墨西哥利什曼原虫无鞭毛体蛋白的基因克隆化与序列分析

目的克隆墨西哥利什曼原虫（L．mex）WR972株的无鞭毛体蛋白（amastin）的编码基因，并对其同源核苷酸序列进行分析。方法根据已克隆的亚马逊利什曼原虫无鞭毛体蛋白的编码基因序列，设计并合成无鞭毛体蛋白基因特异性引物，以墨西哥利什曼原虫WR972株的基因组DNA作为模板，进行多聚酶链反应（PCR）扩增。将扩增的DNA片段克隆到pCR2．1T载体中，进行测序，并对同源的核苷酸序列分析、比较。结果从体外培养的墨西哥利什曼原虫WR972株提取基因组DNA，以无鞭毛体蛋白基因特异性引物进行PCR扩增获得550bp的DNA片段。克隆到pCE2．1T载体片段进行的序列测定结果表明，获得了墨西哥利什曼原虫的无鞭毛体蛋白编码基因片段，与亚马逊利什曼原虫的无鞭毛体蛋白基因之间具有高度的同源性。结论实现了墨西哥利什曼原虫无鞭毛体蛋白基因的克隆化，为进一步研究其表达及作为疫苗研究的候选基因奠定了基础。

杜氏利什曼原虫蛋白磷酸酶-2C的基因克隆化与序列分析

目的 克隆杜氏利什曼原虫 (Leishmaniadonovani,Ld) 1S株蛋白磷酸酶 2C(PP2C)的编码基因 ,为应用这种编码T细胞抗原的基因进行基因疫苗研究奠定基础。方法 体外培养杜氏利什曼原虫 1S株无鞭毛体 ,常规方法从虫体提取制备基因组DNA。以夏科氏利什曼原虫 (Leishmaniachagasi,Lc)的PP2C基因序列为参照 ,设计并合成利什曼原虫PP2C基因序列特异性的引物。结果 以杜氏利什曼原虫的基因组为模板 ,利用多聚酶链反应 (PCR)技术 ,扩增获得了杜氏利什曼原虫PP2C的全长编码基因。基因序列测定结果表明 ,杜氏利什曼原虫 1S株PP2C基因序列长度为 1317bp ,开放读码框架由 12 2 1bp组成 ,编码产物为 40 6个氨基酸残基。获得的杜氏利什曼原虫 1S株的PP2C基因与来源于夏科氏利什曼原虫的PP2C氨基酸残基序列的同源性为 95 % (387/ 40 6 )。结论 本研究克隆了杜氏利什曼原虫的PP2C基因 。

巴西利什曼原虫激活蛋白激酶C受体的基因克隆化与序列分析

体外培养巴西利什曼原虫 (Lb ,Leishmaniabraziliensis)株无鞭毛体 ,常规方法提取制备基因组DNA。以公开发表的婴儿利什曼原虫 (Li,Leishmaniainfantum)的激活蛋白激酶C受体RACK (receptorforactivatedproteinCkinase)基因核苷酸序列为参照 ,设计并合成利什曼原虫RACK基因序列特异性的引物。以巴西利什曼原虫的基因组DNA为模板 ,利用多聚酶链反应 (PCR)技术 ,扩增获得巴西利什曼原虫RACK的全长编码基因。基因序列测定结果表明 ,巴西利什曼原虫RACK基因序列长度为 10 2 5bp ,开放读码框架由 939bp组成 ,编码产物为 312个氨基酸残基。获得的巴西利什曼原虫的RACK基因与报导的婴儿利什曼原虫的RACK基因编码产物的序列同源性达 99% (310 312 )。本研究克隆了巴西利什曼原虫的RACK基因 ,为应用诱导T细胞免疫应答抗原的编码基因进行巴西利什曼原虫的基因疫苗研究奠定了基础。

慢性髓细胞白血病相关蛋白CMLAP的基因克隆化研究

目的 了解慢性髓细胞白血病(CML)基因表达谱的规律,并对在CML中特异性高表达的一个新基因进行克隆、分析 与鉴定。方法 应用基因表达谱芯片技术,比较CML患者和正常人外周血单个核细胞(PBMC)基因的表达差异。检索核苷酸序列 数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt),对差异表达的基因进行生物信息学分析,与已知功能基因序列进行同源 性比较。根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新基因序列,据此设计并合成该基 因序列的特异性引物,提取CMLPBMC的总RNA,以RT-PCR技术扩增获得该新基因的全长序列,并对克隆的基因及其编码产物的 序列进行分析。结果 在CML患者PBMC中克隆一个新的基因,经测序证实,其编码序列全长为1872个核苷酸(nt),编码产物由 624个氨基酸残基(aa)组成,命名为CMLAP。在GenBank中注册,注册号为AY762229。结论 基因表达谱芯片技术与生物信息学 技术相结合,发现并鉴定、克隆了在CML中高表达的新基因CMLAP,为进一步研究CML发生发展的分子生物学机制奠定基础。

NS5A-TP5蛋白结合蛋白1的基因克隆化研究

目的 :应用酵母双杂交技术及生物信息学 (bioinformatics)技术筛选并克隆NS5A TP5蛋白结合蛋白基因1(NBP1)。方法 :应用酵母双杂交系统 3 ,构建NS5A TP5诱饵质粒 ,转化酵母AH10 9,与含人肝细胞cDNA文库质粒的酵母Y 187进行配合 ,于涂有x α gal营养缺陷型培养基 (SD/Trp Leu His Ade)上筛选生长。 结果 :挑选蓝色克隆 ,提取此酵母克隆的质粒转化大肠杆菌提取质粒DNA后进行测序 ,然后进行生物信息学分析 ,新基因的开放读码框架长度为 2 40个核苷酸 (nt) ,编码产物由 79个氨基酸残基 (aa)组成 ,命名为NBP1,GenBank注册号为AY 45 92 91。结论 :NBP1的筛选与克隆 ,可为进一步研究HCVNS5A

抑制性消减杂交技术与基因克隆化

近年来,随着分子生物学技术的迅猛发展及人类基因组计划的实施,当今分子生物学的研究热点已转向利用新技术研究生物学、医学乃至动植物领域中基因的功能及调控作用,如个体的生长、发育和死亡等许多问题的产生与细胞间基因表达的关系研究,尤其是分离和鉴定与危害人类健康疾病(如恶性肿瘤、心脑血管疾病及一些原因不明的慢性疾病等)的发生、发展密切相关的基因,分离、鉴定这些差异表达的基因,可为揭示生命活动的规律、探索疾病发生机制及寻找诊断及治疗的靶基因提供强有力的依据.

杜氏利什曼原虫激活蛋白激酶C受体的基因克隆化与序列分析

目的 克隆杜氏利什曼原虫 (LeishmaniadonovaniLd) 1S株激活蛋白激酶C受体 (RACK ,receptorofactivatedpro teinCkinase)的编码基因 ,为应用这种编码T细胞抗原的基因进行基因疫苗的研究奠定基础。方法 体外培养杜氏利什曼原虫 1S株无鞭毛体 ,常规方法提取制备基因组DNA。以硕大利什曼原虫 (Leishmaniaamjor)的RACK基因的核苷酸序列为参照 ,设计并合成利什曼原虫RACK基因序列特异性的引物。以杜氏利什曼原虫的基因组DNA为模板 ,利用多聚酶链反应(PCR)技术 ,扩增获得了杜氏利什曼原虫RACK的全长编码基因。结果 基因序列测定结果表明 ,杜氏利什曼原虫 1S株RACK基因序列长度为 981bp ,开放读码框架由 831bp组成 ,编码产物为 2 76个氨基酸残基。获得的杜氏利什曼原虫 1S株的RACK基因与来源于硕大利什曼原虫的RACK基因序列同源性达 98% (2 6 4 / 2 6 7)。结论 本研究克隆了杜氏利什曼原虫的RACK基因 。

IL-10基因克隆化与原核重组IL-10蛋白制备的实验研究

目的克隆化人IL-10基因及重组蛋白的制备为IL-10基因表达在小儿炎症性、过敏性疾病中的作用及治疗等提供有力的证据。方法采用过敏症患者发作时期的外周血,提取总RNA。以总RNA为模板,特异性引物进行反转录,RT-PCR进行IL-10基因筛选。PCR产物经酶切分析和DNA序列测定后,构建重组质粒pTrchHis2B-hIL10原核高效表达载体,通过大肠杆菌(工程菌)JM109经IPTG诱导表达重组hIL-10蛋白,并经与Ni-NTA树脂中的6×His配体结合进行亲和层析纯化,表达产物进行SDS-PAGE电泳分析。结果DNA测序显示克隆化人IL-10全长开放读框准确,表达读码框正确。SDS-PAGE分析显示,原核表达系统表达的重组蛋白量和纯度满意。结论采用以总RNA为模板的RT-PCR一步法,能简便、可靠地获得hIL-10基因产物,所构建的原核表达载体pTrcHis2B-hIL10,能够快速、高效制备rhIL-10蛋白,为细胞因子hIL-10功能的进一步研究及临床应用奠定了基础。

青霉素和头孢菌素生物合成的基因克隆化

工业发酵生产抗生素已完全建立,但对微生物代谢物的生产控制的分子机制和生物合成尚缺乏基础研究。了解抗生素生物合成的进展部分由于所涉及的酶的固有不稳定性而一直很缓慢。因此对β-内酰胺类抗生素(青霉素类、头孢菌素类、头霉素类、碳青霉烯类、单酰胺菌素类而言,已鉴定了涉及青霉素、头孢菌素和头霉素生物合成的某些酶,但尚未综述生物合成途径及其控制机理。抗生素产生菌的分子遗传学还处于发展的早期阶段。产黄青霉和顶头孢霉中重组DNA技术的应用将导致合理构建含多拷贝抗生素生物合成基因的菌株。

肝炎研究的新途径——基因克隆化

尽管关于病毒性肝炎的发病机理目前还有许多方面是未知的，但一些研究已经明确病毒在进入肝细胞后会影响肝细胞内基因表达。要想从基因层面寻找并得到那些与肝炎病毒相关的基因，基因克隆化是一种有效的途径。全国首届感染病学术会议上，北京地坛医院的成军教授和同行交流了通过基因克隆化对肝炎进行的一些研究。病毒嗜肝特性从何而来？

乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因克隆化的研究

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒X蛋白(HBX)反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HBX反式激活相关基因。 方法以HBX表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经Rsa I酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制聚合酶链反应(PCR),将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。 结果 成功构建人HBX反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到85个白色克降,进行菌落PCR分析,均得到200～1000bp插入片段。挑取含有插入片段的65个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得19种已知基因序列,和15个未知基因。结论应用SSH技术成功构建了HBX反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。该文库的建立为进一步阐明HBX反式调节的靶基因及致肝细胞癌发生的分子生物学机制提供理论依据。

利什曼原虫无鞭毛体蛋白的基因克隆化与序列分析

目的 克隆 4株利什曼原虫表面无鞭毛体蛋白 (amastin)的编码基因 ,并进行序列分析。方法 根据锥虫 (T .cruzi)与利什曼原虫亲缘关系相近的原则 ,首先以锥虫无鞭毛体蛋白的基因为参考 ,对GenBank中的dbEST数据库检索 ,获得硕大利什曼原虫 (L .major)一段 30 9核苷酸片段 ,根据其序列合成探针 ,对硕大利什曼原虫基因组DNA文库筛选 ,首先获得硕大利什曼原虫无鞭毛体蛋白编码基因 ,再以硕大利什曼原虫无鞭毛体蛋白编码基因序列为依据 ,合成特异性引物 ,以多聚酶链反应 (PCR)扩增获得亚马逊利什曼原虫 (L .ama .)、巴西利什曼原虫 (L .bra .)和墨西哥利什曼原虫(L .mex .)的无鞭毛体蛋白基因。结果 克隆了 4株利什曼原虫无鞭毛体蛋白编码的基因。均为国际上首次克隆化基因 ,已被美国GenBank收录。结论 实现了

乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP4的克隆化研究

目的 筛选并克隆乙型肝炎病毒X蛋白 (HBxAg)反式激活新型靶基因。方法 以HBxAg表达质粒 pcDNA3.1( ) X转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3.1( )为平行对照 ,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析 ,应用生物信息学方法对所获基因片段序列进行分析发现 ,其中之一为新型基因片段 ,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性。通过序列同源性搜索、比对和电子拼接 ,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列 ,确定新型基因序列。从转染了pcDNA3.1( ) X的HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)技术扩增 ,获得阳性克隆之后 ,进行鉴定并对克隆的基因及其编码产物的序列进行分析。结果 该新基因的编码序列全长为 348个核苷酸 (nt) ,编码产物由 116个氨基酸残基 (aa)组成 ,并测序证实 ,命名为XTP4 ,在GenBank中注册 ,注册号为AF4 90 2 5 3。结论 通过分子生物学技术与生物信息学技术的结合 ,发现并鉴定、克隆HBxAg反式激活作用的新型靶基因XTP4 。

丙型肝炎病毒核心蛋白反式激活基因HCTP4的克隆化研究

目的 探索丙型肝炎病毒 (HCV)核心 (core)蛋白反式激活作用的新的靶基因 ,以有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 应用表达谱芯片分析等分子生物学技术 ,结合生物信息学 (bioinformatics)技术 ,筛选、克隆HCV核心蛋白反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3 core ,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以pcDNA3 core转染HepG2后提取总RNA ,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆核心蛋白反式激活的新型靶基因 ,命名为HCTP4,新基因的编码基因序列全长为 2 2 44个核苷酸 (nt) ,编码产物由 748个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCV核心蛋白是具有反式激活作用的蛋白。DNA微矩阵技术 (DNAmicroarray)是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCV核心蛋白反式激活作用的新的靶基因 。

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因4的克隆化研究

目的 丙型肝炎病毒 (HCV)非结构蛋白 5A(NS5A)病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因NS5ATP4的基因序列的确立及基因克隆化研究。方法 依据我室构建的NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库 ,利用生物信息学技术获得新基因NS5ATP4的编码序列 ,对其可能的氨基酸序列进行分析比较 ,并对其基因利用多聚酶链反应技术 (PCR)进行克隆化研究。结果 发现了HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因NS5ATP4。结论 这一发现 ,为阐明HCVVNS5A蛋白的反式激活作用及其机制 。

乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP3的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交 (SSH)技术筛选乙型肝炎病毒 (HBV)X蛋白 (HBxAg)反式激活基因 ,克隆HBxAg反式激活相关靶基因。方法 以HBxAg表达质粒pcDNA3 .1(-) X转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 .1(-)为对照 ;制备转染后的细胞裂解液 ,提取mRNA并逆转录为cDNA ,经RsaI酶切后 ,将实验组cDNA分成两组 ,分别与两种不同的接头衔接 ,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR ,将产物与PGEM Teasy载体连接 ,构建cDNA消减文库 ,并转染大肠杆菌进行文库扩增 ,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析 ,发现其中之一为未知基因片段 ,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性。通过序列同源性搜索比对 ,电子拼接成功 ,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷信号序列 ,初步确定新型基因序列。从转染了pcDNA3 .1(-) X的HepG2细胞提取总RNA ,以RT PCR技术扩增获得该新基因的全长序列 ,并测序加以证实。结果 发现的新基因命名为XTP3 ,在GenBank中注册 ,注册号为AF490 2 5 2。XTP3基因的编码序列全长为 10 2 0个核苷酸(nt) ,编码产物由 3 40个氨基酸残基 (aa)组成。结论 应用抑制性消减杂交技术成功筛选与克隆HBxAg反式激活新型靶基因XTP3 。

巴西利什曼原虫无鞭毛体蛋白基因的克隆化与序列分析

根据硕大利什曼原虫无鞭毛体蛋白的编码基因序列 ,设计并合成无鞭毛体蛋白基因特异性引物 ,以巴西利什曼原虫基因组为模板 ,进行多聚酶链反应 ( PCR)技术扩增 ,获得 550 bp的基因片段 ,经测序证实 ,巴西利什曼原虫无鞭毛体蛋白的基因含有唯一的开放读码框架 ( ORF) ,为 552 nt,编码的无鞭毛体蛋白由 1 83个氨基酸残基 ( aa)组成。与硕大利什曼原虫及亚马逊利什曼原虫无鞭毛体蛋白一级结构的同源性分别为1 0 0 %和 93.4 4%。

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP9的克隆化研究

目的 筛选并克隆丙型肝炎病毒 (HCV)非结构蛋白 5A(NS5A)反式激活新型靶基因 ,研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制。方法 应用抑制性消减杂交技术 (SSH)及生物信息学技术 ,以HCVNS5A表达质粒pcDNA3 1(-) -NS5A转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 1(-)为平行对照 ,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明 ,其中之一为新型基因片段 ,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性 ,利用表达序列标签 (EST)序列数据库的搜索和比对 ,进行电子拼接 ,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列 ,确定新型基因序列。从HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录多聚酶链反应 (RT -PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列 ,并测序证实 ,命名为NS5ATP9,在GenBank中注册 ,注册号为AF5 2 93 70。结果 NS5ATP9基因的编码序列全长为 3 3 6个核苷酸 (nt) ,编码产物由 111个氨基酸残基 (aa)组成 ,并成功的克隆化。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP9的筛选与克隆 。

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因1的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交技术 (SSH )及生物信息学技术 (bioinformatics)筛选并克隆丙型肝炎病毒非结构蛋白 3(NS3 )反式激活新型靶基因 ,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCVNS3蛋白表达质粒pcDNA3 1(-) NS3转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 1(-)为平行对照 ,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术 ,结合生物信息学技术 ,克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明 ,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录多聚酶链反应 (RT PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列 ,并测序证实 ,因其可以被NS3蛋白反式激活 ,故命名为NS3TP1,已在GenBank中注册 ,注册号为AY116969。NS3TP1基因的编码序列全长为 193 2个核苷酸 (nt) ,编码产物由 64 2个氨基酸残基 (aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白 ,HCVNS3反式激活作用的新靶基因的发现 。

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因6的克隆化研究

目的 丙型肝炎病毒 (HCV)非结构蛋白 3 (NS3 )是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCVNS3病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因 ,我们应用微矩阵 (microarray)技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV H株cDNA的pBRTM 3 0 11质粒DNA作为模板 ,进行多聚酶链反应 (PCR)扩增 ,获得的HCVNS3编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定 ,构建真核表达载体pcDNA3 .1(-) NS3。以pcDNA3 .1(-) NS3转染肝母细胞瘤细胞系HepG2 ,提取总RNA ,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术 ,结合生物信息学技术 (bioinformatics) ,克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3 .1(-) NS3 ,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以pcDNA3 .1(-) NS3转染HepG2后提取总RNA ,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS3反式激活的新型靶基因 ,命名为NS3TP6,新基因的编码基因序列全长为 414个核苷酸 (nt) ,编码产物由 13 8个氨基酸残基 (aa)组成。