鸡毒霉形体HS株pMGA多基因族的研究

鸡毒霉形体 (Mycoplasma gallisepticum ,GM)基因组中存在着编码细胞表面血凝粘附素蛋白 (protein of My-coplasma gallisepticum adhesin,p MGA)相关基因组的多基因族。为筛选出含有完整的 p MGA基因片段 ,并估算出鸡毒霉形体 HS株基因组中 p MGA多基因族的基因数 ,本试验以 p UC1 8为载体 ,用 Eco R 限制性内切酶构建了鸡毒霉形体 HS株的基因组文库。根据 p MGA基因引导序列的保守区和 p MGA基因间隔区的序列 ,人工合成了 2个寡核苷酸探针 (探针 、探针 ) ,经标记后 ,双筛选所建的基因文库 ,从 6 0 0个转化子中共得到的 38个含有 p MGA基因的阳性克隆子 ,选其中 1个 7.5 kb的片段 (17号阳性克隆子 ,W17) ,用 4种限制性内切酶 (Eco R ,Hind ,Pst ,Bgl )酶切消化 ,绘制了该片段的物理图谱。该片段酶切产物经电泳、转膜后与探针 和探针 杂交 ,发现 2个探针杂交图谱基本相同 ,根据杂交带及放射信号的强度值 ,估测出该片段含有 4个 p MGA基因 ,以这个片段所含的 p MGA基因数为标准 ,估算出鸡毒霉形体 HS株含有 39个 p MGA基因。

基于多基因族编码的股票网络社团划分研究

针对传统股票网络社团划分算法发现精度低、时间复杂度高、容易陷入局部最优解的缺点,提出一种基于多基因族(MGF)编码的基因表达式编程(GEP)股票网络社团划分算法,来研究股票市场复杂网络社团化现象。该算法利用多基因族编码的特性,将代表股票节点的ID号和表示社团的类型分别编码在两个不同的多基因族中,再通过一个映射函数将两者的相互作用关系隐式编码在染色体中;同时,将精英迁移策略应用到基因选择、交叉、倒置、限制交换等各个遗传阶段,以避免早熟现象,加快遗传收敛到全局最优解的速度。实验分析表明,该算法能够准确和高效地实现股票复杂网络社团的划分,其划分结果对投资者进行决策具有重要的指导意义。

建立α与β珠蛋白基因簇转基因鼠模型及β基因族反式因子研究

随着人类功能基因组研究的广泛开展,理解基因组中的遗传信息如何协调、有序地调控细胞分化与个体发育的时空过程成为研究的基本问题,阐明这一机制是真核基因表达调控研究的根本任务.

人类SSX基因族简介

人类的SSX基因家族包括5个成员:SSXl,SSX2,SSX3,SSX4和SSX5,它们都位于X染色体上.这5个基因有很高的序列同源性:碱基序列有88%-95%同源;所编码188个氨基酸残基构成的蛋白质有77%-91%同源.它们所编码的蛋白质中含有KRAB(Kruppelassociatedbox).SSX蛋白质也是癌/睾丸抗原(CT:Cencer/testisantingns)中的成员.研究SSX基因结构、基因表达等对于肿瘤免疫疗法的建立具有重要意义.

基于眼动追踪的产品族设计基因识别强度研究

目的对小米品牌产品族中多品类的产品设计开展案例研究,探索其设计基因的构成特性,研究分析产品设计基因的识别强度差异性,进而初步形成产品设计基因的提取及构建方法,以及识别强度分析方法。方法首先构建产品设计基因识别强度对比方法,通过卡片分类法、聚类分析法和多维尺度分析法筛选出典型样本;其次由问卷分析和设计形态分析提取典型基因;最后结合眼动追踪和熵权法综合评价基因识别强度差异。结果形成小米品牌产品(家电与智能类)因子库,包含通用型基因5项,专用型基因18项,且通用型基因的识别强度高于专用型基因。结论初步构建了基于眼动追踪的产品族设计基因识别强度研究方法,可以此作为基础规划及管理产品设计方案,使产品设计兼顾品牌基因的延续性及单品设计的合理性;同时还可为生态链企业研发同品牌、不同品类产品提供设计策略与参考。

基于AHP和SPSS的微耕机产品族特征基因分析

为增强对微耕机产品族的产品基因的认知,提高用户对微耕机产品设计的满意度,提出了一种基于AHP和SPSS的微耕机产品族基因分析方法。首先对微耕机产品族样本进行基因提取,然后运用层次分析法(AHP)构造样本基因的比较矩阵与判断矩阵并进行一致性检验,最后采用SPSS数据分析对得出的权重与用户对样本的打分后计算的最终分值进行显著性检验。研究结果表明:此方法可以有效地对微耕机产品族特征基因进行分析,为微耕机产品设计优化提供了一种新的分析方法。

基于产品族基因理论的巡逻船系列化设计研究

巡逻船的系列化是现代民用舰船设计的研究热点。以产品族基因理论为基础,首先对巡逻船的外观构件进行分析,确立研究对象。其次,对典型系列化巡逻船外观构型要素展开特征线与特征面的提取及归纳。最后,对系列化要素进行比较分析,总结其遗传与变异规律。通过对巡逻船的外观构型要素及产品族基因进行提取及分析,提出系列化巡逻船的设计要点及研发路径,为我国系列化巡逻船的开发及设计提供理论依据,对提升我国执法船舶家族的识别性、树立海洋大国形象有重要意义。

HMGN3基因表达状态在骨肉瘤患者中的预后价值

目的:探讨高迁移率族核小体结合蛋白3(HMGN3)基因在骨肉瘤(OS)患者中的表达状态,探讨其预后价值。方法:通过GEO数据库检索OS相关的数据集,应用生物信息学方法分析HMGN3基因在不同GEO数据集中的差异表达状态,并在包含临床信息的GEO数据集中进行预后分析。生存分析采用比例风险回归模型(Cox模型),并采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:共获得3个GEO数据集用于数据分析,包括GSE12865、GSE14359、GSE21257。HMGN3基因在GSE12865、GSE14359中的差异表达分析结果分别为LogFC值=1.704,t=7.071,P<0.001和logFC值=1.318,t=3.430,P=0.004,均呈现高表达。以GSE21257作为预后分析数据集,HMGN3基因高表达组1年、3年、5年生存率分别为89.66%、50.98%、45.90%,而低表达组分别为95.83%、83.33%、74.56%,差异具有统计学意义(P<0.05)。HMGN3基因高表达患者死亡风险为HR=2.58,95%CI=(1.07,6.22),差异有统计学意义(P<0.05)。结论:HMGN3基因在骨肉瘤中呈高表达状态,而且HMGN3基因高表达对骨肉瘤患者的预后具有显著影响,但其具体机制还需要进一步探索。

鸡毒霉形体HS株pMGA多基因族序列分析

用限制性核酸内切酶对鸡毒霉形体 (MG) HS株基因文库中经初步估测可能含有的 4个鸡毒霉形体粘附蛋白(protein of Mycoplasma gallisepticumadhesin,p MGA)基因的 Mg W1 7重组质粒进行了不同组合的酶消化 ,根据消化片段的大小及酶切位点绘制了 7.5 kb外源片段的物理图谱 ;然后根据所得的物理图谱 ,选用 Pst 和 Eco R 将Mg W1 7外源片段酶解成 1 .3、2 .0、4 .2 kb3个部分 ,将它们分别亚克隆到 SK( + ) 质粒上 ,得到了 3个亚克隆子SGp1 0 0、SGp2 0 0、SGp30 0。使用核酸外切酶 缺失法构建缺失子系列 ,经序列分析后得到 Mg W1 7外源片段的全部序列。序列全长 74 34bp,中间含有 2个完整的 p MGA基因和另 2个不完整的 p MGA基因的首部和尾部 ,分别将它们顺次命名为 H- p MGA1 .1、H- p MGA1 .2、H- p MGA1 .3和 H- p MGA1 .4。 2个完整的 p MGA基因的阅读框长度分别为1 96 7bp(1 .2 )和 2 0 39bp(1 .3) ;H- p MGA1 .1首部不完整的阅读框的长度为 72 0 bp,尾部不完整的 H- p MGA1 .4的长度为 1 75 2 bp。将 H- p MGA基因与已报道的 MG.S6株、F株的 p MGA基因进行了比较 ,探讨了 p MGA基因在不同MG菌株中的相似性、基因启动子结构的差异、间隔区内

面向大批量定制的产品族基因模型研究

开发产品族作为实现大批量定制(Mass Customization,MC)的一种有效方式已被学术界和工业界广泛认同,并成为一个重要的研究方向。产品族建模是进行产品族配置设计的核心,从现代达尔文主义学说这个新的角度提出了一个新的产品族模型———产品族基因模型,并阐述了其基本原理及实现,从而实现产品族建模和配置过程的高效率、可靠性和通用性。最后用自行车产品族作为示例进行了说明。

应用聚合酶链式反应检测myc族癌基因

聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术的应用简化了基因分析和检测过程。在PCR扩增过程中,引物决定产物合成的起点和方向、其顺序决定产物的特异性。选择基因间同源DNA顺序作引物,通过PCR可以扩增同源基因和基因家族。我们称这种使用一对引物能同时扩增几个或多个基因的方法为“

不同倍性鲫鲂高迁移率族蛋白1基因的克隆和原核表达

用RACEPCR技术,分别获得三倍体鲫鲂、四倍体鲫鲂、红鲫和团头鲂的高迁移率族蛋白1基因(HMG1)mRNA全长序列,其开放阅读框包含579nt,翻译成193个氨基酸.不同倍性鲫鲂HMG1的cDNA和氨基酸序列比较分析表明:在cDNA水平上,四倍体鲫鲂与母本红鲫的同源性(99%)高于同父本团头鲂的同源性(97%);三倍体鲫鲂与父母本同源性(95%)低于亲本之间的同源性(98%);在氨基酸水平上,四倍体鲫鲂与父母本的同源性(100%)高于三倍体鲫鲂与亲本的同源性(97%).结果表明:远源物种间的杂交对两性不育的三倍体鲫鲂HMG1基因造成了一定的冲击,分子遗传效应表现为三倍体鲫鲂HMG1基因位点发生了变异;四倍体鲫鲂HMG1氨基酸序列与亲本的完全一致性,克服了等位基因的杂交不亲和性,为两性可育的异源四倍体鲫鲂遗传稳定奠定了基础.生物信息学分析表明:HMG1蛋白二级结构具有8个螺旋和3个转角,HMG1蛋白三级结构于N-端具有两个DNA结合基序,C-端具有一长为23个重复D或E的氨基酸尾.这种结构决定了HMG1能够与核DNA发生"蛋白-DNA"的相互作用,参与多种核内生物学功能的完成.另外,以HMG1氨基酸序列构建了鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类的进化树,结果提示HMG1是一种古老的蛋白质,并在物种演化中具有保守性;首次构建了鱼类HMG1原核表达载体,外源的鱼类HMG1基因编码蛋白在原核细胞中得到了表达,这为下一步HMG1蛋白的制备和生物学功能、尤其与DNA转座子相互作用的研究提供了条件,将助于了解物种间的杂交形成异源多倍体的机制.

高迁移率族蛋白B1基因的克隆及其与神经管发育的相关关系

目的:构建神经管cDNA文库,寻找神经管发育相关基因。方法:提取E8.5 d金黄地鼠神经管总RNA;SMART技术构建神经管cDNA噬菌体表达文库;重组噬菌体PCR鉴定。将出现频率很高的重组噬菌斑,经质粒转化、酶切鉴定和DNA序列分析,证实为高迁移率族蛋白B1基因(HMGB1)。将HMGB1 cDNA片段回收、纯化,制备探针;Northern杂交检测不同发育阶段神经管中HMGB1 mRNA的表达变化。结果:构建的HMGB1cDNA片段含有完整的cDNA序列。Northern杂交显示:随胚胎发育,神经管HMGB1 mRNA表达量逐渐增加,E10 d增加最为明显,E12 d仍处于较高水平;而8.5 d高温致畸胚神经管,HMGB1 mRNA表达量较对照组明显减少。结论:HMGB1基因的表达与神经管发育及高温致神经管畸形的发生密切相关。

菠萝R2R3-MYB基因家族S20亚族的鉴定

【目的】鉴定菠萝R2R3-MYB基因家族S20亚族成员,分析其进化、结构与表达模式,为菠萝S20亚族的生物学功能研究奠定基础。【方法】以菠萝基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对菠萝S20亚族基因进行鉴定,并对其系统进化、结构、保守基序和表达模式进行系统分析。同时,克隆并原核表达代表性基因AcMYB108a,利用Western blot进行杂交验证。【结果】在菠萝基因组上共鉴定到5个S20亚族基因,分布于5条染色体上。系统进化与保守基序分析发现,不同植物的S20蛋白具有较高的保守性且均具有motif3保守基序。顺式作用元件分析表明,菠萝S20亚族基因与植物逆境胁迫响应过程有关,且受乙烯诱导。基因表达分析结果显示,S20亚族基因的表达存在组织特异性,其中AcMYB108a在果实中的表达水平最高。利用pET原核表达系统成功表达了AcMYB108a重组蛋白,并通过了Western杂交验证。【结论】菠萝S20亚族基因与逆境胁迫响应相关,且受到乙烯诱导。

Myc族癌基因与食管癌相关性的研究

目的 通过检测食管癌组织中myc族癌基因的扩增情况探讨myc族癌基因与食管癌发生、发展及预后的关系。方法 聚合酶链反应 (PCR)测定。结果 myc族癌基因的阳性扩增率 5 5 .0 % (11/2 0 )。其过表达与肿瘤分化程度、浸润范围、淋巴结转移、临床病理分期方面在统计学上有差异 (P <0 .0 5 ) ,而与病人年龄、肿瘤部位在统计学上无差异性 (P >0 .0 5 )。结论 myc族癌基因的过表达与食管癌的生物学行为有关。有可能为食管癌病人的防治及预后判定提供新的方法。

myc族癌基因与食管癌浸润和转移的关系

目的 :为研究食管癌病人癌组织中 myc基因的扩增情况 ,探讨 myc基因与食管癌浸润和转移的关系。方法 :采用聚合酶链反应 (PCR)进行测定。结果 :淋巴结转移阳性组的 myc基因扩增率 (71.4% )明显高于淋巴结转移阴性组 (16 .7% ) ,且myc族癌基因的扩增率随癌浸润程度的加重而增高 ,具有明显相关性 (P<0 .0 5 )。结论 :myc族癌基因的过表达与食管癌的浸润和转移关系密切 ,m yc基因的表达情况可作为评价食管癌预后新的指标。

苹果SHR亚家族基因特征及其器官表达谱分析

SHR(SHORT-ROOT)是植物特异性转录因子GRAS的一个亚家族,本研究基于拟南芥SHR序列,从苹果、白梨、蜜柚、甜橙和掌叶覆盆子全基因组数据库中分别获得9、10、5、5和4个SHR亚族成员基因,比较了它们的特征,重点分析了苹果MdSHR蛋白结构及其基因的器官表达。结果表明,所得SHR亚家族成员编码蛋白分子质量在29743.72~62251.21Da,全部定位于细胞核。苹果MdSHR在染色体上有1对串联复制基因和1对共线性基因;MdSHR编码蛋白含有10个保守基序,其中5个为所获SHR亚家蛋白共有。MdSHRs和AtSHRs的蛋白二级结构都以无规卷曲和α螺旋为主,大部分MdSHRs和AtSHRs的蛋白三维结构相似;9个MdSHRs基因的启动子上含有胁迫响应及激素应答相关元件。器官表达谱分析显示,大部分MdSHRs的表达量在苹果果实和花中较高,在种子和枝条中较低,在根系和幼苗中更低,而MdSHR3在不同器官的表达水平与其他MdSHRs的情况基本相反。