中国庚型肝炎病毒(HGV)全基因结构特点及其感染地理分布

分析和讨论了中国人庚型肝炎病毒（HGV）的基因结构特点及我国HGV感染的地理分布状况。中国庚型肝炎病毒株（HGVC964）基因全长9128个核苷酸，编码一个长度为2870个氨基酸残基的多聚前体蛋白。5’端有一个367bp的非翻译区，3’端非编码区为147个核苷酸。基因组中G＋C占59．9％。该株病毒与国外报道的三株HGV序列比较，核苷酸同源性为82．0％～86．2％，氨基酸同源性均大于90％。对我国部分地区的某些人群进行的分子流行病学研究表明，在我国北方、南方及广西少数民族地区也存在HGV感染。HCV自然感染者中，HGVRNA阳性率为6．7％；HC病人中，HGVRNA阳性率为9．6％；非甲一非戊型肝炎病人中，HGVRNA阳性率为5．0％。这表明，在我国HGV感染分布广泛，不同地理区带均有可能存在该型病毒感染。

猪FSHβ亚基基因结构区Alu序列插入突变的研究

通过聚合酶链式反应 (PCR)对中国华北型优良地方猪种莱芜猪及杜里猪、长白猪的卵泡刺激素 (FSH) β亚基基因结构区插入片段进行扩增 ,并对 0 .5kb扩增产物进行克隆和测序。序列分析表明 ,在已发表的猪FSHβ亚基基因全序列的 +80 9与 +810碱基之间 ,莱芜猪、杜里猪和长白猪分别存在一个长度为 2 75、2 77和 2 74bp的插入片段 ,插入片段末端的poly(A)分别为 17、19和 16个腺苷酸 ,均显著短于高产猪种太湖猪 (2 92bp和 32个腺苷酸 )。对FSHβ亚基基因插入片段进行BamHⅠ多态性分析 ,发现本研究所检测样品中不存在BamHⅠ多态性。插入片段中存在一个RNA聚合酶Ⅲ启动子及AluⅠ内切酶识别位点 ,所以该片段可能为Alu成分。因RNA聚合酶Ⅲ这种有功能的内部启动子能够转录相邻的染色体序列 ,该插入片段可能影响FSHβ亚基基因或其他基因的表达调控。把FSHβ亚基基因作为控制猪产仔数主效基因的候选基因与产仔数进行连锁分析 ,证明FSHβ基因座位在莱芜猪种中与控制猪产仔数的主效基因紧密连锁 ,优势基因AA纯合子比BB纯合子母猪平均每胎多产仔 1.2头。因不同品种猪插入序列的主要差异是末端的poly(A)长短不同 ,推测该插入片段末端的poly(A)结构亦可能影响猪的产仔数。

尼罗罗非鱼Hepcidin基因结构与序列分析

Hepcidins是一类具有调节铁代谢功能的抗菌肽.利用RT-PCR、RACE和LA等技术,以尼罗罗非鱼[Oreochro-mis niloticus(Linnaens)]肝脏中分离和克隆到Hepcidin基因.其全长cDNA为505 bp(不包括polyA),5′端非翻译区有85 bp,3′非编码区为156 bp,阅读框为264 bp.其编码的氨基酸包括信号肽和前体肽等,前体肽进一步酶解产生22个氨基酸的活性肽,该活性肽具有Hepcidin基因家族特有8个半胱氨酸的保守序列.罗非鱼的Hepcidin基因结构包含3个外显子和2个内含子.本研究为今后阐明Hepcidin基因表达特性、表达产物理化性质、抗菌活性及其相关功能等奠定基础.

IL-6基因结构和功能生物信息学预测

目的以白细胞介素(IL)-6为研究对象,对其基因结构和功能进行生物信息学分析。方法采用生物信息学软件对基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、二级结构及高级结构进行生物信息学分析。结果 IL-6为稳定亲水性跨膜蛋白,定位于细胞外,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,有2个Ser和2个Thr可成为蛋白激酶磷酸化位点。结论分析预测IL-6,在研究其参与高血压、炎性反应等方面有重要意义。

京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释

本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。

家蚕抗菌肽CMIV基因结构改造及表达产物的研究

参照天然抗菌肽ＣＭＩＶ组分的氨基酸序列，作了近５０％的改动，根据大肠杆菌偏爱的密码子，设计并人工合成了抗菌肽基因片段．将人工合成的抗菌肽类ＣＭＩＶ基因先重组到测序载体ｐＵＣ１１８上，经过序列分析，发现克隆于载体ｐＵＣ１１８上的基因片段与设计的序列完全一致．再将该基因片段重组到表达载体ｐＥＴ２８（ａ）上，抗菌肽以融合蛋白的形式表达．融合蛋白经镍－金属离子胶亲和层析纯化后，再用ＣＮＢｒ裂解。

鳜脂蛋白脂酶和肝脂酶基因结构与组织表达

为了研究鳜(Siniperca chuatsi)脂蛋白脂酶(LPL)、肝脂酶(HL)基因结构与功能关系,首先采用RT-PCR及RACE法,克隆得到鳜肝脏LPL与HL基因cDNA全序列。鳜肝脏LPL基因cDNA全长为2089bp,其中开放阅读框(ORF)为1548bp,编码515个氨基酸。鳜HL基因cDNA全长为1964bp,其中ORF为1494bp,编码497个氨基酸。进化树分析显示,鳜LPL与HL基因与其他脊椎动物的LPL、HL基因各自聚集成簇。对鳜基因组进行PCR获得鳜LPL与HL全基因组DNA序列,与其他脊椎动物基因结构相似,鳜LPL基因由10个外显子和9个内含子组成,全长7392bp;鳜HL基因由9个外显子和8个内含子组成,全长8837bp。应用Genome Walker方法在鳜克隆得到一段长为1071bp的LPL和一段长为2173bp的HL基因5′侧翼区序列,并利用相关软件预测其中具有多个保守的顺式调控元件。组织表达研究显示与易患动脉粥样硬化的人类LPL不同,鳜LPL基因在所有被检测组织中均有表达:在脂肪组织中大量表达,其次是肝脏、脑、肠道、肌肉,在脾中表达量最低;而鳜HL基因的表达则与人类相似,只在肝脏中表达。本研究将为深入探讨机体脂质代谢调节机制以及LPL、HL在防治动脉粥样硬化中的作用奠定良好基础。

金钱鱼MHC Ⅱ β基因结构、多态性与组织表达分析

为探究金钱鱼（Scatophagusargus）MHCⅡβ基因的结构和特性，采用同源克隆和RACE等技术，在获得cDNA全序列的基础上，分析其内含子序列、基因多态性和组织表达情况。结果表明，金钱鱼MHCⅡβ基因cDNA序列全长1172bp，其中5＇UTR长34bp，3＇UTR长388bp，开放阅读框（ORF）长750bp，编码249个氨基酸，包含信号肽、B1结构域、p2结构域、连接肽（CP）、跨膜区（TM）和胞质区（cYT）；MHCⅡβ基因由6个外显子和5个内含子组成，其中内含子3将p2结构域分开。从43尾金钱鱼的209个有效克隆中，获得209条不同的核苷酸序列，可归为48个等位基因主型，分别命名为Scar-DXB＊0101～Scar-DXB＊4801，揭示金钱鱼MHCⅡβ基因的多态性很丰富。RT-PCR检测发现，金钱鱼MHCIIB基因在所检测的11种组织中均有表达，其中在脾、鳃、肠和皮肤中表达量较高，在肾、胃、心脏表达量中等，而在眼、脑、肝、肌肉中表达量较低。对健康金钱鱼人工感染嗜水气单胞菌后，发现其MHCIID基因在肝、脾、鳃、肾等组织中的表达量均发生了不同程度的变化，证明该基因在金钱鱼免疫反应中有重要作用。在NJ法构建的系统树中，金钱鱼与舌齿鲈、大西洋鲑等硬骨鱼类的亲缘关系相对较近，而与铰口鲨、原鸡、小鼠、人等的亲缘关系则依次渐远。

大口黑鲈GHRH-LP和GHRH基因序列同源性、基因结构和时序表达研究

促生长激素释放激素(Growth hormone releasing hormone,GHRH)是生长激素释放调控的重要因子。过去人们一直将鱼类的促生长激素释放激素样多肽(Growth hormone releasing hormone like peptide,GHRH-LP)误认为是GHRH,直到最近才分离出GHRH基因。为了了解GHRH和GHRH-LP基因的结构特征及表达差异,研究克隆了大口黑鲈(Micropterus salmoides)GHRH和GHRH-LP基因,同时应用实时定量PCR技术研究了这两个基因的组织表达及发育时序表达情况。结果显示,大口黑鲈GHRH的成熟肽由27个氨基酸残基组成,GHRH-LP的成熟肽由44个氨基酸残基组成。两个基因均由5个外显子和4个内含子组成,但两者成熟肽编码区在外显子上的分布有明显不同。与其他脊椎动物比较,GHRH同源性为74%—100%,而GHRH-LP同源性为41%—96%,两者间具有一定的相似性(37%—63%)。GHRH基因仅在前脑和延脑中表达,而GHRH-LP基因在中枢神经系统及外周组织中均有表达;在胚胎发育过程中GHRH在神经胚后期检测到表达,其表达水平在仔鱼出膜1d后显著提高,而GHRH-LP在囊胚期及后续发育过程中均检测到表达。基因结构、序列同源性及表达谱研究均表明,GHRH和GHRH-LP存在显著差异,应为具有不同功能的两个基因。

草菇gpi基因结构及其异核体表达协同增效作用

以草菇(Volvariella volvacea)单孢菌株PYd21(基因组测序菌株)和PYd15(基因组重测序菌株)为材料,配对获得可正常出菇的异核菌株H15-21。克隆测序了PYd21和PYd15的葡萄糖-6-磷酸异构酶基因(gpi),并对基因的结构和表达谱的表达量进行分析。结果表明,PYd21和PYd15的gpi基因序列相同;转录组reads定位、paired-end分析结果显示,gpi基因全长2404bp,ORF全长1659bp,编码552个氨基酸,含有8个外显子、7个内含子,5'UTR长度为101bp、3'UTR为183bp,RNA加工过程中有2种可变剪切类型、3个可变剪接位点;表达谱测序结果,PYd21、H15-21和PYd15 gpi基因的表达量分别为84.53、1079.31和270.95TPM,草菇gpi基因表达表现出异核体表达协同增效作用,暗示着异核菌株中的2种不同来源的细胞核可能存在相互作用,这一结果在实时荧光定量PCR检测后得到证实。

家蚕精氨酸激酶基因的克隆、基因结构与表达分析

【目的】克隆家蚕精氨酸激酶基因,分析其基因结构与表达特性,为揭示无脊椎动物体内能量代谢调节规律提供重要基础。【方法】通过分析家蚕EST、利用RACE法和基因组文库筛选法克隆了家蚕精氨酸激酶(BmAK,Bombyx mori arginine kinase)基因,并对其基因结构和表达特性进行了分析。【结果】克隆了BmAK基因,cDNA全长为1 268bp,编码355个氨基酸,具有精氨酸激酶典型的酶活性部位氨基酸序列,酶活性中心位点氨基酸和能形成离子偶结构氨基酸;该基因由2个外显子和1个内含子组成;5′调控序列存在BRCZ、E74A、FTZ等多个潜在转录因子结合位点,但没有TATA盒启动子序列;该基因的表达在不同组织和不同发育时期存在明显差异。【结论】BmAK具有精氨酸激酶的典型特征,BmAK基因表达随发育时期不同而发生变化,基因的表达可能受蜕皮激素调控。

鸡减蛋综合征病毒(EDSV-76)末端前体蛋白的基因结构分析

从中国发病鸡群中分离的鸡减蛋综合征病毒弱毒株ＡＡ－２，经常规方法提取其病毒核酸后，组建了完整的限制性内切酶ＰｓｔⅠ及ＨｉｎｄⅢ水解片段的基因文库，并对其中ＨｉｎｄⅢ（２１．０ｍ．ｕ．）－ＳａｃⅠ（３３．２ｕ．）进行了序列测定。同源比较分析证明：其Ｌ链含编码病毒末端前体蛋白，容量为５８０个氨基酸残基（ａａ）的开放读码框架（Ｏｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅ，ＯＲＦ）。由此推导的多肽氨基酸序列及结构特点，如保守序列、核定位信号（Ｎｕｃｌｅａｒｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎｓｉｇｎａｌ）。等与其他腺病毒的相应多肽存在较大差异。本文为阐明腺病毒末端前体蛋白参与ＤＮＡ复制起始的机制提供了新的依据。

金鱼Vsx1基因结构及其内含子多态性分析

Vsx1是第一个在金鱼中发现的编码含有同源异型框(homeodomain)和CVC结构域蛋白的基因。该基因在胚胎发育的不同阶段在胚胎的不同区域和不同组织中表达,并已经证明它在视网膜视锥双极细胞的分化和正常功能的维持中具有重要作用。为了进一步研究该基因在不同发育阶段组织特异性表达的调节机制,实验用PCR方法分析了金鱼Vsx1的基因组结构和内含子多态性。结果表明:金鱼Vsx1基因由5个外显子和4个内含子组成,与斑马鱼、人、小鼠的Vsx1基因结构相同。4个内含子中,第一内含子有两种序列差异明显的类型,但第二、三、四内含子无明显差异。第一内含子的一种类型比另外一种类型多39个碱基,这39个碱基中包括了真核生物增强子的核心序列。这一观测结果提示金鱼Vsx1第一内含子可能与该基因的发育阶段特异性和组织特异性表达调节有关。同时,第一内含子序列的明显差异也为分析Vsx1不同等位基因或基因拷贝的表达活性,以及组织特异性表达调节方式提供了合适的探针序列。

宫内感染乙型肝炎病毒的新生儿及其母亲HBV基因结构分析

目的 :探讨HBV基因变异与宫内感染的关系 .方法 :扩增 2对发生宫内感染的新生儿及母亲血清中 2 5kbHBVDNA ,克隆、测序并分析其基因结构 .同时用免疫染色法检测孕妇胎盘组织HBsAg .结果 :母婴HBVDNA序列中 ,前S1、前S2和S区都发生突变并且导致相应编码蛋白的氨基酸组成发生改变 ,其中以前S2区突变率为最高 (P <0 0 1) ;而前C、C区基因只有少数核苷酸发生沉默突变 .孕妇胎盘组织各层细胞中均有HBsAg阳性信号 .结论 :新生儿HBV的细胞源性宫内感染可能主要与HBV突变株的前S/S区的基因变异有关 ,而前C/C区相对比较保守 。

圆斑星鲽MHC ⅡB基因结构、多态性及组织表达分析

通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1144bp,5'UTR(untranslated region)为7bp,3'UTR为450bp,开放阅读框(ORF)长度为687bp,可编码228个氨基酸,包含信号肽、抗原结合域(β1)、IGC区(β2)、跨膜区和胞质区5个结构域。同源分析表明,圆斑星鲽MHCIIB氨基酸序列与其他硬骨鱼具有49%～79%的同源性,与鼠、人、红原鸡和护士鲨的相似性较低,分别为34%、33%、31%和30%。圆斑星鲽MHC ⅡB基因含有5个内含子,与其他硬骨鱼不同,其β2结构域编码区内存在1个109bp的内含子。根据获得的MHC ⅡB基因组序列设计特异性引物,在10尾野生圆斑星鲽中扩增了包括完整内含子1和外显子2的长度约388bp的DNA片段,PCR产物直接测序后发现在270bp的抗原结合域中共有23个位点发生变异,密码子第1位和第2位的变异明显高于第3位。利用荧光定量PCR分析组织表达发现,MHCIIB基因在健康圆斑星鲽9种组织中均有表达,但表达量存在差异,肾的表达量最高,肌肉的表达量最低,肾、心、脾脏和鳃的表达量显著高于肝、皮肤、脑、血和肌肉。本研究旨在为MHC基因家族的遗传进化分析、结构与功能的解析提供基础,同时为圆斑星鲽的分子免疫学和标记辅助育种研究提供参考依据。

恶性肿瘤细胞内呈现Ig样物质的特性及其基因结构分析

恶性肿瘤细胞内呈现Ｉｇ样物质的特性及其基因结构分析邱晓彦，杨贵贞（白求恩医科大学免疫学教研室，长春１３００２１）人所共知，在正常的机体内，Ｉｇ是Ｂ淋巴细胞的特有产物，机体的其他细胞内尚未发现Ｉｇ。然而我们在探讨自身免疫性甲状腺炎组织损伤体液免疫作用时...

载脂蛋白ApoD:系统发生、基因结构与表达调控

载脂蛋白D(ApoD)属于脂蛋白家族,目前对ApoD的研究集中在基因表达、组织分布和具体功能上,而对其包括调控区在内的基因组结构分析相对较少,而该部分内容对进一步了解和阐明ApoD蛋白功能有重要意义。本文从生物信息学角度对分属于原生动物、无脊椎动物、头索动物和脊椎动物类群的10种动物ApoD的基因结构及调控区的调控元件的分析及比较,发现:(1)ApoD基因结构从原生动物草履虫到原口动物再到后口动物海胆的进化过程中不保守,但在分析的几种脊椎动物中相当保守;(2)文昌鱼ApoD基因扮演从无脊椎动物到脊椎动物承上启下的角色,代表脊椎动物ApoD基因原型;(3)调控区大多数调控元件为不同动物共有,说明ApoD功能及其表达调控在进化中的保守性;(4)ApoD基因个别调控元件是随着物种进化而出现并开始发挥相关作用,如SF-1;还有个别的调控元件在进化过程中还没有发现其规律,这可能说明A-poD的某些功能因物种不同存在一定差异。

仙台病毒基因结构与功能的研究进展

仙台病毒(SeV)是引起啮齿类动物呼吸道疾病的病原,属于副粘病毒科,单股负链RNA病毒。本文就组成SeV的基因结构和功能做一综述。

鳜鱼传染性脾肾坏死病毒的胞嘧啶5-甲基转移酶基因结构及其序列分析

对鳜鱼传染性脾肾坏死病毒 (infectiousspleenandkidneynecrosisvirus,ISKNV)的胞嘧啶 5 -甲基转移酶(MTase)基因的结构及序列进行了分析。序列比较分析表明 ,ISKNVMTase编码区全长 6 84bp ,编码长 2 2 7个氨基酸的蛋白质 ,推测分子量为 2 5 85 5D。与一些细菌的MTase比较 ,ISKNVMTase也含有负责转移甲基的 4个保守区 ,但缺乏识别靶序列的保守区。比较ISKNV与其它 6种脊椎动物虹彩病毒的MTase序列并建立系统树 ,ISKNV显著不同于蛙病毒属和淋巴囊肿病毒属。 7种脊椎动物虹彩病毒MTase具有高度保守区 ,可以此设计引物用PCR方法鉴定脊椎动物虹彩病毒。

传染性法氏囊病病毒CJ－801bkf毒株VP2 cDNA基因结构的分析

以传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＮ）中国毒株ＣＪ－８０１ｂｋｆ的基因组Ａ片段ｄｓＲＭＡ为模板，经反向转录和ＰＣＲ扩增，克隆了保护性抗原ＶＰ２ｃＤＮＡ基因。经Ｓａｎｇｅｒ法测序，确定了ＶＰ２ｃＤＮＡ基因有１４８４个核苷酸，推测了ＶＰ２氨基酸的顺序，与已报导的６株ＩＢＤＶ毒株ＣｕＩ、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２－７３、ＳＴＣ和ＶａｒｉａｎｔＥ的ＶＰ２区做了比较，证明：克隆的ＣＪ－８０１ｂｋｆＶＰ２ｃＤＮＡ基因是全长的，含有正确的起始密码子ＡＴＧ；ＣＪ－８０１ｂｋｆ与毒株Ｃｕｌ和ｐＢＧ９８同源性最高；ＣＪ－８０１ｂｋｆＶＰ２高可变区内两个亲水区的氨基酸顺序与ＣｕＩ、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２－７３和ＳＴＣ完全相同；７肽区内第三个丝氨酸残基则变异为精氨酸。这些结果提示，中国ＣＪ－８０１ｂｋｆ毒株应属标准血清Ｉ型ＩＢＤＶ弱毒株。