藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因和可变剪接事件的综合分析

背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(分别代表容受前子宫内膜组和容受性子宫内膜组),分别随机选取3只藏西北绒山羊,采集子宫内膜组织,苏木精-伊红染色观察组织形态,免疫组织化学检测子宫内膜容受性标志蛋白白血病抑制因子、血管内皮生长因子的表达水平;提取子宫内膜组织总RNA,质量检测合格后进行转录组测序,寻找差异表达的mRNA、长链非编码RNA、环状RNA和miRNA,进行功能预测,并分析与子宫内膜容受性相关的可变剪接mRNA和长链非编码RNA。结果与结论:(1)与容受前子宫内膜组比较,容受性子宫内膜组子宫内膜组织中白血病抑制因子和血管内皮生长因子蛋白的表达水平明显升高;(2)测序结果显示,差异表达基因多为mRNA和长链非编码RNA,包括250个上调的mRNA、193个上调的长链非编码RNA、135个下调的mRNA和123个下调的长链非编码RNA,显著富集于Wnt、Hedgehog和Hippo信号通路;(3)可变剪接事件分析显示有8个差异表达的可变剪接转录本,均为mRNA分子,其中2个下调、6个上调,与血管内皮生长因子受体信号、细胞运动和胚胎发育有关。

基于RNA-seq对复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本预测及可变剪接、SNP分析

为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d)两个阶段。42日龄时进行肉鸡屠宰试验,取对照组和益生菌组回肠各3个样本进行转录组测序。对测序数据进行分析,共发现1047个新基因,20176个新转录本,276个新基因在GO数据库中得到归类注释。对转录组数据进行可变剪接分析,外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高,共筛选到1131个显著的差异剪接基因,在外显子跳跃(SE)、第一个外显子可变剪接(A5SS)、最后一个外显子可变剪接(A3SS)、外显子选择性跳跃(MXE)、内含子滞留(RI)事件中鉴定到的差异剪接基因数分别为588、139、176、136、92。对获得的差异剪接基因进行GO富集分析,主要富集在代谢和免疫GO term。KEGG富集到了胞吞作用、MAPK信号通路等。在各样品中大多数碱基取代均为转换大于颠换,其中转换单核苷酸多态性(SNP)所占百分比为73.53%~73.94%;颠换型SNP所占百分比为26.05%~26.47%。试验对对照组、益生菌组肉鸡的回肠进行了RNA-seq测序分析,为发掘复合益生菌作用于肉鸡回肠中的可变剪接事件提供基础,为进一步了解复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本的发现和SNP位点提供了数据支撑。

崂山奶山羊不同泌乳期乳腺组织可变剪接的鉴定与分析

本研究对崂山奶山羊泌乳初期、高峰期和末期乳腺组织RNA-Seq数据进行可变剪接分析,共鉴定到151503个可变剪接事件,对应17627个可变剪接基因,6323个差异剪接基因,显著富集到细胞器、蛋白质结合、mRNA加工和RNA剪接等相关GO条目,主要参与催产素信号通路、钙信号通路、内质网中的蛋白质加工等,与乳腺组织生理活性密切相关的KEGG通路,筛选出PTEN作为参与乳腺发育及泌乳相关生理过程中调控网络的核心基因。研究结果表明,可变剪接在奶山羊不同泌乳期的乳腺组织具有发育阶段特异性,特有可变剪接基因与乳腺组织生理活性特点密切相关,在调控奶山羊乳腺组织发育及泌乳生理中发挥重要作用。本研究可为探究可变剪接机制调控奶山羊乳腺发育与泌乳性状的分子机理提供理论依据。

FOXO3a靶向调控血管内皮细胞相关基因可变剪接的作用研究

目的研究血管内皮细胞在冠状动脉疾病中的作用,着重阐明转录因子叉头框蛋白O3a(forkhead box O3a,FOXO3a)调控靶标基因表达和可变剪接在血管内皮细胞损伤中的作用。方法通过在人血管内皮细胞系中过表达FOXO3a,利用转录组技术获得转录组数据。分析FOXO3a调控的潜在靶标基因的表达水平和可变剪接模式,以及这些基因的功能。结果FOXO3a过表达的HUVEC细胞中,与对照组比较,419个基因差异表达。基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析结果显示,上调基因富集在炎性信号通路,下调基因富集在代谢通路。基于转录组数据进行可变剪切分析,发现1784个可变剪切事件的模式在FOXO3a过表达组和对照组间发生显著差异。GO和KEGG分析结果显示,差异可变剪切基因富集在细胞凋亡相关通路。结论FOXO3a通过调控免疫炎症、脂类代谢和细胞凋亡相关基因的表达和可变剪接,影响血管内皮细胞凋亡,可能影响冠心病的发生。

家蚕响应微孢子虫感染的可变剪接事件分析

【目的】家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)感染引发的微粒子病是影响蚕业发展的重要病害。为了揭示可变剪接(AS)基因在家蚕响应微孢子虫感染中的作用,对其中肠内的AS事件进行分析。【方法】利用Illumina Hiseq TM 4000测序平台,对健康家蚕(对照组)和被微孢子虫感染的家蚕中肠组织进行转录组测序。使用rMATS软件对样品中的AS事件与差异剪接基因(DSGs)进行鉴定,并对DSGs进行GO富集和KEGG信号通路分析。【结果】在对照组和感染组中分别检测到5346个和4992个AS事件,两组的AS事件类型都以外显子跳跃(SE)事件为主,差异分析发现了25个显著的DSGs。GO富集分析表明,DSGs主要富集在21个条目,其中以细胞过程、物质代谢、结合、催化活性的基因数量较多;KEGG信号通路分析显示,DSGs富集数较多的是信号传导、免疫系统、多糖生物合成与降解、能量代谢等通路。【结论】家蚕中肠组织存在大量AS事件,在微孢子虫感染过程中存在25个DSGs,其功能涉及新陈代谢和细胞免疫等。

基于RNA测序技术鉴定和分析绒山羊毛囊不同生长期mRNA的可变剪接

可变剪接(Alternative splicing,AS)是在转录后水平调控基因表达的一种重要方式。为挖掘调控绒山羊毛囊周期性生长相关的关键可变剪接,通过比较绒山羊绒毛不同生长时期的皮肤转录组数据,以P<0.05,|Inc‐LevelDifference|>0.1为标准筛选差异的可变剪接,并进行功能分析。结果显示,转换期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ中分别鉴定到1615、1667、1387和1522个差异可变剪接,分别对应了1202、1268、1073、1170个基因;这些基因主要富集于Notch、Hedgehog、mTOR、AMPK、PI3K-Akt、Wnt、TGF-β等与毛囊发育相关的信号通路;蛋白互作网络结合富集分析表明,Ctnnb1、Gsk3b、Tgfbr1、Vegfa、Gli1等基因产生的可变剪接可能参与调控毛囊周期性生长。综上可知,可变剪接在绒山羊毛囊周期性生长过程中普遍存在,且在不同发育阶段间存在差异;鉴定到调控绒山羊毛囊周期性生长发育相关的关键差异可变剪接基因及其重要信号通路。

PTBP1通过调控FGFR2的可变剪接促进肝癌的发展

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是原发性肝癌的主要类型,是一种早期无明显症状、易发生转移、存活率低的恶性肿瘤。多聚嘧啶区结合蛋白1 (polypyrimidine tract binding protein 1,PTBP1)是一种重要的RNA结合蛋白,可诱导促癌剪接事件的发生。虽然PTBP1在肝癌细胞中的促癌功能已被证实,但是其介导的促癌可变剪接事件及作用机制尚未得到完全解析。本文利用免疫共沉淀联合质谱分析发现与PTBP1结合的蛋白复合体显著富集于编码成纤维细胞生长因子受体2(fibroblast growth factor receptor 2,FGFR2)的基因可变剪接调控过程。通过RNA免疫共沉淀和定量PCR实验,证实PTBP1可显著下调肝癌细胞中FGFR2-IIIb异构体的水平,上调FGFR2-IIIc异构体的水平,促进FGFR2-IIIb向FGFR2-IIIc的异构体转换。随后,通过CCK-8、transwell和平板克隆实验,在肝癌细胞系HepG2和Huh7中评价了FGFR2-IIIb和FGFR2-IIIc的肿瘤生物学功能。结果显示FGFR2-IIIb发挥抑癌功能,而FGFR2-IIIc发挥促癌功能。机制研究证实,FGFR2-IIIb向FGFR2-IIIc异构体的转换显著促进肝癌细胞的上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymaltransformation,EMT)及FGFR下游ERK和AKT信号通路的活化。本研究揭示了PTBP1促进肝癌进展的分子调控机制,为肝癌的防治提供了新的理论依据。

基于RNA-seq数据分析长牡蛎(Crassostrea gigas)天然免疫的可变剪接事件

大部分无脊椎动物缺乏基于经典抗体和记忆细胞的适应性免疫,因而天然免疫在无脊椎动物免疫防御中发挥不可或缺的作用。可变剪接正是产生天然免疫多样性和特异性的重要途径。牡蛎(Crassostrea)是全球范围内的大宗养殖贝类和我国产量最高的海水养殖贝类,理解其天然免疫系统的多样性和特异性对牡蛎病害防治和养殖业健康可持续发展至关重要。通过对不同病原诱导以及诱导后不同时间的转录组进行生物信息分析,系统地研究了长牡蛎天然免疫应激反应的可变剪接事件。发现在弧菌诱导下可变剪接事件的总数显著增加,表明弧菌的感染会诱导长牡蛎可变剪接事件的产生。对病原诱导后可变剪接体的组成类型及表达量显著变化的基因的功能富集分析,表明免疫系统相关功能被显著富集,病原感染不同阶段以及不同病原感染后可变剪接体的组成类型和表达量均不一致,表明长牡蛎免疫系统可通过可变剪接产生免疫响应的特异性和多样性。研究结果为长牡蛎等无脊椎动物天然免疫多样性和特异性提供了典型实例,也为长牡蛎病害防御提供了理论支撑。

盐胁迫和ABA处理下水稻基因组的可变剪接事件分析

基因的剪接方式在不同发育时期、不同组织以及不同外界环境条件下可以发生改变,即可变剪接。可变剪接在转录后水平上调控基因功能,增加基因功能的复杂性和多样性。目前已发现一些基因在环境因素刺激下会发生可变剪接,但是逆境下全基因组水平上的可变剪接事件在很多植物中还未完全了解,这些事件是否同时受到植物激素的调控目前也不清楚。为了了解水稻在外界逆境胁迫下的全基因组可变剪接事件,特别是脱落酸(ABA)信号途径被激活后哪些基因发生了可变剪接,我们对盐胁迫以及ABA处理后水稻转录组中的可变剪接事件进行了交叉分析,发现一些信号途径的基因在盐胁迫以及ABA处理后均发生了可变剪接。选择其中与DNA损伤修复以及ABA信号转导有关的基因进行了进一步分析,并通过RT-PCR对其中OsPP2C67和OsSADR1基因的可变剪接进行了验证,得到的结果与分析结果一致。

高脂饲喂对肉鸡腹脂和肝脏组织RNA可变剪接的影响

【目的】腹脂过度沉积会降低肉鸡抗病力和屠宰率。RNA可变剪接是影响基因功能的重要调控方式,对肉鸡腹脂沉积过程的RNA可变剪接事件进行系统分析,有助于进一步了解肉鸡腹脂沉积的分子调控机理。【方法】利用高脂饲喂肉鸡和普通饲喂肉鸡肝脏组织和腹脂组织的转录组测序结果,鉴定高脂饲喂过程中肉鸡腹脂和肝脏组织的差异表达和差异剪接基因。采用GO功能注释、KEGG通路富集分析和Metascape富集分析对显著差异剪接基因进行分析,并对显著差异剪接事件进行可视化处理,以及分析调控这些差异剪接事件的剪接因子。【结果】对高脂饲喂肉鸡与普通饲喂肉鸡的腹脂和肝脏组织进行转录组测序,在腹脂组织中发现233个显著差异表达基因和349个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于细胞分裂、细胞生长等细胞增殖相关生物学进程,还富集于甘油磷脂代谢和胰岛素信号通路等脂肪生成相关通路。在肝脏组织中发现276个显著差异表达基因和224个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于蛋白质乙酰化、蛋白质内部氨基酸乙酰化和mRNA加工等细胞代谢相关生物进程,还富集于胰岛素信号通路、胰高血糖素信号通路、AMPK信号通路等脂肪生成相关通路。在腹脂和肝脏的显著差异剪接基因中,共筛选到影响肉鸡腹脂沉积性状的相关候选基因4个,包括GPAT4、RELCH、CYP39A1和PPARA。【结论】研究结果初步揭示高脂饲喂下肉鸡腹脂和肝脏组织的RNA可变剪接调控规律。推断高脂饲喂可能通过影响基因可变剪接过程,进而激活前脂肪细胞的增殖和脂肪生成相关细胞代谢,从而导致肉鸡的腹脂沉积现象;剪接因子对靶基因的调控显著参与影响肉鸡的腹脂沉积过程。

SRSF1调控RBBP6发生可变剪接事件对多发性骨髓瘤细胞增殖的影响

目的:探讨剪接因子SRSF1介导RBBP6发生可变剪接后,其不同剪接体对多发性骨髓瘤(MM)细胞增殖的影响。方法:通过RT-PCR检测SRSF1调控RBBP6不同剪接体mRNA的表达水平。利用GEO数据库分析RBBP6同源异构体(isoform)1在浆细胞疾病进展中的变化,通过生存分析评价该基因在MM患者预后中的价值。在体外功能缺失和功能获得实验中,将对照siRNA、RBBP6 isoform 1 siRNA、空载体(EV)、OE-RBBP6 isoform 3转染至MM.1S细胞中,用实时荧光定量PCR检测RBBP6 isoform 1、RBBP6 isoform 3 mRNA表达水平,Western blot检测蛋白表达,CCK-8法检测细胞增殖。结果:敲除SRSF1增加了RBBP6 isoform 3的表达,降低了RBBP6 isoform 1的表达。其中,RBBP6 isoform 1与浆细胞疾病的进展密切相关,RBBP6 isoform 1高表达组MM患者预后较差。下调RBBP6 isoform 1的表达和过表达RBBP6 isoform 3均能降低MM细胞的增殖能力;并且下调RBBP6 isoform 1的表达后,MM细胞中p53蛋白水平明显增高(P<0.05)。结论:在MM中,剪接因子SRSF1可导致RBBP6发生可变剪接异常,其中RBBP6 isoform 1促进MM细胞增殖,RBBP6 isoform 3抑制MM细胞增殖,并且其机制可能与调控p53途径相关。

基于转录组测序分析家蚕中肠、脂肪体和血淋巴组织可变剪接事件

可变剪接(alternative splicing, AS)在家蚕基因组中普遍存在,在基因转录后调控和蛋白质多样性方面发挥重要作用。为揭示家蚕物质吸收、循环、合成和代谢相关组织AS事件的特征,分析家蚕品种间抗氧化水平差异的形成机制,本研究采集预蛹期的东肥和彩4这两个家蚕品种的中肠、脂肪体和血淋巴组织样品进行转录组测序(RNA sequencing, RNA-seq),将测序数据比对到参考基因组后,采用rMAT软件进行AS事件分析和发生AS事件的基因(AS基因)鉴定,进一步解析AS基因发生AS事件的数量、类型和组织分布的特征,并对全部AS基因和品种间差异表达AS基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明,家蚕中肠、脂肪体和血淋巴中分别检测到13 525、7 419、6 965个AS事件,对应发生在4 118、3 109和2 975个AS基因中。3′端可变剪接位点(alternative 3′splice sites, A3SS)、5′端可变剪接位点(alternative 5′splice sites, A5SS)、互斥外显子(mutually exclusive exons, MXE)、内含子保留(retained introns, RI)、外显子跳跃(skipping exon, SE)5种类型AS事件中,SE数量占比最高,在每个组织中的发生比例均不低于64.95%,RI数量占比最低,均不高于1.79%。每个组织中发生1种类型AS事件≤3个的AS基因数量占基因总数的81.14%~100%,单个AS基因发生1种类型AS事件的数量最高为66个。发生A3SS、A5SS、RI事件的AS基因有高达53.19%~61.75%和16.56%~20.57%的3组织和2组织重叠比例,发生SE、MXE事件的AS基因组织特异性高,单一组织独有的比例为43.99%和70.96%。每个组织AS基因总数量里,发生1个单独类型AS事件的基因约占63.40%~69.96%,同时发生3、4、5个类型AS事件的基因合计占比低于7.00%。GO功能注释、KEGG通路富集分析全部AS基因的功能主要为物质的合成、代谢和转运,能量代谢,细胞对刺激的反应和信号转导,基因表达和翻译的调控,蛋白质的加工、修饰和水解,磷酸转移酶和激酶活性等。两个家蚕品种差异表达AS事件在中肠、脂肪体和血淋巴分别为302、176、244个,对应的AS基因数量为266、137和186个,差异AS基因可富集到氧化-还原过程和含核碱基的化合物、芳香族化合物、杂环、有机环状化合物、大分子的生物合成过程。可见,家蚕3个检测组织内存在数量可观的AS事件和AS基因,AS事件发生数量和类型具有组织特异性,高、低抗氧化水平家蚕品种差异AS基因参与抗氧化活性物质的合成,可以为家蚕机体物质利用和转化的研究提供重要功能候选基因。

可变剪接在卵巢癌中的作用研究进展

卵巢癌(ovarian cancer, OC)是发生在卵巢的恶性肿瘤性疾病。卵巢癌大多发病隐匿,进展迅速,加之缺乏高效的早期诊断措施,许多病人初次诊断时已属晚期。在诊断和治疗方面已取得了一定的进展,但其五年生存率仍然低,所以迫切需要研究OC的发生和发展机制。中心法则中RNA是由DNA转录而来的,作为一个转录本来源的DNA转录区域却不一定是由某个连续DNA片段提供的,甚至可能有间隔DNA转录区的交叉,不同区域不同顺序的转录产物共同组成一个转录本,极大增加了DNA产生RNA的复杂度。人类基因组中多数基因都会发生RNA的可变剪接(alternative splicing, AS),AS可实现相同的前信使RNA生成多个mRNA剪接异构体和下游蛋白质亚型。一个基因的不同编码区可以以不同的方式剪接,导致该基因的多种转录状态,最终的蛋白产物可能具有不同的或相互拮抗的功能和结构特征。这在很大程度上扩大了人类基因的复杂性和多样性,影响着肿瘤细胞表型和信号通路,从而影响肿瘤的发生、发展。OC中也发现可变剪接事件,笔者就AS在OC中的作用作综述。

探究可变剪接对银屑病发病机制的影响

目的:探究可变剪接对银屑病发病机制的影响。方法:选取5例银屑病患者和5例正常健康对照者。使用Illumina进行mRNA的高通量测序筛选。根据基因本体论及KEGG信号通路分析银屑病在发病过程中的具体生物学差异表现。结果:筛选出2180个与银屑病相关的差异表达的mRNA,其中上调的基因有906个,下调的基因有1274个。生物信息学分析(GO分析)显示,mRNA的表达差异主要涉及脂质代谢、调节RNA剪接等细胞生物学过程,细胞组成的差异表达基因主要存在于细胞质、细胞核中,分子功能差异主要表现在氧化还原酶、催化酶、裂解酶等方面。结论:银屑病可变剪接事件的变化与银屑病的发病机制密切相关。猜测银屑病的发病过程中存在可受RNA结合蛋白调控靶基因的作用,进一步探讨这些靶基因的作用机制可为银屑病的治疗提供新的方向。

基因的可变剪接对哺乳动物精子生成作用的研究进展

可变剪接作为一种提高基因组复杂性的机制,在调节基因功能多样性和表型变异中发挥着非常重要的作用。可变剪接事件的顺利进行能够调控并促进正常精子的生成,有利于动物的繁殖。文章重点介绍了可变剪接对哺乳动物精子生成的调控作用,并进行了总结展望,旨在为强化育种改良提供新的思路。

可变剪接在糖料作物上的研究进展

可变剪接在真核生物中普遍存在,是生物体产生多种蛋白质的一个重要机制。大量证据表明,可变剪接的复杂性与植物的发育、进化、适应性有关。可变剪接的相关研究为培育优质的作物品种提供了理论依据。文章主要综述了可变剪接的类型、研究方法以及糖料作物关于可变剪接的最新研究进展,并结合当前的研究形势对未来可变剪接的研究方向提出建议。研究发现,甘蔗、甜菜、甜叶菊糖料作物的可变剪接研究几乎都处于尝试阶段,今后在分子机制、规律、功能等方面还有大量的未知信息有待研究,可变剪接的研究可为提高糖料作物抗逆性、环境适应性、产糖量等方面提供帮助。

基于肺腺癌组织中可变剪接数据构建剪接因子-可变剪接调控网络的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法筛选与肺腺癌(LUAD)患者生存相关的可变剪接(AS)事件,构建剪接因子(SF)-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。方法:由癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶点(SpliceAid2)数据库中下载LUAD患者AS数据。对LUAD患者生存相关AS事件进行单因素Cox回归分析。采用LASSO回归分析和多因素Cox回归分析构建LUAD患者预后风险模型,基于该模型计算每种AS事件的风险评分,采用Kaplan-Meier(K-M)生存分析和受试者工作特征曲线(ROC)评价模型的可靠性。通过Cox回归分析风险模型、临床参数与LUAD患者独立预后的关系。采用Pearson检验对SF和与预后相关的AS事件进行相关性分析,并通过Cytoscape软件构建SF-AS互作网络。结果:筛选获取与生存相关的AS事件43948个,共7种类型,主要以外显子活跃(ES)事件和可变终止子(AT)事件为主。构建AS事件预后风险模型,基于该模型风险评分将LUAD患者分为高风险组和低风险组,K-M生存分析,高风险组LUAD患者总生存(OS)率较低风险组低(P<0.05)。ROC曲线分析,LUAD患者预后风险模型预测性良好,曲线下面积(AUC)为0.824。SF-AS调控网络,12个与预后相关SFs正向或负向调节AS事件,可预测LUAD患者的不良预后。结论:筛选了与LUAD患者预后相关的AS事件和上游的调控因子SF,构建了SF-AS网络,为进一步研究AS事件与LUAD患者预后的相关性提供理论依据。

肺腺癌中可变剪接调控因子KHSRP调控的差异剪接基因分析

背景与目的:可变剪接在细胞增殖、生长、凋亡及分化等复杂的蛋白质功能调控中发挥着至关重要的作用,能参与包括肿瘤在内的多种疾病的发生、发展过程,目前大多数可变剪接调控因子的功能及其作用机制尚不清楚。本研究旨在探讨KH型剪接调控蛋白(KH-type splicing regulatory protein,KHSRP)在肺腺癌中的差异剪接靶基因及靶基因的表达与患者预后及免疫细胞功能的相关性。方法:通过高通量可变剪接测序,筛选KHSRP下游差异剪接靶基因。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource,TIMER)和阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham cancer data analysis portal,ULCAN)分析KHSRP下游差异剪接靶基因在肺腺癌中的表达。通过Kaplan数据库分析KHSRP下游差异剪接靶基因的表达与患者预后的相关性。通过TIMER免疫模块分析KHSRP下游差异剪接靶基因与免疫细胞功能的相关性。结果:NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的下游关键可变剪接靶基因。NUMB、ADD3及LIMCH1在肺腺癌肿瘤组织中均呈低表达,其低表达者预后不良。NUMB、ADD3及LIMCH1与免疫细胞功能呈正相关。结论:在肺腺癌中,NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的差异剪接靶基因,且NUMB、ADD3及LIMCH1低表达会导致预后不良,并且与免疫细胞功能呈正相关。

可变剪接在肿瘤血管生成及肿瘤治疗中的研究进展

可变剪接普遍存在于高等真核生物的基因表达调控中,是其转录后调控和产生蛋白质多样性的重要机制,异常的可变剪接直接参与调控肿瘤发生、发展所涉及的多种生物学过程。血管生成参与维持机体正常的生理过程,在恶性肿瘤的增殖和侵袭转移过程中有重要作用,当促血管生成因子和抗血管生成因子失衡可促进肿瘤血管形成。在肿瘤的发生发展中,血管生成受到许多分子和细胞机制和介质的严格调控,其中血管生成相关基因可变剪接的调控作用不容忽视,基于可变剪接的靶向肿瘤血管生成治疗也展现了一定应用前景。本文将对可变剪接与肿瘤血管生成的相关研究作一综述。

基于转录组测序技术揭示克罗恩病中相关的可变剪接事件

通过利用转录组测序分析了解克罗恩病(Crohn’s disease,CD)相关的可变剪接事件,鉴定高度关联的RNA结合蛋白及潜在的调控靶基因,以揭示CD形成过程中相关遗传调控机制。通过下载33个GSE66207RNA-seq数据并进行预处理,其中包括6个非狭窄非穿透型(B1型)样品、6个狭窄型(B2型)样品、8个穿透/瘘管型(B3型)样品和13个正常结肠样品;对四组样品进行差异表达基因和可变剪接事件转录组分析、进行差异表达RNA结合蛋白与差异可变剪接基因之间的相关性分析。结果显示:(1)通过差异表达基因的转录组分析发现,以正常组为参考,B1型更多基因表现为下调,B2型和B3型更多基因表现为上调。B3型的差异表达基因数量比B2型多,暗示着CD病情进展为穿透后,更多基因会出现差异表达;(2)差异可变剪接转录组分析发现,CD中存在大量剪接异常,并发生在DNA复制和细胞周期进展中。GO功能注释和富集分析显示,在B1型、B2型和B3型中,参与细胞生长的基因都发生剪接异常,在B2型和B3型中发现明显的凋亡相关通路。(3)鉴定出14个调控差异可变剪接基因的RNA结合蛋白,包括:DAZL、DDX3Y、RPS4Y1、EIF1AY、TDRD1、RBM24、RNASE2、APOBEC1、NXF3、EEF1A2、RBFOX3、PALYL、RNF17和OASL。本研究对3种表型CD进行可变剪接分析发现:在CD疾病进展中,一些参与细胞增殖、凋亡和关键信号通路的基因发生了差异可变剪接,而实验研究鉴定出的RNA结合蛋白参与了这些可变剪接基因的调控。