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患病异育银鲫中嗜冷黄杆菌的分离鉴定及组织病理学观察
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作者 姜虎成 李润波 +4 位作者 赵彦华 徐晓雁 孙梦玲 夏爱军 薛晖 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期92-104,共13页
为确定越冬期内江苏多地异育银鲫暴发性死亡的原因,本研究利用高通量测序比较了健康样品和患病样品的微生物群落多样性和结构组成的差异,分析了异育银鲫病害暴发过程中的细菌类型及特性。结果显示,在属水平上,患病样品中黄杆菌属丰度最... 为确定越冬期内江苏多地异育银鲫暴发性死亡的原因,本研究利用高通量测序比较了健康样品和患病样品的微生物群落多样性和结构组成的差异,分析了异育银鲫病害暴发过程中的细菌类型及特性。结果显示,在属水平上,患病样品中黄杆菌属丰度最高。在种水平上,患病样品中嗜冷黄杆菌的丰度最高,分别达到63.01%和61.31%,显著高于健康组的1.55%。根据微生物群落特征分析结果,从患病样品体表的病灶处分离出优势病原菌NJ01,通过细菌形态学、生理生化分析、16S rDNA序列比对确定NJ01菌株为嗜冷黄杆菌。人工感染NJ01菌株14 d后,1.7×10^(6)和1.7×10^(7) CFU/mL两组的死亡率达到100%,感染症状和自然发病症状一致。组织病理学观察发现,病鱼的肌细胞坏死,间质中充满了淋巴细胞;肝脏中细胞溶解坏死,细胞核消融;在脾脏中发现脾细胞散在坏死,伴随着充血的症状;肾小管上皮脱落,肾间质存在大量淋巴细胞。药物敏感实验结果显示,NJ01菌株对头孢西叮、头孢哌酮、庆大霉素和克拉霉素等敏感。研究表明,优势菌NJ01是致病菌,可通过扰乱机体正常的免疫和代谢功能导致疾病的发生。本研究首次报道了嗜冷黄杆菌在异育银鲫中的致病性,这将为大宗淡水鱼“越冬综合征”的药物防治及其致病机理研究提供参考依据。 展开更多
关键词 异育银鲫 嗜冷黄杆菌 扩增子分析 分离鉴定 致病性 耐药性
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施氮对农用地膜表面微生物群落特征的影响
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作者 吉德昌 吴传发 +2 位作者 李诗彤 汪景宽 丁凡 《湖南生态科学学报》 CAS 2024年第1期11-18,共8页
【目的】农用地膜表面是塑料降解菌筛选、动植物病原菌定殖及抗生素抗性基因富集的潜在热点区域,但地膜表面招募微生物的群落基本特征仍不明确,一定程度上限制了我们对地膜表面微生物定殖过程的理解。【方法】本研究基于地膜覆盖和施氮... 【目的】农用地膜表面是塑料降解菌筛选、动植物病原菌定殖及抗生素抗性基因富集的潜在热点区域,但地膜表面招募微生物的群落基本特征仍不明确,一定程度上限制了我们对地膜表面微生物定殖过程的理解。【方法】本研究基于地膜覆盖和施氮长期定位试验,2021年秋季采集覆膜当季的地膜样品,利用高通量测序分析了地膜表面的细菌与真菌群落特征。【结果】地膜表面细菌以蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)为主,而真菌以座囊菌纲(Dothideomycetes)为主。地膜及土壤表面均产生肉眼可见的绿色絮状微生物菌落,这说明了覆膜对地表微气候的改善有利于地衣系统的发育。施氮间接提高微生物群落α多样性,但不改变β多样性。同时,与对照相比,施氮增加了地膜表面细菌中芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)相对丰度约160%,并分别提高了真菌中银耳纲(Tremellomycetes)和囊担菌纲(Eurotiomycetes)的相对丰度4.8倍和3.9倍。此外,地膜表面的细菌群落比真菌群落对施氮的响应更敏感。【结论】地膜表面是微生物的一个独特生境,施氮可间接影响地膜表面的微生物群落特征。 展开更多
关键词 地膜覆盖 微生物定殖 扩增子分析 地衣 施氮
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基于高通量测序的表层水体纤毛虫多样性评估方法比较与优化
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作者 万圆圆 赵峰 +2 位作者 王超锋 张越 徐奎栋 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期83-96,共14页
基于扩增子的高通量测序技术广泛应用于微型生物多样性的研究,不同的测序手段和数据分析流程,影响着微型生物多样性与群落结构的分析结果。本研究以易于形态鉴定的砂壳纤毛虫作为研究对象,比较DNA测序、RNA测序和形态学方法检获的多样... 基于扩增子的高通量测序技术广泛应用于微型生物多样性的研究,不同的测序手段和数据分析流程,影响着微型生物多样性与群落结构的分析结果。本研究以易于形态鉴定的砂壳纤毛虫作为研究对象,比较DNA测序、RNA测序和形态学方法检获的多样性和物种组成等,探究序列分析流程中关键步骤:嵌合体处理、可操作分类单元分析方法选择、合并相似分类单元以及去除稀有类群等对多样性结果的影响。研究结果显示无论基于DNA还是RNA的分子手段与形态学方法检获的主要物种基本一致,与DNA测序相比,RNA测序检获的物种数少,但差异不显著。基于97%以上相似度聚类和单核苷酸变异所得群落结构相似,无显著差异;且所有分析方法都能在一定程度上反映出自然界中不同类群的相对丰度。相较于单核苷酸变异和其他相似度阈值,99%相似度下聚类所得多样性更为接近形态学结果。去除嵌合体和稀有类群(去除阈值:DNA测序0.05%;RNA测序0.07%),可明显改善分子多样性虚高的问题。本研究为纤毛虫等真核微生物的分子多样性研究提供了科学的数据分析流程,对未来真核微生物多样性研究具有指导意义。 展开更多
关键词 高通量测序 扩增子分析 方法学比较 纤毛虫 分子多样性
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PCR AMPLIFICATION, MOLECULAR CLONING,DNA SEQUENCE ANALYSIS AND IMMUNO/PROTECTION IN BALB/C MICE OF THE 33 kDa ENDOFLAGELLAR PROTEIN OF L.INTERRORGANS SEROVAR LAI
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作者 戴保民 陈庄 +2 位作者 阎和平 赵慧业 李胜富 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 1997年第1期15-21,共7页
A pair of oligonucleotide primers were designed to amplify the endoflagella gene of L. Interrogans serovar lai. An approximately 840 bp fragment was generated with PCR and inserted into plasmid pUC8,after the fragment... A pair of oligonucleotide primers were designed to amplify the endoflagella gene of L. Interrogans serovar lai. An approximately 840 bp fragment was generated with PCR and inserted into plasmid pUC8,after the fragment and pUC8 were digested respectively with BamHI and PstI. A recombinant plasmid (designated as pLF1 ) was obtained. SDS-PAGE analysis indicated that a 33 kDa was expressed in E. Coli JM103 harboring pLF1 and the expression level of the protein was 11 % of the total bacterial soluble proteins. Western blot analysis showed that the protein band could be recognized by the antiserum against the endoflegella (Axial filament ) of Leptospira interrt,gans serover lai. Nucleotide sequence data showed an open reading frame encoding 282 aminoacids residues,corresponding to a protein of molecular weight 33. 6kDa. Comparison of the deduced endoflagellar subunit protein (flaB) amino acid sequence with flagellins from other bacteria revealed a high level of identity with the Trehoema pallid um flaB proteins. Immunization/protection experiment was performed on the model of BALB/C mice and showed that there was higher survival rate in the group JM103-pLE1 than in the group JM103-pUC8. 展开更多
关键词 LEPTOSPIRA endoflagellin sequencing
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混合菌剂施用对加工番茄生长及根际功能性微生物 群落的影响 被引量:1
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作者 周皓 范永斌 +5 位作者 姚楠 陈珂玓 范方斌 包少杰 王爱英 张革 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5363-5375,共13页
【背景】加工番茄为新疆种植红色产业重要的作物之一,加工番茄生产中存在传统配料过度施用的问题,“生物肥”逐渐受到人们关注。【目的】探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,激发根际土壤功能性微生物种群的变化,为未来微生物菌剂的开发... 【背景】加工番茄为新疆种植红色产业重要的作物之一,加工番茄生产中存在传统配料过度施用的问题,“生物肥”逐渐受到人们关注。【目的】探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,激发根际土壤功能性微生物种群的变化,为未来微生物菌剂的开发利用提供理论和实践基础。【方法】加工番茄根际施加微生物混合菌剂,测定加工番茄生长发育期间的农艺性状,探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,利用16S rRNA基因扩增子分析技术,探究混合菌剂对根际微生物的群落组成及群落结构的影响。【结果】经过混合菌剂处理后,加工番茄的一些生长状况指标、果实重量、单株结果数及果实含糖量等性状得到改良,影响了果实的品质;施加混合菌剂激发土壤微生物的种群数量、群落组成和群落结构的改变,其中放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度提高,相关性分析表明对加工番茄生长产生了影响。【结论】加工番茄根际施用特基拉芽孢杆菌C-9与鞘氨醇杆菌A1制备的水分散混合菌剂,对加工番茄根际功能性微生物群落结构产生影响,一些功能性微生物的相对丰度提高,混合菌剂施加促进了根际微生物与植物的相互作用,使得加工番茄果实品质得到改良。 展开更多
关键词 混合菌剂 加工番茄 16S rRNA基因扩增子分析 功能性微生物
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