上海地区临床实验室运动神经元存活基因外显子缺失项目检测能力的室间质量评价分析

目的利用室间质量评价(EQA)分析上海地区临床实验室运动神经元存活(survival motor neuron,SMN)基因外显子缺失项目的检测能力。方法选用含有不同SMN外显子拷贝数的细胞株基因组DNA作为EQA样本,2023年间共两次,每次随机选取5份发放给上海地区各参评实验室,要求其在规定时间内进行检测并上传结果,依据回报结果统计分析并评价其检测能力。结果两次EQA中SMN1判定结果回报全部正确的实验室分别占100%(38/38)和97.22%(35/36),SMN1第7,8号外显子拷贝数检测的总体符合率分别为96.92%(315/325)和98.18%(324/330),SMN2第7,8号外显子拷贝数检测的总体符合率分别为100%(65/65)和96.56%(43/45)。回报错误结果中包括1例结果判定错误和4例拷贝数检测错误。结论通过筛选出具有不同SMN外显子拷贝数的细胞株基因组DNA可有效模拟临床样本并应用于SMN外显子缺失EQA活动中。回报结果分析显示上海地区临床实验室SMN外显子缺失项目整体符合率较高,但个别实验室检测能力尚待提高。

血浆EGFR19外显子缺失突变高灵敏度检测技术的建立

目的探讨结合酶切及片段分析技术建立稳定的高灵敏度EGFR19外显子缺失突变检测技术检测血浆EGFR19外显子缺失突变的价值。方法设计针对野生型片段的限制性内切酶予以降低野生型DNA背景。通过野生型和突变型序列的分析,以野生型序列为酶切底物,选择工具内切酶Tru1Ⅰ,设计内外两个PCR反应引物,且内侧引物一端予以标记绿色荧光。采用PCR-酶切-PCR-片段分析步骤,优化各反应条件,得到稳定的技术。以野生型DNA稀释突变型DNA检测该方法的灵敏度。采用上述方法检测42例肺癌患者外周血浆中EGFR19外显子突变情况。结果采用野生型DNA稀释突变型DNA模拟检测本方法的灵敏度,能够检测出1∶1000(Mt∶Wt)突变型DNA。42例肺癌患者中5例血浆EGFR19外显子存在缺失,其中4例为15bp的缺失,1例为24bp的缺失。结论本研究建立了一种联合酶切与片段分析的高灵敏度血浆EGFR 19外显子缺失突变检测技术,能够有效从外周血中检测出EGFR19外显子缺失突变。

15例DMD/BMD外显子缺失与临床关系研究

目的 :探讨Duchenne/Becker型进行性肌营养不良症 (DMD/BMD)致病基因外显子缺失的分布特点及其与临床表现的关系。方法 :利用 9对引物以多重PCR技术 ,对临床诊断的DMD/BMD患者抗肌营养不良蛋白基因进行检测。结果 :共发现 15例患者外显子缺失 ,主要分布在中央缺失热区和 5′端缺失热区 ,其中以 45、48号外显子缺失最多见 ,且缺失片段长度各异。结论 :①外显子缺失的表达也受到个体差异的影响 ,呈高度的遗传异质性。②该病病情轻重可能与外显子缺失的数量及片段大小不呈平行关系 ,而与某些外显子缺失有关。

分子模拟方法验证肺癌分子靶标外显子缺失对吉非替尼用药效果的影响

利用同源建模,构造出EGFR的第19位外显子缺失后的蛋白结构model。然后使用Arguslab软件,计算出吉非替尼、ATP分别与野生型蛋白2GS6和突变蛋白model结合所需要的能量,试图用理论计算的方式对吉非替尼的用药效果改善作出解释,下面将总结研究过程和结果。

1例EGFR 19外显子缺失突变的晚期非小细胞肺癌的多线治疗过程

1例53岁女性因“胸闷、气短伴咳嗽1周,发现左肺占位4 d”入院,胸部计算机断层扫描(computed tomography,CT)检查提示左肺占位,患者经CT引导下左肺肿物穿刺,结合全身检查,明确诊断为晚期肺腺癌伴有EGFR 19外显子缺失突变(epidermal growth factor receptor 19 exon deletion),经多线化学药物治疗、多线靶向治疗及联合治疗,患者治疗过程中多次获得部分缓解(par t ial remission,PR),又多次进展,进展后多次以不同样本及不同方法行T790M基因检测,检测结果前后差异显著,最终患者被检测到T790M基因突变,获得了口服三代表皮生长因子受体抑制剂(epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitor,EGFR-KTI)的机会,获得了高质量的长生存期,三代EGFR-KTI耐药后的联合治疗也使患者的生存获益进一步增加。

凋亡相关蛋白激酶样蛋白1低甲基化对表皮生长因子受体19外显子缺失突变型肺癌患者预后的影响

目的探讨凋亡相关蛋白激酶样蛋白1(DAPL1)低甲基化对表皮生长因子受体19外显子(EGFR Del19)缺失突变型肺癌患者预后的影响。方法收集基因组数据共享(GDC)TCGA肺腺癌、TCGA肺腺癌、TCGA肺癌数据库中肺癌患者的临床病理资料,分析DAPL1甲基化水平对EGFR Del19缺失突变患者预后的影响。相关性分析采用线性回归模型,采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,两组间生存曲线的差异采用Log rank检验。结果GDC TCGA肺腺癌、TCGA肺腺癌和TCGA肺癌数据库中,DAPL1高表达肺癌患者的5年生存率(分别为31.9%、27.5%和33.0%)高于DAPL1低表达者(分别为11.0%、11.6%和13.8%),差异均有统计学意义(P值分别为0.006、0.028和0.025);EGFR Del19缺失突变亚型肺癌患者的DAPL1中位表达水平(分别为12.8、2.75和2.9)高于EGFR其他亚型突变者(分别为11.6、1.75和1.8,均P<0.05)。TCGA肺腺癌和TCGA肺癌数据库中,DAPL1甲基化水平较低的肺癌患者5年生存率(分别为22.4%和16.4%)高于DAPL1甲基化水平较高的肺癌患者(分别为15.1%和14.2%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。DAPL1表达水平与EGFR突变亚型呈正相关(r=0.909,P<0.05),与DNA甲基化呈负相关(r=-0.891,P<0.05)。肺癌患者DAPL1的表达受DNA甲基化调控,进而影响肺癌患者的预后。结论DAPL1的高表达或低甲基化与肺癌EGFR Del19缺失突变亚型有关,DAPL1低甲基化肺癌患者的总生存时间更长。

CPT1A基因外显子纯合缺失变异导致的肉碱棕榈酰转移酶1A缺乏症1例

肉碱棕榈酰转移酶1A(carnitine palmitoyltrans-ferase 1A,CPT1A)缺乏症(OMIM#255120)是一种长链脂肪酸氧化障碍的常染色体隐性遗传疾病,由CPT1A基因(OMIM#600528)变异导致。CPT1A是长链脂肪酸进入线粒体进行β氧化的限速酶。当CPT1A缺乏症患者长期禁食或处于病理状态时,糖原贮备不足,肝脏线粒体脂肪酸β氧化提供能量被抑制,出现低血糖、肝性脑病等多系统症状[1]。该疾病罕见,到目前为止,人类基因组突变数据库(Human Genome Mutation Database,HGMD)仅收录了41种突变(http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/gene.php?gene=CPT1A),多为点突变,本文首次报道了中国人群中1例外显子4~5纯合缺失的变异类型,丰富了该基因变异谱,并结合qPCR进行了验证。

SMN基因外显子7和8均缺失的脊髓性肌萎缩症1例

患儿,男,18个月,因运动发育落后于2009年11月2日收入院。患儿出生时产程长,轻度窒息。5个月时家属发现患儿全身软,翻身、竖头困难;6个月时不能独坐,夜间频发手指震颤。曾在当地医院按＂脑发育不良＂治疗2个月,无明显疗效。12个月时会讲话,反应正常,仍不能翻身、独坐、竖头不稳。查头颅CT及MR均未见异常,肌酶正常。近6个月来双手持物困难,双上肢抬举无力,坐位时躯干前倾,言语、智能正常。

EGFR外显子19缺失突变促恶性甲状腺肿瘤侵袭迁移作用的研究

目的研究表皮生长因子受体(EGFR)外显子19缺失突变(EGFR exon 19 deletion)在恶性甲状腺肿瘤中促侵袭转移的作用。方法划痕和Transwell实验检测细胞的迁移和侵袭能力;转录组测序分析(RNA-seq)检测HTFEC-ex19 del细胞株中调控肿瘤分子生物学的相关信号通路。结果分析发现4%(2/50)的甲状腺癌患者的基因组测序中具有EGFR突变。功能分析结果显示,EGFR外显子19缺失突变会使细胞具有迁移侵袭行为。RNA-seq分析结果显示,EGFR外显子19缺失突变后致癌基因KRAS通路、p53通路、EGFR下游相关信号通路PI3K-AKT、上皮间质转化(EMT)通路等显著富集。结论EGFR外显子19缺失突变可使细胞更具侵袭性,激活癌症相关通路,其中包括PI3K-AKT信号通路、EMT等通路。EGFR外显子19缺失突变可成为临床治疗甲状腺癌一个重要参考指标。

EGFR外显子19缺失突变及其在恶性甲状腺癌发生发展中的作用

目的:研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)外显子19缺失突变在恶性甲状腺癌发生发展中的作用及其分子调控机制.方法:构建稳定转染EGFR外显子19缺失突变的正常人甲状腺滤泡上皮细胞(human thyroid follicular epithelial cell,HTFEC)株;EGF处理,通过划痕、Transwell、软琼脂克隆集落形成实验、失巢凋亡实验检测细胞的恶性转化能力;转录组测序分析(RNA-Seq),比较空载对照HTFEC细胞株和具有EGFR外显子19缺失突变的细胞株中显著差异表达的基因.结果:对50例多种类型的(恶性)甲状腺癌患者的二代测序分析显示,2例患者(4%)具有EGFR突变,其中一例为EGFR外显子19缺失突变的甲状腺癌来源肺腺癌(滤泡型),且第一代EGFR抑制剂(Icotinib)治疗极大地延缓了其肿瘤进展.实验结果表明,EGFR外显子19缺失突变能以EGF依赖性的方式转化HTFEC,使其具有侵袭特性.RNA-Seq分析显示,EGFR外显子19缺失突变后,LAMC2、TRIB3等基因表达显著上调,CTSB、FASN等基因表达显著下调.结论:EGFR外显子19缺失突变通过上下调与甲状腺功能密切相关的基因表达,如LAMC2、CTSB等,使HTFEC发生恶性转化,从而在甲状腺癌发生发展中发挥重要作用.靶向EGFR外显子19缺失突变可成为临床治疗恶性甲状腺癌的有效选择.

汉族多巴反应性肌张力障碍患者中的GTP环化水解酶I基因缺失

目的:基于对汉族人群中的多巴反应性肌张力障碍(DRD)患者基因突变的研究,进一步探究GTP环化水解酶I基因(GCH1)、酪氨酸羟化酶基因(TH)、Epsilon-sarcoglycan编码基因(SGCE)上是否存在外显子缺失。方法:对来自4个DRD家系共8名患者及其5名无症状家属、10名散发性DRD患者和3名正常对照者的GCH1、TH、SGCE基因的22个外显子进行多重连接式探针扩增(MLPA)分析,对MLPA结果出现异常的外显子采用实时定量PCR(qPCR)进行验证,然后使用ddCt法与正常对照者比较分析GCH1、TH、SGCE基因是否存在外显子缺失。结果:1名散发性DRD患者的GCH1基因1号外显子出现杂合缺失,正常对照均未发现此外显子缺失。其余家系或散发性患者未检测到外显子缺失或扩增。结论:在汉族人群中,散发性DRD患者GCH1基因存在外显子缺失,但出现频率较低;对于突变阴性的散发性DRD患者,有必要检测其GCH1基因是否存在缺失。

CERS3基因变异所致常染色体隐性先天性鱼鳞病一个家系报道

CERS3突变所致的常染色体隐性先天性鱼鳞病在临床上非常罕见。本文收集了一个家系,对先证者外周血DNA进行遗传性皮肤病靶基因外显子测序,检测出CERS3基因c.746A>G(来自于母亲)和exon12缺失(来自于父亲)复合杂合突变,Sanger测序验证了上述突变存在,基因突变与表型符合共分离原则,该家系的2个突变位点均为首次报道。治疗上予口服阿维A胶囊20 mg qd, 3个月后随访,皮疹明显好转。

雌激素受体及多巴胺受体在泌乳素腺瘤的表达

目的研究雌激素受体(ESR)及其亚型mRNA、多巴胺受体(D2R)及其亚型mRNA在泌乳素腺瘤中的表达。方法应用逆转录酶聚合酶链式反应(RT-PCR)测定30例泌乳素腺瘤标本ESR1mRNA、ESR2mRNA、第五外显子缺失的1型雌激素受体(△5-Del-ESRl mRNA)及D2RmRNA的表达,研究其表达水平与患者性别、肿瘤体积、侵袭性及泌乳素(PRL)水平的关系。结果男性和绝经后女性患者肿瘤ESR1 mRNA表达高于育龄女性患者;侵袭性泌乳素腺瘤高于非侵袭性肿瘤;PRL≥1 000 ng/ml的患者△5-Del-ESRl mRNA表达水平较PRL<1 000 ng/ml的患者明显增高。D2RmRNA异构体的表达水平与泌乳素腺瘤生物学行为有关系,D2SmRNA的表达水平在侵袭性与非侵袭性泌乳素腺瘤中存在显著差异,D2SmRNA在侵袭性泌乳素腺瘤中呈低水平表达。结论 ESR1及其亚型△5-Del-ESRl mRNA、D2R及其亚型mRNA表达与泌乳素腺瘤PRL分泌及肿瘤侵袭有关。

比格犬ERβ_(1293)基因真核载体的构建及其在HEK293T细胞中的表达和定位

目的观察比格犬Myc标签ERβ1293重组真核表达载体在HEK293T细胞中的表达及定位。方法以pEGFP-N1-ERβ1293重组真核表达载体为模板,PCR保真酶扩增得到ERβ1293基因编码区全长。Myc标签ERβ1293重组真核载体瞬时转染HEK293T细胞,运用蛋白质印迹技术(Western blotting)和间接免疫荧光技术(indirect immunofluorescence,IF)鉴定pcDNA3.1-Myc-ERβ1293在HEK293T细胞中的表达和定位情况。结果成功构建pcDNA3.1-Myc-ERβ1293重组真核表达载体,转染至HEK293T细胞中。Western blotting检测有蛋白条带表达,共聚焦显微镜下观察IF处理后的转染细胞,荧光定位于细胞质。结论前期实验得到比格犬ERβ剪切异构体ERβ1293编码区序列,缺失第四外显子,导致其与配体结合能力减弱或消失,因此目的基因编码蛋白定位在细胞中发生变化。

几种X连锁隐性遗传病的产前基因诊断

X连锁隐性遗传病是指疾病的致病基因位于X染色体上,其传递方式为隐性,患者常常是半合子男性。目前发现有200多种性连锁隐性遗传病。由于遗传病尚无有效的治疗方法,进行产前诊断阻止患儿出生是非常重要的。 资料与方法 一、资料: 来我中心咨询,要求诊断处理的8例,有进行性肌营养不良、血友病甲。

一个IDS基因第2外显子单独缺失导致黏多糖贮积症Ⅱ型家系的遗传学分析及产前诊断

目的探讨一个黏多糖贮积症Ⅱ型(Mucopolysaccharidosis typeⅡ,MPSⅡ)患者的遗传学病因并对该家系胎儿进行产前诊断。方法通过一代测序、琼脂糖凝胶电泳、real-time PCR和多重连接探针扩增(multiple ligation-dependent probe amplification,MLPA)等方法对患者IDS基因进行检测并在其母亲身上验证;对该家系胎儿通过羊水穿刺进行产前诊断。结果琼脂糖凝胶电泳、Real-time PCR和MLPA皆显示患者IDS基因第2外显子缺失,其母亲IDS基因正常。产前诊断结果显示胎儿为正常男性。结论患者为IDS基因新发第2外显子缺失导致的MPSⅡ患者,其母亲非携带者;本研究结果拓宽了IDS基因致病变异谱;多方法联合应用检测IDS基因变异可对MPSⅡ进行准确的遗传学诊断和产前诊断。

CCR5-△32突变基因地域和人群分布的研究进展

艾滋病即获得性免疫缺陷综合症(AIDS)对人类健康造成极大威胁。引起该病的病原体是人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)。HIV-1通过与CD4^+受体以及CC趋化因子受体5(CCR5)或CXC趋化因子受体4(CXCR4)辅受体结合而感染细胞,当CCR5发生32个碱基缺失突变时,其在细胞膜的表达量减少,导致HIV-1无法有效地入侵细胞。我们把这种突变的CCR5称为第一外显子缺失32个碱基的CC趋化因子受体5(CCR5-△32)。近年来,通过对CCR5-△32的深入研究, AIDS的治疗获得很大进展。我们主要总结了该基因的结构功能并且详细统计了不同地区不同人群该基因的分布情况,以期对AIDS的治疗提供帮助。

埃克替尼治疗EGFR不同突变类型晚期肺腺癌的疗效分析

目的:回顾分析埃克替尼一线治疗EGFR不同突变类型肺腺癌患者的疗效是否存在差异。方法:收集福州肺科医院2016年01月至2017年12月确诊EGFR突变肺腺癌患者79例,EGFR 19外显子缺失33例,21外显子突变46例,均予口服“埃克替尼125 mg tid”治疗,进行生存期随访;应用χ^(2)检验比较临床特征及临床疗效,应用Kaplan-Meier及Log-Rank法比较生存曲线。结果:19外显子组和21外显子组患者在性别、年龄、吸烟、脑转移、TNM分期、病理分化临床特征无差异(P>0.05);19外显子组和21外显子组ORR(75.8%vs 71.7%)和DCR(97%vs 93.5%)无统计差异(P>0.05);EGFR 19外显子组和21外显子组中位PFS(14.5个月vs 11个月)差异有统计学意义(χ^(2)=4.112,P=0.043);二者中位OS(26个月vs 17个月)差异有统计学意义(χ^(2)=6.650,P=0.010)。结论:晚期肺腺癌EGFR 19外显子缺失较21外显子突变相比EGFR-TKI靶向治疗具有生存获益优势。

一代EGFR-TKIs联合化疗对两种EGFR经典突变非小细胞肺癌的疗效比较

目的比较一代表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKIs)联合化疗对两种表皮生长因子受体(EGFR)经典突变非小细胞肺癌(NSCLC)的疗效。方法选取2017年4月至2019年12月郑州大学第一附属医院肿瘤科收治的34例EGFR经典突变的晚期NSCLC患者。患者均接受一代EGFR-TKIs联合化疗治疗。按基因突变种类将患者分为两组,即EGFR基因19外显子缺失突变(19Del突变)为A组(18例),EGFR基因21外显子L858R点突变(21L858R突变)为B组(16例)。研究的主要终点为中位无进展生存时间(PFS)和1 a PFS率,次要终点为客观缓解率(ORR)。比较两组不良反应。结果治疗后,B组ORR[25.0%(4/16)]较A组[88.9%(16/18)]低(P<0.05)。B组1 a PFS率[25.0%(4/16)]与A组[44.4%(8/18)]比较,差异无统计学意义(P>0.05)。B组中位PFS短于A组(P<0.05)。两组不良反应发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论接受一代EGFR-TKIs联合化疗治疗的EGFR基因19Del突变的NSCLC患者较EGFR基因21L858R突变患者的PFS更长。