基于变性泡介导的加速链交换扩增技术在新型冠状病毒核酸检测中的性能分析

运用变性泡介导的加速链交换扩增技术,建立一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的新方法。收集潍坊市第二人民医院检验科1492例疑似SARS-CoV-2样本,以荧光定量PCR结果为参考,计算ASEA-SARS-CoV-2核酸检测试剂盒检测新型冠状病毒样本结果的敏感性、特异性、阳性预测值(PPV)、阴性预测值(NPV)。结果表明:ASEA可在30min内完成核酸扩增,检测限为1000拷贝·mL^(-1)。敏感性为96.7%,特异性为99.9%。该方法可在30min内检测SARS-CoV-2,而之前报道的传统qPCR方法需要数小时。建立了一种基于变性泡介导的加速链交换扩增技术检测新型冠状病毒的新方法。

6种新型冠状病毒核酸检测试剂的检测性能对比观察

目的比较6种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疑似患者咽拭子标本中2019-nCoV的检出率及CT值,以评估不同核酸检测试剂的检测性能。方法采用6种2019-nCoV核酸检测试剂[试剂A(上海辉睿生物科技有限公司)、试剂B(上海捷诺生物科技有限公司)、试剂C(上海伯杰医疗科技公司)、试剂D(上海之江生物科技股份有限公司)、试剂E(圣湘生物科技股份有限公司)、试剂F(中山大学达安基因股份有限公司)]、实时荧光RT-PCR法检测47例COVID-19疑似患者咽拭子标本中的2019-nCoV核酸(ORF1ab、N基因),对其中CT值较小的5份咽拭子标本进行10倍、100倍的稀释后,再次检测2019-nCoV核酸的ORF1ab和N基因。结果试剂A、B、C、E、F对2019-nCoV ORF1ab、N基因阳性检出率及CT值比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。除了试剂D,试剂A、B、C、E、F均能同时检测出不同稀释浓度2019-nCoV核酸阳性咽拭子标本中ORF1ab和N基因。试剂A、B、C、E、F检测3种浓度2019-nCoV核酸的CT值比较,P均>0.05。结论6种2019-nCoV核酸检测试剂中,试剂A、B、C、E、F对COVID-19疑似患者咽拭子2019-nCoV核酸的检出率差异不大,稳定性均较好;试剂D需进一步优化。

新型冠状病毒核酸检测假阳性及假阴性影响因素分析

新型冠状病毒(简称新冠病毒)核酸检测在确诊新冠病毒感染和疫情防控中起重要作用。该文结合工作实践,从检测前、中、后质量控制3个方面分析标本质量、规章制度、人员培训、设备性能、试剂耗材、实验操作及结果判读等多种因素造成假阳性和假阴性结果的原因及应对策略,为探寻提升新冠病毒核酸检测的准确性、多角度优化新冠病毒核酸检测工作提供参考依据。

新型冠状病毒核酸检测复阳患者102例分析

目的分析新疆乌鲁木齐市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)核酸检测复阳患者的临床特征。方法2020年9月至2021年10月,乌鲁木齐国际医院健康管理中心对本土742例COVID-19患者(2020年7~10月)进行随访,选取其中102例核酸检测复阳患者,收集临床资料进行回顾性分析。结果SARS-CoV-2复阳率13.75%。其中男性39例,女性63例,平均年龄36.89岁。首次住院分型:轻型20例,普通型64例,重型+危重型3例,无症状感染者15例。出院后至复阳平均19.04天。合并基础疾病:高血压病11例,糖尿病8例,冠心病4例,慢性支气管炎+哮喘4例,恶性肿瘤2例。实验室检查,血常规淋巴细胞计数及比例降低4例,其余生化指标无明显异常。恢复期胸部CT多表现为胸膜下磨玻璃渗出、胸膜下小结节、纤维索条、纤维灶,多在发病1-2个月后基本吸收。IgM抗体在出院2月后转阴,IgG抗体水平随出院时间的延长逐渐下降,至出院7月时稳定。复阳患者中,N基因单靶标阳性28例(27.4%)。复阳患者中相当一部分核酸检测间歇性阳性直至转阴。复阳患者共居人员随访期间未发现感染病例。结论复阳患者常合并基础疾病。核酸检测相当一部分为单靶标阳性,呈间隙性阳性直至转阴。IgG抗体水平较急性期未出现4倍及以上升高。胸部CT纤维化病灶多在发病后1-2月后吸收好转。复阳患者可能处于新冠病毒感染后恢复期,并不具有传染性。

使用移动微生物检测车远程应急支援新型冠状病毒核酸检测

2021年1月17日,吉林省各医疗机构组建吉林省新型冠状病毒核酸检测队,随同移动微生物检测车支援通化市。本文总结以适应野外环境工作的移动微生物检测车为载体,开展新型冠状病毒核酸检测工作的经验,评估使用移动检测模式应对突发疫情的能力,为未来使用移动微生物检测车远程应急支援新型冠状病毒核酸检测提供参考。

江苏省新型冠状病毒核酸检测实验室能力建设调查

目的了解江苏省各级疾病预防控制机构应对新型冠状病毒的实验室能力情况,为优化省、市和区(县)生物安全实验室网络布局、满足新型冠状病毒肺炎等重大疫情防控多层次检测需求提供政策依据。方法根据新型冠状病毒检测所需的实验室仪器、专业技术人员、实验室备案与质量控制等关键指标制定调查表进行调查,并对调查结果进行统计学分析。结果江苏省共有疾病预防控制机构112家,配备生物安全实验室124个,核酸提取、定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)仪器分别为85和112台,核酸检测专业人员有249人,仅有29个实验室完成PCR备案,全省每日最大检测样本数为5236个,占理论值的74.0%。结论江苏省新冠病毒核酸检测相关的实验室能力尚不均衡。省、市两级生物安全实验室能力建设较好,区(县)级较为薄弱,区(县)级疾病预防控制机构普遍存在仪器设备配备不足和检测人员缺乏等问题,具备核酸检测能力的机构较少;区域资源配置不均衡,苏北地区硬件设施和人员配置相对不足,具备核酸检测能力的机构较少;全省疾病预防控制机构的实验室均存在PCR备案和质量控制管理不完善的问题。

医疗机构新型冠状病毒核酸检测的生物安全管理实践

自2019年12月以来,以我国湖北省武汉市为中心暴发的新型冠状病毒肺炎成为重大突发公共卫生事件。新型冠状病毒核酸检测结果作为确诊依据,急需有条件的临床机构开展检测项目。通过对医疗机构快速开展新型冠状病毒核酸检测工作、做好生物安全管理实践的总结,文章认为严格执行各项规章制度、进行实地演练及培训、注重细节管理,是做好生物安全管理、避免在院内产生次生生物安全危害的有效手段。

咽拭子新型冠状病毒核酸检测的临床价值

目的了解某院新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者的临床资料及咽拭子检查结果,评价咽拭子新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的临床价值,为临床诊断COVID-19提供参考。方法回顾性收集中南大学湘雅医院2020年1月23日—2月18日经SARS-CoV-2核酸检测确诊COVID-19患者病历资料,分析患者临床资料、病毒核酸检测的取样次数、取样方法、标本类型、检测手段等信息。结果28例确诊患者平均年龄(43.78±14.46)岁,男女比例为2.5∶1,46.42%的患者有武汉/湖北旅居史,14.29%的患者与确诊COVID-19患者有密切接触史。患者临床表现以发热(78.57%)、咳嗽(53.57%)为主,实验室检查可见白细胞计数正常(71.43%),淋巴细胞计数下降(53.57%),肺部CT呈多发磨玻璃影(92.59%)及斑片影(70.37%)。28例确诊病例中,发病至确诊的中位时间为5.5 d。首次采集标本SARS-CoV-2检测阳性者18例(64.29%),首次可疑阳性1例;首次阴性(包括可疑阳性),第二次采集阳性者5例(17.86%);前两次采集阴性,第三次采集阳性者2例(7.14%);经四次检测阳性者1例(3.57%);经五次检测后阳性者2例(7.14%)。鼻/口咽拭子采样26例(92.86%),诱导排痰2例(7.14%),经鼻咽拭子、咽拭子、痰标本RT-PCR确诊27例(96.43%),痰标本NGS测序确诊1例(3.57%)。结论COVID-19临床常表现有发热及干咳,但无特异性,仍需依赖SARS-CoV-2核酸检测才能确诊。咽拭子作为发热门诊首选的SARS-CoV-2核酸采集方式具有简便易行的优势,但检测结果呈阴性并不能排除SARS-CoV-2感染。

1844例新型冠状病毒核酸检测及生物安全防护实践

目的通过新型冠状病毒核酸检测实践,探讨实时荧光定量RT-PCR检测新型冠状病毒的质量管理和生物安全防护。方法采集2020年1月30日-2020年2月28日就诊于深圳中医院发热门诊的患者(包括发热患者、湖北旅居者以及密切接触者、外地返深人员)的咽拭子、痰液、肺泡灌洗液、肛拭子等样本,共1844例,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测新型冠状病毒开放读码框1ab(ORF1ab)、核衣壳蛋白(N)基因。结果1844例样本中,检测出阳性病例2例。结论严格的质量控制和有效的生物安全防护保证了新冠核酸检测安全高效的开展,及时准确的检测结果为新冠肺炎的早发现、早诊断、早治疗提供精准依据。

OEC管理模式在新型冠状病毒核酸检测采集中心护理管理中的应用

目的探讨OEC管理模式在医院新型冠状病毒核酸检测采集中心护理管理中的应用效果。方法以我院新型冠状病毒核酸检测采集中心护士为研究对象,选择2020年5月实施常规护理垂直管理为对照组,选择2020年6月实施基于护理垂直管理的OEC管理模式为观察组;比较实施基于护理垂直管理的OEC管理模式前后,护士工作日天气最高温度下,护士的新型冠状病毒核酸样本采集效率,护士工作积极性以及护士工作满意度情况。结果通过实施基于护理垂直管理的OEC管理模式,护士的新型冠状病毒核酸样本采集效率由(27.04±1.49)例/h提升至(33.18±3.45)例/h,护士工作积极性得分由(59.62±2.06)分提升至(72.00±4.10)分,护士工作满意度得分由(256.23±3.83)分提升至(268.38±1.98)分,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论OEC管理模式在医院新型冠状病毒核酸检测采集中心护理管理中的应用,可提升护士进行新型冠状病毒核酸检测采集的工作效率,提高护士工作积极性和满意度。

大规模新型冠状病毒核酸检测需求下城市检测基地的流程设计及改进

新型冠状病毒(简称“新冠病毒”)肺炎疫情发生以来,党中央、国务院多次对提高病毒核酸检测能力做出明确指示和战略部署。2021年1月21日,国务院联防联控机制综合组吉林工作组和吉林省卫生健康委员会紧急抽调经验丰富的检验人员,赴通化地区协助检测基地60名检验人员开展大规模人群筛查。本文总结了大规模新冠病毒核酸检测工作中,城市检测基地的仪器配置、人员配置及工作流程设计思路,为国内其他城市检测基地在可能出现的突发公共卫生事件下进行大规模核酸筛查提供参考。

贵州省新型冠状病毒核酸检测质量现场考核结果分析

目的针对省内34家2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测实验室进行技术考核,确保SARS-CoV-2核酸检测结果的可靠性;对SARS-CoV-2不同厂家的核酸检测试剂盒的检测性能进行比较和分析,为各实验室对试剂盒的选择提供参考依据。方法将10批考核品(3批阴性、2批弱阳性、5批阳性)分别下发给各检测机构,并选取6种国产试剂(A^F)进行检测,34家检测机构分别选取一种试剂对这10批考核品进行RNA提取和扩增,根据各检测机构的检测结果与考核品预期结果的比较,分析各检测机构的检测能力以及不同厂家试剂的性能。结果34家检测机构参与考核,在规定时间内收到30家的结果反馈,这30家检测机构的检测结果总符合率为100%,其中阳性样品符合率、阴性样品符合率、全省疾控系统总符合率、全省医疗机构总符合率、第三方机构总符合率均为100%。本次考核,共涉及6个厂家试剂,各试剂检出率均为100%;试剂A检测结果的平均循环阈值(Ct值)较试剂B小,且试剂A检测结果的变异系数(CV)波动较试剂B小,在9%~12%之间波动,而试剂B的CV波动在6%~18%,由此可见,试剂A的批间重复性较试剂B要好。在弱阳性样品202002和202006的检测中,试剂B的重复性均较试剂A好。结论核酸检测阳性率低的问题,主要是由患者疾病发展过程、标本采集、标本保存与运输等问题引起,与指定核酸检测机构的检测能力及试剂质量关系不大。

新型冠状病毒核酸检测的性能验证及评价

目的验证实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)检测系统的主要性能。方法参考《医学实验室质量和能力的要求》第1部分通用要求GB/T22576.1-2018和第10部分分子生物检验学领域的要求GB/T22576.10-2018对该实验室RT-qPCR检测SARS-CoV-2核酸的检测系统的符合率、重复性、检出限、抗干扰能力、交叉反应等性能特征进行验证及评价。结果该实验室与国家卫生健康委临床检验中心2020年第1、2次SARS-CoV-2室间质评标本的阳性符合率为92%,阴性符合率为100%,总符合率为95%,其中有1例阳性标本未检出阳性,系标本浓度低于最低检测限;弱阳性标本检测的靶基因ORF-1ab和N的Ct值的批内变异系数(CV)分别为1.38%和1.16%,批间CV分别为1.84%和1.72%,均小于5%;检测限浓度(500 copies/mL)标本5次重复检测SARS-CoV-2核酸结果均为阳性;在加入严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、磷酸盐缓冲液(PBS)、人冠状病毒NL63(NL63)、人冠状病毒HKU1(HKU1)、人冠状病毒229E(229E)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)、人冠状病毒OC43(OC43)等标本检测中,SARS-CoV-2核酸检测结果均为阴性;在混有血液≤50%、黏蛋白≤0.9 mg/mL等内源性干扰物质的弱阳性标本检测中,SARS-CoV-2核酸检测结果均为阳性。结论RT-qPCR检测SARS-CoV-2核酸的检测系统的各项性能特征与厂家声明相符,可满足预期用途,适用于SARS-CoV-2的临床常规筛查检测。

3种新型冠状病毒核酸检测试剂对120份样本检测结果的比较与分析

目的对市售的3种国产新型冠状病毒核酸检测试剂(实时荧光RT-PCR法)的检测结果进行比较和分析,以供检测机构参考。方法采用3种核酸检测试剂(实时荧光RT-PCR法)对120份新冠肺炎病人和密切接触者的咽拭子、尿液、唾液和粪便样本进行平行检测,运用SPSS20软件采用卡方检验对检测结果进行分析。结果120份样本中,3种试剂阳性率分别为42.50%(51/120)、39.17%(47/120)和41.67%(50/120),阳性检出率无统计学差异(χ2=0.298,P>0.05),对4种样本检测阳性检出率,差异无统计学意义(P>0.05)。3种试剂检测结果一致的有89份。检测结果一致性从高到低为:A试剂和C试剂>B试剂和C试剂>A试剂和B试剂。结论由于不同厂家试剂灵敏度和准确性不同导致检测结果和检测一致性存在差异,提示试剂厂家需进一步优化性能,提高检测灵敏度和准确性,同时各检测机构应采取多种质控方法以确保新冠病毒核酸检测准确性,以便更好地为疫情防控、病人救治提供科学依据。

CLSI EP23-A在新型冠状病毒核酸检测实验室风险管理中的应用

目的将美国临床和实验室标准化协会(CLSI)EP23-A应用于新型冠状病毒核酸检测实验室风险管理,以降低新型冠状病毒核酸检测过程中的潜在风险,提供更加准确、及时的检测结果。方法从人员、仪器、试剂、方法、环境等实验室关键要素中识别潜在风险,参考CLSI EP23-A风险矩阵,根据风险严重程度、风险发生频率进行危害程度分级,然后针对评估出来的高风险因素采用鱼骨图寻找要因,采取预防措施,降低风险。结果在新型冠状病毒核酸检测过程中评估出不可接受的高风险因素包括实验室污染导致结果假阳性及突发事件处置不当。通过加强人员培训、考核与监督,细化突发事件处置流程,定期实施应急演练等措施进一步控制,可降低新型冠状病毒核酸检测过程中的潜在风险。结论通过对新型冠状病毒核酸检测实验室进行风险评估与管理,有利于降低检测过程中存在的风险,持续提高新型冠状病毒核酸检测的质量。

37家实验室新型冠状病毒核酸检测室间质评结果分析

目的调查我省新型冠状病(2019-nCoV)毒核酸检测能力,以保证检验质量。方法37家实验室均按《新型冠状病毒肺炎实验室检测技术指南》第五版要求行ORFlab和N两个基因靶标检测,各实验室分别发放5份不同批号的质控样本,与病人样本一起检测。结果1.202013和202015两个批号合格率为97.3%,其它三个批号合格率均为100.0%;2.ORFlab基因靶标的Ct值广州中山达安生产的试剂组略高,高、中、低浓度组分别为24.59±2.83,27.9±2.81,31.42±3.41。N基因Ct值其它组最高,高、中、低浓度组分别为23.89±3.02,27±2.82和29.95±2.91。结论各实验室检测结果较为理想;不同厂家试剂检测不同浓度样本结果较为一致;检测同一样本的靶核酸ORFlab基因区和N基因区的Ct值有明显差别。

新型冠状病毒核酸检测高循环阈值情况分析

目的探讨新型冠状病毒核酸检测出现高循环阈值(Ct值)情况的原因。方法用实时荧光RT-PCR法检测疑似新型冠状病毒肺炎患者鼻咽拭子、肛拭子样本新型冠状病毒核酸,回顾性分析Ct值处于33~38的高Ct值样本在同一患者重复采样检测、不同品牌基因扩增仪检测及不同实验室相同型号仪器检测情况下结果的一致性。结果8例单靶位高Ct值阳性患者次日重复采样检测结果双靶标均为阴性。7例高Ct值样本有6例同一样本核酸在LC480及ABI 75002台扩增仪上检测结果不一致,包括ORF1ab基因检测结果不一致4例,N基因不一致4例,其中ORF1ab基因和N基因均不一致2例。5例高Ct值样本不同实验室相同基因扩增仪结果均不一致。结论该病毒核酸检测高Ct值时结果重复性较差,需要其他检测方法同时进行补充检测。

以组队模式考核450名新型冠状病毒核酸检测人员技能的结果分析

目的以组队检测模式调查当前在应对疫情防控中大量培训的新型冠状病毒核酸检测后备人员的技术能力,考查团队检测效率,为后续有重点地提高核酸检测人员技能水平、提升整体应对疫情的检测能力提供数据依据。方法从全省各地市医疗机构、疾控中心和第三方实验室的PCR岗位证名单中按一定比例随机抽调450人,每15人1组,共组建30支组队,按照团队合作模式对每个人的实验技术、检测知识储备以及团队的多个方面进行竞技与考核。按新型冠状病毒核酸检测全过程,分为试剂配制考点、核酸提取A步骤和B步骤考点以及核酸扩增考点,按照每个考点的评分细则给每个选手的实验操作进行评分;设置个人面试,分为PCR结果解读和综合理论论述,对每位选手的理论知识进行考核。结果2020年培训的新证人员各项成绩均低于2019年以前培训的老证人员,且内部差异明显;移液器吸样不准、出现加样错误和手套污染样本的失误率分别为30.30%、21.10%和17.20%,移液器走位不规范、加样超时和未确认加样的失误率分别为34.4%、22.5%和15.0%。组队最终检测结果的准确性与组队的技术成绩呈正相关。队伍前期组织过1~3 d集训的地市成绩显著高于没有组织过集训的地市。结论对2020年新培训的新证人员要加强理论培训,尤其加强PCR结果解读的技术培训。提前开展核酸检测机动队的演习,磨合团队配合,落实技术和流程,确保在疫情出现最初就具备高效检测的能力。

不同因素对新型冠状病毒核酸检测结果的影响分析

目的研究不同因素对新型冠状病毒(COVID-19)核酸检测结果的影响。方法以2 122例送检的标本为研究对象,通过样本采集人员及检测人员培训前后结果比对、样本不同采集部位、同一厂家不同核酸提取方法、不同生产厂家核酸检测试剂等方面进行研究,验证不同因素对新型冠状病毒核酸检测的影响。结果样本采集人员检测结果的Ct值和ΔRn值差异均有统计学意义(P<0.05);实验室检测人员培训前后检测结果Ct值和ΔRn值差异均有统计学意义(P<0.05);鼻咽拭子的混合样本与咽拭子样本检测结果的Ct值和ΔRn值差异有统计学意义(P<0.05);不同核酸提取方法检测结果的Ct值和ΔRn值差异有统计学意义(P<0.05),核酸A260/280比值差异有统计学意义(P<0.05)。6种国产试剂均能检出阳性标本,但将阳性标本进行1∶256倍稀释后E检测试剂仍能检出阳性标本。结论分析新型冠状病毒核酸检测前、中2个环节中的多种影响因素,防止假阴性、假阳性等错误报告的产生。

PDCA循环法在新型冠状病毒核酸检测室内质控中的效果评价

目的评价PDCA循环法对新型冠状病毒核酸检测室内质控管理的应用效果,促进室内质控规范化、标准化和精细化。方法采用回顾性分析对该院2021年3月至2022年8月进行新型冠状病毒核酸检测的室内质控数据进行阶段性分析,分为对照组(2021年3-8月);观察1组[持续改进第1阶段(2021年9月至2022年2月)],较对照组优化了工作制度、室内质控文件体系,增加了质控记录信息化;观察2组[持续改进第2阶段(2022年3-8月)],比较观察1组分类统计不同仪器试剂质控数据并优化了室内质控失控分析流程。比较3组阳性质控失控率、质控记录缺失率、标本复查率、翘尾率及每月统计分析平均耗时。结果对照组:共分析检测3029批次,检测226158管,阳性质控失控率≈0.13%,质控记录缺失率为0.86%,每月统计分析平均耗时约40 min,标本复查率和翘尾率无相关记录;观察1组:共分析检测3530批次,检测214374管,阳性质控失控率为0.82%,质控记录缺失率为0.00%,每月统计分析平均耗时约10 min,标本复查率为0.66%,翘尾率为0.10%;观察2组:共分析检测3550批次,检测203571管,阳性质控失控率为0.14%,质控记录缺失率为0.00%,每月统计分析平均耗时约2 min,标本复查率为0.46%,翘尾率为0.04%。观察1组质控记录缺失率和每月统计分析平均耗时均明显低于对照组,观察2组标本复查率、翘尾率及每月统计分析平均耗时均明显低于观察1组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论通过PDCA循环法对新型冠状病毒核酸检测室内质控流程持续改进,效果明显。