深圳散发腹泻患者札如病毒的检测及型别分析

目的了解深圳地区札如病毒(sapovirus,SaV)的感染情况和流行病学特征。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法对收集的852份腹泻患者粪便标本进行SaV检测,PCR产物测序进行核苷酸序列比对构建系统发生树并进行同源性比较。结果检出SaV阳性株16例,阳性率为1.88%。同源性比较发现8例为SaVGI型,7例GIV型,1例GII型。结论深圳地区存在SaV感染,主要基因型为GI型;首次报道中国存在SaVGIV型,与先前检出的安徽株A141和北京株CHN99/BJ360均不同,说明SaV感染在中国存在基因多样性,为进一步研究SaV感染情况提供了流行病学及基因型别基本资料。

2019年苏州市相城区1起幼儿园札如病毒聚集性疫情调查

目的了解苏州市相城区某幼儿园1起由札如病毒引起的聚集性疫情。方法运用描述性流行病学方法,分析聚集性疫情流行病学特征。采集病例肛拭子、呕吐物和粪便以及环境样本,进行可疑病原体PCR核酸和致病菌检测。结果 2019年9月1—6日,通过病例搜索共发现病例16例,确诊病例8例,临床诊断病例8例。临床症状以呕吐为主(16例,占100.00%)。发病至痊愈间隔平均为2.50 d,就诊组为2.12 d,未就诊组为2.88 d,差异无统计学意义(t=-1.33,P=0.21)。发病时间主要集中在9月5日16:00—9月6日10:00,呈现点源传播方式,病例全部分布在小三班,罹患率为40.00%(16/40)。病例样本核酸检测诺如病毒、轮状病毒、星状病毒均为阴性,札如病毒阳性9份,阳性率50.00%,确诊病例8例,其1例肛拭子和粪便均为札如病毒阳性。环境样本检测诺如病毒、沙门菌和志贺菌均为阴性。结论本次疫情是一起札如病毒引起的胃肠炎聚集性疫情,教室内接触可能是主要传播途径。

韩国猪场的猪诺如病毒和札如病毒

猪诺如病毒(NoVs)和札如病毒(SaVs),同属于杯状病毒科,是引起人类感染的潜在动物病原体,常见于亚洲国家。本研究从韩国64个猪场收集了537份猪粪样,经半巢式RT-PCR检测结果发现,其中10份(1.9%)含有猪诺如病毒(NoVs);经RT-PCR检测结果发现,其中60份(11.2%)含有札如病毒(SaVs),从而表明,韩国猪场中存在这两种病毒的感染。猪NoVs株与诺如病毒属GⅡ的11和18基因型有一定的遗传相关性;猪SaV株与猪肠道嵌杯样病毒及已在韩国猪场鉴定出的扎如病毒属GⅢ基因型有一定的遗传相关性,但NoV和SaV不会同时感染同一头猪。本研究首次报道了韩国猪NoVs。

西宁地区婴幼儿腹泻病例中检测札如病毒分析

目的分析西宁地区5岁）及以下儿童引起病毒性腹泻的主要病原。方法收集2011年3月～11月在青海省妇女儿童医院就诊的5岁以下腹泻儿童病例的粪便标本，采用多重RT-PCR方法对标本进行腹泻病毒核酸检测。结果共采集标本241例，经核酸检测，共检出札如病毒12例，栓出率为4．98％，栓出诺如病毒14例，检出率为5．81％，轮状病毒25例，检出率为10．37％。结论婴幼儿腹泻病例中除轮状病毒和诺如病毒外，札如病毒也是引起西宁地区婴幼儿腹泻的重要病原。

一起星状病毒和札如病毒混合感染急性胃肠炎聚集性疫情调查

目的:分析上海市松江区九亭镇某幼儿园1起星状病毒和札如病毒混合感染急性胃肠炎聚集性疫情,为有效防控类似事件提供参考。方法:采用描述性流行病学方法,制定病例定义,开展病例搜索,现场调查个案、卫生学等情况,采集病例和重点人群、水、食物及环节样品,运用PCR法检测诺如病毒、轮状病毒、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒核酸。结果:该园共搜索到21个病例,包括2名老师和19名学生。采集病例肛拭子样品9份,5份为札如病毒阳性,2份为星状病毒阳性,1份札如病毒和星状病毒阳性,1份为阴性。厨师、保育员和老师肛拭子样品6份的结果均为阴性。食品样3份、环境样10份、水样3份的结果均为阴性。结论:本次疫情为一起星状病毒和札如病毒混合感染引起的急性胃肠炎聚集性疫情,病例早期未及时发现和隔离而通过接触传播。在严格落实病例隔离治疗、教室及其他公共区域清洁消毒等措施后,疫情得到有效控制。

一起农村介水传播诺如病毒、札如病毒感染性腹泻暴发疫情的流行病学调查

查明杭州市富阳区LS镇一起感染性腹泻暴发疫情的病因,提出针对性防控措施。方法 制定病例定义,进行个案调查,分析病例的三间分布,并做相应的卫生学调查和实验室检测。结果 共报告符合病例定义的病例79例,罹患率11.18%(79/706),疫情持续14天。分组对照调查结果显示,“使用溪水”危险因素有统计学意义。14份病例肛拭子经实验室检测诺如病毒GII型,3份病例肛拭标本中检出札如病毒,2份溪水(1份出厂水、1份水源水)标本检出诺如GII型和札如病毒。结论 本次疫情为一起介水传播的诺如病毒、札如病毒混合感染引起暴发疫情,建议相关部门加强对农村饮用水的管理及水源保护工作,做好村民用水的消毒工作。

青海省2023年札如病毒检测及全基因组测序结果分析

目的对青海省2023年5岁以下腹泻住院病例开展札如病毒监测,初步研究札如病毒阳性率和流行的基因型别,积累我省札如病毒感染的分子流行病学基础资料。方法2023年在青海省妇女儿童医院设立监测哨点,按《全国病毒性腹泻监测方案》(2021版)要求开展5岁以下腹泻住院患儿病毒性腹泻监测,采用荧光定量聚合酶链式反应(real-time PCR)方法检测病例样本,筛选阳性且CT值≤32的样本开展全基因组测序,对札如病毒的VP1基因测序结果进行系统发育树分析、同源性分析、平均遗传距离分析和氨基酸变异位点分析。结果青海省2023年札如病毒监测阳性率3.89%(7/180),VP1基因序列分析显示该株病毒共有6个氨基酸位点发生替换,与中国2013年(MK111629.1)、2014年(MK111630.1)、2015年(MH477433.1)、2016年(KX980412.1)分离株距离相近。该株病毒属于GⅠ.1基因型,是当前我国主要感染基因型。5株参考株之间的核苷酸同源性为93.71%~98.81%,氨基酸同源性为99.29%~99.82%,核苷酸平均遗传距离为0.012~0.067。结论研究发现青海省2023年札如病毒腹泻流行水平与多个省份2020—2023年报道相近。我省首次利用全基因测序方法鉴定札如病毒基因型,通过序列分析表明该株病毒(23-14)为我国流行的优势毒株。该研究为札如病毒感染的分子演化研究提供了序列参考,为今后对病毒性腹泻病原检测和札如病毒分子流行特征分析提供了参考依据。

2019—2023年北京市某区札如病毒聚集性疫情的流行病学和基因特征分析

目的了解北京市某区札如病毒引起的聚集性疫情的流行病学及基因特征分析,为疫情防控提供技术支撑。方法收集2019—2023年北京市某区急性胃肠炎聚集性疫情流行病学调查资料和病例粪便样本,使用实时荧光PCR对A组轮状病毒、GⅠ组诺如病毒、GⅡ组诺如病毒、札如病毒、肠道腺病毒和星状病毒进行检测,对札如病毒阳性样本进行VP1区的基因测序和系统进化分析。结果29起急性胃肠炎聚集性疫情中检出了札如病毒,阳性检出率为12.66%。疫情在5—6月和11月有两个高峰,场所主要集中在幼儿园和小学。共检出5个基因型,分别为GⅠ.6、GⅠ.1、GⅡ.3、GⅠ.2和GⅠ.3。结论GⅠ.6是北京某区聚集性疫情主要流行优势株,应对其进行持续监测,进一步了解札如病毒的分子流行特征。

2020-2022年济南市污水中札如病毒的型别构成及其分子特征

札如病毒(Sapovirus, SaV)具有高度的遗传多样,是引起散发或暴发病毒性胃肠炎的重要病原体之一。为了解中国东部地区人类SaV的流行情况及其基因型多样性,本研究于2020年1月至2022年12月,在山东省济南市采集并处理了36份污水样本,实时荧光定量RT-PCR检测显示33份(91.67%)污水样本为阳性;使用巢式RT-PCR对部分VP1序列进行扩增,电泳显示16份样本为阳性(44.4%);对扩增产物分别进行下一代测序(Next generation sequencing, NGS)和分析,共鉴定出7种SaV基因型,属于GI、GII和GV三个基因群,包括5种主要基因型(GI.1、GI.2、GI.6、GII.1和GV.1)和2种不常见的基因型(GII.3和GII.5);研究期间内,优势基因型在2021年4月前后由GI.2型转换为GI.1型。基于部分VP1序列的系统发生学分析显示本地序列和外来序列在某些分支中聚集,具有密切的亲缘关系。本研究丰富了新冠疫情以来三年内札如病毒的分子流行病学特征,证明了基于NGS的环境污水监测可以增加人们对SaV流行状况的认识,对深入研究我国SaV的分布及流行具有重大意义。

广东省潮州市2022年某中学1起札如病毒感染暴发疫情调查

目的了解2022年潮州市某中学1起札如病毒感染暴发疫情,为学校感染性腹泻疫情的防控措施提供科学借鉴。方法运用描述性流行病学方法,分析该起暴发疫情的流行病学特征;开展1∶3的病例对照研究,了解可能的关联因素;采集学生和厨工肛拭子标本、食堂的食品留样和环境涂抹样进行札如病毒、诺如病毒、金黄色葡萄球菌、5种致泻大肠菌群、沙门菌、蜡样芽胞杆菌核酸聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测,随机选取1份SaV阳性的核酸进行VP1衣壳蛋白测序。结果本次疫情共报告札如病例148例,无症状感染者6例。临床表现以呕吐(83.1%)、恶心(38.5%)、头晕(24.3%)为主,未出现发热症状;发病时间集中在3月20日,呈增殖+点源暴露模式;全校83.3%的班级有病例分布,其中311班罹患率最高,达到32.69%;病例对照研究表明18日在校内吃午餐是发病的关联因素(OR=4.17,95%CI:1.58~11.00)。共采集学生肛拭子标本43份、厨工肛拭子标本23份、食品留样7份、食堂环境涂抹样9份,经检测结果20名学生、6名厨工的肛拭子标本札如病毒核酸阳性,其余标本均为阴性。毒株基因测序结果为GI.6基因型;卫生学调查发现部分厨工食品安全操作不规范。结论本起疫情是由GI.6型SaV感染导致的暴发疫情,18日中午的食堂暴露是本次疫情暴发及扩散的主要危险因素。

人感染札如病毒的遗传多样性与重组事件分析

目的利用生物信息学技术,系统研究全球范围内人感染札如病毒(SaV)的遗传特征和重组现象。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)下载全球SaV的全基因组数据,并筛选出序列质量较高的毒株作为实验样本。构建SaV的分子进化树进行遗传特征分析,进一步使用重组分析软件对人感染的4种SaV基因型(GⅠ、GⅡ、GⅣ和GⅤ)进行重组事件分析。结果SaV在全球范围内存在较大的遗传多样性,感染宿主谱广泛。人类感染的SaV主要是GⅠ、GⅡ、GⅣ和GⅤ型,其中GⅤ型为人猪共有。SaV的重组分析显示,GⅡ型重组频次较高,GⅤ型在不同宿主间发生重组。病毒的重组集中发生在主要病毒蛋白(VP1)和次要病毒蛋白(VP2)区。结论通过对人感染SaV的遗传特征进行系统分析,确定了基因型的分布和流行情况,揭示SaV重组规律,突显了SaV的遗传动态,为了解病毒流行趋势和制定防控策略提供重要参考。

一起托育机构札如病毒感染暴发疫情调查

目的调查一起托育机构札如病毒暴发疫情,探讨疫情暴发的原因及危险因素,为感染性腹泻防控疫情提供参考经验。方法根据2023年5月30日—6月12日感染性腹泻疫情特点,开展现场流行病学调查,包括病例搜索、卫生学调查和病原学检测。采用描述性流行病学方法分析疫情特征以及病例对照研究分析暴发危险因素。结果共发现病例15例,分布于2个班级,太阳班和月亮班的罹患率分别为57.14%、15.79%(χ^(2)=7.278,P<0.05)。发病年龄为2~<4岁,男女病例数分别为9、6人,男女生罹患率均为37.50%。临床症状以呕吐(100.00%)为主,伴有腹泻(26.67%)、腹痛(33.33%)。本次疫情首发病例于6月2日1时发病,2日—7日病例零散出现,8日10时指示病例在班级内呕吐1次,保育老师清理呕吐物并消毒地面,全程未疏散幼儿,9日病例集中出现,达到高峰,9日后无新发病例,疫情持续8天。札如病毒核酸检测阳性率88.89%。卫生学调查排除食品与水源传播可能。病例对照研究显示幼儿的不良卫生习惯、近距离接触呕吐物及暴露于呕吐物下风侧与发病均无统计学关联。结论本次疫情是一起由札如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情,带病上课的病例为传染源,呕吐物处置不规范造成气溶胶传播为本次疫情暴发的主要原因。建议加强学校从业人员的传染病防控培训,规范呕吐物的消毒处置。

一起幼儿园札如病毒感染疫情调查分析

目的 分析一起札如病毒性胃肠炎疫情的流行病学特征并总结防控经验。方法 开展病例搜索,采用描述流行病学方法进行分析。结果 共检索到46例病例,罹患率15.54%(46/296),疫情呈点源暴露模式,临床症状以呕吐为主(97.8%)。共采集69份标本,其中,肛拭子55份(病例29份,对照26份),食堂环境14份。未分离到致泻性大肠埃希菌、沙门氏及志贺氏等致病菌,轮状病毒、诺如病毒、星状病毒及肠道腺病毒核酸检测均为阴性,札如病毒核酸检测到病例肛拭子阳性9份,阳性率为31.03%(9/29)。排除食物和饮用水污染可能,首发病例(食堂工作人员)为传染源,疫情持续6天。结论 本次疫情由札如病毒感染引起,托幼机构、学校应加强食堂重点岗位人员管理和症状监测报告,规范处置呕吐物,防止疫情扩散。

我国九省区2006年札如病毒流行状况及基因序列分析

为了研究我国札如病毒(Sapovirus,SV)的流行情况及变异特点,收集了2006年2月至2007年1月安徽省、福建省、海南省、河北省、河南省等9个地区5岁以下腹泻患儿的粪便标本共1 110份,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对札如病毒进行检测,结果表明,札如病毒阳性率为0.9%。对检测到的全部10株札如病毒进一步进行系统进化分析,表明这10株札如病毒属于三个基因型:GI/1、GI/3和GII/3。

北京2008-2009年成人急性胃肠炎病例中札如病毒的检测和分型

目的 了解北京地区2008-2009年成人急性胃肠炎病例中札如病毒的分子流行病学特征.方法 收集2008年8月至2009年7月519例14岁以上急性胃肠炎门诊病例粪便标本和流行病学资料,利用RT-PCR方法检测札如病毒,测定所有阳性毒株序列并进行系统进化分析.结果 札如病毒的检出率为3.7％（19/519）,主要在20 -39岁年龄组中检出,5月检出率最高,系统进化分析表明GⅣ札如病毒为主要毒株,其他基因型包括GⅠ.2和GⅡ.3型.结论 札如病毒是北京地区成人急性胃肠炎的病原之一,GⅣ基因型是主要流行型别.

一起札如病毒所致成年人急性胃肠炎暴发的分子流行病学研究

目的了解一起成年人急性胃肠炎暴发流行的病原学。方法采用国家标准方法对样本进行沙门菌、志贺菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、副溶血弧菌、变形杆菌、致泻性大肠埃希菌、蜡样芽孢杆菌、空肠弯曲菌及单核细胞增生李斯特菌10种致病菌进行检测。采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测诺如病毒和札如病毒核酸,对阳性PCR产物进行核苷酸序列测定,并进行基因系统进化分析。结果 7份粪便样本中4份为札如病毒核酸阳性。4株札如病毒与GⅠ.2型参考株核苷酸序列同源性在94.7%～98.4%之间。基因进化分析显示,札如病毒深圳株与Sapovirus Hu/Oshima1/2009/JP、Houston/90(U95644)、Parkville/94/U73124在同一进化树遗传分支,属于GⅠ.2型。结论此起成年人急性胃肠炎暴发是由札如病毒GⅠ.2型感染所致。

中国河北省卢龙地区猪札如病毒的基因多样性

Porcine sapoviruses (SaVs),which belong to the family Caliciviridae,have been considered potential zoonotic agents for human infection,and several cases have been reported in Asian countries. In this study,a total of 200 porcine fecal samples collected from Lulong county of China were tested. Among 200 samples,porcine sapoviruses were detected by RT-PCR in 17 samples (8.5%) showing their circulation in China. 14 out of 17 positive sapovirus strains were genetically related to the genogroup III (GIII) and were further divided into three different clusters or genotypes according to the phylogenetic analysis. In addition,the remaining three sapovirus strains belonged to GVII (one strain) and a potential novel genogroup (two strains) according to the phylogenetic analysis and the nucleotide identity and amino acid identity. These data suggested the genetic diversity of porcine sapoviruses in China.

2014年吉林省札如病毒的检测及基因分型

目的了解吉林省2014年札如病毒(Sapovirus,Sa V)感染的基因型别和流行特征。方法收集2014年腹泻症候群的粪便标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对Sa V进行检测,对阳性PCR产物进行序列测定和系统进化分析。结果 150份粪便标本中3份为Sa V感染,检测阳性率为2%;感染时间为7-8月份,感染病例为<5岁儿童,系统进化分析表明均属于GⅠ.2基因型。结论札如病毒是吉林省引起病毒性腹泻的病原之一,2014年流行的优势株为GⅠ.2型。

2016年深圳市腹泻患者札如病毒感染特征分析

目的 分析深圳市腹泻患者札如病毒(sapovirus,SaV)的感染特征.方法 收集2016年1月至12月深圳市疑似病毒性腹泻患者粪便标本838份,采用RT-PCR法检测粪便中的SaV核酸,将阳性PCR扩增产物测序并进行进化分析,同时分析病例的流行病学特征.结果 2016年,深圳市SaV的检出率为1.07%(9/838),男性检出率为1.68%(8/477),女性检出率为0.55%(1/361),不同性别检出率差异无统计学意义(x2=3.79,P>0.05).3~14岁患者无检出,0~2岁、15~19岁及20岁以上患者检出率分别为0.79%(3/381)、5.00%(1/20)和1.36%(5/367).SaY在春季的检出率为0.99%(2/202),夏季的检出率为1.15%(4/347),秋季的检出率为1.35%(3/222),冬季无检出.系统进化分析表明,SaV的GI.2型是深圳市SaV的优势流行株,同时SaV的GI.1型亦有检出.结论 SaV是深圳市病毒性腹泻的病原之一,GI.2是主要的检出型别.

一起札如病毒引起社区暴发流行病学调查分析

目的探讨一起由札如病毒引起的社区胃肠炎暴发的流行特征和临床发病情况,为开展疫情防控提供参考依据。方法采用回顾性研究方法对CT社区居民进行流行病学调查,以χ2检验比较罹患率的差异,采用RT-PCR方法对肛拭子、粪便和水样标本进行肠道病毒检测。结果该起疫情共发现422例病例,罹患率为11.95%。病例主要集中在21-24日,22日达到高峰,呈点源暴露特点,临床特征以呕吐和水样便为主。CT社区各村均有病例出现,以旧村罹患率最高(25.20%)。各年龄段均有病例发生,<25岁人群罹患率最高(16.41%),≥50岁次之(12.05%),25~49岁最低(8.42%)。病例肛拭子和粪便标本检测札如病毒阳性率为38.78%。采集24份水样的菌落总数、总大肠菌群和耐热大肠菌群合格率分别为95.83%、45.83%和50.00%,未检出札如病毒。结论本次疫情为一起由札如病毒感染引起的社区暴发事件,因集中式供水受污染而导致经水传播的可能性大。应完善感染性腹泻疾病监测体系,强化人群健康教育以及生活饮用水监测监督。