魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

Mitochondrial gene(16S rRNA and COI) fragments of Bloody clam Scapharca broughtonii were amplified via PCR, the PCR products were ligated into T vectors, cloned and sequenced. 823 bp and 703 bp nucleotide sequences of partial 16S rRNA gene and partial COI gene were obtained respectively. The contents of A, T, G and C were 24.79%,23.57%,29.16% and 22.48% in 16S rDNA; 22.05%,33.85%,23.33% and 20.77% in COI. The potential uses of these two sequences were discussed for genetic variation, differentiation and relevant research of different geographic populations in the species.

小麦蓝矮病植原体16S rDNA基因片段的比较分析

小麦蓝矮病是陕西乃至西北冬麦麦区的一个重要病害,由介体条沙叶蝉专化性传播.对小麦蓝矮病株叶片和带毒条沙叶蝉进行超薄切片及电镜观察,在叶片韧皮部和叶蝉后肠中均观察到大量典型植原体.利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物对Rm16F2/Rm16R1,应用PCR技术从小麦蓝矮病株叶片中扩增到1.4kb的特异片段.通过对16S rDNA基因片段序列同源性比较,结果表明小麦蓝矮病病原与三叶草绿变、翠菊黄化、绣球花绿变、草莓矮化和番茄巨芽植原体亲缘关系较近,其同源率为99.2%～99.9%.据此可以判定小麦蓝矮病植原体是属于植原体16SrⅠ组,确定了其分类地位.

太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文)

以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了

林麝及马麝SRY基因片段克隆及其在系统进化分析中的应用

根据已报道的偶蹄目动物并参照人和狗SRY基因碱基序列设计一对简并引物 ,以林麝 (Moschusberezovskii)及马麝 (M chrysogaster)基因组DNA为模板 ,通过PCR扩增出SRY基因CDS区。克隆的林麝及马麝SRY基因片段经测序 ,其长度为 6 84bp。从父亲遗传角度出发 ,利用GenBank中收录的 18种偶蹄目SRY基因 ,用邻位相接法 (NJ)和最大简约法 (MP)分别构建了鹿科、牛科和麝科的系统进化树。聚类树显示麝形成一个单系 ,支持麝作为独立一科的观点。

甘蔗ACC氧化酶基因片段的克隆与序列分析

1 -氨基环丙烷 - 1-羧酸 (ACC)氧化酶是植物乙烯合成的一个关键酶 ,乙烯作为一种内源激素 ,对植物生长、老熟过程有多方面的调节作用。根据报道的各种植物ACC氧化酶氨基酸序列上前后两个保守区设计两个简并引物 ,以甘蔗总DNA为模板 ,通过PCR扩增到一个 940bp的基因片段。将片段序列在NCBI的BLAST软件上进行同源性搜寻 ,显示的 63个序列全部是ACC氧化酶基因 ,因而认为克隆到的片段就是甘蔗ACC氧化酶基因的一个成员。经对不同植物来源的ACC氧化酶基因家族进行比较分析 ,去除一个 10 3bp的“内含子”后 ,推导的氨基酸序列为 2 79个残基 ,占推测全长氨基酸残基总数的 86%左右。经同源性分析 ,序列与毛竹和水稻ACC氧化酶的同源率达到 86%。系统进化分析表明 ,该序列最先与水稻、其次和香蕉的ACC氧化酶聚类 ,然后再与双子叶植物的ACC氧化酶聚类 ,符合按形态特征分类的血缘关系。基因的获得对下一步了解乙烯的合成表达与甘蔗生长。

家蚕、野桑蚕线粒体Cyt b基因片段序列分析及分子进化研究

以家蚕中系一化地理品种延吉、印度多化品种迈索尔、欧系一化品种法 4 0 8油和中国镇江地区野桑蚕为材料 ,采用PCR技术扩增了其线粒体 (mitochondrialDNA ,mtDNA)细胞色素b(cytochromeb ,Cytb)基因 ,测定其 5′端5 91bp的核苷酸序列 ,并从GenBank中调取中系家蚕品种C10 8、夏芳 ,日系家蚕品种青熟 ,韩国家蚕品种Backokjam和日本野桑蚕的相应序列 ,进行同源性比较 ,发现日系家蚕品种青熟 ,印度家蚕品种迈索尔 ,欧系家蚕品种法 4 0 8油 ,韩国家蚕品种Backokjam和中系家蚕品种C10 8、延吉序列间的同源性最高 ,相互间均为 10 0 % ;日本野桑蚕与各家蚕品种序列间的同源性约 94 %～ 95 % ;中国野桑蚕与各家蚕品种序列间同源性约 98%～ 99%。分子进化树分析显示日本野桑蚕和各家蚕品种相应序列的分歧时间远远早于中国野桑蚕与各家蚕品种序列的分歧时间 ,这是在分子水平上证实家蚕起源于中国野桑蚕的证据之一。

中华假磷虾线粒体DNA COI基因片段序列分析

采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNACOI片段;PCR产物采用化学法与载体(pGEM-TEasyVector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华假磷虾线粒体COI碱基709bp,其碱基组成A、T、G、C含量分别为28 59%、35 35%、17 61%和18 45%(国际基因库索引号AY754819);与同科内其它3属10种磷虾的mtCOI基因片段核苷酸组成相似.

我国不同CMV分离物2b基因片段的RT-PCR扩增及其序列比较

本研究根据黄瓜花叶病毒2b基因的保守序列设计引物,利用一步RT-PCR技术对多个不同寄主和不同地理来源的黄瓜花叶病毒分离物的2b基因片段进行扩增,获得了含该基因全长约90％的cDNA片段(300bp)。序列测定与比较分析结果表明,国内不同CMV分离物2b基因片段核酸序列同源性达93％以上,推测的氨基酸序列同源性超过90％,且均属于亚组Ⅰ。

香樟延伸因子EF1a基因片段的克隆及表达分析

通过同源克隆的方法从香樟Cinnamomum camphora中分离到一个编码延伸因子EF1a的c DNA序列片段。根据已经在Gen Bank中登录的其它物种的EF1a基因的保守序列设计一对兼并引物,通过反转录PCR技术获得一个1 297 bp的基因片段。同源比对表明:Cc EF1a与Gen Bank中注册的其它植物EF1a基因核苷酸序列的相似性均在80%以上,氨基酸序列的相似性高达96%以上。将所获得基因片段命名为Cc EF1a并提交Gen Bank,登录号为KM086740。实时定量PCR结果显示,Cc EF1a在低温胁迫下的叶片中表达量稳定,可以在实时定量PCR分析中作为内参基因。

高羊茅CBF转录激活因子基因片段的克隆

根据拟南芥CBF基因序列的保守区设计 1对特异引物 ,采用PCR方法从高羊茅基因组中扩增出 1个DNA片段并克隆到pUCm T载体中。经序列测定和分析 ,该片段长 60 8bp ,与 3个拟南芥CBF基因的核苷酸及其推导氨基酸序列分别具有 81～ 84%和 75～ 79%的同源性 ,而且推导氨基酸序列中包含有同源性更高的AP2DNA结合域以及CBF蛋白的两段特征序列PKK RPAGRxKFxETRHP和DSAWR。这些结果表明 。

弓形虫表面抗原SAG2基因片段的克隆与原核表达

目的 扩增弓形虫主要表面抗原 (SAG2 )编码基因片段并进行重组表达。方法 设计合成 1对引物 ,从弓形虫基因组DNA中扩增SAG2基因序列 ,以低熔点琼脂糖回收纯化 ,并以限制性内切酶BamHⅠ和SalⅠ进行双酶切、纯化后 ,再插入表达载体 pGEX - 4T - 2 ,经PCR和双酶切筛选 ,测序验证后 ,在大肠杆菌中进行表达 ,并用SDS -PAGE和Westernblot鉴定。结果 从弓形虫核酸提取物中扩增出约 477bp的SAG2基因 ,构建成功了重组质粒 pGEX - 4T - 2 -SAG2 ;SAG2基因在大肠杆菌中得到高效表达。SDS -PAGE电泳 pGEX - 4T - 2 -SAG2的融合蛋白条带的分子量约为 42kD ,Westen -blot显示融合蛋白能被兔抗弓形虫血清识别。结论 GST融合表达载体的构建和SAG2基因片段成功表达 ,为进一步为SAG2重组疫苗及重组诊断抗原的研制奠定了基础。

HCVNS3基因片段酵母展示文库的构建和鉴定

HCV NS3特异的 CD4+T细胞反应与 HCV感染的良性转归相关 .为了筛选其 CD4+T细胞表位 ,构建了 HCV NS3基因片段酵母展示文库 .首先 DNase 不完全酶切 HCV NS3基因产生长度为 1 0 0～ 30 0 bp的随机片段 ,然后在它们两端加上含限制性内切酶 Bam H 作用位点的接头 ,再以接头序列作引物进行 PCR扩增 .最后扩增产物用 Bam H 酶切后与 Bam H 线性化的穿梭载体 p YD1连接 ,转化大肠杆菌 (E.coli) DH5α,共得到 2× 1 0 6个转化子 .转化菌落的 PCR扩增结果表明 ,约 50 %转化子含插入片段 .随机选择 5个插入片段测序 ,然后与 DNA序列数据库中的序列比较 .结果显示它们分别与 HCV NS3序列有 96%～ 99%的同源性 .用从转化菌落中提取的质粒转化酵母 (S.cerevisiae)菌株 EBY1 0 0 ,得到含 2× 1 0 5个插入片段的 HCV NS3基因片段酵母展示文库 .半乳糖诱导的酵母细胞通过和 FITC标记的抗体结合 ,用 FACS可以在 2 0 %的细胞表面检测到融合蛋白的表达 .

白刺盐碱胁迫相关基因片段的克隆与分析

采用mRNA差异技术分离白刺盐碱胁迫相关基因片段,得到27个与白刺盐碱胁迫相关的基因片段,并且对它们的同源性进行了研究与分析。结果表明:有6个片段(A1013b,G388,G1013c,G1013c,C391a,C391a)分别与多种植物盐相关基因存在一定的同源性。基因片段C391a与多种植物如香树、烟草等叶绿体光系统亚基A(PsaA)有较高的同源性(86%～94%)。

微小隐孢子虫种特异性基因片段的克隆及诊断引物的确定

目的 寻找用于诊断微小隐孢子虫病的特异性引物。 方法 在RAPD分析过程中获得了 1条微小隐孢子虫 [Cryptosporidium parvum (C .parvum ) ]种特有 712bp的基因片段 ,将该片段分离、纯化、克隆和测序 ,据此序列合成一对特异性引物FF。用引物FF扩增美国 2株C .parvum和中国 4株C .parvum ,并用该引物与Morgan( 1996 )发表的C .parvum种特异性诊断引物 0 2 1作对照 ,检测镜检C .parvum卵囊阴性的兔粪样 35份和人粪样 5 5份。 结果 引物FF扩增 6株C .parvum均能产生预计 6 0 3bp的片段 ,引物FF和引物 0 2 1粪样检测结果完全一致 ,其敏感性是可检出 1个卵囊的DNA。 结论 获得的引物FF特异性强 ,敏感性高 ,可用于微小隐孢子虫病的诊断。

淋巴囊肿病病毒主要衣壳蛋白基因片段原核载体的构建及表达

淋巴囊肿病病毒感染牙鲆鳃细胞系FG-9307,提取细胞总RNA,采用RT-PCR法成功获得了淋巴囊肿病病毒主要衣壳蛋白0.6kb基因片段。构建其原核表达载体,IPTG诱导表达。结果表明,该融合蛋白分子量约48kD,可与抗LCDV多克隆血清特异反应。为LCDV基因工程疫苗的研制奠定了实验基础。

EB病毒基因片段的生物学活性——Ⅰ、基因片段转染、细胞转化与裸鼠成瘤的研究

过去有人提出EBV—DNA是通过病毒颗粒感染,或者是携带EBV基因的细胞与宿主细胞融合这两种途径之一,导致病毒基因转输入宿主细胞DNA。近年我们注意到:基因片段转染,是基因转移和导致细胞转化的一种重要形式。 本实验应用DNA介导的基因转移的钙沉淀改良法,在体外培养将EBV重复序列区的BamHl—W及其相邻片段转染宿主细胞(大鼠成纤维细胞,Rat—1),3周内出现转化灶,经半固体培养基进行转化选择,从而获得多株高效转化克隆,其中W_4和W_(10)通过裸鼠体内接种与鼠间移植,最后建立高移植成功率(94—100％)的可移植性裸鼠瘤(CH—1,CH—2)。 经SP6/T7RNA多聚酶诱导RNA探针、缺口翻译DNA探针和亚细胞定位的原位杂交探针综合应用,测知经EBV基因片转转染后多次传代的转化细胞(W_(10),W_4)和多次移植的裸鼠瘤(CH—1,CH—2)DNA中存在着EBV基因片段。另一方面,测知人类的鼻咽癌组织和Burkitt淋巴瘤细胞株以及绒猴的EBV转化细胞株中,恒定地整合着该基因片段。因此,EBV基因片段的活性及其在癌变过程中的作用,与癌基因激活等问题值得进一步研究。

从12SrRNA基因片段序列研究20种蛇的系统发生关系

本文测定了中国产蛇亚目 2 0种蛇约 80 0bp的mtDNA 12SrRNA基因片段序列。所测序列与楔齿蜥的同源序列一起经ClustalX 1 8软件比对 ,共有 881个位点 ,其中变异位点有 4 94个。以楔齿蜥为外群 ,用NJ法构建了 4科 2 0种蛇的进化关系树 ,对这 2 0种蛇的系统发生关系作了初步探讨。研究结果表明 :所研究的 4个科2 0种蛇分成 4个支系。第一个支系包括蟒科的东方沙蟒和蟒 2种蛇 ;第二个支系为蝰科 3种蛇 ,即草原蝰、尖吻蝮、竹叶青组成一个单系群 ;眼镜蛇科的眼镜蛇和银环蛇构成第三个支系 ;游蛇科的 13种蛇构成了第四个支系 ,其中灰鼠蛇、乌梢蛇和赤链蛇组成一个支系 ,锦蛇属的 7种蛇组成一个单系群 ,然后它们与前一支系相聚。剩下的颈槽蛇属两种聚类后与赤链华游蛇构成一个支系 ,并与游蛇科其它蛇组成姐妹群。第四支系首先与第三支系眼镜蛇科聚类 ,第二支系蝰科构成了三、四支系眼镜蛇科和游蛇科的姐妹群 ,第一支系蟒科在系统树的最基部 。

利用高效农杆菌遗传转化系统将ACP反义基因片段导入油菜

通过对已有的油菜农杆菌遗传转化体系的改进 ,建立了一种利用农杆菌感染油菜子叶柄的高效遗传转化方法 ,经过农杆菌感染的子叶柄在含有 6 BA 2 .0mg/L ,IBA 0 .15mg/L ,AgNO33 .5mg/L的MS培养基上由卡那霉素抗性愈伤组织分化出抗性幼苗的频率达到 12 .2 8%。利用已经构建的含有油菜Napin启动子加上反义ACP脱饱和酶第一外显子、内含子的基因片段的植物双元表达载体 pNACP ,将该反义 ACP基因片段转入油菜“沪油 15” ;PCR和GUS染色结果表明抗性植株中有 60 %的植株含有导入的目的基因。

CIAV VP1 C端基因片段克隆及其在大肠杆菌中的表达

将从组织病料中提取到的鸡传染性贫血病毒核酸经PCR扩增得到vp1基因,用DNAStar分析软件分析预测VP1的抗原表位,它们主要位于VP1氨基酸序列的第1～95、134～303、327～435位,分别命名为Ⅰ区、Ⅱ区、Ⅲ区。欲表达C端基因片段,含部分Ⅱ区和完整的Ⅲ区。把vp1基因克隆到表达载体pGEX＿6p＿1上,用BamHI消化重组表达质粒pGEX＿vp1,回收含C端基因的大片段,自连转化大肠杆菌感受态细胞,得到重组质粒pGEX＿vp1(C)。重组菌经IPTG诱导,SDS＿PAGE分析,结果VP1C端基因片段在大肠杆菌中成功表达,表达的融合蛋白以包涵体形式存在,分子量约为49kDa。蛋白纯化后作ELISA检测,可与阳性血清反应。本研究为研制应用重组抗原制备ELISA诊断试剂盒奠定了基础。

卫氏并殖吸虫基因片段的克隆与鉴定

目的 从卫氏并殖吸虫成虫cDDA文库中筛选并鉴定可用于免疫诊断和免疫预防的基因克隆。方法采用预吸收成虫抗原免疫兔血清(IRS,多抗)筛选阳性克隆,经PCR扩增后测定其插入片段的大小。序列分析后,对筛选的重组子进行双酶切,亚克隆入表达载体pRESETB,并转化大肠杆菌BL-21细胞,经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,对表达产物进行SDS-PAGE和Western blotting分析鉴定。结果 所筛选的阳性克隆插入片段约800bp。DNA序列分析显示其为编码半胱氨酸蛋白酶族组织蛋白酶L的基因序列。Pw-2重组子特异性表达产物约为32kDa,可被卫氏并殖吸虫免疫兔血清特异地识别。结论 从卫氏并殖吸虫成虫cDNA文库筛选的重组质粒Pw-2编码属于半胱氨酸蛋白酶族组织蛋白酶L。