VEGFR2活性腔性质以及与抑制剂的结合模式研究

VEGFR2介导肿瘤诱导的血管生成作用,是抑制肿瘤生长和转移的新靶点.为深入探讨VEGFR2活性腔性质以及与抑制剂的结合模式,采用多拷贝同时搜寻法(MCSS)研究VEGFR2活性腔的性质,然后用分子对接方法对5个已上临床的VEGFR抑制剂与VEGFR2活性腔进行对接计算,讨论它们的结合模式,确定与配体结合相关的关键残基.研究发现:疏水腔I,II是配体结合的关键区域,残基Glu915,Cys917是关键的氢键作用位点,Lys866,Glu883和Asp1044形成的极性区域对提高配体亲合力很重要,疏水腔III和极性腔IV是额外增强配体结合力的区域,IV区的Arg1030可提供额外的氢键作用位点.本研究可为全新VEGFR2抑制剂的合理药物设计提供理论依据,为寻找新的抗肿瘤药物奠定基础.

β微管蛋白中紫杉醇(Taxol)结合腔的性质分析

采用多拷贝同时搜寻法(MCSS),并结合现有微管抑制剂的SAR及3D-QSAR对β微管蛋白中Taxol(紫杉醇)结合腔的性质进行了分析.结构研究结果表明,Taxol结合腔以疏水性质为主,并指出官能团分布的具体位置:在Phe270上方(Leu361-Pro272-Leu273-Leu228之间)的弧形区域、Asp26羧基下方及其与G lu22羧基之间、M-loop的中部,以及Asp224内侧且靠近Arg276的胍基的位置.而Asp224的内侧又是新提出的结合位点.研究结果符合现有微管抑制剂的SAR,为现有抗肿瘤药物的结构改造以及小分子微管抑制剂设计提供了理论依据.

白色念珠菌N-肉豆蔻酰基转移酶中药物结合位点的MCSS分析

采用多拷贝同时搜寻方法(MCSS)分析得到了CaNMT活性位点的疏水区域、氢键结合位点和负电性区域.MCSS计算结果显示,CaNMT活性位点有两个疏水性比较强的区域:一个由Tyr107,Tyr109,Val108,Phe117,Phe123,Ala127,Phe176和Leu337等残基组成;另一个由Phe115,Phe240和Phe339组成.CaNMT活性位点发现有两个氢键作用区域,其中Tyr119,His227,Asn392和Leu451是与已有抑制剂的氢键结合位点,Tyr107,Asn175,Thr211和Asp412是新发现的氢键结合位点,而且在NMT家族中高度稳定,它们对设计新结构类型的CaNMT抑制剂具有重要作用.Leu451是负电性兼氢键作用位点,是抑制剂设计时所必需考虑的位点.