞内得到了正确表达.以上结果表明,该实验设计方案能够高效、方便地用于基因点突变体的构建,为进一步研究它们的分子功能打下了基础.

反向PCR法克隆芳香烃龙胆酸降解途径中诱导型龙胆酸1,2-加双氧酶基因

龙胆酸1,2-加双氧酶(GDO)是芳香烃龙胆酸途径的一个关键酶.产碱假单胞菌P25X具有保守性与诱导性各一组GDO同工酶,突变株SNZ28的保守型龙胆酸1,2加双氧酶基因(GDOⅠ)被链霉素/奇霉素抗性基因打断,但在含有龙胆酸盐的基本培养基上,仍能明显观察到GDO的活性.由龙胆酸诱导生长的SNZ28全蛋白二维电泳结果分析,获得了一个与Ralstoniasp.U2的GDO酶有极高同源性的蛋白点.根据对该蛋白点的N端和Q-Tof测序的结果,设计了一对简并引物,克隆了诱导型GDO酶的片段,通过对此片段的分析,设计了逆向PCR引物,利用Southern blot杂交,确定了合适的限制性内切酶(SalⅠ和SphⅠ),以单一酶切的P25X基因组DNA自联后的产物为模板,进行反向PCR.测序表明,获得了一段1047bp与Ralstoniasp.U2.的龙胆酸1,2-加双氧酶具有极高同源性的序列.研究结果揭示了SNZ28中存在诱导型GDO酶.本文中也对不同来源的GDO酶进行了比较研究,其结果为进一步对生物降解基因的进化研究打下了基础.

反向PCR技术克隆猪H-FABP基因5'侧翼序列

H-FABP被作为猪肥胖性状的候选基因之一。利用反向PCR技术克隆得到猪H-FABP 5′侧翼启动子远端上游174 bp序列,将获得的序列与已有的相关序列进行核苷酸序列同源性比对,获得71 bp新序列,为猪H-FABP基因功能的进一步研究提供理论基础。

利用反向PCR方法扩增细菌热激蛋白HSP60基因

利用PCR简并引物扩增出HSP6 0基因中一段约 6 0 0bp的核心片段 ,将该核心片段标记为探针 ,与基因组DNA进行Southern杂交 ,选择出适宜的限制性内切酶 ,以便消化基因组DNA得到大小合适的、含有HSP6 0基因的酶切片段。将酶切片段自身环化后作为模板进行反向PCR ,引物的延伸方向自核心片段出发延环化分子向未知序列区进行 ,可扩增出核心区上下游的序列。应用该方法 ,扩增并测定了寓齿双歧杆菌 (Bifidobacteriumdenticolens)DSM1 0 1 0 5 T、奇异双歧杆菌 (Bifidobacteriuminopinatum)DSM1 0 1 0 7T 和阴道加德纳氏菌 (Gard nerellavaginalis)ATCC1 40 1 8T 的HSP6 0全基因序列及青春双歧杆菌 (Bifidobacteriumadolescentis)JCM1 2 75 T98%以上的HSP6 0全基因序列。结果表明 ,反向PCR方法可有效的扩增细菌HSP6

反向PCR法扩增花粉特异表达基因PSG076启动子

PSG076基因是从奥地利小麦品种‘Ferdinand’中分离的花粉特异性表达基因,功能未知。为获得可用于小麦基因工程的花粉特异性启动子,采用优化的反向PCR法分离PSG076启动子,获得了起始密码子上游约1.4 kb的启动子序列。生物信息学分析显示,该启动子除含有与花粉特异性表达相关的调控元件AGAAA和GTGA外,还含有花粉特异性表达相关的数量元件AGGTCA和AAATGA,推测其为活性较强的花粉特异性启动子。实验中对反向PCR方法的优化可提高扩增侧翼未知序列的效率,特别适用于启动子序列的扩增。

反向PCR鉴定piggyBac介导的哺乳动物细胞转基因研究

利用反向PCR技术,研究piggyBac介导的转基因哺乳动物中外源基因整合位点信息。首先在转座子piggyBac中插入巨细胞病毒(CMV)启动子元件驱动的绿色荧光蛋白基因(EGFP),构建用于转染哺乳动物细胞的转基因载体pXL-CMV-EGFP;同时构建以CMV启动子驱动的转座酶基因载体。将2种载体以脂质体共转染HEK293细胞,以单独的pXL-CMV-EGFP转染为阴性对照,结果表明,2个处理均观察到了绿色荧光蛋白的表达。通过反向PCR鉴定,在共转染转座酶的细胞基因组DNA中检测到外源基因的整合,而阴性对照中没有检测到,研究结果为进一步分析整合位点的信息及转基因检测提供了依据。

溶藻弧菌溶血素基因反向PCR克隆及其原核表达

溶藻弧菌的胞外产物(ECP)在其致病过程中发挥重要作用,已经观察到溶藻弧菌ECP所致的溶血现象,关于溶藻弧菌溶血素的种类和其对溶藻弧菌的致病性贡献的报道非常稀少。利用已经报道的多种弧菌溶血素基因序列设计通用引物,检测溶血素基因在溶藻弧菌中的分布,发现96个菌株中有74株扩增出溶血素基因(vah)片段。对致病株ZJ0451的vah片段测序。根据已测得的片段序列设计引物,通过反向PCR扩增及后续克隆测序获得全长vah基因及部分侧翼序列。经比对证实溶藻弧菌vah与多种弧菌的TLH类溶血素高度相似,且其肽链N端有信号肽。利用pET32a载体构建了两种包含不同长度融合标签的vah表达载体,并均在大肠杆菌BL21(DE3)中获得可溶性表达。在26℃的诱导温度下,9 h时vah表达量达到相对最大。在原核表达系统中,vah蛋白信号肽可以被切除。

长片断引物反向PCR方法构建重复序列的重组质粒

构建重复序列的重组质粒比较困难,因为扩增重复序列会产生多聚物.利用长片断引物反向PCR方法构建重组质粒pET20b-C1-Xyn-C1,将碳水化合物结合模块C1连接在木聚糖酶Xyn两端,为类似质粒的构建提供新方法.第一步,以C1特异性正向引物LF、载体特异性反向引物VRP从pET20b-Xyn-C1模板上扩增C1-pET20b长片断DNA,作为第二步的正向引物;第二步,以pET20b-C1-Xyn为模板,Xyn特异性反向引物RX,正向引物与模板上pET20b同源区域匹配,阻止了模板上C1同源区域的匹配,从而抑制多聚物产生;反向PCR扩增得到线性重组质粒C1-pET20b-C1-Xyn,将此线性产物用T4 DNA连接酶连接后转化DH5α感受态细胞,得到含重复序列的pET20bC1-Xyn-C1转化子.

反向PCR克隆黑根霉R306Δ6-脂肪酸脱饱和酶基因

利用简并引物扩增出Δ6-脂肪酸脱饱和酶基因的核心序列,设计与核心序列互补的反向引物,以5′端带磷酸基团的引物进行反转录cDNA,然后在12℃下环化cDNA,并以此作为模板进行反向PCR,引物的延伸方向自核心区向环化分子的未知序列进行,扩增出核心区的上下游序列。应用该方法扩增并测定了黑根霉R306的Δ6-脂肪酸脱饱和酶基因全序列。并对酶的低温适应机制在氨基酸序列上进行了分析。

反向PCR:缺失断点定位好方法

目的利用反向聚合酶链式反应(PCR)对乳腺癌细胞系MCF-7的9p21缺失断点进行准确定位。方法以乳腺癌MCF-7细胞系为模板,利用反向PCR,通过酶切、连接、PCR反应及测序,检测染色体9p21缺失断点。结果乳腺癌MCF-7细胞系9p21缺失断点起于chr9:21819532、止于chr9:21989622的大小为170kb的大片段缺失,断点处可见ACTGG 5个碱基的插入,与长片段PCR检查结果相符。结论反向PCR是缺失断点定位好方法,适合样本人群研究。

反向PCR方法克隆腾冲嗜酸两面菌的分子伴侣基因

根据已知的Sulfolobus属的分子伴侣基因,设计简并引物,用PCR的方法从腾冲嗜酸两面菌(Acidianus tengchongensis)基因组DNA中分别克隆到了分子伴侣α亚基和β亚基的约500bp的基因片段。以它们为探针进行Southern杂交,确定了合适的限制性内切酶。以确定的限制性内切酶消化的基因组DNA环化物为模板,进行反向PCR反应,引物的延伸方向由已知序列出发沿环化分子向未知区域进行,扩增产物经测序表明为α亚基和β亚基基因。根据所得序列分别设计两对引物进行PCR,测序结果表明得到了α亚基和β亚基的完整基因。

利用反向PCR鉴定沼泽红假单胞菌中野生质粒

为准确研究沼泽红假单胞菌的野生质粒及其携带的基因信息，在常规碱裂解法基础上，对沼泽红假单胞菌Rhodopseudomonas palustrisASl．2352中野生质粒提取方法进行了优化，优化方法具有易操作、耗时少、纯度高等特点．所得质粒DNA纯度和质量均满足进一步分子操作的需要．同时，利用反向PCR技术鉴定该野生质粒，并结合生物信息学方法对其进行分析。比传统的质粒丢失法验证和考察质粒更为省时、可靠和直观．证明菌株携带4个野生质粒，其中2．3kb的质粒序列与Escherichiacoli pEC157 Rom-like proteingene有97．8％的同源性．推测1885～1887碱基为复制起点．

反向PCR法扩增沙门菌第一类整合子旁翼基因序列

目的第一类整合子在介导细菌耐药中起重要作用。本研究采用反向PCR方法对第一类整合子旁翼序列进行分析。方法以具有典型第一类整合子结构的茨昂威沙门菌(S.tshiongwe)S191为研究对象,分别用EcoRⅤ和HindⅢ两种限制性内切酶对基因组DNA进行酶切。并对酶切产物进行自身环化,通过设计第一类整合酶基因的反向引物来扩增第一类整合子的旁翼序列。结果分别扩增得到1500和6000bp左右大小的第一类整合子旁翼序列。结论进一步明确了第一类整合子的结构,并为第一类整合子调控因子的分析和克隆奠定研究基础。

Alu-反向PCR检测HIV-1整合位点方法的建立

目的建立Alu-反向PCR检测整合型HIV-1DNA的实验方法。方法收集18例HIV-1感染者及12例健康者的抗凝血标本,根据整合型HIV-1DNA的特点设计引物,第一轮PCR5’端引物来自于人类保守的Alu序列,3’端引物来自于HIV-1gag序列,扩增片段包含了整合位点上游的人类基因组DNA序列和整合的HIV-1DNA序列。经PstⅠ酶切后进行自身片段环化,以此为模板设计针对HIV-1LTR和gag保守区域引物,进行巢式PCR。结果 16例HIV-1感染者成功扩增出目的片段,12例健康者均为阴性。结论本实验建立的检测整合型HIV-1的方法为进一步研究HIV病毒储藏库机制提供了参考。