我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒 71型 (enterovirus 71 ,EV71 )中国 (深圳 )分离株SHZH0 3进行了全基因组 (未包括多聚腺苷尾 )74 0 6个碱基的核苷酸序列测定。结果表明 ,SHZH0 3株与其它肠道病毒 71型毒株相比 ,在编码区没有核苷酸的缺失和插入 ,其 5′UTR和 3′UTR区的长度和序列有一定的差异。核苷酸同源性比较结果表明 ,在P1区SHZH0 3株与SHZH98株、中国台湾流行株 (TW 2 0 86、TW 2 2 72 )的同源性较高 (分别为 92 .5 % ,90 .1 %和 87.9% ) ,与新加坡流行株SIN5 6 6 6、SIN5 86 5及标准株MS、BrCr的同源性则在 81 %左右 ,而与CoxsackievirusA1 6 (Cox .A1 6 )的同源性最低 (6 3.6 % )。氨基酸同源性比较结果表明 ,在P1区SHZH0 3株与Cox .A1 6的同源性最低 ,但在P2和P3区SHZH0 3株与Cox .A1 6的同源性最高。P1区的遗传进化分析表明 ,SHZH0 3株和中国台湾 1 998年流行的EV71毒株的亲缘关系较近 ,属于同一型 (genogroup) ,而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远。

鹅副粘病毒F基因的克隆测序及核苷酸序列分析

以鹅副粘病毒 (GPV) SF0 2株的基因组 RNA为模板 ,通过 RT- PCR的方法扩增出 F基因片段 ,然后将其克隆至 T载体中。经 PCR鉴定后 ,对阳性克隆进行测序。测序后拼接得出 F基因的全序列。与 Gen Bank下载的 9株参考毒株比较 F基因编码区全核苷酸序列 ,发现所测 GPV- SF0 2毒株与参考毒株 L Z- NDV核苷酸序列同源性为 96 %,与F48E9同源性为 92 .5 %,与 L a Sota为 88%。

产气荚膜梭菌α毒素保护性抗原基因的克隆与核苷酸序列分析

将含产气荚膜梭菌α毒素基因的质粒ｐＫＭＡ１００用限制性核酸内切酶ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切，经１．５％琼脂糖凝胶电泳分离、透析袋电洗脱法回收０．９５ｋｂα毒素基因片段，再将载体ｐＥＴ－２８ｂ（＋）用ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切，然后将处理好的ｐＥＴ－２８ｂ（＋）与０．９５ｋｂ的α毒素基因片段通过Ｔ４ＤＮＡ连接酶进行粘性末端连接，转化至受体菌ＢＬ２１（ＤＥ３）中。经ＢａｍＨＩ和ＨｉｎｄⅢ双酶切分析和核苷酸序列分析，证明重组质粒ｐＸＥＴＡ１含有产气荚膜梭菌α毒素基因。确定了α毒素基因的全部核苷酸序列，并证明其具有正确的阅读框架。

核苷酸序列分析在真菌系统学研究中的应用

讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。

我国首次分离的辛德毕斯病毒(XJ-160病毒株)全基因组核苷酸序列测定

对我国首次分离的辛德毕斯病毒XJ 16 0病毒株全基因组核苷酸序列进行测定 ,阐明该病毒基因组与国外株的差异 ,了解其分子致病机理。测序结果显示 ,XJ 16 0病毒全基因组除 5′末端帽子结构和 3′末端多聚腺苷酸尾外共 116 2 6个核苷酸 ,编码 3731个氨基酸。非结构基因的编码区长 746 4核苷酸 (6 0nt～ 75 2 3nt) ,编码 2 486氨基酸 ,翻译成四种非结构蛋白 (nonstructuralprotein ,nsp1 4)。结构基因长 3738核苷酸 (75 6 8～ 1130 6 ) ,编码 12 45个氨基酸 ,翻译成三种结构蛋白和两个小分子肽 (capsid ,E1- 3、6k)。病毒基因组 5′末端和 3′末端及结构基因和非结构基因之间分别有 5 9个核苷酸、45个核苷酸和 32 3个核苷酸的非编码区。核苷酸序列分析表明 ,XJ 16 0病毒具备典型的甲病毒属辛德毕斯病毒基因组特征 ,与标准辛德毕斯病毒AR339病毒株相比 ,核苷酸序列存在 18%差异 ,氨基酸差异为 8%。这是我国完成的第一株辛德毕斯病毒全基因组序列测定 ,序列已输入国际基因库 (GenBankAF10 372 8)。

轮状病毒VP4、VP7基因的克隆与核苷酸序列分析

用反转录聚合酶链式反应 (RT_PCR)技术 ,从轮状病毒感染的细胞中扩增 816bp、916bp的VP4、VP7片段中抗原表位区。通过T4DNA连接酶将其直接连接于克隆载体质粒pGEM_T上 ,转化至受体菌DH5α中。提取质粒经PCR扩增、酶切鉴定 ,证明重组质粒pT_V4、PT_V7中含有轮状病毒的VP4、VP7基因片段。经核苷酸序列分析 ,表明克隆了轮状病毒主要保护性抗原VP4。

总DNA导入水稻后变异系及供体特异带DNA片段的核苷酸序列比较

将小粒野生稻 (Oryzaminuta)总DNA导入杂交水稻保持系V2 0B获得变异系 ,经RAPD分析找到了受体中不存在而变异系及供体中存在的特异带。将自变异系与供体扩增出的长均为 975bP的特异DNA片段分别回收、克隆、测序 ,发现两者核苷酸序列极为相似 ,从而进一步证明了远缘资源特异DNA片段向水稻的转移 ;同时发现两者间存在 2 9个碱基差异 (包括转换、颠换、插入及缺失 4种类型 ) ,表明供体特异DNA片段的导入不仅可能使供体特异性状在变异系中表达 ,也可能由于个别碱基的突变而使受体产生新性状。

黄瓜花叶病毒萝卜分离株卫星RNA的克隆及其与12个卫星RNA核苷酸序列的比较

对一株分离自萝卜 ( Raphanus sativus)的黄瓜花叶病毒 ( CMV)卫星 RNA( Rs)进行了 c DNA克隆与序列确定 ,并与 12个已知的卫星 RNA序列进行了比较 .结果表明 :卫星 RNA Rs的大小为 368nt;该卫星 RNA所比较的 13个卫星 RNA的大小分布为 334～ 4 0 5nt,可分为 3个组和 4个亚组 ;CMV卫星 RNA的序列同源性和分组与卫星 RNA的大小并无直接联系 .卫星 RNA序列之间的连续缺失和插入均集中在 90～ 2 55nt间几个邻近的区域 .在卫星 RNA二级结构中的非配对区序列、卫星 RNA的 5'端近 80个碱基和 3'端近 4 5个碱基相当保守 .由此推测 CMV卫星 RNA的理论长度可达 4 4 6nt.序列结构的比较显示 ,CMV卫星 RNA具有作为外源基因载体的潜力 .

产气荚膜梭菌β-毒素基因的克隆与核苷酸序列分析

为了给产气荚膜梭菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）β毒素基因工程亚单位苗和细菌毒素多价基因工程苗的研制提供基因材料，用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）技术，从Ｂ型产气荚膜梭菌染色体基因组中扩增了９３０ｂｐ的β－毒素基因。用限制性核酸内切酶ＢａｍＨＩ和ＥｃｏＲＩ对ＰＣＲ产物进行双酶切处理，然后通过Ｔ４ＤＮＡ连接酶将其定向连接于事先经同样的双酶切处理的载体质粒ｐＥＴ－２８Ｃ（＋）的多克隆位点，转化至受体菌ＢＬ２１（ＤＥ３）中。经ＢａｍＨＩ和ＥｃｏＲＩ双酶切分析和ＰＣＲ扩增检测，证明重组质粒ｐＥＣＢ２中含有产气荚膜梭菌的β－毒素基因。经核苷酸序列分析，明确了克隆的β－毒素基因在重组质粒中的连接向位和阅读框架是正确的。

美国白蛾核型多角体病毒几丁质酶基因核苷酸序列研究

美国白蛾核型多角体病毒（ Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ） 编码的几丁质酶 Ａ（ Ｃｈｉｔｉｎａｓｅ Ａ， Ｃｈｉ Ａ） 基因定位在 Ｈｉｎｄ Ⅲ－ ３５ｋｂ 片段上。 Ｄ Ｎ Ａ 测序表明，半胱氨酸蛋白酶（ Ｃ Ｐ） 基因的５＇上游反向存在 Ｃｈｉ Ａ基因， Ｃｈｉ Ａ 基因的 Ｏ Ｒ Ｆ 为１ ６６２ 个核苷酸，编码５５３ 个氨基酸，５＇、３＇非编码区分别具有 Ｔ Ａ Ａ Ｇ 基序和 Ａ Ａ Ｔ Ａ Ａ Ａｐｏｌｙ（ Ａ＋ ） 信号序列。同源性分析表明， Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ 的 Ｃｈｉ Ａ 与苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒、家蚕核型多角体病毒的 Ｃｈｉ Ａ ，在 Ｄ Ｎ Ａ 水平上的同源性分别为７５３ ％ 、７５７ ％ ，在氨基酸水平上的同源性分别为７５０ ％ 、７８７ ％ ，与来自灵菌的 Ｃｈｉ Ａ 比较，一致性氨基酸达５１ ％ ，推测杆状病毒几丁质酶基因与细菌几丁质酶基因可能具有共同的祖先。

猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列的遗传进化关系的研究

本研究利用RT-PCR及测序获得了16株猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列。利用DNAStar软件对其6株已发表的猪瘟病毒毒株序列进行了比较和分析,构建了猪瘟病毒遗传发生树。结果可以看出所绘制的遗传发生树分为2个组群,每个组群分为3个亚组群。13株猪瘟流行毒在2个组群中均有分布,猪瘟石门系强毒和C株属于同一组群、同一亚组群。70～80年代分离的4株猪瘟病毒75％和Alfort株（法国）在同一组群,25％和Brescia株（意大利）是同一组群,90年代分离的9株猪瘟病毒33.3％和Alfort株（法国）在同一组群,66.7％和Brescia株（意大利）是同一组群。13株猪瘟流行毒株中7株和C株在同一组群,其中70～80年代的1株,90年代的6株。其余的6株猪瘟流行毒株均在另一组群。不同地区及不同材料C-株疫苗的E2基因的核苷酸序列有一定的差异,GPE株与中国的C株有较近的遗传进化关系,而法国的Thiverval株则与中国C株的遗传进化关系较远。本研究的结果对了解我国猪瘟分子流行病学的特点具有重要的意义。

从线粒体DNA控制区核苷酸序列论达式鲟、亚洲和北美洲中吻鲟的分类地位(英文)

尽管古老的鲟形目鱼类的分类及系统演化一直是中外学者感兴趣的研究课题 ,但迄今仍有诸多谜团未解。其中 ,关于亚洲远东地区和北美地区的中吻鲟 (Acipensermedirostris)的分类地位争论已久。长江水系的达式鲟 (A .dabryanus)和中华鲟 (A .sinensis)及其它鲟属 (Acipenser)鱼类之间的亲缘关系近年来也有异议。为了给上述争议提供更多的科学依据 ,作者测定了线粒体DNA (mtDNA)控制区(D loop) 的核苷酸序列 ,并进行了分子系统学和遗传差异分析。研究结果表明 :⑴UPGMA ,NJ和MP分子系统学分析方法以及遗传差异分析都支持了亚洲远东地区中吻鲟和北美中吻鲟为一个有效种的观点 ;⑵同样研究方法并结合相关群体遗传资料表明 ,长江达式鲟与中华鲟关系最近 ,提出了达式鲟为中华鲟的一陆封类群的假说。最后 ,作者认为本文提出的观点和假说还需要更多的研究来证实。

新城疫病毒V4株F基因的克隆与核苷酸序列分析

本试验采用RT_PCR方法对NDVV4 克隆株V4(Hr)的F基因进行了扩增与克隆,并以Sanger’s 双脱氧末端终止法测定出其核苷酸序列,推导出氨基酸序列。F基因全长为1662bp,单一的开放阅读框编码553 个氨基酸的长肽。F蛋白的疏水构型有3 个强疏水区;F蛋白上共有12 个Cys 残基位点和5 个潜在糖基化位点。同其亲本毒株Queensland 相比,核苷酸同源率为99.3% ,氨基酸同源率98.7% 。上述主要功能区的序列完全一致,但其中7 个氨基酸的不同,的确导致了二级结构的变化(主要表现为α_螺旋、β_折叠、β_转角和β_卷曲的数量和位置的不同),而且单一的氨基酸差异足以导致二级结构的变化,如:214位的P对L的替换,就导致212 ～215

C型产气荚膜梭菌β毒素基因克隆与核苷酸序列分析

用ＰＣＲ技术，从含Ｃ型产气荚膜梭菌β毒素基因质粒ｐＢ１２中扩增出了０．９５Ｋｂ的β毒素基因，然后用限制性核酸内切酶ＢａｍＨＩ和ＥｃｏＲＩ对其进行双酶切处理，最后将其定向连接在事先经同样内切酶处理的载体ｐＥＴ－２８ｃ（＋）中的相应位点上，转化至受体菌ＢＬ２１（ＤＥ３）中。经ＢａｍＨＩ和ＥｃｏＲＩ双酶切分析和核苷酸序列分析，证明重组质粒ｐＸＥＴＢ２含有产气荚膜梭菌β毒素基因，确定了其全部的核苷酸序列。

家蚕核型多角体病毒P10基因的克隆及核苷酸序列分析

杆状病毒P10基因与多角体蛋白基因一样,都是由强启动子控制的高效表达晚期基因,且非病毒复制所必需,故在构建杆状病毒载体表达系统方面受到研究工作者的重视。苜蓿尺蠖核多角体病毒(Autographa californica nuclear polyhedrosis virus,AcMNPV)和黄杉毒蛾核型多角体病毒(Orgyia pseudotsugate nuclear polyhedrosis virus,OpMNPV)

抗隐孢子虫子孢子表膜单链抗体基因的克隆和核苷酸序列分析

应用 RT- PCR技术 ,从分泌具有抗隐孢子虫子孢子表膜单克隆抗体 (Mc Ab)的杂交瘤细胞 3D6中扩增出抗体VH 和 VL 基因 ,用 linker(Gly4 Ser) 3基因 ,将 VH 和 VL 基因连接成 Sc Fv基因 ,并将其克隆至 p MD- 18T载体中。经核苷酸序列分析证实 ,VH、VL 基因和 linker基因拼接正确 ,基因全长为 72 0 bp。经计算机分析 ,VH 和 VL 基因均为新发现的基因序列 ,符合功能性重排的鼠抗体可变区基因特征。VH和 VL 基因分别属于鼠免疫球蛋白重链 (A)和轻链 κ 家族。

猪大肠杆菌热敏肠毒素A亚基基因的克隆及核苷酸序列分析

本文克隆了含猪源肠毒素大肠杆菌ＬＴＡ基因的６．７ｋｂＥｃｏＲＩ酶切片段，进行了限制酶图谱分析和核苷酸序列测定，共测定了１０９３ｂｐ的核苷酸序列，其中ＬＴＡ亚基基因编码区长７６５ｂｐ，编码２５４个氨基酸的蛋白质；计算分子量为２９６５２；氨基酸组成表明，ＬＴＡ富含带电荷的精氨酸、天冬氨酸和谷氨酸，同时酪氨酸和苯丙氨酸也异常的高。

福建省肠道病毒71型分离株(2010FJLY008)全基因组核苷酸序列分析

目的了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,追踪EV71流行过程中可能发生的变异。方法对2010年福建1例手足口病患儿标本中分离到的1株肠道病毒71型分离株(2010FJLY008)进行全基因组核苷酸序列测定,并对基因组序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010FJLY008株全长7 403bp,核苷酸及编码氨基酸序列同源性比较,均与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,整个基因组核苷酸同源性为98.2%,氨基酸同源性为99.5%;全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省EV71型病毒流行株(2010FJLY008)在病毒基因组结构、基因组核苷酸同源性比较、编码氨基酸同源性比较、全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析等方面,均与2008年阜阳流行株(Fuyang17.08-2)关系密切,未产生明显的抗原漂移及变异。

新疆静脉注射毒品者输血传播病毒的检测及部分核苷酸序列分析

目的 :调查新疆维吾尔自治区 (新疆 )静脉注射毒品者中输血传播病毒 (TTV)的感染状况及基因型别。方法 :采用巢式PCR技术检测 10 2例汉族、维吾尔族、回族静脉注射毒品者血清中TTVDNA ,以 38例正常体检者为对照 ,比较静脉注射毒品者中TTVDNA阳性率是否与共用注射器有关。将一例维吾尔族TTV阳性扩增产物插入pGEM -TEasy载体 ,测序并序列分析。结果 :静脉注射毒品者TTVDNA阳性率为 32 35 % ,显著高于正常体检者 (5 2 6 % ) ,P <0 0 5。静脉注射毒品者中汉族、维吾尔族、回族TTVDNA阳性率分别为 32 6 1% (15 4 6 )、35 14 % (13 37) %、2 6 32 % (5 19) ,各民族之间差异无显著性 (P >0 0 5 )。静脉注射毒品者TTVDNA阳性率与共用注射器有关 (P <0 0 5 )。一例维吾尔族TTVDNA部分核苷酸测序 ,与日本株 (AB0 0 8394 )比较同源性为 98% ,属于G1a型。结论 :静脉注射毒品者是TTV感染的高危人群。一例维吾尔族TTV核酸序列与日本株 (AB0 0 8394 )相比有高度同源性 。

H2株甲肝病毒经KMB17细胞培养的毒力及核苷酸序列

目的 监测H2株甲肝病毒经人胚肺二倍体细胞KMB17培养的毒力 /减毒水平及核苷酸序列。方法H2株甲肝减毒活疫苗H2M2 0K7(K7)用KMB17细胞增殖 ,分别在 35℃和 37℃连续传代后 ,抽查不同代次病毒的普通狨猴接种反应和核苷酸片段序列。结果 H2 KMB17系统在 35℃培育 16代次过程中 ,病毒的抗原滴度和感染性滴度稳定 ,在 37℃的滴度明显低下 ,经 13代次仍未达亲本水平。K18(35℃ ,11代 )和K15 (37℃ ,8代 )病毒经普通狨猴接种反应证实为减毒性质。核苷酸两片段共 1897个碱基的序列分析显示 ,K18和K15与K7的同源性高达 99 3%～ 10 0 %。结论 K7疫苗病毒在KMB17细胞培养经 35℃和 37℃连续传代 。