广西地区耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的流行特征、耐消毒剂基因检测及同源性分析

目的了解耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(CRPA)临床分离菌株的流行特征,检测、分析耐消毒剂基因携带情况及菌株同源性。方法回顾性分析该院2020—2022年临床分离得到的252株CRPA的临床分布特点、耐药趋势。并随机选取其中30株菌株,采用聚合酶链反应检测耐消毒剂基因qacEΔ1-sul1及aceⅠ的表达情况;采用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应检测菌株同源性。结果CRPA的标本来源主要为痰液(63.49%)、肺泡灌洗液(17.06%);来自综合重症监护病房(ICU)和其他ICU占比为40.87%,来自非ICU的占比为59.13%,非ICU病区主要分布在康复医学科(14.68%)和呼吸科(12.70%)。除头孢吡肟、头孢他啶/阿维巴坦、阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、多黏菌素外,CRPA对其他临床常用抗菌药物的耐药率均在30.00%以上。CRPA在ICU及非ICU病区的耐药率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。30株临床分离的CRPA qacEΔ1-sul1和aceⅠ基因检出率分别为16.67%、26.67%。同源性分析结果显示A型和B型为主要流行株。结论CRPA对常用抗菌药物普遍耐药,应加强对CRPA菌株的耐药性监测,根据药敏试验结果合理选择抗菌药物,减少耐药株的产生。CRPA中qacEΔ1-sul1和aceⅠ两种耐消毒剂基因均有检出,但检出率均较低,实际工作中应加强对各病区的消毒效果监测。CRPA中存在A、B两种优势型别的克隆流行,应作为铜绿假单胞菌院内感染防控的重点。

新型冠状病毒感染大流行前后ICU环境中鲍曼不动杆菌同源性分析

目的探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌,通过Illumina Miseq测序平台对鲍曼不动杆菌进行全基因组测序,基于多位点序列分型(MLST)和核心基因组MLST(cgMLST)探讨其亲缘关系。结果大流行后ICU环境中病原菌总检出率(6.10%,101/1656)低于大流行前(10.77%,181/1680;P<0.05)。大流行前后,ICU环境中检出的鲍曼不动杆菌在被褥表面占比均维持在最高水平,但大流行后ST型呈多样性分布。MLST_Pasteur结果显示,162株鲍曼不动杆菌分为20种ST型,以ST2(80.25%,130株)为主;MLST_Oxford结果显示,162株菌株共有19种ST型,以ST208(37.04%,60株)为主;基于cgMLST的聚类分析结果显示,大流行后ST208_Oxford与ST540_Oxford和ST369_Oxford的亲缘关系更接近,ST164_Pasteur克隆由大流行前的ST234_Oxford转变为大流行后的ST1418_Oxford,新发现2种新型ST_Pasteur和11种新型ST_Oxford。结论大流行后ICU环境中病原菌检出率低于大流行前,大流行前后相同分离位点ST型分布略有不同,大流行前后的流行克隆仍以ST2_Pasteur/ST208_Oxford为主,但部分等位基因发生了改变,cgMLST在同源性分析、进化与传播、暴发分析方面的精确度优于MLST_Oxford和MLST_Pasteur。

宁夏桶装水中铜绿假单胞菌的污染情况、耐药性及同源性分析

为综合评价宁夏桶装水生产企业铜绿假单胞菌污染情况、耐药性及系统进化关系,确定污染来源,提升产品质量,该研究对企业各生产环节的水样进行铜绿假单胞菌检测,并采用全自动微生物鉴定系统(VITEK-2)、基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱仪(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-time of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF MS)、16S rRNA测序法对分离菌株进行鉴定。铜绿假单胞菌的耐药性实验应用微生物全自动鉴定及药敏系统检测,采用16S rRNA基因序列测序构建系统发育树,MALDI-TOF MS进行同源性分析。结果表明,VITEK-2、MALDI-TOF MS、16S rRNA鉴定结果与常规方法分离的24株阳性菌株鉴定结果100%相符。耐药性结果表明,24株铜绿假单胞菌中2株为耐药菌株,分别是5-B-1,7-C-5,耐药率为8.3%,说明水源性菌株的耐药水平总体偏低。质谱结果表明来自同一地区的阳性菌株亲缘关系较近;16S rRNA系统发育表明铜绿假单胞菌分离株与地域不存在明显的相关性,但同一来源的铜绿假单胞菌属于同一簇,其来源主要为水源。该研究为桶装水中铜绿假单胞菌的污染溯源积累了数据,为进一步研究菌种污染溯源提供理论依据。

意大利蜜蜂乙醇胺激酶1蛋白的序列特征和同源性分析

运用生物信息学的方法分析意大利蜜蜂ETNK1的序列特征和同源性.理化性质分析显示,意大利蜜蜂ETNK1由348个氨基酸残基构成,相对分子量为41.54 kD,是一个带负电的稳定的亲水性蛋白.根据跨膜结构分析可知,ETNK1没有跨膜螺旋,不是跨膜蛋白.通过核定位信号和亚细胞定位分析可得,ETNK1很可能定位在细胞骨架中.蛋白质修饰位点分析表明,ETNK1有19个磷酸化位点,不含糖基化修饰位点.氨基酸多序列比对的结果显示,不同蜜蜂中的ETNK1的同源关系较高.系统进化树分析发现,意大利蜜蜂的ETNK1与蜜蜂属的大蜜蜂和黑大蜜蜂的进化关系比较相近.该研究有望为进一步研究意大利蜜蜂ETNK1的结构和功能提供支撑.

移动性多黏菌素耐药基因介导的大肠埃希菌药敏特点与同源性分析

目的分析多黏菌素耐药大肠埃希菌的耐药机制、药敏特点及其同源性,为有效预防和控制其暴发及流行提供分子流行病学依据。方法收集2016年5月至2022年6月分离自临床的多黏菌素耐药大肠埃希菌,应用PCR技术筛选移动性多黏菌素耐药基因(mobile colistin resistance,MCR),采用微量肉汤稀释法测定最小抑菌浓度。收集患者的临床资料,利用脉冲场电泳技术(PFGE)对收集到的菌株进行同源性分析并对其中1株进行全基因组测序分析。结果分离并鉴定出4株携带有MCR-1基因的多黏菌素耐药大肠埃希菌,4株菌株除了对替加环素均敏感外,对于临床常见的绝大多数抗生素均表现出不同程度的耐药。临床资料分析均未发现患者有多黏菌素使用史。该4株菌可分为2种类型,其中A型3株,B型1株。对其中1株菌进行全基因组测序分析发现MCR-1基因位于约70 kb的质粒上。结论携带MCR-1基因的多黏菌素耐药大肠埃希菌具有克隆传播的潜在威胁,对临床常见抗生素均表现出较高的耐药性,为临床治疗带来极为严重的挑战,需要加强防护措施,防止其暴发流行。

探索MALDI-TOF MS在肺炎克雷伯菌同源性分析中的应用

目的:探究基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术分析肺炎克雷伯菌(KPN)同源性在院内感染预防的应用价值。方法:收集某院2020年9月—2021年1月临床分离的KPN非重复菌株218株,其中医院感染菌株22株。运用MALDI-TOF MS对医院感染菌株进行同源性检测,以脉冲场凝胶电泳(PFGE)为参考标准,分析其应用可行性;进一步采集218株KPN的质谱图数据,探索该技术在医院感染初筛排查的应用价值。结果:医院感染菌株经PFGE分析分为A~D 4个分型,以B型为主要流行59.1%。MALDI-TOF MS结果显示,医院感染菌株的相似性>90%,并分别在90%~94%、94%~98%、98%~100%间出现菌株高度集中,其中相似性介于98%~100%的菌株均为A型和B型,与PFGE结果较为一致。218株KPN的3次重复实验结果显示,相似性>90%的菌株数分别获得77、69、71;其中2次或以上结果一致的有28株(含所有医院感染菌株)。结论:MALDI-TOF MS技术在高度同源性的菌株中,与PFGE菌株分类基本一致,可应用于KPN的同源性分析,并作为快速初筛方法应用于常规监测医院感染,有助于预防医院感染暴发。

致犊牛肺炎A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及同源性分析

本研究旨在对江苏某牧场引发犊牛呼吸道综合征的多杀性巴氏杆菌进行分离鉴定,并分析其遗传进化关系及耐药情况。首先对引起犊牛呼吸道症状致犊牛死亡案例进行剖检,发现肺脏肿大,肺门淋巴结肿胀、出血,肺部形成多处结节,然后取肺门淋巴结进行细菌分离培养与鉴定,并进行16S rRNA扩增、测序分析、血清型鉴定和耐药性分析。质谱鉴定和测序分析结果显示,该菌株与A型多杀性巴氏杆菌属于同一亚群,其序列与已经发布的CQ2、CQ7菌株同源性较近。药敏结果显示,该菌株对林可霉素耐药,对其余13种常用抗生素具有高度敏感性。以上结果表明,引发该牧场犊牛肺炎的病原为A型多杀性巴氏杆菌,且与国内报道的A型多杀性巴氏杆菌同源性较高,提示A型多杀性巴氏杆菌在国内牧场具有较广泛的流行性。本研究为犊牛呼吸道综合征的病原学调查和多杀性巴氏杆菌流行病学提供数据参考。

乌鲁木齐生牛乳中金黄色葡萄球菌的肠毒素检测及分离株同源性分析

探究乌鲁木齐生牛乳中金黄色葡萄球菌经典肠毒素携带情况及分离株同源性差异,为金黄色葡萄球菌的防控提供参考。对乌鲁木齐地区采集的131份生牛乳样品采用特异性选择培养基结合PCR方法分离鉴定金黄色葡萄球菌,并通过PCR方法检测金黄色葡萄球菌5种经典肠毒素(sea、seb、sec、sed、see)携带情况和根据测序结果对分离株进行同源性分析。结果显示,共分离鉴定到金黄色葡萄球菌13株,总分离率为9.92%(13/131);13株金黄色葡萄球菌经典肠毒素阳性菌株5株,阳性率为38.46%;13株金黄色葡萄球菌的同源性在93.7%~99.7%之间,遗传差异在0.3~6.6之间。研究表明,该地区生牛乳中存在一定金黄色葡萄球菌的污染,经典肠毒素阳性率较高,不同来源的分离株同源性高、差异性小。

ICU环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药性及同源性分析

目的了解重症监护病房(intensive care unit,ICU)环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRPK)的分布及同源性,为有效防控院内感染提供依据。方法2022年5月18日对黄石爱康医院ICU环境进行采样,监测CRKP定植情况,对ICU环境中的CRKP菌株及该病房已确诊感染CRKP患者携带病原菌进行耐药基因及同源性分析。结果环境物表中CRKP分离率为12.90%,且与患者感染菌的耐药基因均主要为blaKPC-2型(占比83.33%),分析显示呈高度同源性,相似系数达92%~98%。结论ICU环境物表中CRKP定植比例较高,多为泛耐药或全耐药且具有同源性,提示院内环境开展CRKP主动监测的重要性。

植物碱性亮氨酸拉链(bZIP)蛋白的研究进展(一)——结构、分类、分布和同源性分析

植物碱性亮氨酸拉链 (bZIP)蛋白在高等植物中广泛存在 ,对基因表达与调控起重要作用。本文简要介绍了植物bZIP蛋白的结构之后 ,概述了植物bZIP蛋白的分类和分布。最后 ,以模式植物、主要农作物及蔬菜等为例 ,对它们的同源性进行了详细的描述和分析。

不同病例动物源大肠杆菌的分离鉴定及16S rDNA同源性分析

为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。

猪源绿脓杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因同源性分析

从解剖病变为心包炎、纤维素性肺炎、肺脓肿的病死仔猪体内分离到1株细菌,通过形态特征观察、生化试验,将分离菌株初步鉴定为绿脓杆菌。动物致病性试验结果显示,分离菌株对小鼠具有很强的致病性。药敏试验结果显示,分离菌株对氧氟沙星、恩诺沙星高度敏感,对头孢噻肟、庆大霉素中度敏感,对青霉素、氟苯尼考、氨苄西林、阿莫西林、强力霉素、卡那霉素等耐药。将分离菌株的16S rRNA基因序列与Gen Bank中发表的绿脓杆菌序列进行Blast比对,结果表明,分离菌株与绿脓杆菌不同菌株的同源性高达99%以上,进一步确定分离菌株为绿脓杆菌。基于16S rRNA基因序列,使用MEGA 5.05软件,构建系统进化树,结果表明,分离菌株与病人痰液和腹泻婴儿分离菌株的同源性最高,与未加工水果分离菌株同源性最低。

H9N2禽流感病毒分离株NS基因同源性分析

经RT＿PCR扩增了三株国内H9N2亚型禽流感病毒(ATV)分离株的非结构(NS)蛋白基因,并把扩增的基因片段克隆到pGEM＿T载体中测序,获得了NS1和NS2蛋白的完整编码序列。经与GenBank中发表的核苷酸序列比较表明,这三株病毒的NS基因之间的同源性为96%～98%;与1994年以来香港、韩国H9N2亚型分离株NS基因的同源性均在90%以上;其NS1蛋白的C＿末端都缺失13个氨基酸,不同于香港分离株;在AIVNS基因系统发育进化树中,三者都处于等位基因A类的亚洲禽—猪群分枝。

MALDI-TOF MS技术在鲍曼不动杆菌鉴定及同源性分析中的应用

目的评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对我院鲍曼不动杆菌属的鉴定及同源性分析的能力。方法对2014年9月至2015年2月我院29株经PhoneixTM100全自动微生物鉴定仪鉴定为鲍曼不动杆菌属的菌株进行MALDI-TOF MS鉴定,用MALDI-Biotyper软件进行同源性分析,并用16S rRNA基因测序进行验证。结果 MALDI-TOF MS鉴定结果为鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)26株,院内不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis)3株。MALDI-TOF MS鉴定为院内不动杆菌的3株菌株的16S rRNA基因测序结果显示,2株为院内不动杆菌,1株为鲍曼不动杆菌。26株质谱鉴定为鲍曼不动杆菌的菌株分为2大簇(Ⅰ型,Ⅱ型),Ⅱ型又分为2小簇(Ⅱa、Ⅱb)。Ⅰ型、Ⅱ型分布在我院4个病区。结论MALDI-TOF MS技术鉴定鲍曼不动杆菌精准,可以鉴别鲍曼不动杆菌和院内不动杆菌。MALDI-Biotyper数据库软件进行同源性分析十分快捷。

不同动物源性大肠杆菌多重耐药调控基因rob的同源性分析

为研究大肠杆菌多重耐药调控基因rob与不同动物源性及多重耐药水平之间的关系,选取临床分离的不同动物源性大肠杆菌5株及大肠杆菌药敏质控株ATCC25922,在对其进行主要治疗药物耐药性检测的基础上,分别以其染色体DNA为模板,通过PCR反应扩增出大肠杆菌多重耐药调控基因rob,将该基因分别与克隆载体pMD18-T连接,连接产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞中,对经酶切与PCR反应鉴定为阳性的克隆质粒进行了核苷酸序列测定。测序结果表明:不同动物源性大肠杆菌的rob基因与Gen-Bank中该基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列的同源性较高。不同源性大肠杆菌的rob基因的核苷酸序列与其动物源性有关,该基因的核苷酸序列的个别突变位点可能影响AcrAB外输泵的表达水平,进而影响其多重耐药水平。

多重耐药鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶耐药基因和同源性分析

目的分析多重耐药鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶耐药基因型和医院感染鲍曼不动杆菌同源性。方法收集四川省人民医院重症监护病房(ICU)分离的鲍曼不动杆菌复合群76株,用OXA-51基因扩增法鉴定。用Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统进行药敏试验,同时用PCR技术分析其产碳青霉烯酶相关耐药基因类型,对其中确定为医院感染的19株鲍曼不动杆菌和5株物体表面的鲍曼不动杆菌用重复序列聚合酶链反应(Rep-PCR)的DiversiLab系统进行同源性分析。结果 76株菌株均显示多重耐药,全部检出携带OXA-51、OXA-23基因,未检出OXA-24、OXA-58、VIM、IMP-1、IMP-4、SIM、NDM-1耐药基因。DiversiLab系统将19株医院感染鲍曼不动杆菌和5株物体表面的鲍曼不动杆菌分为4个亲缘性不同的克隆组及9个亚克隆组。结论该院鲍曼不动杆菌多重耐药现象严重,OXA-23基因可能是其耐碳青霉烯类抗生素的主要原因。克隆组1为该院鲍曼不动杆菌医院感染的主要流行株。

多重耐药铜绿假单胞菌的两种同源性分析方法的比较

目的以脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)为金标准,评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)在多重耐药铜绿假单胞菌(multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa,MDR-PA)同源性分析中应用的可行性。方法收集陆军军医大学第三附属医院2017年1-12月重症监护病房住院患者分离的20株MDR-PA非重复菌株,利用VITEK MS SARAMIS软件对MDR-PA蛋白图谱进行聚类分析,同时对其进行PFGE同源性分析,并将两种方法所得的分型结果进行对比分析。结果 MALDITOF MS同源性分析结果与PFGE同源性分析结果比较显示,20株MDR-PA通过MALDI-TOF MS聚类分析将其分为三大簇(Ⅰ型13株,Ⅱ型6株,Ⅲ型1株),而依据PFGE分型结果则将其分为6种亚型(A型2株,B型3株,C型4株,D型3株,E型7株,F型1株),其中有C型和E型中具有相同基因型菌株间,其MALDI-TOF MS亲缘性关系也较近,而其余4种亚型菌株间亲缘性比较,发现PFGE分型结果与MALDI-TOF MS聚类分析结果不完全相符。结论与PFGE同源性分析相比,MALDI-TOF MS同源性分析结果一致性不稳定,具有一定局限性,尚不能取代PFGE同源性分析。

不同源性大肠杆菌多药耐药基因AcrA、AcrB部分基因的同源性分析

通过聚合酶链式反应从不同源性大肠杆菌的染色体DNA上扩增出大肠杆菌多药耐药基因AcrA、AcrB的部分片段 ,将该片段分别连接到克隆载体pMD_18T的BamHI、XhoI酶切位点中 ,测定插入片段的核苷酸序列 ,并分别推导出其氨基酸序列。序列分析表明 :不同源性大肠杆菌的AcrA的部分基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与GeneBank中该基因序列的同源性较高 ;不同源性大肠杆菌的AcrB的部分基因的核苷酸序列的同源性较低 。

美洲大蠊主要变应原Cr-PI基因同源性分析

目的 探索研制美洲大蠊重组变应原疫苗的新途径 ,对美洲大蠊主要变应原Cr PI基因序列进行同源性分析。方法 选用从本室构建的美洲大蠊若虫cDNA文库中筛选到的 5个阳性克隆 ,在测序的基础上 ,通过互联网进入NCBI主页 ,采用Blastn程序 ,将测得的美洲大蠊主要变应原基因序列与GenBank中的基因序列进行同源性分析。结果 所筛选到的美洲大蠊若虫 5个新基因中 ,一个为核糖体蛋白基因 (AF 31 4 962 ) ,一个为美洲大蠊主要变应原Cr PI基因 (AF31 4 963) ,且中国大陆美洲大蠊主要变应原Cr PI基因序列与不同地理分布的美洲大蠊Cr PI基因序列有一定差异。结论 不同地理区域的美洲大蠊同一种变应原其基因序列有一定差异 ,编码的氨基酸亦不相同。本研究提示在临床变态反应疾病的诊断和脱敏治疗中 ,为了提高其诊断的特异性和治疗疗效 ,应尽可能使用具有我国区域特色 (即本地化 )

上海3所妇产科医院白念珠菌基因同源性分析

目的了解上海地区白念珠菌主要基因型,为监测和诊治临床白念珠菌感染提供实验依据。方法收集2013年11月—2014年1月复旦大学附属妇产科医院、国际和平妇幼保健院和上海市第一妇婴保健院3所医院阴道炎患者阴道分泌物分离的白念珠菌共115株,随机扩增多态性DNA检测其基因型,ATB FUNGUS 3试剂盒检测5种抗真菌药物最低抑菌浓度。结果随机扩增多态性DNA结果显示,115株菌分为A、B、C3型,其中A型89株(占77.4%)又分5个亚型,B型22株(占19.1%)分为2个亚型。C型4株(占3.5%)。115株白念珠菌对5-氟胞嘧啶敏感率为96.5%;对两性霉素B敏感率为100%;对氟康唑敏感率为85.2%;对伊曲康唑敏感率为55.7%;对伏立康唑敏感率为84.3%。结论上海地区3所医院分离的白念珠菌基因型没有明显区别,同源性分型主要以A型为主。药敏试验显示,该地区白念珠菌对5-氟胞嘧啶、两性霉素B、氟康唑、伏立康唑敏感率较高。