DEEP SEQ方法检测新生儿毛干蛋白质组动态变化

利用一种深度高效肽段鉴定蛋白质组学方法,结合相对定量同位素标记,对新生儿出生后24,48,72和96 h的自然掉落毛干样本中的蛋白质进行差异蛋白质组分析.在新生儿出生后96 h内采集的4份毛干样本中,共鉴定到1735个蛋白,有大量蛋白表达量表现出动态变化,涉及胚胎发育、能量代谢及神经系统相关通路.结果表明,毛干作为新颖的临床样本,能够反映新生儿早期剧烈的生理和分子变化过程,为新生儿的无创诊断和早期疾病筛查提供了新的思路.

藏酋猴毛干DNA的3种提取方法

为寻求一种从藏酋猴毛干中提取总DNA的有效方法,从一藏酋猴个体背部剪取数量不等的毛干样品(不含毛囊),经蛋白酶K消化后,分别采用高盐沉淀抽提法、酚氯仿抽提法、纳米磁珠抽提法分离获得用于PCR扩增的模板DNA,通过紫外分光光度计测定OD值并计算出质量浓度,同时进行琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增检测,分析3种方法提取藏酋猴毛干DNA的质量差异。每处理设置10个重复。结果表明,纳米磁珠法提取藏酋猴毛干中DNA是一种快捷、简便、经济、高效、安全的有效方法;进行毛发取样时以5～10根较为合适。

脱落毛发及毛干DNA的STR分型研究

目的探讨脱落毛发及毛干细胞核DNA提取、含量和STR分型问题。方法对脱落毛发或毛干进行DNA提取和定量,使用低扩增体系、增加循环次数和多次平行扩增等方法扩增DNA样本,采用叠加比较的方法分析STR分型。结果 15cm脱落毛发样品DNA含量大于0.3ng的样品占52.8%,STR分型成功率为55.6%;15cm毛干样品DNA含量大于0.3ng的样品占30.6%,STR分型成功率为25%。结论采用增加循环次数、多次平行扩增等LCN-STR分型方法和Mini-STR试剂盒有助于脱落毛发及毛干的STR基因座分型获得。

维吾尔族、哈萨克族、回族青年人头发毛干的电镜观察

应用扫描电镜研究了头皮百会穴处的头发,材料分别取自甘肃省在兰州医学院学习的回族健康学生.维吾尔族和哈萨克族的材料取自新疆维吾尔自治区在新疆医学院学习的健康学员.毛干上皮表面的超微结构清楚可见,最外层细胞呈屋顶叠瓦状排列,在三个民族的6例中,屋顶叠瓦状细胞呈波浪形,它们的结构很相似,因为维吾尔族、哈萨克族、回族他们是蒙古人种和高加索人种的混血.文中认为百会穴处头发毛干纹理与民族的形成即血缘有关.

基于毛干蛋白质组的族群推断技术的建立与验证

毛干是一种案件现场常见的生物物证,由于核DNA含量极少且高度降解,难以采用现有的短串联重复序列(short tandem repeat,STR)检验方法进行个人识别鉴定,目前仅使用线粒体DNA检验进行母系亲缘关系的判定,利用率非常低.毛干中蛋白质非常稳定,而且具有遗传多态性,表现为基因组中的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,ns SNPs),转录翻译后形成蛋白质序列中的单氨基酸多态性(single amino acid polymorphisms,SAPs).充分利用毛干蛋白质中蕴含的遗传信息,为案件提供线索和证据,是实际公安业务的迫切需求,具有重要的应用价值.本文选取了104份中国汉族的毛干样本进行蛋白质组的检测,共获得了703个SAP位点,位于460个蛋白质上,共推导出552个nsSNP位点.进一步筛选在所有样本中检出率超过15%的位点,获得了88个nsSNP位点,使用毛干样本对应的口腔拭子DNA对88个ns SNP位点进行一代测序验证.为评估发现的nsSNP位点对于人群的区分能力,以千人数据库(1 000 Genome Project)为参考数据库,采用聚类分析和群体匹配概率等方法对检测的19份毛干样本进行人群来源推断.结果显示,通过检测毛干蛋白质组中的ns SNP可以实现东亚、欧洲、非洲三大洲际人群的区分.

猪毛干部位基因组DNA的三种提取方法比较

通过比较三种猪毛干基因组DNA提取方法,改进了提取猪毛干基因组DNA的技术方法。将DNA提取物进行琼脂糖凝胶电泳、紫外可见分光光度计及PCR扩增分析,结果表明,在毛干中能成功提取到基因组DNA,其浓度和纯度足以满足分子生物学技术试验的要求,该技术还可以减少对动物的伤害,在样品不易获得的濒危动物研究中尤为适用。

毛干DNA的快速提取及其对PCR的影响

[目的]建立毛干DNA快速稳定的提取扩增策略,使这一简便取材能在畜牧、野生动物保护等采样困难的领域得以普及应用。[方法]采用PCR缓冲液快速提取及2轮PCR逐级稀释扩增的策略提取扩增黄牛毛干DNA微卫星位点。[结果]该方法可从低至0.1mg(约1 cm长)的毛干中提取得到DNA,并成功扩增核DNA微卫星位点。48份黄牛牛毛样本均成功提得DNA。72份扩增样本,除4份样本扩增效果较差,其余样品均能正常扩增。[结论]该研究方法可快速稳定的提取扩增目标基因,为毛干在相关领域的普及应用奠定了基础。

小孢子真菌发癣患儿毛干超微结构改变的扫描电镜观察

为了唤起社会关注及探究发癣的超微病理变化,提醒社会及家庭,尽量使儿童远离宠物或不养宠物,减少任何可能的传染源。本文对6例确诊为小孢子菌癣患儿的毛发,按常规制备扫描电镜样品,扫描电镜下观察分析。结果显示小孢子菌对毛干损害部位主要在毛小皮,而毛干主体的皮质柱则少见损伤。毛小皮细胞的超微变化特征在于使原来呈叠瓦且贴附平整规律的毛小皮,逐步干裂翘起失去固有形象,毛干逐渐由圆滑润泽变成毛刺状,最后导致毛小皮细胞解体或脱落,毛根松动,毛干易折断。上述超微结构改变可能与毛小皮硬角质受体蛋白分子有关。

毛干异常

毛发发育不良可分为先天性和获得性,经常累及毛干。外胚层发育不良、某些代谢性疾病、神经系统疾病、精神疾病中可以发现毛干的改变,外源性的物理、化学性刺激也会引起毛干的变化。毛干的异常表现为毛发颜色、密度、结构和长度的改变。毛干疾病的正确诊断不仅需要系统的病史和体检,光镜、扫描电镜和生化检查也很重要。

东亚人群毛干蛋白中单氨基酸多态性检测方法建立与个体识别应用

目的毛干是案件现场常见的生物物证,目前缺少有效的个体识别方法而未能在案件调查和法庭诉讼中发挥作用。毛干蛋白质组中的单氨基酸多态性(SAP)蕴含着个体遗传差异信息,可应用于个体识别。方法为研究毛干物证SAP个体差异,本文使用离子液体对12份2 cm长的毛干样本(6人,每人2根)经过前处理后,进行LC-MS/MS质谱检测,分析毛干中的蛋白质组成。然后利用自建的东亚人群SAP蛋白质序列数据库,对质谱数据进行搜库分析,依据自建的SAP与SNP对应注释表信息,推导出SAP对应的nsSNP分型,并且与外显子测序nsSNP结果比较,进而验证SAP检测的准确性。最后,利用验证准确的SAP分型进行随机匹配概率的计算。结果12份样品共计获得321个SAP,每个样本平均为(131±17)个。6人的随机匹配概率数值范围为1.4×10^(-4)~1.0×10^(-9)。结论本文建立了东亚人群毛干蛋白中SAP检测方法,并验证了个体识别应用的能力,为法庭科学中毛干个体识别提供了有力的工具和新的思路。

口服避孕药引起毛干生长异常1例

报告1例由口服0号避孕药引起的毛干周期性异常。临床表现为周期性毛发折曲和裂隙。电镜下特点：头发粗细不一，毛小皮排列紊乱，部分边缘缺如，伴有上翘和裂隙。

应用InnoTyper~ 21试剂盒进行毛干检验

目的探讨InnoTyper~ 21试剂盒在法医学实践中的应用价值。方法收集8名无关个体的毛发及唾液样本,采用Auto Mate Express^(TM)自动化法医DNA提取系统提取模板DNA,分别采用InnoTyper~ 21和Amp FeSTR^(TM) Identifiler^(TM) Plus试剂盒进行扩增,并对检验结果进行比较。结果采用InnoTyper~ 21试剂盒扩增时,唾液样本均可检出完整特异性分型,无毛囊毛干分型图谱峰值为57~1 219 RFU,有时可见等位基因缺失;采用Amp FeSTR^(TM) Identifiler^(TM) Plus试剂盒扩增时,唾液样本均可检出完整特异性分型,无毛囊毛干均未检出特异性片段。结论 InnoTyper~ 21试剂盒在无毛囊毛干的检案中具有一定应用价值。

毛干DNA提取中四种细菌清除方法的比较研究

毛发(无根)作为一种非损伤性的生物样本,在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用。以毛干中提取的DNA为模板做PCR扩增时,mtDNA片段扩增效果较好,但核基因的扩增成功率极低。人们将其归因于核DNA质低量少所致。然而我们在前期研究中发现,从毛干中得到的总DNA混有大量的细菌DNA,是导致核基因扩增困难的主要因素之一。为此我们尝试建立一种高效、快速、低成本,而且不影响DNA提取的清除毛干细菌的方法。本研究以蓝狐被毛为材料,经过普通清洗后,以4种方法处理毛干,随后使用磁珠法进行总DNA提取,并通过荧光定量PCR检测总DNA中细菌DNA的含量,以此评估4种方法的有效性。结果表明,未经处理的毛干(V#1—V#3样本)总DNA中,mtDNA和细菌pDNA的Ct值分别为(15.53±0.15)和(16.82±0.03),二者的比值为(0.923±0.009)。以SDS和NaOH(方案I)、溶菌酶(方案II)和triton X-100(方案III)处理的毛干样本,细菌DNA的含量没有明显降低。用65℃的4 mol/L NaOH溶液处理毛干样本20 s(方案IV),可把pDNA的拷贝数降低近1000倍,而动物DNA的拷贝数没有明显降低。延长处理时间至35 s以上会降低DNA的提取效果甚至提取失败。因此,我们推荐在提取毛干总DNA之前,采用方案IV处理毛干样品。

应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统探讨毛干样本线粒体DNA异质性

目的应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩增,应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对线粒体全基因组进行分析检测。结果2名个体的颞部毛干样本线粒体DNA出现异质性,其余6名无关个体的口腔拭子、血液及不同部位毛干样本的线粒体全基因组分型结果均一致。8名无关个体共观察到119个碱基变异,个体的变异位点数目分别为29、40、38、35、13、36、40和35。结论应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统可全面了解序列多态性。

毛干蛋白单氨基酸多态性鉴定研究

本文建立了毛干蛋白单氨基酸多态性(single amino acid polymorphism,SAP)的质谱检测方法,以DNA测序验证方法的准确性,并设计多组样本检验SAP鉴定的重现性。对来自6个人的25份毛干样本的SAP鉴定结果进行分析,并与毛干来源人的血液外显子测序结果相比较,对于不一致位点进一步使用Sanger法测序确定SAP对应的SNP分型。共设计四组重复性实验测试,对不同直径/生长部位毛干的分型结果进行了一致性验证。通过设计的376对引物进行PCR扩增,成功检测了522个SNP分型,其中32个(6.1%)与前期外显子测序分型不一致,152个(29.1%)为外显子测序中未检测的分型,338个(64.8%)与外显子分型结果一致。四组重复性实验中,组内SAP鉴定准确率平均值为93.6%(95%CI:92.8%~94.5%),鉴定重现率平均值为96.0%(95%CI:94.3%~97.6%)。在所有25份样本中,有283个SAP位点在至少两个样本中检出,其中23个位点在全部样本中都被检出。因此,毛干蛋白SAP鉴定方法具有较高的准确性和重现性,得到的23个高检出率SAP位点可作为候选位点构建有效位点组合,呈现出潜在的法医学应用价值。

用人的毛干鉴定性别

方法介绍在犯罪现场找到毛发并能对毛发确定性别有助于弄清案件,所以,这项检验是非常必要的。用拔掉的毛发鉴定性别已经有很多种方法:如福尔根(Feulgen)反应;酸性地衣红染色;或者甲酚紫染色鉴定性染色质和用阿地平染色鉴定Y染色质。这些方法,

绵羊“穿衣”羊毛干净销路广

“我家绵羊穿上衣服后，不但保暖、保膘，羊毛干净，销路也广了，每斤羊毛卖到了12．5元，比没穿衣的羊毛每斤高出4元，而每件羊衣不到5元，可以穿3年，这样算下来，每只羊增加收入近16元。”甘肃省天祝县旦马乡横路村村民张金禄喜滋滋地说道。