子宫内膜癌患者睾丸发育相关基因1水平变化及诊断价值分析

目的:探讨睾丸发育相关基因1(TDRG1)在子宫内膜癌患者中的表达及其诊断价值。方法:选取195例子宫内膜癌患者为研究对象(观察组),同期就诊的195例子宫内膜增生患者作为对照组,收集两组子宫内膜组织,采用RT-PCR法检测两组长链非编码RNA-TDRG1(LncRNA-TDRG1)水平,依据观察组LncRNA-TDRG1水平中位数将其分为高表达组和低表达组,分析观察组不同临床特征患者LncRNA-TDRG1表达水平,Logistic回归法分析LncRNA-TDRG1高表达的影响因素。采用ROC曲线分析LncRNA-TDRG1水平对子宫内膜癌的诊断价值。结果:相较于对照组,观察组LncRNA-TDRG1水平更低(P<0.05)。亚组分析结果显示,相较于中高分化、FIGO分期为Ⅰ-Ⅱ、无淋巴结转移患者、无血管侵犯、组织学分级为G1患者,低分化、FIGO分期为Ⅲ-Ⅳ、有淋巴结转移、有血管侵犯,组织学分级为G2-G3患者LncRNA-TDRG1表达水平更高(P<0.01)。低分化、有淋巴结转移、有血管侵犯是LncRNA-TDRG1高表达的危险因素。ROC曲线分析结果显示,LncRNA-TDRG1水平为2.54时,诊断子宫内膜癌的AUC为0.87。结论:子宫内膜癌患者LncRNA-TDRG1呈高表达,且与临床特征有一定联系,在辅助子宫内膜癌诊断中具有一定临床价值。

B细胞发育相关基因在儿童急性B淋巴细胞白血病中的表达及预后意义

目的:分析B细胞发育相关基因在儿童急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)中的表达,探索B细胞发育相关基因与B-ALL患儿预后的相关性。方法:基于GEO和TARGET数据库,分析健康对照者与B-ALL患儿差异表达的B细胞发育相关基因及其在B-ALL复发组和未复发组的差异表达。采用Cox单因素回归及Lasso回归方法筛选候选基因并构建B-ALL特异性的B细胞发育相关基因的预后模型。通过Cox多因素回归评估所构建的预后模型的应用价值,并分析B-ALL不同亚型的风险评分情况。在真实世界中,通过B-ALL患儿转录组测序结果验证B细胞发育相关基因预后模型与临床结局之间的相关性。此外,还分析了该预后模型与其他B-ALL预后模型的相关性。最后,采用Metascape评估与该预后模型相关基因的信号通路及功能富集状态,以探究其潜在机制。结果:在B-ALL中特异性表达且与B细胞发育相关的基因共1097个,其中27个基因在B-ALL复发组中表达上调,37个基因在B-ALL复发组中表达下调。采用Cox单因素回归及Lasso回归方法,筛选出14个基因纳入B细胞发育相关基因的预后模型(CDC25B、CKAP4、DSTN、IGF2R、NDUFA4、ODC1、PAX5、SH3BP4、SLC27A5、APAF1、ARRB2、HHEX、IL13RA1、UVRAG)。基于14个基因的预后模型对TARGET数据库中134例B-ALL患儿进行风险评分,高风险评分组(评分>0.11)的患儿预后差于低风险评分组(评分≤0.11)的患儿。Cox多因素分析显示,该B细胞发育相关基因的风险评分可作为B-ALL患儿独立预后因素,并且低风险评分组中高二倍体阳性患儿的比例显著高于高风险评分组,而高风险评分组中TCF3/PBX1阳性患儿的比例显著高于低风险评分组。同时,真实世界数据显示,高风险评分组的B-ALL患儿预后差于低风险评分组的患儿,且B-ALL死亡组患儿B细胞发育相关基因的风险评分高于B-ALL未死亡组。此外,根据代谢相关基因预后积分系统计算的风险评分与该B细胞发育相关基因预后模型计算的风险评分具有正相关性。最后,差异基因的功能富集分析提示,B-ALL患儿的预后风险与胚胎向各系统发育分化过程,尤其与B细胞受体信号通路相关。结论:在B-ALL中特异性表达的B细胞发育相关基因与B-ALL患儿的预后相关,其中14个基因构成的预后模型有望成为儿童B-ALL新的预后判断标志。

褪黑素对牛卵巢颗粒细胞发育相关基因表达的作用

目的:探究褪黑素对卵巢颗粒细胞发育相关基因表达的影响。方法:不同浓度的褪黑素(0、10^(-3)、10^(-5)、10^(-7)、10^(-9)、10^(-11)mol/L)分别处理颗粒细胞24、48、72 h后提取细胞总RNA,采用Real-time PCR检测抗氧化(GPX4、SOD1)、发育(EGFR、DNMT1a、FSHR)和TGFβ家族(BMP6)相关基因的表达。结果:不同浓度褪黑素处理24、48、72 h对抗氧化(GPX4、SOD1)、发育(EGFR、DNMT1a、FSHR)和TGFβ家族(BMP6)相关基因的表达均有促进或抑制作用(P<0.05),高浓度褪黑素(10^(-3)mol/L)在48 h对GPX4、SOD1的促进效果最显著(P<0.05);高浓度褪黑素(10^(-3)mol/L)不影响EGFR、DNMT1a的表达,其他浓度褪黑素均促进EGFR、DNMT1a的表达(P<0.05);低浓度褪黑素(10^(-11)mol/L)显著抑制FSHR的表达(P<0.05);褪黑素对于BMP6的表达在24 h为促进作用(P<0.05),48 h时抑制其表达(P<0.05),72 h时高浓度褪黑素(10^(-3)mol/L)和低浓度褪黑素(10^(-11)mol/L)无显著作用,其他浓度为促进作用(P<0.05)。结论:褪黑素可以通过促进抗氧化相关基因(GPX4、SOD1)、发育相关基因(EGFR、DNMT1a)和TGFβ家族(BMP6)相关基因的表达,抑制FSHR的表达来保护颗粒细胞,抑制其凋亡。

兔植入前移核胚中发育相关基因的差异表达分析

与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(MⅡ卵、2细胞、4细胞、8～ 16细胞克隆胚胎)为材料进行单胚差示,分离了 80个差异片段.经反向RNA印迹验证、亚克隆、序列分析及NCBIGenBank数据库检索,结果表明:A0 2 8片段与CstF3基因有 93%的同源性,在早期胚胎发育过程中的表达有阶段特异性,该基因在兔克隆胚的早期发育过程中起重要作用.RNA印迹显示:该基因在所检测的组织中,只在卵巢中有表达.

棉纤维发育相关基因时空表达与纤维品质的关联分析

以14个纤维品质差异的棉花品种(或品系)为材料,研究10个纤维发育相关基因时空表达变化与纤维品质的关系,为阐明棉纤维发育相关基因与纤维品质形成关系提供理论基础。利用实时荧光定量PCR技术检测10个基因在14个供试品种(或品系)不同纤维发育时期的相对表达量,结果表明,虽然遗传背景完全不同,但它们具有某些共同表达特征。GhExp1、GhCIPK1、GhSus1、GhSusA1和GhPL这5个基因都是在纤维伸长期优势表达;GhACT1、GhRacA和GhRacB是在纤维伸长前期和次生壁加厚期高表达;而GhCelA1和GhcelA3是在纤维伸长后期和次生壁加厚期优势表达。这些基因表达谱与纤维品质关联分析显示,GhRacA在23DPA高表达且表达量与纤维品质显著正相关,其余基因在低表达时其表达量与纤维品质呈显著性相关,而在高表达时其表达量与纤维品质无相关性。GhExp1在20DPA的表达量与纤维比强度和整齐度呈显著负相关,与伸长率呈极显著正相关;GhPL在23DPA的表达量与纤维长度呈显著负相关;GhRacA在5DPA和23DPA的表达量均与伸长率呈极显著正相关;GhRacB在10DPA的表达量与长度和整齐度呈显著负相关;GhCelA1基因在5DPA的表达量与纤维长度呈显著正相关,与马克隆值呈显著负相关,在10DPA的表达量与马克隆值呈显著正相关,与伸长率达到极显著正相关,与比强度呈显著负相关,与长度和整齐度呈极显著负相关;GhCIPK1、GhACT1、GhSus1、GhSusA1和GhCelA3这5个基因在纤维发育各时期的表达量与纤维品质各指标未检测到相关性。

饲粮锌水平对鹅再生羽绒品质、血清指标及毛囊发育相关基因表达的影响

本试验旨在探明饲粮锌水平对鹅再生羽绒品质、血清指标及毛囊发育相关基因表达的影响。试验选取在相同条件下饲养的5月龄健康霍尔多巴吉鹅128只,采绒后随机分成4组,每组4个重复,每个重复8只,公母各占1/2。4组试验鹅分别饲喂在基础饲粮(锌水平为31.68 mg/kg)中添加0、60、120和180 mg/kg一水合硫酸锌(ZnSO4·H2 O,折合成锌的添加量分别为0、21.79、43.57和65.36 mg/kg)的饲粮。预试期7 d,正试期42 d。结果显示:1)饲粮中添加不同水平的锌均可增加再生羽绒的千朵绒重以及背部、腹部、胸部绒朵长度,但差异均未达到显著水平(P>0.05)。再生羽绒的羽枝细度随着饲粮中锌添加量的增加而降低,且锌添加量为43.57和65.36 mg/kg时显著低于锌添加量为0和21.79 mg/kg时(P<0.05)。2)当饲粮中锌添加量为65.36 mg/kg时,血清中碱性磷酸酶(AKP)活性最高,显著高于锌添加量为0和21.79 mg/kg时(P<0.05);当饲粮中锌添加量为43.57 mg/kg时,血清中甘油三酯(TG)含量达到最高,显著高于锌添加量为0、21.79和65.36 mg/kg时(P<0.05)。饲粮中添加不同水平的锌对血清中总蛋白(TP)、白蛋白(ALB)和球蛋白(GLOB)含量未产生显著影响(P>0.05)。3)饲粮中添加不同水平的锌对血清中生长激素(GH)和泌乳素(PRL)浓度产生了影响显著(P<0.05),对类胰岛素生长因子-1(IGF-1)浓度未产生显著影响(P>0.05)。饲粮中锌添加量为21.79 mg/kg时,血清中GH和IGF-1浓度均最高,血清中PRL浓度则在锌添加量为43.57 mg/kg时最高。4)血清中锌含量随着饲粮中锌添加量的增加表现为先升高后降低,在锌添加量为43.57 mg/kg时达到最高。血清中钙和铁含量则随着饲粮中锌添加量的增加分别呈现上升和下降趋势。5)毛囊中表皮生长因子(EGF)基因的mRNA相对表达量随着饲粮中锌添加量的增加先升高后降低,在锌添加量为43.57 mg/kg时最高,显著高于锌添加量为65.36 mg/kg时(P<0.05)。毛囊中IGF-1基因的mRNA相对表达量也随着饲粮中锌添加量的增加先升高后降低,但各添加量之间差异不显著(P>0.05)。由此得出,在锌水平为31.68 mg/kg的基础饲粮中添加21.79~43.57 mg/kg锌(使饲粮锌水平达到53.47~75.25 mg/kg)可提高鹅血清中AKP活性以及GH、PRL和IGF-1浓度,影响血清钙和铁含量,提高再生羽绒的千朵绒重与绒朵长度,降低羽枝细度,还可以调节毛囊发育相关基因EGF和IGF-1的表达,从而促进羽绒再生。

平菇子实体分化发育相关基因片段的克隆

采用RAP PCR差异显示技术对平菇菌丝体及原基、菇蕾和成熟子实体进行研究 ,获得了在原基阶段差异表达的 3条cDNA片段POD1、POD2与POD3 ,经过回收、重扩增、克隆与鉴定后进行测序分析 ,初步的结果表明 3条差异片段的长度分别为 745bp、482bp与 477bp。同时 。

新生大鼠小脑内发育相关基因的筛选

为筛选脑发育相关的基因 ,应用新发展的抑制消减杂交技术 ,以新生大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为测试者 (tester) ,成年大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为驱动者 (driver) ,进行消减杂交 ,克隆制备成新生大鼠小脑高表达的cDNA文库。挑选出 5 0个重组质粒 ,测序得到 37个不同基因片段序列。再次用反Northern杂交确认有意义的差异表达基因。同时将测序结果与GenBank注册序列进行同源性比较 ,2 0个大鼠中首次测得的基因表达序列标签 (EST)已被GenBank收录 (BG6 95 72 6 -BG6 95 74 5 )。

胚胎肝发育相关基因-1在氯高铁血红素诱导分化的红白血病细胞中的表达

目的 研究胚胎肝发育相关基因 1(EDAG 1)在红系肿瘤分化中的表达及意义。方法 用细胞生物学、RT PCR及Northern杂交法。结果 含 4 0× 10 -5mol·L-1氯高铁血红素 (Hemin)的RPMI 16 40培养K5 6 2细胞 5天 ,可使70 %～ 80 %细胞呈现正常红系特征 ;EDAG 1、c fos表达降低。结论 Hemin可诱导红白血病细胞分化 ;EDAG 1、c fos表达下调可能与其有关。

十字花科植物花粉发育相关基因的研究

花粉发育是一个极其复杂的过程,众多基因参与其中,这些基因的行为控制着花粉发育的各个关键步骤,从而调控花粉发育的正常进行.从分析以拟南芥为代表的十字花科植物花粉发育基因的行为入手,介绍了十字花科植物花粉发育研究的最新进展,包括目前人们在花粉发育的起始、减数分裂、花粉有丝分裂、生殖细胞有丝分裂,以及绒毡层在花粉发育过程中的作用等方面的认识和理解.

壬基酚对大鼠F1代脑发育相关基因表达的影响

目的利用芯片技术探讨壬基酚(nonylphenol,NP)对F1代脑组织发育相关基因表达影响。方法NP染毒F0亲代母鼠,分别提取NP组和对照组F1代雄性2d龄大鼠的脑组织mRNA,分别用cy5和cy3逆转录标记,与BiostarR-40S基因表达谱芯片杂交,并对cy3、cy5荧光信号做扫描分析。结果芯片结果显示实验组已知功能差异表达基因有16条,其中下调基因有13条,5条与脑组织功能及发育密切相关。结论NP对发育中的脑组织可产生多方面的影响,主要干扰神经细胞的代谢、神经递质的合成释放以及神经元的发育分化。

苎麻纤维发育相关基因FB27表达与纤维细度相关研究

利用半定量RT-PCR技术研究了纤维蛋白FB27基因在不同组织、不同基因型和不同时期的茎皮中的表达情况。结果表明,苎麻FB27基因的表达不具有组织特异性,但在苎麻纤维组织高度发达、纤维组成成分最多的茎部表达量最高,尤其是茎皮;在高纤维细度种质中相对表达量较高,在低纤维细度种质中相对表达量较低;在不同的生长季FB27基因的相对表达量为:头麻>三麻>二麻。在同季麻不同生长发育时期,伸长增粗期FB27基因的相对表达量较高,苗期和工艺成熟期较低。苎麻纤维发育相关基因FB27的表达程度与纤维细度表现出正相关。

胚胎发育相关基因-1对人肺癌细胞增殖及凋亡的影响

目的探讨一种新近克隆的胚胎发育相关基因-1(embryonic development associated gene-1,EDAG-1)对人肺癌细胞增殖及凋亡的影响。方法构建真核表达载体pc DNA3.1(+)-EDAG-1,以脂质体法稳定转染入人肺癌细胞A549和H460,分别通过qRT-PCR和Western blot检测EDAG-1基因mRNA和蛋白的表达,同时检测细胞的增殖及凋亡。结果转染EDAG-1后,A549和H460细胞中EDAG-1的mRNA和蛋白表达水平均显著性升高(P<0.01)。与转染空载体的A549和H460对照组细胞相比,转染EDAG-1的A549和H460细胞增殖明显受到抑制,细胞凋亡率显著性升高(P<0.01)。结论 EDAG-1可以抑制肺癌细胞增殖,促进其凋亡,其可能在肺癌的发生中起着重要作用。

水稻草状矮化病毒侵染下水稻根发育相关基因的表达分析

水稻草状矮化病毒(Rice grassy stunt virus,RGSV)引起的水稻草矮病是热带和亚热带稻区的重要病害,RGSV侵染引起水稻植株根系严重发育不良。为解析RGSV侵染引致水稻根系发育不良的分子机制,以水稻品种‘汕优63’为材料,通过实时荧光定量RT-PCR技术分析水稻经RGSV侵染后根系发育相关基因Os PHR2、QHB、Os RR1、Os EXPB5、Crl-5和Os EXPA17等基因的m RNA表达量变化。结果表明,RGSV侵染引起Os PHR2和Crl-5基因表达下调,下调比率分别为2.18和4.86,而水稻病株QHB、Os RR1、Os EXPB5和Os EXPA17等基因的表达量与健株相比,各基因差异比率分别为1/1.49、1.01、1.39、1/1.37,表明RGSV侵染未引起这些基因的表达量发生变化。RGSV可能通过直接或间接调控根系发育相关基因表达水平而使根系发育异常。

中国卤虫(Artemia sinica)早期胚胎发育相关基因表达序列标签(ESTs)分析

以mRNA差异显示技术分析了中国两性生殖卤虫早期胚胎发育相关基因的表达序列标签(ESTs),共回收了2000条差异条带并进行了克隆、测序,在GenBank/DDBJ/EMBL数据库中用BLASTX和BLASTN软件分别与NCBI上的非冗余核酸序列数据库进行同源性比对,得到分值较高、长度在100bp—2kb以内的ESTs序列133条。所发现的133条ESTs的生物学功能分类为:能量代谢占24%、细胞生长、分裂相关基因占23%、RNA相关占17%、体节形成占12%、蛋白质合成占3%、转录因子占3%、离子转运占5%、细胞信号转导占4%、未知占9%。对所发现的ESTs进行了RT-PCR测定,排除假阳性能够提供足够数量的信息用于获取其全长cDNA,进而获得其全长基因序列以用于功能研究。另外,研究发现了包括小热休克蛋白基因家族、Hox基因家族的abdA和Dfd基因、A-trh基因(排盐器官及盐调节基因)、HIF(缺氧诱导因子)、CK-M2(肌肉型磷酸激酶基因)和GRP基因(富甘氨酸蛋白基因)等20个具有明显功能的相关基因的ESTs和完整基因序列和开放阅读框(ORF)。经初步推断这些ESTs和基因的功能大多为与卤虫发育的生理、生化相关的基因有关。所研究的133条ESTs基本代表了卤虫早期胚胎发育相关功能基因的表达谱。

一种粘细菌发育相关基因的分离及敲除分析

FruB是与粘细菌 (Myxococcusxanthus)发育特异性转录因子FruA具有亲和力的蛋白因子 ,协同FruA参与对靶基因的调控。根据FruB氨基端氨基酸序列 ,设计简并性寡核苷酸引物对染色体DNA进行PCR扩增 ,以扩增产物为探针自粘细菌小型基因文库筛选出同源的4 5kbSacI阳性片段。fruB基因阻断分析表明 ,fruB功能缺失延缓子实体发育并降低粘孢子产率 。

藤稔葡萄花发育相关基因启动子的克隆及功能分析

采用基于热不对称交错式PCR的基因组步移法,从藤稔葡萄(Vitis vinifera×V.labrusca‘Fujiminori’)的基因组总DNA中扩增花发育相关基因FT、FLC、AP3和AG的启动子上游序列片段,并通过序列分析及PlantCARE在线预测对FT、FLC和AP3启动子片段的序列及顺式调控作用元件和功能进行了分析。扩增结果表明:AG的第1轮扩增产物无明显条带,第2轮扩增产物条带弥散,不能用于序列分析及顺式调控作用元件和功能分析;FT、FLC和AP3基因2轮扩增产物均有特异条带,FT、FLC和AP3启动子序列的实际长度分别为1 470、1 698和1 061 bp,GenBank登录号分别为HM192806、HM192805和HM192804。PlantCARE在线预测结果表明:FT、FLC和AP3启动子片段中均含有TATA-box、CAAT-box等启动子的特异表达元件及光响应元件、真菌刺激响应元件、MYB结合位点等多个顺式调控作用元件,共同受真菌刺激、MYB和光等因素的调控;FT、FLC和AP3均可能在花的分生组织中表达,且FT和AP3还可能在胚乳中表达。根据研究结果推测:FT、FLC和AP3基因的启动子序列片段中均存在多种诱导响应元件,可能均为诱导型启动子。

稀有鮈鲫神经发育相关基因的克隆、同源性分析及组织分布

作为重要的本土模式鱼类,稀有鮈鲫神经发育相关的生物学背景几乎空白,导致其在神经毒性评价方面的应用受到限制。本文从稀有鮈鲫脑部克隆得到了神经发育相关的神经生长因子(nerve growth factor;ngf)、脑源性神经营养因子(brain-derived neurotrophic factor;bdnf)、胶质纤维酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein;gfap)、髓鞘相关糖蛋白(myelin-associated glycoprotein;mag)、P0蛋白(myelin protein zero;mpz)、微管蛋白α1(α1-tubulin)和Y染色体性别决定基因10(SRY-box containing gene 10;sox10)等基因的片段,并对其进化树及表达谱进行了分析。序列分析表明,bdnf的核苷酸序列与鲫鱼、鲤鱼的同源性最高,均为98%;gfap、ngf、mag和α1-tubulin与斑马鱼的同源性最高,分别为95%、92%、92%和96%;mpz与黑头软口鲦的同源性最高,为94%;sox10与鳙鱼同源性最高,达97%。表达谱分析结果表明,ngf、bdnf、mag、mpz、α1-tubulin和sox10基因均在脑组织中表达量最高,gfap在脊髓中表达量最高,上述结果为这一模式鱼类在神经发育学和神经毒性效应评价方面的应用奠定了基础。

油茶近成熟种子表达的发育相关基因及其分析

以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库,随机挑取2327个克隆进行3′端测序,并将所得序列与核酸数据库进行同源性比较.发现16种58条与油茶种子胚胎发育及种子成熟相关的基因序列,这些序列与核酸数据库中其他物种相关序列有很高或较高的同源性.其中,脱落酸应答蛋白、成熟控制蛋白、翻译控制肿瘤蛋白、胚胎特化蛋白、乙烯应答因子包含域蛋白等基因序列为高丰度表达;种子成熟蛋白、细胞分化蛋白、乙烯应答因子、脱水素等编码基因属中等丰度表达;而成熟相关蛋白、胚珠发育蛋白、伸展蛋白、生长控制因子、休眠相关蛋白、衰老相关蛋白和脱水应答蛋白等基因只检测到1条序列,属低丰度表达.这些结果为揭示油茶种子油脂转化过程中的基因表达和生理过程提供了科学依据.

昆虫病原线虫发育相关基因的差异表达

以共生细菌致病杆菌上清过滤液诱导小卷蛾斯氏线虫A24的感染期线虫恢复发育,并利用RNA连接酶介导的RACE技术构建了其全长cDNA文库。通过PCR扩增、反向Northern杂交筛选差异表达的基因,获得48个差异表达的克隆。对差异表达基因进行测序和生物信息学分析,获得34个有效序列,这些序列按照蛋白质功能包括多个核糖体大小亚基蛋白、延伸因子、丝氨酸蛋白酶抑制剂、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶、ATP依赖性Clp蛋白酶、酯酶、热休克蛋白、协同转运蛋白、脂蛋白、载体蛋白合成酶、Ngg1相互作用因子等。通过诱导感染期昆虫病原线虫恢复发育,并构建其cDNA文库,筛选出一批与感染期线虫发育相关的候选基因。