核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配...核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)实现的,筛选能否成功在很大程度上取决于其最关键的单链制备步骤,即将双链DNA转化为相应的单链DNA。目前,存在许多方法可以制备单链DNA,包括热变性法、生物素-链霉亲和素亲和分离法、变性胶电泳分离法、核酸外切酶消化法、不对称聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法等。本文在总结文献报道的基础上,具体阐述了各种单链DNA制备方法的原理、优缺点及近5年的应用情况,并对这些单链DNA制备方法进行了比较和展望,以期能为成功筛选各类靶标的核酸适配体提供参考。展开更多
芝麻是八大类食物过敏原之一,快速准确识别芝麻过敏原对预防其过敏有重要意义。核酸适配体可以高效识别靶标过敏原,在过敏原检测中有良好的应用前景。为了获得芝麻主要过敏原Ses i 2的特异性核酸适体,本研究以Ses i 2为靶标,通过磁珠筛...芝麻是八大类食物过敏原之一,快速准确识别芝麻过敏原对预防其过敏有重要意义。核酸适配体可以高效识别靶标过敏原,在过敏原检测中有良好的应用前景。为了获得芝麻主要过敏原Ses i 2的特异性核酸适体,本研究以Ses i 2为靶标,通过磁珠筛选法(磁珠-SELEX)开展10轮筛选,经由高通量测序获得6条候补序列(S1~S6),并进行家族性、同源性分析及二级结构预测。结果表明,6条候选核酸适体的重复率可达46.38%,其自由能在-9.02到-2.47 kcal·moL^(-1)之间,根据自由能能量稳定原则,S1和S5吉布斯自由能最低最稳定,分别为-6.70和-9.02 kcal·moL^(-1)。利用ELISA试验进行亲和力测试,结果表明核酸适体S1和S2的亲和能力较强,S1:KD=67.02 nmol·L^(-1),R2=0.925 8,S2:KD=97.65 nmol·L^(-1),R2=0.795 1。核酸适体S1与过敏原Ses i 2的结合力和其他过敏原蛋白相比有显著差异,可视为具有特异性。本研究最终获得一条兼具良好亲和力和特异性的核酸适体S1,为芝麻过敏原快速检测提供了技术支撑。展开更多
文摘核酸适配体是人工合成的短链核酸,作为分子识别元件,能够与各类靶标物质高特异性、高亲和力的结合,分为单链DNA和RNA两种类型。其中单链DNA适配体由于其稳定性比RNA适配体更好而更受欢迎,因此得到广泛应用。核酸适配体筛选通常是通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)实现的,筛选能否成功在很大程度上取决于其最关键的单链制备步骤,即将双链DNA转化为相应的单链DNA。目前,存在许多方法可以制备单链DNA,包括热变性法、生物素-链霉亲和素亲和分离法、变性胶电泳分离法、核酸外切酶消化法、不对称聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法等。本文在总结文献报道的基础上,具体阐述了各种单链DNA制备方法的原理、优缺点及近5年的应用情况,并对这些单链DNA制备方法进行了比较和展望,以期能为成功筛选各类靶标的核酸适配体提供参考。
文摘芝麻是八大类食物过敏原之一,快速准确识别芝麻过敏原对预防其过敏有重要意义。核酸适配体可以高效识别靶标过敏原,在过敏原检测中有良好的应用前景。为了获得芝麻主要过敏原Ses i 2的特异性核酸适体,本研究以Ses i 2为靶标,通过磁珠筛选法(磁珠-SELEX)开展10轮筛选,经由高通量测序获得6条候补序列(S1~S6),并进行家族性、同源性分析及二级结构预测。结果表明,6条候选核酸适体的重复率可达46.38%,其自由能在-9.02到-2.47 kcal·moL^(-1)之间,根据自由能能量稳定原则,S1和S5吉布斯自由能最低最稳定,分别为-6.70和-9.02 kcal·moL^(-1)。利用ELISA试验进行亲和力测试,结果表明核酸适体S1和S2的亲和能力较强,S1:KD=67.02 nmol·L^(-1),R2=0.925 8,S2:KD=97.65 nmol·L^(-1),R2=0.795 1。核酸适体S1与过敏原Ses i 2的结合力和其他过敏原蛋白相比有显著差异,可视为具有特异性。本研究最终获得一条兼具良好亲和力和特异性的核酸适体S1,为芝麻过敏原快速检测提供了技术支撑。
