H_3N_2亚型人流行性感冒病毒HA_1的蛋白序列同源性比较、变异规律及结构与功能的分析

应用生物信息学数据库和工具,结合自身的实验结果,对现有的H3N2亚型人流行性感冒(流感)病毒全球分离株的HA1氨基酸序列和蛋白分子结构进行了分析研究。初步的进化分析结果表明,历史上的分离株大致分为以年代划分为特征的两大谱系,即1968～1984/1985年的谱系,时间跨度为18年;1984/1985～1997/2000年的谱系,时间跨度为13～17年。它们分别起源于两类毒株,并在各自的谱系内发展演化,基本上不存在大规模相互交叉渗透的现象。在1984/1985年,两大谱系发生交替转换和过渡,说明流感病毒的起源、发展和演化是有一定规律性的,这可能对流感的监测预报有一定的指导意义。绝大多数毒株的二硫键组成位点和糖基化位点是极其保守的。受体结合位点(RBS)的一部分构成成份保守;其他构成成份发生变异甚至高变,并与某些抗原决定簇位点重合,可能参与了抗原抗体相互作用。5个抗原决定簇位点的变异各有其特点。A和B位点的变异表现最活跃,抗原性最强,但B位点稍弱于A位点。C和D位点的抗原性一般,且D位点的变异性低于C位点。E位点抗原性一般。在各位置的变异中,大多常是相同相近性质或相同种类的氨基酸相互替换。HA1蛋白全序列的熵(entropy)峰值作图的分析表明,HA1蛋白上121～126位等区域或位点可能独立,或参与构成了某些已知或未知?

NDV长春株生物学特性及与国外毒株HN蛋白基因的同源性比较

以新城疫病毒 ( NDV)长春株接种 9日龄 SPF鸡胚增殖后 ,进行了蚀斑纯化 (三代 )鉴定 ,差数、蔗糖密度梯度离心提纯和生物学特性鉴定。结果表明 ,该病毒的鸡胚平均致死时间 ( MDT)大于 1 6 8h,雏鸡脑内致死性 ( ICPI)为 0 .2 5,雏鸡静脉致死性 ( IVPI)为 0 ,血凝解脱时间超过 1 2 0 h,血凝素热稳定性 56℃ 5min仍具有血凝活性。系统发育进化树分析表明 ,NDV长春株与 La Sota株亲缘关系最近 ,为弱毒株。参考多株 NDVHN基因序列设计了 1对特异性引物 ,应用 RT-PCR一次性扩增出 NDV长春株的全长 HN基因。将该 HN基因插入 p KS( -)后 ,进行了序列测定。序列分析表明 ,该 HN基因核苷酸长度为 1 731 bp,编码 577个氨基酸 ,序列中有 5个糖基化位点 ,1 2个半胱氨酸残基 ,与国外发表的 NDV毒株序列相符 ,核苷酸同源性为88.1 %～ 98.8% ,推导的氨基酸同源性为 91 .1 %～ 98.8%。

紫杆柽柳与其它物种脂质转运蛋白基因编码蛋白的同源性比较

根据从柽柳cDNA文库克隆获得的脂质转运蛋白(LTP)的部分序列,用RACE技术克隆出其全长cDNA序列。基因的5'非翻译区96bp,3'非翻译区222bp,开放阅读框285bp,编码94个氨基酸,预计蛋白的分子量为9.9kD,等电点为8.02。此基因有8个位置保守的Cys残基及26个氨基酸的信号肽,为典型的植物脂质转运蛋白基因。其基因序列数据库(GenBank)登录号为AY574218(基因)和AAS79106(蛋白)。

猪传染性胃肠炎病毒TH-98株S基因的克隆与同源性比较

用猪睾丸 (Swine testicle,ST)细胞繁殖并扩增猪传染性胃肠炎病毒国内分离株 TH- 98,根据 Gen Bank中已发表的TGEV S基因 c DNA序列 ,利用 Oligo4.1程序软件设计并合成两对引物 ,进行逆转录聚合酶链式反应 (RT- PCR) ,扩增出2 .3kb和 2 .1kb两个片段 ,分别命名为 Sa与 Sb,先后插入到 p UC18质粒载体上的 Eco RI和 Pst I多克隆位点上 ,构建了重组质粒 p UC- S。根据 TGEV S基因位点和 p UC18的物理图谱 ,用相应的限制性内切酶进行酶切及套式 PCR方法进行鉴定、分析 ,证明克隆的 p UC- S为 TGEV S基因。同时对 p U C- S进行序列测定分析 ,并与来自美国、英国和日本的五个毒株进行核苷酸及编码氨基酸同源性比较 ,证明了

PRRSV新疆分离株的ORF5序列分析与同源性比较

采用RT—PCR技术，分别对PRRSV新疆分离株XJ—a，XJ—b，XJ—C的ORF5片段的ORF5基因进行扩增，获得长度为603bp的特异性目片段。ORF5片段序列分析表明，新疆3个分离株的ORF5基因与欧洲型PRRSV毒株序列核苷酸的同源性为56．1％～56．4％，与标准美洲型PRRSV毒株序列的核苷酸同源性达到86．6％～87．2％，与国内部分省市流行株的同源性在96．0％～99．2％。PRRSV新疆分离株属于北美洲型PRRSV的变异毒株，属同一亚型，毒株间也存在一定的差异，具有高度致病性的生物学特征。

对虾白斑综合征杆状病毒同源性比较的研究

比较我国沿海不同海域对虾白斑综合征杆状病毒三个分离株 :即唐海分离株 (渤海湾 ) ,宁波分离株 (东海 ) ,深圳分离株 (南海 )的同源性。三个WSSV分离株基因组的限制性内切酶 (SacI ,HindIII,PstI)酶切多态 (RFLP)以及病毒结构蛋白图谱完全一致 ,证实造成我国从南至北对虾爆发性流行病的对虾白斑杆状病毒为同一种病毒。利用高保真Taq酶 ,分别以报道的日本对虾杆状病毒 (RV -PJ =PRDV) ,斑节对虾白斑综合征杆状病毒 (WSBV =PmNOBIII)基因组核酸片段特异性引物进行PCR扩增 ,结果均能从中国对虾白斑杆状病毒 (WSSV)基因组中扩增得到相应大小的PCR产物 ,扩增产物序列分析表明中国对虾白斑杆状病毒 (WSSV)与斑节对虾白斑综合征杆状病毒 (WSBV =PmNOBIII) ,日本对虾杆状病毒 (RV -PJ =PRDV)同源率分别为 10 0 %与 97% 。

吸血诱导的埃及伊蚊海口株后期胰蛋白酶基因测序及与美国株同源性比较

应用逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR)技术从吸血后 2 4h埃及伊蚊海口株总RNA中扩增出了后期胰蛋白酶编码区cDNA序列。采用自动DNA分析仪进行序列分析 ,并与已知埃及伊蚊美国株后期胰蛋白酶基因及推导的氨基酸序列进行了同源性比较。结果表明 :埃及伊蚊海口株后期胰蛋白酶基因序列与美国株同源性达 98% ,有 11个碱基发生变异 ;氨基酸同源性达 99% ,仅有 3个氨基酸发生变异 ,但与催化位点密切相关的氨基酸及N末端氨基酸序列完全一致。以上结果显示 ,埃及伊蚊胰蛋白酶不同地理株间存在微小的差异。

鸟类发育缺陷增强因子基因的克隆及同源性比较

目的 克隆家鸽、鹌鹑与人类发育缺陷增强因子 (enhancerofrudimentary ,e(r) )基因。方法 依据来源于家鸽的e(r)基因同源EST片段设计引物。提取家鸽与鹌鹑脑组织RNA ,逆转录为cDNA。通过RACE方法克隆家鸽e(r)基因全长序列。依据家鸽序列设计引物 ,通过PCR方法扩增鹌鹑e(r)同源基因的编码区。依据人类e(r)基因序列设计引物 ,利用人类脑组织RNA扩增人类e(r)基因编码区。测定 3种基因的DNA序列 ,并进行同源性比较。结果 自家鸽克隆得到 776bp的e(r)基因全长cDNA序列、自鹌鹑与人类克隆得到 312bp的e(r)基因编码区序列。经同源性比较证实 ,三者序列高度同源 ,其氨基酸序列同源性分别为 99% ,99%和 10 0 %。结论 根据e(r)基因的引物已成功克隆出家鸽、鹌鹑和人类的e(r)基因 ,且同源性很高。

猪轮状病毒JL94株VP6基因克隆及同源性比较

通过反转录—聚合酶链反应 (RT— PCR)扩增了猪轮状病毒国内地方分离株 JL 94的 VP6基因 c DNA片段。将其插入克隆载体质粒 p MD18- T的 Eco RV酶切位点处 ,构建了重组质粒 p MD18- T— VP6。对克隆的 VP6基因进行序列测定 ,测序结果显示 VP基因全长 135 6 bp,并与猪 A群轮状病毒 OSU(亚组 )、Gottfried(亚组 )的 VP6进行同源性比较 ,结果显示 ,核苷酸序列同源性分别为 86 .85 %、82 .4 1% ,氨基酸序列同源性分别为 97.4 8%、93.2 0 % ,结果表明 JL 94分离株与

牛血液中及蜱吸血后血液中牛瑟氏泰勒虫基因组DNA含量及同源性比较

利用姬姆萨染色法、PCR鉴定、紫外分光光度计法分别测定牛血液中及蜱吸血后血液中牛瑟氏泰勒虫DNA含量,对其进行比较分析。结果表明,蜱中DNA含量明显高于牛血液。根据牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因序列设计合成l对引物,以2种牛瑟氏泰勒虫基因组DNA为模板扩增,经序列测定,同源性比较分析,牛血液中和蜱血液中牛瑟氏泰勒虫基因序列同源性为100%,两者与GenBank上已发表的牛瑟氏泰勒虫序列同源性为99%,由此可见,该基因在蜱中和牛血液中具有相同的序列,进一步证明蜱是牛瑟氏泰勒虫病的传播媒介。为进一步研究由蜱为传播媒介的焦虫病、立克次氏体病等提供有力的材料基础,为该病的研究开拓了新的途径。

中国HCV株与日本及美国HCV株的同源性比较

用聚合酶链反应（PCR）技术得到了中国人HCV 的基因片断,比较了其与日本主要 HCV 株与美国 HCV 株的核苷酸同源性及氨基酸同源性,发现中国人 HCV 株与日本 HCV—J4株相距很近,二者核苷酸同源性达83.4%～86.3%,氨基酸同源性达78.3%～88.0%;而与美国株相差远,二者的核苷酸同源性为68.6%～72.6%,氨基酸同源性为69.6%～73.9%.本结果对进一步研究 HCV 有重要的指导意义。

不同禽源里氏杆菌分离鉴定及同源性比较

对安徽部分地区疑似传染性浆膜炎的病鸭、鹅脑组织进行病原菌分离鉴定及病理学观察;经PCR鉴定,确定为鸭疫里氏杆菌。分别对5株分离菌的16S rRNA基因和Omp A基因进行核苷酸序列测定,同源性分析,构建系统进化树。结果表明：20株不同来源鸭疫里氏杆菌的16S rRNA基因和Omp A基因均分为2个群,安徽地区的5株分离株在不同群中的不同分支,同源性高达97.4%-100%。

大麦黄矮病毒PAV中国分离物外壳蛋白基因的克隆及同源性分析

大麦黄矮病毒 PAV株系由麦长管蚜和禾谷缢管蚜传毒。本研究通过 RT- PCR、克隆和序列测定后 ,确认所得到的我国小麦 PAV分离物的外壳蛋白基因片段由 6 0 0个核苷酸组成 ,编码 199个氨基酸。序列同源性比较结果显示 ,与 BYDV的其它株系典型分离物的外壳蛋白基因同源性最高为74 .5 % ,而与国外发表的 PAV 8个分离物的 CP基因核苷酸同源性为 81%左右 ,且同源性比较的分值也较其它株系高。氨基酸序列的比较中 ,仅在 4 6到 6 0位氨基酸差别较大。

稀有鮈鲫β-肌动蛋白基因片段的克隆及其同源性分析

采用RT-PCR方法,从稀有鮈鲫肌肉组织中分离和克隆出β-肌动蛋白基因cDNA部分序列,长度为1 029 bp,编码343个氨基酸残基.序列分析表明,该cDNA序列与其他物种β-肌动蛋白基因同源性非常高.RT-PCR能够检出该基因在稀有鮈鲫肌肉、眼、脑、心脏、肝、肠、鳃、睥、卵巢等组织中广普表达,在胚胎不同发育时期持续恒量表达.并基于已知的鱼类β-肌动蛋白基因序列构建了进化树.

不同幽门螺杆菌菌株ureB和hspA基因同源性分析

目的研究不同来源幽门螺杆菌菌株的ureB基因和hspA基因的同源性。方法在GenBank中调取全球来源于幽门螺杆菌不同菌株的ureB基因序列23个和中国境内来源于幽门螺杆菌不同菌株的hspA基因序列20个,利用ClustalW 2生物软件,分别对ureB基因和hspA基因序列进行同源性比较分析,并建立基因进化树,分析其特点。结果不同国家之间ureB基因序列并不一致,同一国家ureB基因序列相似性较高;中国境内hspA基因序列相似性程度很高。结论中国境内不同幽门螺杆菌菌株ureB基因序列和hspA基因序列的相似性程度都很高,都具有很高的同源性。

不同来源HBV病毒株基因的同源性分析

目的研究不同来源HBV病毒株的基因同源性。方法在GenBank中调取中国各地递交的HBV病毒株的全基因序列24个,使用ClustalW1.83生物软件,对各HBV病毒株的全基因序列进行同源性比较,并建立基因进化树,分析其特点。结果不同地区的HBV病毒株的全基因序列并不一致,同一地区来源的HBV病毒株的全基因序列亦并不一致,甚至差别很大。结论不同地区间和地区内的HBV病毒株的全基因序列具有很大的异质性。

猪瘟病毒RT-PCR产物的T载体克隆、测序及同源比较

利用ＴａｑＤＮＡ聚合酶的无模板延伸活性制备了可直接克隆ＰＣＲ产物的Ｔ载体，并成功地对猪瘟病毒ＨＣＬＶ株的ＲＴ－ＰＣＲ产物进行了克隆．ＤＮＡ序列测定和同源性分析表明该ＲＴ－ＰＣＲ产物是猪瘟病毒特异的，与已知序列的猪瘟病毒毒株的序列同源性均高达９６．７％～９８．７％．ＨＣＬＶ株与Ｃ株具有相同的起源，但序列比较发现它们既有共同的点突变，也有序列上的差异，表明这两株病毒在各自独立的传代过程中已发生了各不相同的遗传性变异，值得进一步比较研究．

转铁蛋白及其同源类似物cDNA序列比较分析

应用NCBI数据库和计算机分析软件对农业部淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室克隆的鲫鱼(Carassiusauratus)转铁蛋白的cDNA序列以及GenBank序列数据库中的27种转铁蛋白及其同源类似物cDNA序列的同源性进行了比较。结果表明:不同种属和来源的转铁蛋白cDNA的同源性均在30%以上;物种分化时间越早,其转铁蛋白基因的同源性越低,相反则越高;不同种属和不同来源转铁蛋白cDNA的进化并不同步,而是由不同途径分别进化的。根据同源性比较结果绘制出它们的系统发育进化树。转铁蛋白基因的进化顺序推测是:微生物转铁蛋白类似物基因、昆虫转铁蛋白基因、黑素转铁蛋白基因、卵转铁蛋白基因、乳转铁蛋白基因、鸟类血清转铁蛋白基因、鱼类血清转铁蛋白基因、哺乳类血清转铁蛋白基因。对cDNA序列的密码子使用频率和密码子使用偏性进行分析,结果表明:密码子使用频率越高或使用偏性越小,说明该密码子编码的氨基酸对蛋白质空间结构的形成和基本生理功能的影响也越重要;在进化上分化时间越早的物种,密码子使用频率和使用偏性的差异较小,反之则较大;在同源性方面,在进化上比较接近的物种,基因的密码子使用频率和使用偏性指标比较接近或基本相同。