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长江中下游干流环境DNA样本鱼类物种检测的初步研究 被引量:35
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作者 徐念 常剑波 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第5期49-55,共7页
为开发适用于长江鱼类的环境DNA检测体系,在长江中下游干流24个采样点同步采集水样,抽滤后提取环境DNA,利用线粒体细胞色素B简并引物进行PCR扩增,扩增产物克隆测序得到419条序列,通过在Gen Bank核酸序列数据库进行BLAST序列比对确定物... 为开发适用于长江鱼类的环境DNA检测体系,在长江中下游干流24个采样点同步采集水样,抽滤后提取环境DNA,利用线粒体细胞色素B简并引物进行PCR扩增,扩增产物克隆测序得到419条序列,通过在Gen Bank核酸序列数据库进行BLAST序列比对确定物种信息,从来源于17个采样点的115条匹配成功的序列中,共检测到10种鱼类序列,代表15种鱼类。 展开更多
关键词 环境DNA 物种检测 生物多样性 鱼类
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应用环境DNA技术对邵伯湖浮游动物物种检测的初步研究 被引量:5
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作者 唐晟凯 钱胜峰 +5 位作者 沈冬冬 张彤晴 刘燕山 许飞 王华 李大命 《水产养殖》 CAS 2021年第3期13-20,共8页
为掌握邵伯湖浮游动物物种组成,利用环境DNA技术于2018年11月对其浮游动物群落进行了监测。在邵伯湖15个采样点同步进行了水样采集,抽滤后进行了DNA提取,利用线粒体DNA 12S r RNA引物进行PCR扩增,并进行了高通量测序。结果显示,从二代... 为掌握邵伯湖浮游动物物种组成,利用环境DNA技术于2018年11月对其浮游动物群落进行了监测。在邵伯湖15个采样点同步进行了水样采集,抽滤后进行了DNA提取,利用线粒体DNA 12S r RNA引物进行PCR扩增,并进行了高通量测序。结果显示,从二代测序的1114482条DNA序列中,比对得到浮游动物OTUs数68个。利用宏条形码共检出浮游动物22种(隶属于14科18属),邵伯湖浮游动物功能群以轮虫滤食者RF为主,各样点浮游动物α和β多样性的各项指数较为均匀,表明邵伯湖各区域的浮游动物多样性水平较接近。环境DNA技术适用于浅水湖泊浮游动物群落监测,在现阶段的淡水浮游动物资源监测中,该技术宜与传统的监测方法结合使用。 展开更多
关键词 邵伯湖 环境DNA 物种检测 浮游动物
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雅鲁藏布江中游拉萨裸裂尻鱼环境DNA检测及生物量评估
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作者 李冰 冯秀 +3 位作者 朱仁 隋晓云 贾银涛 陈毅峰 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第2期84-91,共8页
建立快速和准确的环境DNA(eDNA)检测方法,可为鱼类的长期监测提供便利,为鱼类资源保护和管理提供技术支撑。2019年在雅鲁藏布江中游干流及拉鲁湿地和茶巴朗湿地采集了20种鱼和水样,针对拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi young... 建立快速和准确的环境DNA(eDNA)检测方法,可为鱼类的长期监测提供便利,为鱼类资源保护和管理提供技术支撑。2019年在雅鲁藏布江中游干流及拉鲁湿地和茶巴朗湿地采集了20种鱼和水样,针对拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi younghusbandi)设计Cytb基因的特异性引物和探针,利用微滴式数字PCR(ddPCR)检测水样中e DNA拷贝数,并分析其与生物量和丰度之间的相关性。结果显示,正反向引物及探针序列与其他19种鱼之间的平均错配碱基数分别为6.8、6.9和3.6,且对其基因组DNA进行ddPCR扩增没有荧光信号。通过对比ddPCR和网捕2种方法,70%样点中检测结果相同,剩余30%样点都是网捕未捕获但ddPCR检出的情况。在拉鲁湿地和雅鲁藏布江干流的样点中,水样eDNA拷贝数与拉萨裸裂尻鱼生物量和丰度之间均具有显著的相关性,拉鲁湿地水样e DNA与二者的相关系数分别为0.987和0.647,雅鲁藏布江水样eDNA与二者的相关系数分别为0.786和0.756,表明eDNA技术是鱼类分布和生物量监测的有效方法。eDNA检测易受到近缘物种和水体理化性质的影响。 展开更多
关键词 环境DNA 微滴式数字PCR 拉萨裸裂尻鱼 物种检测 雅鲁藏布江中游
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环境DNA宏条形码技术应用于溪流和水库鱼类物种多样性监测的敏感性和有效性评估 被引量:1
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作者 颉志刚 阮高 《中国农学通报》 2023年第6期157-164,共8页
环境DNA宏条形码(Environmental DNA metabarcoding,eDNA metabarcoding)技术在调查鱼类物种丰度和多样性方面具有快速、高效、环境友好等优势,但其敏感性和有效性需进一步评估。本研究选择位于瓯江水系上游一级支流松荫溪发源地的高碧... 环境DNA宏条形码(Environmental DNA metabarcoding,eDNA metabarcoding)技术在调查鱼类物种丰度和多样性方面具有快速、高效、环境友好等优势,但其敏感性和有效性需进一步评估。本研究选择位于瓯江水系上游一级支流松荫溪发源地的高碧溪和成屏水库作为调查水域,分别利用传统捕捞方法和eDNA宏条形码技术对2个水域的鱼类物种进行调查。结果表明:捕捞方法在2个水域共发现鱼类24种,88%鱼类物种(21种)在瓯江水系有记录,其中高碧溪采集到鱼类12种,隶属于4目8科11属,成屏水库采集到鱼类16种,隶属于3目4科14属。eDNA宏条形码技术在2个水域共检测到鱼类31种,有84%的物种(26种)在瓯江水系有记录,其中高碧溪共检测出28种,隶属于5目12科25属,成屏水库共检测出27种,隶属于6目11科25属。然而,2种调查方法在溪流中共同发现的鱼类仅1种,在水库中共同发现的鱼类也只有5种。此外,高碧溪Shannon多样性指数、Simpson多样性指数、Margalef丰度指数以及Pielou均匀度指数均高于成屏水库,且2种调查方式得出的结论较为一致。由此可见,eDNA宏条形码技术比传统调查方法能够发现更多物种,具有更高的敏感性,但与实际捕获的鱼类物种组成存在较大差异,因此本研究认为eDNA宏条形码技术目前仅可以作为传统渔业调查方法的参考依据,利用该技术给出的调查结论需持谨慎态度。 展开更多
关键词 环境DNA宏条形码 传统捕捞调查 鱼类资源 物种检测 物种丰度 多样性
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表面等离子共振(SPR)——一种新型化学检测方法的原理 被引量:8
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作者 吴世康 汪鹏飞 《影像科学与光化学》 EI CAS CSCD 2008年第2期157-168,共12页
近年来,表面等离子共振(SPR)现象、由于在金属纳米材料研究以及在作为灵敏检测不同化学和生化物种信号的报告器方面有着特殊的应用价值,因而受到广泛的关注.本文较详细的介绍了表面等离子共振现象的形成机制,特别对如何利用本方法作为... 近年来,表面等离子共振(SPR)现象、由于在金属纳米材料研究以及在作为灵敏检测不同化学和生化物种信号的报告器方面有着特殊的应用价值,因而受到广泛的关注.本文较详细的介绍了表面等离子共振现象的形成机制,特别对如何利用本方法作为一种新型的物种检测报告器的有关问题做了较系统的讨论. 展开更多
关键词 表面等离子共振 金属纳米材料 化学物种检测 倏逝波
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基于环境DNA技术的宜宾江段秋季鱼类多样性研究
6
作者 党莹超 李莎 +2 位作者 苏巍 胡凡旭 姜伟 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期894-905,共12页
为探索适用于宜宾江段鱼类多样性研究的新方法,2021年10月25—27日采集金沙江下游向家坝坝下2km至宜宾市李庄古镇的干流区段(简称“宜宾江段”)7个采样断面的水样,使用环境DNA技术检测宜宾江段秋季鱼类多样性。通过环境DNA样品的采集和... 为探索适用于宜宾江段鱼类多样性研究的新方法,2021年10月25—27日采集金沙江下游向家坝坝下2km至宜宾市李庄古镇的干流区段(简称“宜宾江段”)7个采样断面的水样,使用环境DNA技术检测宜宾江段秋季鱼类多样性。通过环境DNA样品的采集和高通量测序分析,从宜宾江段环境DNA样品中共检测出30种鱼类(不包括未鉴定到种水平的2属),隶属于5目12科29属,其中1种为国家级保护鱼类,3种为长江上游特有鱼类;铜鱼属、吻虾虎鱼属、黑鲈属和■属在各个采样的断面均被检测到且为优势属。结果表明,环境DNA技术目前虽还无法完全取代传统鱼类调查方法,但其具有工作效率高、灵敏度高、非侵入性等特点,可作为一种重要的补充工具,适用于相关流域鱼类的多样性研究。本调查结果丰富了宜宾江段鱼类群落的结构功能信息,也为禁渔效果评估奠定了基础数据。 展开更多
关键词 环境DNA技术(eDNA) 宜宾江段 物种检测 鱼类多样性
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环境DNA技术在邵伯湖鱼类资源监测中的应用 被引量:2
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作者 唐晟凯 刘燕山 +5 位作者 王华 李大命 张彤晴 孙晶莹 许飞 王志浩 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1007-1016,共10页
环境DNA技术在我国已被应用于水生生物监测,但鲜见于湖泊鱼类监测。为探索适用于浅水湖泊鱼类的环境DNA检测方法,掌握邵伯湖鱼类物种组成,于2018年11月利用环境DNA技术对该湖泊的鱼类群落进行监测。共采集邵伯湖15个位点水环境样本,利... 环境DNA技术在我国已被应用于水生生物监测,但鲜见于湖泊鱼类监测。为探索适用于浅水湖泊鱼类的环境DNA检测方法,掌握邵伯湖鱼类物种组成,于2018年11月利用环境DNA技术对该湖泊的鱼类群落进行监测。共采集邵伯湖15个位点水环境样本,利用线粒体DNA 12SrRNA区域引物和COⅠ区域引物分析鱼类多样性。2种引物相比,12SrRNA引物对鱼类的检测能力显著优于COⅠ引物:12SrRNA引物共检出50 427条鱼类序列,分属71个鱼类运算分类单元;COⅠ引物仅检出990条鱼类序列,分属16个鱼类运算分类单元。利用宏条形码共检出鱼类40种(6目12科),其中36种鱼类的DNA序列注释到种,4种鱼类注释到属。各位点鱼类物种检出数为10~32种,检测到的序列总数较多的物种为鲤、鲫、革条■、鳙、兴凯■等。环境DNA检出的福建小鳔■和粘皮鲻虾虎鱼在传统形态学调查中鲜有检出,进一步丰富了邵伯湖鱼类名录。研究结果表明,环境DNA技术具有较高的准确性和灵敏度,且对生境无干扰,适合浅水湖泊鱼类群落监测。 展开更多
关键词 邵伯湖 环境DNA 物种检测 鱼类资源
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基于环境DNA宏条形码技术的辽东湾典型围海养殖池塘内水母多样性研究 被引量:1
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作者 李玉龙 鲍相渤 +5 位作者 李轶平 周遵春 付杰 高祥刚 陈百灵 李云峰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第13期5303-5313,共11页
研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区... 研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从围海养殖池塘7个采样点中获得可检测的采样点数据。结果显示,基于18S rDNA宏条形码检测出8种水母种类,其中钵水母纲大型水母2种、水螅水母总纲小型水母6种;基于COI宏条形码技术共检测出19种水母种类,其中钵水母纲大型水母5种、水螅水母总纲小型水母14种;两种DNA条形码标记都显示养殖种类海蜇(Rhopilema esculentum)为优势种。研究结果表明,环境DNA宏条形码技术作为一种新兴的生物多样性监测手段可用于快速检测水母种类多样性,在水母类物种鉴定、监测及早期预警中有较大的应用潜能。 展开更多
关键词 水母 环境DNA宏条形码 18S rDNA 细胞色素C氧化酶亚基I(COI) 物种检测 早期监测与预警
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基于环境DNA宏条形码的洱海鱼类多样性研究 被引量:33
9
作者 舒璐 林佳艳 +3 位作者 徐源 曹特 封吉猛 彭作刚 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1080-1086,共7页
研究使用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测洱海鱼类多样性,探索适用于洱海鱼类多样性监测和保护的新方法。通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从洱海16个采样点... 研究使用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测洱海鱼类多样性,探索适用于洱海鱼类多样性监测和保护的新方法。通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从洱海16个采样点中获得可检测的9个采样点数据,共检测出17种鱼类,其中土著种5种、外来种12种;鲫(Carassius auratus)、鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、麦穗鱼(Pseudorasbora parva)、泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和食蚊鱼(Gambusia affinis)为优势种。研究结果表明虽然环境DNA宏条形码无法完全替代传统的鱼类监测方法,但作为一种新兴的生物多样性监测手段,其可用于快速检测洱海鱼类多样性及其空间分布。 展开更多
关键词 环境DNA宏条形码 无创采样 物种检测 鱼类多样性
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The Prosperity of Using Domestic Triticale Varieties in Kyrgyzstan
10
作者 Karabaev Aibek Nurudinovich 《Journal of Life Sciences》 2014年第3期290-293,共4页
The present researches mentioned questions of economic use of domestic triticale and their influences on a phytosanitory condition and fertility of an irrigated arable land in the Chuy Valley of Kyrgyzstan. The result... The present researches mentioned questions of economic use of domestic triticale and their influences on a phytosanitory condition and fertility of an irrigated arable land in the Chuy Valley of Kyrgyzstan. The result of the work consists of four tables, purpose of the work was to discover roots systems, nutrion value and the main laboratory testing of samples were conducted at the Humboldt University in Berlin, which was completed under the high and compliant standards of the world. The present research conducted on triticale varieties was firstly studied in Kyrgyzstan. 展开更多
关键词 TRITICALE soil CLIMATE procedure parameters.
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基于环境DNA宏条形码的珠江河口鱼类种类组成 被引量:3
11
作者 李红婷 邹柯姝 +4 位作者 张帅 曹漪婷 卢芷程 陈作志 李敏 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1423-1433,共11页
利用环境DNA宏条形码技术对珠江河口区的鱼类组成进行初步探究。采用线粒体12S部分序列作为条形码标记,对采自珠江口伶仃洋7个采样点的水样滤膜DNA进行扩增,共获得有效序列26 777条,聚类得到35种可操作分类单元(OTU)序列。经比对共检测... 利用环境DNA宏条形码技术对珠江河口区的鱼类组成进行初步探究。采用线粒体12S部分序列作为条形码标记,对采自珠江口伶仃洋7个采样点的水样滤膜DNA进行扩增,共获得有效序列26 777条,聚类得到35种可操作分类单元(OTU)序列。经比对共检测出35种鱼类,隶属于9目20科29属。其中,30种鉴定到种水平,5种仅鉴定到属水平。在7个采样点中分别检测到9~31个种类,种类数量最多的是鲈形目,共22种。在A和F点检测到易危(Vulnerable)物种——迈氏条尾(Taeniura meyeni)。通过与珠江河口不同海域的两项类似的研究对比发现,研究区域、样品采集策略和采用的条形码标记的不同使得检测到的鱼类种类的数量和组成上有明显差异。研究表明,环境DNA宏条形码技术适用于珠江河口伶仃洋鱼类种类组成调查,可以作为传统调查方法的一种补充手段,用于河口区鱼类多样性调查和研究。 展开更多
关键词 环境DNA(eDNA) 珠江河口 物种检测 鱼类多样性
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一对同时鉴定8种动物源性成分的通用引物的制备及应用 被引量:5
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作者 薛超波 王萍亚 +1 位作者 李素芳 管峰 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2017年第6期271-275,247,共6页
肉类真假鉴定是食品检测工作的内容之一,目前已有多种基于PCR的肉类鉴定方法,但是鉴定种类和效率受限。本研究设计了一对基于普通PCR技术可同时鉴定8种动物源性成分的通用引物并建立了鉴定方法。该引物以线粒体DNA为靶标,利用扩增产物... 肉类真假鉴定是食品检测工作的内容之一,目前已有多种基于PCR的肉类鉴定方法,但是鉴定种类和效率受限。本研究设计了一对基于普通PCR技术可同时鉴定8种动物源性成分的通用引物并建立了鉴定方法。该引物以线粒体DNA为靶标,利用扩增产物中不同物种间的插入缺失多态性片段大小即可鉴定山羊、绵羊、鹿、水牛、牛、牦牛、猪和骆驼8个物种,扩增后分别得到728 bp、704 bp、504 bp、453 bp、448 bp、431 bp、396 bp和326 bp的片段,每种PCR产物经Ssp I酶切后产生数量和大小不同的片段,可以进一步清晰鉴别8个物种。引物特异性测试表明和其他常见肉类动物DNA无交叉反应,DNA检测最低限度在0.01~0.05 ng。应用本方法对40份市场肉类及产品的检测表明,羊肉串、羊肉卷以及特色畜产品如驼肉、鹿肉和驴肉存在较多的掺假行为。与其他现有PCR检测方法相比,该方法具有简便易行和高通量的优点,可以作为肉类掺假筛选检测的常规方法。 展开更多
关键词 物种鉴定 通用引物 肉类掺假 物种检测
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Assessment of predatory ability of native and non-native freshwater gammaridean species: A rapid test with water fleas as prey 被引量:1
13
作者 B.E.M.W. STOFFELS J.S. TUMMERS +3 位作者 G. VAN DER VELDE D. PLATVOET H.W.M. HENDRIKS R.S.E.W. LEUVEN 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第6期836-843,共8页
Predation rate with relation to species, sex and water temperature was tested among four different gammaridean spe- cies: Dikerogammarus villosus, Gammarus roeselii, Gammarus pulex and Gammarus fossarum. Tests were p... Predation rate with relation to species, sex and water temperature was tested among four different gammaridean spe- cies: Dikerogammarus villosus, Gammarus roeselii, Gammarus pulex and Gammarus fossarum. Tests were performed in micro- cosms in climate-controlled rooms at five different temperatures. Daphnia magna, a common water flea, served as prey. On ave- rage D. villosus showed the highest consumption rate of Daphnia magna over the entire temperature range, followed in decreas- ing order by G pulex, G roeselii and G fossarum. The predation rate of all species showed a distinct peak at 20~C. Correction of predation rates for body size gave somewhat different results. D. villosus is then still the most predatory of all gammaridean spe- cies tested followed by G. pulex, G. fossarum and G roeselii. The outcome of the Daphnia tests is consistent with results of other studies with different prey. This supports that the Daphnia test is a good and quick indicator of the predatory abilities in gam- maridean species at varying temperatures, and allows the prediction of how changing temperature regimes influence invasion impacts 展开更多
关键词 DAPHNIA Temperature Predation rate AMPHIPODS Invasions
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Ecotoxicological Tools for Landfarming Soil Evaluation in a Petrochemical Complex Area 被引量:1
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作者 F.M.R.DA SILVA JUNIOR P.F.SILVA +3 位作者 F.S.GUIMARAES K.A.DE ALMEIDA P.R.M.BAISCH A.L.MUCCILLO-BAISCH 《Pedosphere》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期280-284,共5页
The demand for simple and rapid bioassays in ecotoxicological evaluations is of paramount importance in order to speed up environmental monitoring programs.In this study we performed bioassays with lettuce seeds and t... The demand for simple and rapid bioassays in ecotoxicological evaluations is of paramount importance in order to speed up environmental monitoring programs.In this study we performed bioassays with lettuce seeds and two species of terrestrial isopods (Armadillidium vulgare and Porcellio dilatatus) for the ecotoxicological assessment of a landfarming soil from a petrochemical complex area.The solubilized content of test soil demonstrated a concentration-response type toxic effect on seed germination rate,and a delay on germination,but showed toxic effect on seedlings wet weight only at the highest concentration.Toxic effects were also observed in mortality rate and avoidance behavior of the two woodlice species.These results demonstrated the sensitiveness of the organisms studied,and highlighted the possibility to use these bioassays in environmental monitoring programs in areas contaminated with fossil fuels. 展开更多
关键词 Armadillidium vulgare LETTUCE Porcellio dilatatus terrestrial woodlice
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Butyltin compounds in vinegar collected in Beijing:Species distribution and source investigation
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作者 CUI ZongYan ZHANG KeGang +2 位作者 ZHOU QunFang LIU JiYan JIANG GuiBin 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 2012年第2期323-328,共6页
Forty-eight vinegar samples including white vinegar, rice vinegar and mature vinegar were collected from several markets in Beijing. Butyltin compounds were determined by headspace solid-phase microextraction coupled ... Forty-eight vinegar samples including white vinegar, rice vinegar and mature vinegar were collected from several markets in Beijing. Butyltin compounds were determined by headspace solid-phase microextraction coupled with gas chromatography and flame photometric detector after in situ ethylation with sodium tetraethylborate. Butyltin species were detected in sixteen vinegar samples and ranged from 0.012 to 14.10 lag Sn L 1. The detection rate of white vinegar is higher than that of rice vinegar and mature vinegar. Vinegar samples with relatively high butyltin concentration (〉1.5 μg Sn L-1) were those stored in plastic bags, indicating that the plastic bag was one of the possible sources of butyltin contamination. This was further confirmed by the leaching experiments of three selected plastic bags, and monobutyltin was detected in the leaching solvents. According to the estimation, the average daily intake of total butyltin compounds through vinegar consumption is about 0.04 ng Sn/kg b.w., much lower than the Tolerable Daily Intake (TDI) of 100 ng Sn/kg b.w. set by the European Food Safety Authority (EFSA). 展开更多
关键词 butyltin compounds VINEGAR headspace solid-phase microextraction gas chromatography-flame photometric detection
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