不同保存条件对组织样本总RNA提取的影响

RNA是重要的生物医学研究对象,分离获得质量合格的RNA是研究RNA生物学功能的重要前提[1]。目前常用的RNA检测方法,如实时定量PCR、Northern blot、转录组测序等,都对RNA的质量有很高的要求。真核生物体内的RNA多以单链形式存在,稳定性较差,容易在样本采集、预处理和存储过程中发生降解[2]。

红花花冠总RNA提取方法的筛选研究

筛选一种红花花冠总RNA提取方法。采用植物总RNA提取试剂盒法、传统佰烈法、改良Trizol法提取红花花冠总RNA。凝胶电泳、RT-PCR、紫外分光光度法检测三种方法提取所得总RNA，并将筛选得到的方法应用于红花愈伤组织总RNA的提取。改良Trizol法提取得到的红花花冠总RNA凝胶电泳检测可见清晰的三条带，RT-PCR结果凝胶电泳检测可见清晰的一条带，紫外分光光度法检测符合要求，其余两种方法均不符合要求。改良Trizol法应用于红花愈伤组织总RNA提取，检测结果均符合要求。改良Trizol法可用于红花花冠总RNA提取，提取所得红花花冠总RNA可用于后续分子生物学实验。

不同温度和不同放置时间对总RNA提取浓度和纯度的影响

目的:探索一种提高总RNA提取浓度的方法。方法 :用Trizol方法分别提取乳腺癌细胞和心肌组织中的总RNA。在提取过程中,分别把加入异丙醇后的混合液8等份,其中4个样品管分别在室温、4℃、-20℃、-80℃下放置10min,另外4个样品管在-80℃冰箱中分别放置0.5、1、2、4h;然后检测提取到的总RNA质量浓度、纯度及完整性。结果:均放置10min时,提取的总RNA质量浓度随放置温度的降低而增加(P≤0.01);放置于-80℃时,随放置时间的增加,提取的总RNA浓度增加(P≤0.01)。两种条件下提取的总RNA的纯度均无显著性差异(P>0.05),其完整性也无明显影响。结论:不同的放置时间和温度会影响RNA提取的质量浓度,但对RNA纯度和完整性无明显影响。

花生总RNA提取方法比较研究

通过对2种RNA提取方法(改良CTAB法和Trizol法)和2种RNA提取试剂盒(AXYGEN总RNA提取试剂盒和TIANDZ总RNA提取试剂盒)进行比较研究,以期获得质量较好的花生不同器官的总RNA,为后续分子生物学实验奠定基础。实验结果表明,与TRIZOL法及2种RNA提取试剂盒相比,改良CTAB法提取的花生总RNA完整性好,得率高,稳定性好,并且无DNA污染,可以进一步满足半定量RT-PCR等实验需要。

马铃薯总RNA提取和鉴定方法的改进

对植物总RNA的提取和鉴定方法作了改进。以马铃薯叶片和茎为材料,分别用常规苯酚法和改进法提取总RNA,通过甲醛变性胶和非变性胶及紫外光谱分析,表明用改进法提取的总RNA与常规苯酚法无明显差异,RNA完整性良好,可以用普通琼脂糖凝胶代替甲醛变性胶电泳分析RNA的完整性。RT-PCR结果表明,以改进法提取的总RNA可以用于分子克隆和基因表达分析等分子生物学实验。利用改进法提取植物总RNA,能降低成本,节约时间,也避免了使用DEPC和甲醛等试剂。

富含多糖葡萄风信子花瓣总RNA提取方法研究

在普通CTAB法与SDS法提取RNA的基础上,从去除多糖和DNA污染两个方面进行优化,筛选出适于富含多糖类葡萄风信子花瓣RNA提取的方法,经检测OD260/280值在1.8～2.0之间,电泳28S条带和18SrRNA条带都很清亮,比值约1.5.对改进的CTAB法提取的总RNA进行RT-PCR能扩增出所需目的条带.有效去除多糖类物质污染对于富含多糖类花瓣组织RNA提取很重要.

细菌总RNA提取方法的比较

采用改良前后的Trizol法,RNAiso plus法、Qiagen试剂盒法以及Triton X-100法,从大肠杆菌(Escherichiacoli),枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),乳酸乳球菌(Lactococcuslactis)3株细菌中提取RNA。用琼脂糖凝胶电泳和核酸浓度测定仪检测总RNA的提取质量,并用RT-PCR(ReverseTranscription Polymerase Chain Reaction)对RNA的质量进行验证。结果表明:RNAiso plus法对3株菌的总RNA提取均有很好的效果。Trizol法和Qiagen试剂盒法对于E.coli总RNA的提取效果不错,但对其他2株菌的提取效果均不明显,并且都伴有DNA污染。上述几种方法提取出的RNA样品中均含有23S和16S rRNA。L.lactis更适合用Triton X-100法提取总RNA。改良后的Trizol法和RNAiso plus法与Triton X-100法的原理基本相同,都是采用加热的方法,更彻底地裂解细菌细胞,而且得到的RNA中不含有rRNA和tRNA,只保留了mRNA,能更好地用于后续的实验研究。

蒙古沙冬青总RNA提取与mRNA分离方法的研究

蒙古沙冬青是分布于我国西北荒漠区的常绿旱生阔叶灌木,因其富含多糖和多酚等次生代谢物质,用常规RNA提取方法难以从中获得高质量总RNA。本研究通过在热酚法的RNA提取液中加入高浓度的KAc和β-巯基乙醇,从该植物的不同样品中提取到高质量总RNA,并用筛选到的合适试剂盒分离到高纯度的mRNA。所得到的总RNA和mRNA已被成功应用于基因克隆和SMART全长cDNA文库的构建。

香蕉不同组织中总RNA提取方法的研究

针对香蕉组织中多糖、多酚等次生物质含量高的特点,以香蕉根、茎、叶、果实为试材,对其总RNA提取进行研究．比较了SDS法、改良SDS法、改良CTAB法和Trizol试剂盒法提取总RNA的效果,结果分析表明:改良SDS法能从香蕉根、茎、叶中获得质量高、完整性较好的总RNA,而改良CTAB法对果实的提取效果较佳,所得A 260/A 280均高于1．8,A 260/A 230大于2．0,28 S rRNA带的亮度约是18 SrRNA的2倍．其产率在根、茎、叶中均在400μg·g^(-1)以上,果实中可达49．34μg·g^(-1)．以上2种方法所得的总RNA均能满足RT-PCR、Northern blot和cDNA文库建立等分子生物学研究,且具有快速、简便易行、成本较低的特点,适合于富含多糖、多酚的植物材料．

银杏不同组织的总RNA提取方法的改进

方法:采用改进的CTAB法高效地从富含多糖、多酚类化合物的银杏的根、茎、叶和果实四个组织中提取RNA。结果:抽提的不同组织的RNA经电泳检测,可见28S和18S两条清晰的主带,且28S rRNA在亮度上均为18S rRNA的2倍,两条带之间无弥散现象;根、茎、叶、果所提的RNA的经紫外吸收检测得到A260/A230分别为1.9、1.4、2.1、1.7,测得A260/A280分别为1.8、2.0、2.3、1.8,鲜重分别达到78μg/g、69μg/g、150μg/g、90μg/g;通过RT-PCR及凝胶检测,得到了银杏看家基因18S基因的约150bp清晰的条带,从而进一步检测提取RNA的质量。结论:提取的总RNA纯度高,质量好,足以为研究提供RNA材料。

菠萝果实不同部位总RNA提取方法比较

以不同发育时期和不同部位的菠萝果实为材料,比较了改良SDS法、改良CTAB法和Trizol试剂盒法提取RNA的效果。结果表明:3种方法提取的RNA差异明显,其中改良SDS法的效果最佳,其提取的RNA质量较好,无DNA污染,OD260/OD280和OD260/OD230接近2.0,产量达到464.3μg/g.FW以上,该方法提取的RNA能满足RT-PCR、Northern blot和cDNA文库建立等分子生物学研究的需要。

两种马铃薯块茎总RNA提取方法的比较

以马铃薯普通栽培品种"大西洋"的试管薯为材料,针对马铃薯块茎富含多糖和酚类化合物的特点,分别采用Chan法和Trizol法提取马铃薯块茎总RNA。结果表明,Chan法比Trizol法更适宜提取马铃薯块茎总RNA,该法提取的总RNA的28S、18S和5S rRNA条带清晰可见,无降解现象,未被蛋白质、多糖、酚类物质以及残余试剂所污染,且通过RT-PCR技术可以成功扩增出马铃薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶AGPase小亚基基因。

甘薯块根总RNA提取与psy基因保守序列的克隆

甘薯块根富含的次生物质严重干扰了总RNA的提取.本试验采用 4种方法对甘薯块根总RNA进行提取,筛选出 1种最佳的改进方法,排除了甘薯块根中淀粉、多糖、多酚以及纤维等次生物质的干扰,提取到了高质量的甘薯块根总RNA.所提取的RNA得率较高,完整性好,纯度高,以其逆转录的cDNA为模板,克隆出了甘薯psy基因 422bp的保守序列.

药用植物白木香高质量总RNA提取方法的研究

目的:白木香次生代谢产物成分复杂,干扰其总RNA的提取,一般的提取方法无法获得总RNA或总RNA降解严重。为获得高质量的总RNA,本实验开展了白木香正常及结香组织采集及高质量总RNA提取方法的研究。方法:对从野外采集的白木香样品,用改良CTAB-LiCl法、去温浴的改良CTAB-LiCl法、SDS酸酚法、改良异硫氰酸胍-CTAB法和EASYspin RN09试剂盒5种方法分别对白木香叶、白木香枝条、白木香树干中的白木样品和结香样品进行RNA提取。结果:研究表明白木香枝条的离体样品室温保存5 h内不影响总RNA质量,确定EASYspin RN09试剂盒是白木香叶RNA的最佳提取方法,改良异硫氰酸胍-CTAB法是其他白木香组织RNA的最佳提取方法。结论:用改良异硫氰酸胍-CTAB法大量提取白木香树干中的白木样品及结香样品RNA,其28S∶18S为1.2～1.4,RIN值为6.8～7.5,并应用于转录组测序。

越橘果实总RNA提取方法比较研究

越橘成熟果实富含多糖、多酚和花色素苷等次生代谢物质,严重影响果实总RNA的提取。试验以越橘成熟果实的果肉和果皮为试材,采用适合多糖多酚植物RNA提取试剂盒及试剂和改良的CTAB法提取越橘果肉和果皮中总RNA,经琼脂糖凝胶电泳和核酸蛋白测定仪(NanoDrop 2000)检测。结果表明,改良的CTAB法效果最好,提取的总RNA完整性好,纯度高。通过RT-PCR验证,所提取的总RNA可以满足基因克隆等分子生物学试验的要求。

两种铁皮石斛总RNA提取方法的比较研究

铁皮石斛是我国重点保护药材,因其富含多糖及次生代谢物,用普通的方法难以从叶中提取到能满足构建全长cDNA文库等分子生物学实验对高质量RNA需要的总RNA。分别通过对异硫氰酸胍法和CTAB法进行改良。异硫氰酸胍法:往裂解液中加入PVP,通过PVP去除多酚;用56℃热水水浴5min加速组织细胞裂解;抽提时间由原来15 min缩短为5min;根据材料多糖多酚的多寡情况适当增加裂解液。CTAB法:根据材料多糖多酚的多寡情况适当增加CTAB裂解液;用LiCl对RNA进行选择性过夜沉淀;灵活处理,适当增大LiCl浓度。结果表明用改良后的2种方法均可提取到总RNA,经对比发现,改良CTAB法提取效果更好,可重复性强,抽取到的RNA更适合于后续的分子生物学实验。

四种副溶血弧菌总RNA提取方法的比较

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是一种革兰氏阴性嗜盐菌。提取高质量的RNA是研究副溶血弧毒力基因表达与其致病性和环境适应性的基础。本研究分别用SDS法、Trizol法,PureLinkTM RNA Mini Kit和Uniq-10柱式Trizol总RNA抽提试剂盒提取六株副溶血弧菌的总RNA,用普通琼脂糖凝胶电泳和核酸测定仪检测RNA的质量,并用RT-PCR法对四种提取方法进行比较。研究结果表明,Trizol法和Pure-LinkTM RNA Mini Kit简单快捷,提取的总RNA完整性好,纯度高,可用于后续实验的分子生物学研究;而Trizol法更适用于普通实验室细菌RNA的提取。

山核桃花芽总RNA提取方法研究

以山核桃的花芽为材料，利用改良CTAB法、异硫氰酸胍法和改良热酚法提取其总RNA，并对RNA产率、纯度、电泳图谱和RT-PCR进行分析，结果表明：改良CTAB法明显优于其它两种提取方法，用它提取的28SrRNA、18SrRNA条带清晰、稳定，无降解，OD260／OD280值保持在1．9～2．0，产率相对较高；经RT-PCR检测发现，改良CTAB提取的RNA能被成花基因特异引物扩增出清晰的条带，说明该法完全适合于山核桃花芽总RNA的提取，并可用于Northern杂交、cDNA文库构建等分子生物学操作。

百蕊草根系总RNA提取方法比较及优化

百蕊草根系富含多糖、多酚和其他次生代谢产物,用传统方法提取总RNA难以有效将这些杂质去除。以百蕊草根系为材料,比较TRIzol法、CTAB-Li Cl法、SDS/酚法及改进TRIzol法4种方法对百蕊草根系总RNA的提取效果,并以电泳检测、D260 nm/D280 nm比值测定、RT-PCR试验等对结果进行分析评价。结果表明,4种方法均能提取百蕊草根中总RNA,提取效果差异显著;改进TRIzol法提取总RNA的28S和18S条带清晰,无弥散,28S亮度比18S加倍,完整性好,无明显DNA或其他杂质污染,D260 nm/D280 nm值为1.8-2.0,D260 nm/D230 nm值大于2.0,总RNA得率仅次于TRIzol法;用改进TRIzol法提取总RNA,反转录c DNA片段大小分布在0.2-2.5 kb,可扩增出目的基因片段,提取的总RNA完全适用于后续的分子生物学研究。

血红鸡爪槭叶片总RNA提取方法的比较研究

血红鸡爪槭叶片中富含多糖、多酚物质,严重影响了RNA提取纯度和质量。为了获得适宜血红鸡爪槭叶片总RNA提取的方法,采用柱式植物RNAout法、TRIZOL法和改良CTAB法3种提取方法对其叶片总RNA提取效果进行比较分析。结果显示,采用柱子法提取获得的总RNA产率最高,但是有DNA污染;TRIZOL法提取的总RNAOD260/OD280为1.65,可能有多糖和酚类物质的污染,并且产率最低;改良CTAB法提取的总RNA纯度很高,OD260/OD280平均值在2.0左右,产率在上述2种方法之间,电泳图清晰,而且改良CTAB法提取的总RNA,经RT-PCR获得了清晰的特异性条带。表明改良CTAB法提取的总RNA纯度和产率高,完全可以满足进一步分子生物学研究的需要,是血红鸡爪槭叶片总RNA提取的适宜方法。