炎症性肠病合并皮肤损害患者外泌体差异表达蛋白质及发病机制研究

目的探讨炎症性肠病(IBD)合并皮肤损害患者外泌体差异表达蛋白质及发病机制。方法选取杭州市第三人民医院2020年1月至2021年12月收治的5例IBD以及5例IBD合并皮肤损害患者为研究对象,分别为IBD组、IBD+皮肤损害组;另选取本院同期体检的5名年龄和性别匹配的健康志愿者为对照组。提取3组对象血清外泌体,检测差异表达蛋白质;采用基因本论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)对差异表达蛋白质进行生物信息学分析。结果共鉴定829种蛋白质,其中包含定量信息的蛋白质726种。与对照组比较,IBD组有15种蛋白质表达上调,21种蛋白质表达下调;IBD+皮肤损害组有24种蛋白质表达上调,25种蛋白质表达下调;与IBD组比较,IBD+皮肤损害组有12种蛋白质表达上调和8种蛋白质表达下调。GO分析显示,IBD组与对照组、IBD+皮肤损害组与对照组、IBD+皮肤损害组与IBD组差异表达蛋白质涉及的生物过程包括刺激反应、细胞过程、单有机过程、生物调节等,细胞组成主要包括细胞、细胞膜外域、细胞器等,分子功能主要包括结合、催化活性等。KEGG分析显示,IBD组与对照组差异表达蛋白质主要与细胞黏附、离子跨膜运输调控、细胞形态分化等有关;IBD+皮肤损害组与对照组差异表达蛋白质主要与细胞分泌、细胞分解代谢、分泌调节有关;IBD+皮肤损害组与IBD组差异表达蛋白质主要与细胞胺代谢、NIK/NF-κB信号通路、细胞周期过程的负调控等有关。结论本研究基于TMT蛋白质组学分析筛选出IBD+皮肤损害患者血清外泌体差异表达蛋白质,这些蛋白质参与IBD合并皮肤损害的代谢相关通路及病变的发生。

不同羊毛纤维直径细毛羊皮肤组织差异表达蛋白质研究

试验旨在研究不同纤维直径的细毛羊皮肤组织中毛囊差异表达的蛋白质,探讨与羊毛细度相关的蛋白质功能。应用双向凝胶电泳技术建立细毛羊皮肤组织中毛囊差异表达蛋白质图谱;运用ImageMaster 2DPlatinum软件检测细毛羊毛囊组织差异表达蛋白质;通过质谱鉴定技术和数据库比对等方法开展细毛羊皮肤组织毛囊特异性蛋白质分类和功能鉴定。结果成功鉴定出94个差异蛋白质,其中,相同年龄超细型细毛羊和细型细毛羊皮肤毛囊组织中有73个差异蛋白质;不同年龄的超细型细毛羊毛囊组织中有21个差异蛋白质。按功能属性划分得到了角蛋白、分子伴侣类蛋白、细胞骨架结构类蛋白、14-3-3蛋白、蛋白酶类、肌球蛋白、血清白蛋白和其他蛋白8类功能蛋白。结果提示,应用生物信息学技术分析这些差异蛋白与羊毛纤维直径的内在联系,为优质细毛羊的培育提供直接有效的基因资源信息,对提高羊毛品质具有重要的意义。

差异表达蛋白质组学中的常用技术

人类基因组计划基本完成后,人们又开始对生物所有蛋白质性质和功能进行大规模研究,即蛋白质组学。尤其是由于差异表达蛋白质组学在制药和疾病研究中的巨大潜力,更是倍受重视。蛋白质组学的极端复杂性决定了它所应用的技术更加复杂和综合,本文简要介绍了在差异表达蛋白质组学中的常用技术。

三七总皂苷对顺铂肾损害大鼠肾组织差异表达蛋白质的影响

目的探讨三七总皂苷(panax notoginsenosides,PNS)对顺铂肾损害大鼠肾组织差异表达蛋白质的影响。方法实验大鼠随机分为正常对照组、顺铂模型组和PNS治疗组,对大鼠给药处理10 d后,检测大鼠血清尿素氮(BUN)、肌酐(Scr)和尿N-乙酰-β-氨基葡萄糖苷酶(NAG)的水平,并做肾脏病理检查;采用SELDI-TOF-MS技术筛选大鼠肾组织的差异表达蛋白质,并通过MALDI-TOF-MS/MS、Western blot实验予以鉴定。结果顺铂模型组大鼠血清BUN、Scr和尿NAG的水平均显著高于正常对照组(P均<0.05)。电镜下可见肾小管上皮细胞的线粒体明显损伤,说明顺铂肾损害大鼠模型制作成功。PNS干预可使大鼠血清BUN、Scr和尿NAG的水平显著低于顺铂模型组(P<0.05),肾小管上皮细胞的线粒体损害程度较顺铂模型组明显改善,提示PNS对其有保护作用。筛选出顺铂模型组与正常对照组肾组织差异表达的蛋白质20个,其中7个蛋白质在顺铂模型组中的表达下调2倍以上;顺铂模型组与PNS治疗组肾组织差异表达的蛋白质18个,其中11个蛋白质在PNS治疗组中的表达下调;有6个共同的差异表达蛋白质在顺铂模型组较正常对照组的表达上调或下调,在PNS治疗组可回调到接近正常对照组水平。差异表达蛋白质m/z 10815.42被鉴定为线粒体热休克蛋白,m/z 16021.67被鉴定为血红蛋白β1亚基、血红蛋白β2亚基。结论顺铂肾损害可伴随多种蛋白质的表达变化,这些差异表达蛋白质可能与顺铂损害肾脏以及PNS的保护作用有关。通过对其分离和鉴定,进一步了解其性质,将有助于全面、系统地探讨顺铂肾损害以及PNS保护作用的机制。

TMT筛查与生物信息学分析少精子症患者精子差异表达蛋白质

目的采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术筛选少精子症患者精子差异表达蛋白质,初步寻找少精子症的潜在生物学标志物,阐释相关的生物学过程及代谢通路,为少精子症的分子机制研究提供新的思路。方法随机选取少精子症患者和正常人精子样本,各30例。应用TMT技术寻找并鉴定差异表达蛋白质,对差异蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析。结果共鉴定1050种差异表达蛋白质,其中561种蛋白质上调表达,489种蛋白质下调表达。GO功能富集分析发现上述差异表达蛋白质参与了终止翻译和核转录mRNA分解代谢过程等生物过程;且主要分布在部分胞质和胞质核糖体中;分子功能是核糖体结构成分和结构分子活性等。KEGG信号通路分析涉及代谢通路、核糖体信号通路、氧化磷酸化信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论差异表达蛋白质的生物信息学有助于少精子症发病机制研究,可作为其分子机制研究的参考和补充。

定量蛋白质组学技术分析猪繁殖与呼吸综合征病毒感染肺泡巨噬细胞的差异表达蛋白质

作者采用定量蛋白质组学方法,对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪肺泡巨噬细胞(PAMs)和正常PAMs的蛋白质组进行差异分析。通过高效液相色谱和电喷雾串联质谱仪定量分析PRRSV感染细胞与未感染对照细胞间的差异表达蛋白质,并运用Max-Quant 1.0.7.4软件结合蛋白质数据库PaxDb进行鉴定。与对照组相比,感染组共鉴定出39个差异表达蛋白质,其中30个蛋白质表达上调,9个蛋白质表达下调。通过Western blot和ELISA验证了感染的PAMs中SPP1、IFIT3、STAT3及IL-8的表达情况与质谱鉴定结果一致。通过液相色谱—串联质谱联用(LC-MS/MS)技术,筛选得到多个与PRRSV感染相关的差异表达蛋白质,为PRRSV发病的分子机制分析提供了新依据。

蛋白质组学在果蔬保鲜中的研究现状

果蔬采后生理病理变化是果蔬保鲜的主要研究内容之一,因此对果蔬采后生物学变化过程的探究是减少果蔬采后损失和提高贮藏品质的首要任务。目前,高通量蛋白质组学作为后基因时代的一种重要分子分析技术被广泛应用于果蔬及其贮藏过程中蛋白质表达规律研究。通过总结近五年国内外蛋白质组学技术在果蔬保鲜中的研究进展,简述了呼吸跃变型与非呼吸跃变型果蔬在果实成熟衰老过程中的蛋白表达差异,比较了同属不同种的果蔬间抗病性差异表达蛋白,分析了1-甲基环丙烯、低温贮藏、气调贮藏对果蔬品质的影响,对果蔬采后保鲜研究具有重要指导意义。另外,以蛋白质组学为桥梁,建立起与基因组学、转录组学和代谢组学等多组学联用技术,以此通过复杂的通路和网络关联来整合不同组学的数据,分析各组学之间的调控关系,揭示采后保鲜技术提高果蔬贮藏品质的相关机制,将是果蔬保鲜相关研究领域的未来发展方向。

筛选差异表达基因和蛋白质的方法进展

分离和鉴定差异表达基因和蛋白质不仅有助于发现基因和蛋白质的功能 ,更有助于揭示某些疾病的发生机理 .目前筛选差异表达基因的方法主要有差异显示PCR方法 (differentialdisplayRT PCR ,DDRT PCR)、消减杂交法 (subtractivehybridization ,SH )、基因芯片技术 (DNAchiptechnique)和基因表达的系统分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)等 ,其中消减杂交法中又先后建立了代表性差异分析技术 (representationaldifferenceanalysis ,RDA)、抑制消减杂交法 (suppressionsubtractivehybridization ,SSH)和获得全长基因的消减杂交法 (full length gene obtainablesubtractivehybridization) .筛选差异表达蛋白质的方法主要有双向电泳技术(two dimentionalgelelectrophoresis)和噬菌体全套抗体库技术 (phagedisplayantibodyrepertoirelibrarytechnique) .这些方法各有特点 ,各有利弊 ,研究者可根据自己的需要选择适合于自己的方法 .

脊髓全横断损伤后差异表达蛋白的蛋白质组学分析

对脊髓全横断损伤前后的大鼠脊髓全蛋白质进行双向凝胶电泳,借助PDQuest软件从中找出差异表达蛋白质点.应用基质辅助激光解吸电离串联质谱,对差异表达的蛋白质点进行鉴定,成功鉴定出18种蛋白质.脊髓损伤3d后表达上调的蛋白质有巨噬细胞游走抑制因子、S期激酶相关蛋白1、热休克蛋白27、多配体蛋白聚糖3、T细胞受体β链可变区、膜联蛋白Ⅲ、腺苷酸激酶1、半乳凝素3、丙酮酸脱氢酶、磷脂酶B、嗜铬粒蛋白A、热休克蛋白70凝结蛋白1;同时表达下调的蛋白质有磷酸丙糖异构酶、神经鞘氨醇磷酸化受体、热休克蛋白10、肽酰-脯氨酰-顺反式异构酶A.多数差异蛋白质涉及到神经细胞的增殖、凋亡、应激反应等过程,为进一步阐明中枢神经系统的损伤和修复机制提供了理论依据.

Bcl-2高表达转基因小鼠脊髓损伤后差异表达蛋白的蛋白质组学分析

目的通过建立B细胞淋巴瘤／白血病-2（B—celllymphoma／leukemia-2，Bcl-2）高表达转基因小鼠与野生型小鼠急性脊髓损伤组织的双向电泳图谱，比较蛋白质组的变化和差异表达，初步探讨Bcl-2保护脊髓损伤的分子机制。方法转基因（A组）及同窝非转基因小鼠（B组）各15只，随机分为三组（1d、7d、14d），采用垂直打击（weightdropping，WD）方法，以2．5×3．0g·cm致伤力致伤小鼠脊髓。于术后1d、7d、14d处死，取脊髓标本进行检测：①采用双向凝胶电泳分离脊髓总蛋白，建立双向凝胶电泳图谱；②用ImageMaster软件分析图像，基质辅助激光解析电离飞行时间，质谱（MALDl2TOF2MS）分析获取肽质量指纹图谱（PMF）；③用Mascot软件系统和NCBIMS数据库检索确定蛋白质。结果鉴定出差异蛋白质33个，其中1d8个，7d12个，14d13个。与B组小鼠比较，A组小鼠表达上调的蛋白质有热休克蛋白、含缬酪肽蛋白、peroxiredoxin6等，下调的蛋白质为钙蛋白酶、泛素羧基末端水解酶-1等。多数差异蛋白质涉及到应激保护、抗氧自由基损伤、促进神经修复等过程，具有神经保护功能。结论除了抗凋亡作用，Bcl-2蛋白可能还具有抗氧自由基损伤、促进神经修复、加强应激等多方面的神经保护功能。

油松毛虫取食和剪叶刺激胁迫下油松的蛋白质表达差异分析

【目的】研究自然环境条件下剪叶和油松毛虫不同取食刺激程度双重诱导对油松体内蛋白质表达的影响,揭示油松诱导防御反应的蛋白质基础。【方法】在河北省平泉县的油松-山杏混交林中,选取15年生左右生长势一致的油松,进行树上套笼饲养10头、30头油松毛虫和剪叶处理,以未处理油松为对照,采用双向电泳法测定油松体内蛋白质表达差异。【结果】通过蛋白质点表达量的计算,与对照相比,油松毛虫取食及剪叶刺激后,均有特异表达蛋白点、消失蛋白点、上调蛋白点及下调蛋白点,但不同处理间蛋白点的表达差异不同。对差异蛋白点进行质谱鉴定,数据库检索结果表明,油松毛虫取食后特异表达的蛋白点是叶绿体ATP合酶CF0β亚基、抗坏血酸过氧化物酶、噻唑生物合成酶、Lhcb5蛋白、ATP合酶β亚基以及蛋白类谷胱甘肽S-转移酶,下调表达的蛋白点是蛋白酶亚基和假定蛋白CL304Contig1_01;剪叶刺激后特异表达的蛋白点是tau蛋白类谷胱甘肽S-转移酶和Rubisco加氧酶,下调表达的蛋白点是磷酸甘油酸激酶Ⅰ和核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基。进一步分析表明,取食刺激处理后,胁迫和防御相关蛋白高度表达,并且30头松毛虫取食后,与蛋白合成相关的蛋白质也特异表达;剪叶处理后,胁迫和防御相关蛋白也有特异表达,而且能量代谢相关蛋白下调。说明取食和创伤刺激可明显诱导油松防御有关蛋白的表达、光合作用的增强、蛋白质的合成和能量代谢的降低等防御反应。【结论】取食和剪叶刺激可明显诱导油松防御有关蛋白的高表达、促进光合作用的增强和蛋白质的合成,降低能量代谢等,这些变化应是构成油松防御反应的蛋白质基础。

临床型乳房炎与正常奶牛血浆的差异蛋白质组研究

【目的】检测和分析临床型乳房炎与正常奶牛血浆中差异表达的蛋白质。【方法】用二维凝胶电泳分离血浆蛋白,凝胶用硝酸银染色和考马斯亮蓝染色,PDQuest7.4软件自动检测分析差异表达蛋白斑点并经高效液相色谱串联离子阱质谱鉴定。【结果】凝胶图谱分析后得到3个差异蛋白斑点,鉴定为2种蛋白质(结合珠蛋白前体和乳腺球蛋白)。结合珠蛋白前体在临床型乳房炎奶牛血浆中表达量增加,可作为乳房炎诊断标记分子;而乳腺球蛋白的表达量下调。【结论】临床型乳房炎与正常奶牛的血浆中蛋白质的表达存在差异,对差异表达蛋白质的研究有利于探索机体的生理病理状态,可为疾病的诊断和治疗提供全面的信息。

显微介导中国对虾基因鲤肌肉蛋白差异表达分析

本文通过显微注射方法,将中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)总DNA直接导入鲤(Cyprinus carpio L.)受精卵内,获得显微介导中国对虾基因鲤。为了研究显微介导中国对虾基因鲤蛋白质的表达变化,利用iTRAQ技术定量蛋白质测序分析了未进行显微介导和显微介导中国明对虾基因的2种鲤的肌肉组织,寻找与氨基酸和脂肪酸相关的差异表达蛋白,并分析了差异表达蛋白GO功能注释和KEGG代谢通路。结果共鉴定蛋白质999个,表达差异蛋白92个,其中上调蛋白58个,下调蛋白34个。差异蛋白Pathway富集分析表明,显著富集于脂肪酸和氨基酸等代谢通路上的差异蛋白有13个,其中在精氨酸和脯氨酸代谢通路中发现的上调7.51倍的肌酸激酶(creatine kinase)有促进鱼类肌肉发育的作用;而在脂肪酸代谢通路中发现的下调0.59倍的线粒体三功能蛋白(mitochondrial trifunctional protein),有提高鱼体内多种饱和与不饱和脂肪酸含量的作用。同时对筛选到的两个蛋白进行实时荧光定量PCR验证,证实了蛋白质组的分析结果。

番荔枝花发育不同阶段的差异蛋白质组分析

【目的】从蛋白质组学的角度研究番荔枝花发育不同阶段差异表达的蛋白质,分析相关信号通路,为揭示番荔枝花发育的分子机制提供理论基础。【方法】以番荔枝不同发育阶段的花为材料,采用双向电泳技术(Two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)分离获得花芽(1 mm<花芽<2 mm)、花蕾(5 mm<花蕾<6 mm)、开花前期(花瓣轻微张开)及开花期(花瓣张开)等不同阶段表达丰度不同的蛋白点,利用MALDI-TOF-MS质谱鉴定技术分析相关差异蛋白质,并对其进行功能注释。【结果】通过蛋白图谱比较分析发现,番荔枝花双向电泳图谱中的每张凝胶图谱中都可以检测到800多个重复蛋白点,其中在不同花发育阶段存在表达差异的有50个蛋白点。经质谱鉴定分析,并采用MASCOT软件在线检索,共检测到36个表达量相差2倍以上的蛋白点。36个蛋白质可分为7个主要的功能类别,这些功能类别包括:呼吸与能量代谢(11个蛋白质),蛋白合成与代谢(8个蛋白质),转录与翻译(3个蛋白质),胁迫与防御(2个蛋白质),细胞分化与增殖(3个蛋白质),次生物质代谢(8个蛋白质)和未知功能蛋白(1个蛋白质)。通过GO分析,发现36个已鉴定的蛋白,分别归属于20个分类(term)。通过对差异蛋白进行定量分析,发现呼吸与能量代谢相关的蛋白中,3个蛋白(A07、C28、C42)随着花发育表达量不断下降,4个蛋白(A36、A37、B13、B29)表达则显著上升。在蛋白合成与代谢相关蛋白中,2个蛋白(A13和A22)在花发育的4个阶段都处于低水平表达,而另5个蛋白(B17、B20、A19、A21和C21)表达量显著上升。一个胁迫与防御相关蛋白(B32)在开花期,表达量达到最大值。2个细胞分化与增殖相关蛋白(B27和C57)表达量也呈逐渐升高的趋势。5个次生物质代谢相关蛋白(A06、A29、A34、C100和C110)随着花发育,表达量逐渐降低,而蛋白质C79和D38在花蕾阶段表达量达到最大值后,又逐渐下降。【结论】通过比较番荔枝花发育4个阶段的蛋白图谱,发现36个蛋白具有不同的差异表达谱。其中呼吸与能量代谢相关蛋白质占最大比例,诸如两个ATP合酶α亚基和丙酮酸脱羧化同工酶,都在番荔枝花发育过程呈现出显著的差异表达,这可能与花发育过程需要耗费大量的能量有关。此外,发掘了两个含有三角状五肽重复蛋白,其表达随着番荔枝花发育阶段的变化而改变,这些蛋白的功能还有待进一步研究。能量代谢、次生代谢、蛋白质合成等生物过程可能都参与了对番荔枝开花过程的调控。

雏鸡冷应激前后血清中差异蛋白质组学研究

本试验旨在比较分析雏鸡冷应激前后血清中蛋白质的表达差异,并对重点差异蛋白质进行鉴定。将30只雏鸡随机分为3组,分别为冷应激组、冷适应组和常温对照组,收集各组雏鸡的血液制备血清后进行双向凝胶电泳(2-DE),以获得血清蛋白质表达的2-DE图谱,对2-DE图谱进行差异分析(利用PDQuest 8.0软件),随后采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对差异表达蛋白质进行鉴定,并利用蛋白质印迹(Western blot)方法进行验证。结果显示:通过2-DE对常温对照组、冷应激组和冷适应组雏鸡血清进行分析,得到了比较完整的差异蛋白质数据,共找到差异蛋白质点23个。采用MALDI-TOF-MS技术分析其中几个重复性好且较为明显的蛋白质点,成功鉴定出4个差异蛋白质,其中2个为果糖二磷酸醛缩酶C(ALDOC),是参与葡萄糖、能量代谢通路供能的相关蛋白;随后,对差异蛋白质ALDOC进行Western blot验证,所得结果与2-DE的结果相一致。结果表明,雏鸡冷应激前后血清中蛋白质的表达具有明显的差异,这些蛋白质的表达差异可能与冷应激有关。

颈部透明带增厚的正常核型妊娠妇女的羊水中蛋白质的差异性表达

本文于2011年发表在《Prenatal Diagnosis》杂志上。作者探讨了颈部透明带(NT)增厚的正常核型妊娠妇女的羊水中蛋白质差异表达性的意义。作者取了14例胎儿NT增厚(】3.4mm)与14例NT正常(【0.7mm)的羊水上清液进行分析,使用MetaCore定位NT在病理生理学的生物学作用结果发现与对照组相比。

高温诱导双孢蘑菇蛋白质表达变化的分析

对 2 4℃常温培养和 32℃诱导培养的双孢蘑菇 82 13、0 2、2 796、4 60 7菌株的菌丝体总蛋白质的 SDS- PAGE分析比较 ,发现 2 796和 4 60 7菌株在 4 3k D～ 110 k D之间有明显的差异蛋白质出现 ,而 0 2和 82 13菌株的蛋白质差异带不明显 .这些高温诱导特异表达的蛋白质可能与双孢蘑菇的热耐受相关 .

玉米早期发育阶段粒位效应的蛋白质组学分析

【目的】从蛋白质组学的角度研究早期发育阶段玉米上、中部籽粒差异表达的蛋白质,分析其功能,探明玉米粒位发育差异的分子机理。【方法】在大田条件下,以粒位效应显著的玉米品种登海661(DH661)为供试材料,90 000株/hm^2密度下种植,在开花期人工饱和授粉后0、3、6、12 d取果穗上部与中部籽粒。采用TCA-丙酮沉淀法提取籽粒总蛋白,双向电泳分离后获得蛋白质图谱。分别以0、3、6、12 d中部籽粒的凝胶作为参考胶,将上部籽粒凝胶与其进行比对,利用Image master 2D 7.0软件分析籽粒早期发育不同阶段上、中粒位蛋白质表达的差异。通过MALDI-TOF/TOF MS质谱分析及NCBI数据库搜索,对差异表达蛋白质进行鉴定并分析其涉及的生物学功能。【结果】较高密度种植后,果穗籽粒早期发育阶段共检测到超过1000个清晰蛋白质点。通过图像处理软件成对匹配分析,果穗上、中部籽粒早期发育阶段差异蛋白质点为66个,其中52个蛋白质点与NCBI数据库匹配,鉴定率为78.8%。差异蛋白质涉及籽粒呼吸与能量代谢(10个蛋白质点,19%)、胁迫与防御(9个蛋白质点,17%)、蛋白质代谢(9个蛋白质点,17%)、氮代谢(6个蛋白质点,11%)、细胞分化与增殖(5个蛋白质点,10%)、转录与翻译(5个蛋白质点,10%)、次生物质代谢(3个蛋白质点,6%)等功能范畴。对相关的差异蛋白质表达丰度分析,与中部籽粒相比,上部籽粒涉及细胞分化与增殖、呼吸与能量代谢的大部分蛋白质在一个或多个时间段内均显著下调,说明上部籽粒胚乳细胞增殖及呼吸能量代谢能力显著降低。同时,上部籽粒涉及胁迫与防御的多种抗氧化酶系、乙二醛酶1以及涉及蛋白质代谢的4个分子伴侣蛋白质在发育早期也处于低水平表达,说明上部籽粒应对逆境条件防御能力较弱且蛋白质结构不稳定。另外,与中部籽粒相比,上部籽粒氮代谢中丙氨酸转氨酶以及S-腺苷甲硫氨酸合成酶1在授粉后6—12 d内均下调表达,说明上部籽粒氮同化能力较弱,影响后续的氨基酸合成与蛋白质代谢过程。【结论】与果穗中部籽粒相比,上部籽粒细胞分化与增殖相关蛋白质的表达水平较低,呼吸与能量代谢能力较弱,导致上部籽粒库容与库活性降低。另外,面对氧化应激等逆境时,上部籽粒相关的抗氧化酶以及分子伴侣蛋白表达水平较低,致使其防御能力低于中部籽粒。丙氨酸转氨酶、S-腺苷甲硫氨酸合成酶1(SAMS)的差异表达也可能是导致粒位效应的重要原因。

人支气管上皮不典型增生与浸润癌组织的比较蛋白质组学研究

为筛选支气管上皮鳞状不典型增生进展的分子标志物 ,采用改良的脱氧胆酸 三氯醋酸 (deoxycholate trichloroaeticacid ,DOC TCA)法提纯支气管上皮总蛋白质进行双向电泳 (two dimensionalelectrophoresis,2 DE) ,应用ImageMaster 2D分析软件、Student’st 检验识别差异蛋白质点 ,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix assistedlaserdesorption/ionizationtime of flightmassspectrometry ,MALDI TOF MS)得到相应的肽质指纹图 (peptidemassfingerprint,PMF) ,搜索数据库鉴定差异蛋白质 .由此获得人支气管上皮不典型增生和浸润癌组织的 2 DE图谱及其凝胶的平均蛋白质点数 (12 73 0 0± 4 3 31,132 6 0 0± 6 6 6 3) ,且两阶段间平均差异蛋白质点数为 5 6 0 0± 8 96 .取 38个差异蛋白质点进行PMF分析 ,鉴定出一些与细胞生长、分化或肿瘤发生等有关的蛋白质 ,随即应用免疫组化检测差异蛋白质EGFR、c Jun、Mdm2在两类组织中的表达 ,其结果也显示了类似的表达差异 .支气管上皮不典型增生恶性转化过程中存在蛋白质的差异表达 ,这些差异蛋白质可能以不同的方式参与了癌变过程 ,且EGFR、c Jun、Mdm2的免疫组化验证结果与质谱结果的一致性表明 。

不同疗效的非霍奇金淋巴瘤血清蛋白质质谱分析

目的分析正常组、非霍奇金淋巴瘤(NHL)化疗6周期后完全缓解(CR)及NHL化疗6周期后未完全缓解或缓解后3月内复发患者的血清差异表达蛋白质,为筛选和建立NHL临床疗效监测及预后评估的血清学指标提供理论依据。方法采用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱(SELDI-TOFMS)技术,应用铜离子结合芯片(IMAC-Cu)以及配套软件,对35例正常组,35例NHL化疗6周期后CR患者组,35例NHL化疗6周期后未完全缓解或缓解后3月内复发患者组的血清差异表达蛋白质进行检测分析,构建决策树分类模型。结果(1)正常组和NHL化疗6周期后CR患者组共有6种差异表达蛋白质有分类意义,质荷比分别为M8778.14u、M8887.83u、M8529.39u、M9076.76u、M9242.75u、M5848.92u,M/Z为M5848.2u的一种蛋白质被软件系统选取建立决策树分类模型,灵敏度和特异性分别为88.57%和100%;(2)正常组和NHL化疗6周期后未CR或缓解后3月内复发患者组共有6种差异表达蛋白质有分类意义,质荷比分别为M8890.26u、M5853.70u、M5444.38u、M8784.58u、M6354.26u、M8539.28u,其中M/Z为M5444.38u的一种蛋白质被软件系统选取建立决策树分类模型,灵敏度和特异性分别为85.71%和100%;(3)NHL化疗6周期后CR患者和NHL化疗6周期后未CR或缓解后3月内复发患者组共有6种差异表达蛋白质有分类意义,质荷比分别为M6436.04u、M5509.43u、M6633.93u、M14047.6u、M7769.91u、M6009.63u,其中M/Z为M6436.04u的一种蛋白质被软件系统选取建立决策树分类模型,灵敏度和特异性分别为77.14%和100%。结论有分类意义的18种差异表达蛋白质有可能成为NHL临床疗效监测及指导临床治疗的一组分子学指标。