目的分析我国大陆地区柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)流行株基因结构及引起重症手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)毒株的序列特征.方法从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Informa...目的分析我国大陆地区柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)流行株基因结构及引起重症手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)毒株的序列特征.方法从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库下载我国大陆地区各省份或地区不同年份的流行株序列信息,使用MEGA5.2软件构建系统进化树,应用Simplot软件进行重组分析,应用MegAlign软件对引起厦门2015年重症手足口病暴发的毒株进行比对分析.结果我国大陆地区在2010年之前曾有LineageC毒株流行,2010年之后流行的毒株均属于Lineage E,且表现为E2和E3毒株共同流行的趋势.未见已报道的CV-A10大陆流行株与其他血清型人类肠道病毒发生重组.引起不同症状的毒株在序列同源性上未见显著差异,而引起厦门2015年重症HFMD暴发的毒株在5′-UTR区128~130位点处存在3个核苷酸位点(ACT)缺失.结论应加强CV-A10的监测和流行病学研究,为CV-A10疫苗及多价HFMD疫苗的研发奠定基础.展开更多
目的比较2株分离自手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)和疱疹性咽峡炎(herpangina,HA)患者粪便样品中的柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CA10)全基因组差异及基因特征,探讨基因突变可能导致的临床症状差异。方法收集昆...目的比较2株分离自手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)和疱疹性咽峡炎(herpangina,HA)患者粪便样品中的柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CA10)全基因组差异及基因特征,探讨基因突变可能导致的临床症状差异。方法收集昆明市儿童医院经实时荧光定量PCR检测结果为CA10阳性的HFMD及HA患者粪便样品,在敏感细胞人横纹肌瘤细胞(rhabdomyoma,RD)上培养并分离出CA10。设计特异性引物扩增获得CA10全基因序列,通过BioEdit软件比较分离自HFMD及HA患者的CA10基因序列核苷酸与编码氨基酸之间的差异。从NCBI基因库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)中下载CA10 VP1基因序列作为参考序列,系统进化树分析分离获得的昆明CA10流行株的进化情况及来源。结果分离自HFMD和HA患者的CA10-HFMD和CA10-HA的VP1区域核苷酸同源性为99.1%,氨基酸同源性为99.8%,且存在2个非同义突变位点;全基因序列核苷酸同源性为98.9%,编码区氨基酸同源性为99.5%,且存在12个非同义突变位点。系统进化分析表明2个昆明CA10分离株均位于G基因谱系,且与KF999765(北京)和JX473455(深圳)株亲缘关系最近。结论来源于HFMD和HA患者的CA10分离株在核苷酸和氨基酸水平上相似性较高,且属于同一基因谱系。基因突变导致的氨基酸变异可能影响病毒的毒力从而导致患者症状的差异。展开更多
文摘探讨柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV⁃A10)感染人横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RD)细胞的基因表达谱变化,为深入理解CV⁃A10致病机制提供重要基础数据。本研究将CV⁃A10以感染复数(MOI)为0.1的剂量感染RD细胞12 h后提取总RNA,通过RNA⁃Seq技术获取RD细胞中的全部转录本信息,基于生物信息学的方法对差异表达基因进行GO(gene ontology,GO)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。结果显示,共筛选到2610个差异表达基因,其中表达上调的基因有1582个,表达下调的基因有1028个。随机选取8个差异表达基因,经RT⁃qPCR验证后发现,其变化趋势与转录组数据一致。GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要聚焦于细胞内信号转导、mRNA加工、抗病毒免疫反应等过程。结果表明,CV⁃A10感染可能会引起RD细胞发生自噬。
文摘目的分析我国大陆地区柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)流行株基因结构及引起重症手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)毒株的序列特征.方法从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库下载我国大陆地区各省份或地区不同年份的流行株序列信息,使用MEGA5.2软件构建系统进化树,应用Simplot软件进行重组分析,应用MegAlign软件对引起厦门2015年重症手足口病暴发的毒株进行比对分析.结果我国大陆地区在2010年之前曾有LineageC毒株流行,2010年之后流行的毒株均属于Lineage E,且表现为E2和E3毒株共同流行的趋势.未见已报道的CV-A10大陆流行株与其他血清型人类肠道病毒发生重组.引起不同症状的毒株在序列同源性上未见显著差异,而引起厦门2015年重症HFMD暴发的毒株在5′-UTR区128~130位点处存在3个核苷酸位点(ACT)缺失.结论应加强CV-A10的监测和流行病学研究,为CV-A10疫苗及多价HFMD疫苗的研发奠定基础.