双壳贝类线粒体基因组结构的比较

利用比较基因组学和生物信息学方法,比较分析了已登录到GenBank中的14种海产双壳贝类和2种淡水双壳贝类的线粒体基因组的结构特征。结果发现,双壳贝类线粒体的基因组结构、基因排列顺序均互不相同;不同目、科和属之间线粒体基因组的大小、基因排列方式以及基因种类也存在明显的差异,尤其是基因排列方式没有明显的规律。对16种双壳贝类的线粒体基因组全序列、编码基因序列进行系统分析,分别得到了不同的聚类结果,即用基因组全序列聚类时,16种贝类的聚类结果与传统的形态学分类地位基本相同;而将16种贝类的所有蛋白质编码基因和2个rRNA基因按照一致顺序排列起来进行聚类时,所得的系统分类情况与这些贝类传统的形态学分类地位相差较大。

海蜇(Rhopilema esculentum)Wnt5基因：cDNA克隆、基因组结构与表达

采用转录组454 GS FLX测序和RACE技术,首次解析了海蜇Wnt5基因的cDNA和基因组结构。结果表明,Re-Wnt5基因的cDNA全长1647bp,其中编码区长1059bp,编码了353个氨基酸的多肽;Re-Wnt5基因组含有4个外显子和3个内含子。SMART分析表明,Re-Wnt5具有Wnt家族共同的结构特征,包括一个由20个氨基酸组成的信号肽,2个N-糖基化位点和24个保守的参与二硫键形成的半胱氨酸。多序列比对和系统进化分析表明,Re-Wnt5基因与来自刺胞动物、无脊椎动物和脊索动物的Wnt5、脊椎动物的Wnt5a和Wnt5b具有高度相似性,Wnt5a和Wnt5b两个进化分支发生在脊索动物文昌鱼之后。实时荧光定量PCR显示,Re-Wnt5基因在海蜇四个发育阶段均有表达,其中横裂体阶段的表达量最高,分别是螅状体、碟状体和水母体表达量的12.38、9.99和13.01倍。

草鱼出血病病毒854株的理化、生物学特性及基因组结构

草鱼出血病是我国一种十分严重的病毒性鱼病。１９７８年，中国科学院水生生物研究所第三研究室的科研人员首先报道了草鱼出血病是一种病毒性鱼病，并初步认为其病原是一种疱疹病毒（Ｈｅｒｐｓｖｉｒｕｓ）。１９８３年，陈燕新等报道了自己分离的草鱼出血病病毒形态结构...

三株传染性法氏囊病病毒A节段全长基因组结构和编码蛋白的序列分析

用长距离RT PCR方法分别克隆了浙江地区传染性法氏囊病病毒 (IBDV)细胞致弱株HZ2、弱毒疫苗株JD1和野毒株ZJ2 0 0 0的A节段基因组全长 ,三毒株的A节段均长 32 59bp ,都包含两个相互重叠的开放阅读框架和两端的 5′ ,3′ 非编码区 (NCR)。它们在核苷酸和推导的四种病毒蛋白VP2、VP3、VP4、VP5的氨基酸水平上高度同源 ,并具有位于VP2高变区的特征性氨基酸H2 53、N2 79、T2 84、R330 ,这些氨基酸是弱毒株和几个强毒株的标志。野毒株ZJ2 0 0 0的高强毒力可能与VP2高变区和VP2 VP4剪切位点附近的几个突变有关。序列比较进一步支持VP2并非是决定IBDV毒力的唯一因素。不同毒力表型毒株的两端NCR序列高度保守提示NCR可能与IBDV毒力并不直接相关。另外 ,根据VP5在十种不同表型毒株中高度保守 。

双壳类线粒体基因组结构分析

自GenBank检索到双壳类线粒体基因组，对其进行基因结构比较分析，以揭示线粒体基因组的演化规律，为线粒体基因组在物种演化和鉴定上的应用研究提供资料。结果共获得45个物种线粒体基因组序列，分布于双壳类5个目中。多数种类线粒体基因组大小为15～32 kb。平均 A＋ T ＝62．9％。多数种类基因分布在重链上，而蚌目的基因分布在2条链上；少数种类（蚌目13个、帘蛤目的2个、贻贝目的1个、海螂目的1个，巨蛎属的贝类）的线粒体基因组含有13种蛋白质基因，其余种类为12种，缺少atp8；文蛤属4个种类、巨蛎属中4个种类、蚌目的11个种类、贻贝属中的紫贻贝和地中海贻贝的PCGs、rRNA基因排序在同属内或科内相同；珍珠贝目牡蛎科的10个种类线粒体基因组可分为7种类型；扇贝科海湾扇贝2个线粒体基因组基因结构相似外，其余种类无共享基因块；贻贝科的紫贻贝和海湾贻贝基因结构极相似。绿贻贝的结构独特，co x 2为双拷贝；海螂目的北方钻岩蛤基因结构与其它目的相似性极低。多数双壳类线粒体基因组非编码区占7．64％～40．26％，主非编码区大小为374～4341 nt。基于12种PCGs核苷酸/氨基酸的属内种间最小分歧度分别为0．2～1．0/0～1．0（文蛤属）、0．4～2．0/0～3．2（贻贝属）和1．9～13．9/0～6．4（巨蛎属）。

牛病毒性腹泻病毒基因组结构与蛋白功能研究进展

牛病毒性腹泻病毒为黄病毒科(Flaviviridae)瘟病毒属(Pestivirus)的代表种,这个属的成员中还包括羊边界病毒(BDV)和猪瘟病毒(CSFV)。病毒基因组为单股正链RNA。论文就牛病毒性腹泻病毒已定位的4种结构蛋白、8种非结构蛋白以及3′和5′非翻译区的基因结构特征及其编码蛋白的合成与功能研究进行了综述,为牛病毒性腹泻的防控和疫苗研制提供参考。

根瘤菌基因组结构的多样性及其与系统发育的关系

研究探讨依据基因组结构对根瘤菌进行系统发育分类的可行性。采用I CeuI酶切及脉冲场电泳分析确定 2 5株根瘤菌模式菌株的基因组结构 ,据此对根瘤菌进行聚群 ,并与1 6SrRNA聚群结果相比较。依据基因组结构的近似或不同 ,2 5株根瘤菌共分为 1 1个基因组型 (genometype ,GT)。这些基因组型与依据 1 6SrRNA序列的聚群结果大体一致 ,其不同之处显示了两种方法各自的特点。因此 ,基因组的物理结构 ,即本研究中rrn操纵子的数量及其在基因组上的位置 。

多倍体植物基因组结构和基因表达的变化研究进展

杂交和多倍化是促进植物进化的重要力量。大量研究表明,植物多倍化后基因组结构和基因表达模式发生了复杂的变化,包括染色体重排、序列消除、基因沉默、基因激活等现象。鉴于此,综述了植物多倍化后基因组结构和基因表达模式变化的研究进展,以期为了解植物进化的机制提供参考。

鹅细小病毒基因组结构特征研究进展

鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)属细小病毒科,细小病毒属,由我国学者方定一1956年首次分离报道。GPV基因组约5 Kb,由左右2个完整的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成:LORF(left ORF)和RORF(right ORF)。LORF编码非结构蛋白(nonstructural protein,NS)NS1和NS2,RORF编码VP1、VP2和VP3三种结构蛋白。本文针对近年来鹅细小病毒基因组结构特征的研究进展进行了综述。

冠状病毒基因组结构和相关蛋白研究进展

冠状病毒研究工作已经十分广泛,有些领域已经取得很大进展。为对冠状病毒进行更深入研究,更好地了解冠状病毒特性,从而进行有效控制,文章对从冠状病毒分类、基因组结构和相关蛋白功能等方面进行综述。

绵羊和山羊抑肌素基因的基因组结构和序列分析

提取文登奶山羊和多赛特绵羊的基因组DNA,依据绵羊、奶牛、猪的抑肌素基因外显子区序列同源性设计并合成PCR引物进行扩增,将所获得的DNA片段克隆进行序列测定,绵羊和山羊内含子Ⅰ的序列同源性为98.2％,内含子Ⅱ的序列同源性为98％,内含子Ⅱ中的重复序列明显多于内含子Ⅰ。DNA序列的聚类分析结果与生物进化过程吻合,说明内含子Ⅱ的复杂程度高于内含子Ⅰ,且进化保守性很强,所测定的序列已在GenBank登录。

口蹄疫病毒基因组结构及功能最新研究进展

口蹄疫是由口蹄疫病毒（Foot-and-mouth dis-ease virus,FMDV）引起的一种急性、热性、高度接触性人兽共患传染病。口蹄疫的暴发和流行带来严重的经济损失和不良的政治影响,同时对人们身体健康带来严重威胁,被世界动物卫生组织列为必须上报的动物传染病之首。FMDV基因组RNA全长约为8.5kb,由5′非翻译区（5′UTR）,开放阅读框架（ORF）和3′非翻译区（3′UTR）组成,

侵染云南烟草的粉虱传双生病毒卫星分子基因组结构特征

对侵染云南烟草的粉虱传双生病毒致病性相关分子DNAβ进行PCR扩增和克隆。对9份采自不同时间和地区的样品中的DNAβ分子的全基因组序列分析发现,9个DNAβ都具有典型双生病毒DNAβ卫星分子的基因组结构特征:在互补链上编码1个大小约为118个氨基酸的βC1蛋白,含有1个卫星分子保守区(Satellite conserved region,SCR)和1个A富含区。核苷酸同源性分析显示,9个分离物的DNAβ分子中,7个分离物的DNAβ属于TYLCCNV伴随的DNAβ分子,1个属于MYVYNV伴随的DNAβ分子,2个属于TYLCTHV伴随的DNAβ分子,1个属于TbCSV伴随的DNAβ分子。系统进化分析发现,这些DNAβ卫星分子具有明显的种类和地理分布差异,但没有因寄主和采集时间的不同而表现出明显的差异。

流感病毒基因组结构及其编码蛋白研究进展

由流感病毒引起的流感是严重危害人类和畜禽健康的一种传染病。此病的暴发给世界上许多国家和地区造成了巨大的经济损失。对流感病毒基因组结构及其编码蛋白质的研究有助于进一步加强对流感的治疗和预防。流感病毒含 8个负链单股独立的 RNA片段 ,共编码1 0种蛋白。每种蛋白具有不同的结构和功能。文章主要对流感病毒不同基因片段的结构特征及其编码的结构蛋白及非结构蛋白的形态结构、功能。

寄生蜂多分DNA病毒基因组结构及基因表达

对存在于膜翅目茧蜂科和姬蜂科的共生体病毒———多分DNA病毒(PolydnavirusPDV)的基因组结构、及其复杂多变的基因表达方式在调节寄主生理功能方面的研究进行了综述.为反映寄生蜂与寄生昆虫的协同进化关系,充分有效利用寄生蜂防治害虫提供依据.

黑蜂王台病毒基因组结构研究进展

蜜蜂病毒被认为是主要威胁蜜蜂健康的因素之一,是引发蜜蜂蜂群大量死亡及蜂群衰竭的关键因素[1-7].首次鉴定出蜜蜂病毒并认定其为新的感染蜜蜂的病原体是在20世纪初期.目前,已知可感染蜜蜂的病毒高达20种,其中包括18种RNA病毒,其中的某些病毒已在全球范围内广泛传播[8-10].蜜蜂病毒能够影响蜜蜂形态、生理和行为,并与弱群及蜜蜂死亡息息相关[11].蜜蜂黑蜂王台病是由黑蜂王台病毒（Black queen cell virus,BQCV）引起的一种蜜蜂蜂王幼虫病害.BQCV由Baliey等于1977首次报道,该病毒是从蜂王幼虫和封盖蜂王蛹中分离得到,感染的蜂王蛹死亡并且其颜色由棕色变暗变黑,随后蜂房壁开始变黑,BQCV的名称也因此而来[12].

SMARCA1基因组结构鉴定及其在Smith-Fineman-Myers综合征家系中的突变分析

为探讨SMARCA1基因在中国山东SFMS家系患者发生中的作用 ,采用计算机杂交结合DNA序列分析方法 ,首先确定了SMARCA1基因的基因组结构 ,发现该基因的基因组DNA全长超过 71 7kb ,含有 2 4个外显子和 2 3个内含子 ,所有外显子和内含子接头皆遵循GT AG法则 ,基因组结构的阐明 ,为进行基因突变检测和分析其生物学功能奠定了基础。在以上分析的基础上 ,通过PCR扩增结合测序分析 ,对在山东省发现的 1个SFMS家系患者的SMARCA1基因的全部外显子和外显子内含子接头序列进行了基因突变检测 ,未检测到导致疾病的突变 。

小鼠Nucleophosmin基因的克隆及基因组结构分析

Nucleophosmin(NPM)是主要的核仁磷酸化蛋白,在一些退行性大细胞淋巴瘤、骨髓增生异常综合征、急性髓性白血病等病人中可见累及NPM基因的染色体易位。建立NPM基因剔除的小鼠模型对于研究NPM基因的生物学功能及其在淋巴瘤及白血病发病中的确切作用有非常重要的意义。为获得包含NPM基因组全长序列的噬菌体克隆,以小鼠NPMcDNA为探针对129S1系小鼠λ噬菌体基因组文库进行筛选,经3轮筛选鉴定出一个包含小鼠NPM基因组全序列的噬菌体克隆。用鸟枪法对这个λ噬菌体克隆全长15.3kb进行了测序,序列经BLAST分析显示,该克隆所包含的129S1系小鼠NPM基因组序列与GenBank中C57BL/6系小鼠序列约99.8%相同。根据测序获得的基因组序列,应用生物信息学方法对小鼠NPM的基因组结构及NPM基因5′启动子区可能的转录因子结合位点等进行了分析。

口蹄疫病毒基因组结构及其功能

口蹄疫病毒的基因组结构和功能是开展口蹄疫其他研究如鉴别诊断、新型疫苗研制和疫源追踪等工作的基础。口蹄疫病毒的基因组由5′UTR、ORF和3′UTR及Po ly(A)组成,全长约8 500 nt。VPg可能充当RNA合成引物的作用, 5′UTR 内的Poly(C)和内部核糖体进入位点(internalribosomaentrysite, IRES)是当前研究的热点之一。Poly(C)可能与病毒的感染性有关,IRES 对翻译的起始有重要作用。一般认为Poly(A)越长,病毒的感染性越强。病毒的ORF包括P1、P2、P3基因。L、P2、P3研究的相对较少,其中3A与病毒的宿主嗜性有关,3D为RNA聚合酶,可作为免疫和自然感染动物的鉴别诊断抗原。P1 为口蹄疫病毒的抗原结构,是研究口蹄疫免疫机制和新型疫苗的基础。VP1 可以作为分子流行病学调查,被很多国家所采用。

泡沫病毒基因组结构及其调节蛋白的功能

泡沫病毒（Ｓｐｕｍａｖｉｒｕｓｅｓ）传统上被分为反转录病毒科的泡沫病毒亚科，按１９９１年Ｃｕｌｅｎ的分类系统，泡沫病毒属复杂反转录病毒中的一个属。对泡沫病毒的研究远滞后于其它反转录病毒，这主要是由于至今未能确定其致病性。泡沫病毒可能与神经性病变相关的...