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Ku70作为RNA解旋酶调节miR-124的加工成熟及神经细胞的分化
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作者 黄皑雪 李睿婷 +8 位作者 赵越超 李洁 李慧 丁学锋 王琳 肖参 刘雪梅 秦成峰 邵宁生 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1418-1433,共16页
目的Ku70蛋白主要通过其DNA结合特性参与双链DNA断裂(DSB)的非同源端连接(NHEJ)修复,有报道称其具有RNA结合功能,本文探索Ku70是否具有RNA解旋酶活性并影响miRNA加工成熟。方法利用RNA免疫共沉淀(RIP)测序结合生物信息学分析Ku蛋白结合... 目的Ku70蛋白主要通过其DNA结合特性参与双链DNA断裂(DSB)的非同源端连接(NHEJ)修复,有报道称其具有RNA结合功能,本文探索Ku70是否具有RNA解旋酶活性并影响miRNA加工成熟。方法利用RNA免疫共沉淀(RIP)测序结合生物信息学分析Ku蛋白结合的RNA;蛋白质印迹法(Western blot,WB)结合定量反转录PCR(qRTPCR)检测Ku蛋白与miRNAs的表达关系;生物膜干涉技术(BLI)实验分析Ku蛋白与RNA的结合能力;电泳迁移率变动分析(EMSA)实验确定Ku70及Ku80的RNA解旋酶活性;形态学检测结合WB分析Ku70调节miR-124引起的神经细胞功能变化;免疫荧光结合形态学分析寨卡病毒(ZIKV)感染后Ku70及miR-124的变化与神经元分化关联。结果研究发现,Ku70蛋白具有RNA解旋酶活性,并通过其RNA解旋酶活性影响miRNA加工成熟。Ku70缺失引起许多miRNAs上调,其中包括神经细胞特异的miR-124。在人神经前体细胞(h NPCs)和人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)中敲低Ku70可促进miR-124的成熟,从而导致上述细胞向神经元分化。本文进一步发现,ZIKV感染影响了Ku70及miR-124的表达,导致细胞形态的分化。结论本研究揭示了Ku70的一种新功能,即Ku70有可能参与miRNA的成熟调控和神经细胞的分化,并且可能是ZIKV病毒致小头症的原因之一。 展开更多
关键词 KU70 RNA解旋酶 mirna加工成熟 miR-124 神经元分化
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大豆干旱胁迫下miRNA与mRNA荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量:15
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作者 刘伟灿 王骐 +10 位作者 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第2期61-67,共7页
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为... 【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为候选内参基因,利用GeNorm和NormFinder程序对10个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下,大豆根、叶片中,成熟miRNA定量最合适的单个内参基因分别为miR156a、miR167a,最合适的内参基因组合分别为miR1520d与miR156a、miR1520d与miR167a。前体miRNA和靶基因mRNA定量最合适的单个内参基因分别为Fbox、Act11,最合适的内参基因组合分别为Act11与Fbox、Act11与EF1A。【结论】筛选出大豆干旱胁迫条件下成熟miRNA、前体miRNA及其对应靶基因mRNA的荧光定量PCR的内参基因,最稳定内参基因数目为2个。 展开更多
关键词 大豆 干旱胁迫 荧光定量PCR 内参基因 成熟mirna 前体mirna 靶基因mRNA
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获得构建miRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法
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作者 李嘉熙 宋刘梅 +6 位作者 王美晨 蓝茜 李玥 刘莉 王璇 韩燕 李冬民 《中国医学教育技术》 2013年第5期546-549,共4页
近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase&... 近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase"数据库获得pre-miRNA在"Ensembl"数据库的位置链接;然后在"Ensembl"数据库内获得pre-miRNA在基因组上的位置及碱基序列;最后在pre-miRNA序列导出窗口5'和3'侧翼序列输入框内填写所需侧翼序列的长度,进而获得pre-miRNA及其侧翼的DNA序列。 展开更多
关键词 “miRBase”数据库 “Ensembl”数据库 成熟mirna mirna前体(precursormicroRNA pre-mirna) pre-mirna侧翼
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miRNA的生物合成过程 被引量:15
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作者 李伟 金由辛 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期707-711,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,通常为18~25nt长,能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控.近几年来,在动物细胞和植物组织中,上百种miRNA被陆续发现.... MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,通常为18~25nt长,能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控.近几年来,在动物细胞和植物组织中,上百种miRNA被陆续发现.这些小分子调控RNA是从60~200nt的具有发夹状结构的前体中被切割出来而成熟的,在动物细胞中,miRNA基因的转录初产物(pri-miRMA)很快被一种核糖核酸酶ⅢDrosha加工成为miRNA前体(pre-miRNA),然后由细胞核转运至细胞质中,经另一种核糖核酸酶ⅢDicer识别剪切为成熟miRNA.对这一过程进行了简要的综述,并且对植物miRNA的成熟过程也进行了探讨.对miRNA的生物合成过程的深入了解,将有助于研究这一类起重要调控作用的RNA是如何行使功能的,从而进一步研究其在生长发育及各种疾病中所起的重要作用. 展开更多
关键词 mirna成熟 mirna mirna初级转录产物 mirna前体
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miRNA研究进展 被引量:10
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作者 刘强 郑秀峰 辛永红 《重庆医学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第15期1970-1972,共3页
关键词 mirna成熟 mirna mirna初级转录产物 mirna前体
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Novel Tuning Buttons in Tomato Fruit Ripening:miRNAs and siRNAs
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作者 Jinhua ZUO Qing WANG +4 位作者 Zheng JU Dongyan CAO Benzhong ZHU Yunbo LUO Lipu GAO 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2016年第7期1541-1545,共5页
Tomato has emerged as an emblematic model plants for fleshy fruit research and tomato fruit ripening is a complex and highly coordinated developmental process.The many physiology and biochemical processes associated w... Tomato has emerged as an emblematic model plants for fleshy fruit research and tomato fruit ripening is a complex and highly coordinated developmental process.The many physiology and biochemical processes associated with tomato fruit ripening require changes in the expression of hundreds to thousands of genes.Gene expression is regulated by transcriptional and post-transcriptional pathways,one of the recently discovered mechanisms in plants was small RNAs mediated gene silencing at post-transcriptional(PTGS) level.Intriguingly,several mi RNAs and endogenous si RNAs were revealed to be involved in the fruit ripening process which opened a new avenue in the field of fleshy fruit biology.This review compiled the most recent advances made in deciphering the regulation functions of mi RNAs and si RNAs in tomato fruit ripening.It also emphasized the new perspectives now possible in the small RNAs regulation research in tomato fruit ripening and senescence. 展开更多
关键词 tomato siRNAs hundreds developmental emphasized Ethylene biochemical endogenous coordinated mirnas
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microRNAs的SNPs研究进展 被引量:2
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作者 张谊 《西昌学院学报(自然科学版)》 2013年第1期7-13,共7页
miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究... miRNAs是一类重要的基因调节因子,已有的研究表明它在生物体发育、细胞增殖、凋亡、脂类代谢、激素分泌以及肿瘤发生等多种生理和病理过程中发挥重要作用。本文通过对pre-miRNAs、成熟miRNAs、miRNAs的靶基因以及畜禽miRNAs的SNP的研究情况进行综述,对miRNAs的SNP在未来可能的为人类疾病治疗、提高畜禽生产性能方面的作用进行思考。 展开更多
关键词 microRNA pre—microRNAs 成熟mirnas mirnas靶基因 SNP
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落叶松体胚发育中5个miRNA前体与成熟体的表达 被引量:13
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作者 张俊红 张守攻 +3 位作者 吴涛 韩素英 杨文华 齐力旺 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期462-473,共12页
利用同源比对或RACE克隆了5个落叶松(Larixleptolepis)miRNA前体。结果显示,在各物种miRNA前体间,成熟序列高度相似,但其它序列相似度差异大,序列相似度与亲缘关系有关。采用qRT-PCR分析了5个miRNA、前体和靶基因在落叶松体胚8个发育阶... 利用同源比对或RACE克隆了5个落叶松(Larixleptolepis)miRNA前体。结果显示,在各物种miRNA前体间,成熟序列高度相似,但其它序列相似度差异大,序列相似度与亲缘关系有关。采用qRT-PCR分析了5个miRNA、前体和靶基因在落叶松体胚8个发育阶段的表达变化。结果显示,miRNA表达最高峰出现在后期子叶胚,暗示与促进胚胎休眠有关;表达次高峰出现时期不同,表现为miR397和miR408在PEMIII,miR398在早期单胚,miR156和miR166在早期子叶胚,表明其与保持薄细胞壁、质子传递、顶端分生组织形成等调控有关。miRNA成熟体表达与前体含量不呈线性相关,可能受多重调控。研究结果对于阐明MIR基因进化、表达调控及在体胚发育中的调控功能具有重要理论意义。 展开更多
关键词 表达分析 落叶松 mirna成熟 mirna前体 体细胞胚胎发生
原文传递
猪microRNA-17-92基因簇分析
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作者 柳樱子 荆晓燕 +3 位作者 张彩霞 宋艳芳 刘娣 杨秀芹 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第7期25-29,共5页
为了分析猪microRNA-17-92基因簇的结构和表达特性,试验采用生物信息学方法分析其序列保守性、PCR产物直接测序的方法检测其在民猪、荷包猪和大白猪中的多态性,并利用荧光定量PCR技术构建其原初转录本和成熟microRNA-18a的组织表达谱。... 为了分析猪microRNA-17-92基因簇的结构和表达特性,试验采用生物信息学方法分析其序列保守性、PCR产物直接测序的方法检测其在民猪、荷包猪和大白猪中的多态性,并利用荧光定量PCR技术构建其原初转录本和成熟microRNA-18a的组织表达谱。结果表明:microRNA-17-92基因簇各成熟miRNA在猪、人、小鼠、鸡和非洲爪蟾等物种中高度保守;在microRNA-17-92基因簇3'侧翼区发现一个SNP位点,为中度多态,各等位基因在民猪、荷包猪和大白猪群体中具有相似的频率;microRNA-17-92的原初转录本和成熟microRNA-18a普遍表达于所检测的组织中,但表达模式存在差异。说明猪microRNA-17-92基因簇各成熟miRNA受到严格的表达调控。 展开更多
关键词 microRNA-17-92 原初转录本 成熟mirna 荧光定量PCR 多态性 表达
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MiR-34c在奶山羊雄性生殖干细胞增殖分化中的作用 被引量:3
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作者 刘超 武思宇 华进联 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期569-577,共9页
microRNA(miRNA)在奶山羊雄性生殖细胞和精子发生过程有重要的调控功能。为研究miR-34c对雄性生殖干细胞增殖与分化中的作用,本文利用视黄酸效应基因8(Stra8)在雄性生殖细胞中随年龄增长,以其表达量上调的表达特征为指针,使用实时定量PC... microRNA(miRNA)在奶山羊雄性生殖细胞和精子发生过程有重要的调控功能。为研究miR-34c对雄性生殖干细胞增殖与分化中的作用,本文利用视黄酸效应基因8(Stra8)在雄性生殖细胞中随年龄增长,以其表达量上调的表达特征为指针,使用实时定量PCR技术筛选分析miRNAs。结果发现,miR-34c与Stra8的表达规律基本一致。在无精症奶山羊的睾丸组织中,发现miR-34c在无精症奶山羊睾丸组织中表达缺失。利用miR-34c模拟物及抑制剂转染奶山羊雄性生殖干细胞,体外转染miR-34c模拟物及其抑制剂,发现miR-34c能够下调Rarg、Stra8与c-Myc基因的表达,减缓奶山羊雄性生殖干细胞的增殖。结果提示,miR-34c可能具有调控奶山羊雄性生殖干细胞的减数分裂的作用,同时抑制其增殖。 展开更多
关键词 视黄酸效应基因8(Stra8) mirna mirna前体与成熟体miR-34c 雄性生殖干细胞 奶山羊
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半巢式荧光定量PCR快速检测登革Ⅰ型病毒成熟microRNA方法的建立 被引量:4
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作者 滕娟 潘林奇 +4 位作者 李晓杰 何声梅 周文雄 陈莉 陈丽 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第6期554-557,共4页
目的建立外周血中登革病毒微小RNA检测方法,探讨其作为登革热病毒感染生物标记物的可行性。方法设计并筛选半巢式实时荧光定量PCR检测登革病毒miRNA引物,验证方法的灵敏度、特异性和重复性。结果设计的登革病毒茎环引物和扩增引物可区... 目的建立外周血中登革病毒微小RNA检测方法,探讨其作为登革热病毒感染生物标记物的可行性。方法设计并筛选半巢式实时荧光定量PCR检测登革病毒miRNA引物,验证方法的灵敏度、特异性和重复性。结果设计的登革病毒茎环引物和扩增引物可区分健康人和登革热Ⅰ型感染者;重复试验确定Ct≤35为登革病毒感染阳性,Ct〉35为阴性,同一样品内相对标准偏差(RSD)为0.05%,样品间的相对标准偏差(RSD)为0.15%,总体样品的相对标准偏差(RSD)为5%;该方法检测miRNA的灵敏度为1×10^(-7)μmol/L,检测1~10^(-4)μmol/L内的miRNA呈良好的线性关系。该方法也显示了较好的特异性。结论成功建立了半巢式SYBR GreenⅠ荧光定量qRT-PCR检测Ⅰ型DENV的miRNA方法。外周血中成熟的miRNA可以作为一种潜在的DENV感染生物标志物。 展开更多
关键词 成熟mirna 登革病毒Ⅰ型 半巢式 荧光定量PCR
原文传递
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