猪细小病毒7型荧光定量PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(PPV7)是近年来新发现的一种新型PPV。目前,缺乏更为高效的针对PPV7的检测方法,为了建立能够快速检测PPV7的方法,本研究根据PPV7 NS1基因的保守区序列,设计1对特异性引物及TaqMan探针。经过各反应条件的优化,初步建立了一种便捷、灵敏、能够快速准确检测PPV7的荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、稳定性以及与SYBR GreenⅠqPCR检测方法的符合率进行检测与对比。结果显示,该方法除对PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猪伪狂犬病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、日本乙型脑炎病毒及PPV1核酸均无交叉反应,特异性较强。该方法对重组质粒标准品检测限为1.76拷贝/μL,而常规PCR方法检测限为1.76×10^(2)拷贝/μL,表明本研究建立的方法敏感性较高。该方法对不同浓度质粒标准品的组内和组间重复性试验变异系数均小于1.7%,重复性较好。利用本研究建立的qPCR方法和SYBR GreenⅠqPCR方法对采自福建地区的150份样品进行检测,结果显示,两种检测方法的阳性率分别为24.67%(37/150)和6.67%(10/150),二者的总符合率为80.67%(121/150)。表明本研究建立的qPCR方法可以用于临床样品的检测。本研究建立的qPCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性稳定性好,为PPV7的流行病学调查及检测提供了新的技术支撑。

猪细小病毒7型VP2蛋白的原核表达及其多克隆抗体的制备

为了表达猪细小病毒7型(PPV7)VP2蛋白(由Cap基因编码)并制备其多克隆抗体,试验从GenBank数据库中下载PPV7 Cap基因序列,选择不同毒株的高频序列作为目的基因序列,使用T4 DNA连接酶将目的基因与pET-32a表达载体连接,将连接产物转化至DH5α感受态细胞中,并使用IPTG对重组菌进行诱导,对表达的重组蛋白进行可溶性分析与纯化并通过Western-blot检测重组蛋白的反应原性,用纯化后的重组蛋白免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体并分别通过间接ELISA方法、Western-blot检测多克隆抗体的效价及其与重组蛋白的反应性。结果表明:诱导后的重组菌在56 ku处出现明显条带,重组蛋白主要以包涵体的形式表达;纯化后的重组蛋白为单一条带,质量浓度为0.46 mg/mL,能与His标签抗体特异性结合;制备的多克隆抗体的效价为1∶51200,能与重组蛋白特异性结合。说明PPV7 VP2蛋白获得了成功表达,该蛋白具有良好的反应原性和免疫原性,所制备的多克隆抗体效价较高。

猪细小病毒7型SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

为建立猪细小病毒7型(PPV7)的快速定量检测方法,本研究根据PPV7(KU563733.1)基因序列设计一对特异性引物,扩增155 bp的PPV7衣壳蛋白基因,构建重组质粒pClon007-PPV7,以其作为标准品建立了PPV7的SYBR GteenⅠ荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在5.00×10~9拷贝/μL^5.00×10~3拷贝/μL范围内呈良好的线性关系。该方法对猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病毒、乙脑病毒、口蹄疫病毒常见病原的检测均无特异性扩增,仅PPV7出现特异性扩增;该方法检测灵敏度可达5.00×10~1拷贝/μL;批内和批间变异系数均低于1%,具有较高的重复性和稳定性。对临床样品的检测结果显示,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为71.88%,比普通PCR法检测的阳性率提高了约4.55%。该研究方法的建立为PPV7提供了一种新的快速定量检测技术。

猪细小病毒7型Taqman实时荧光PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(Porcine parvovirus 7,PPV-7)是近年新发现的一种细小病毒亚型。为建立PPV-7快速准确的检测方法,以PPV-7病毒全基因组为模板,设计合成1对引物和1条Taqman探针,建立了PPV-7Taqman实时荧光定量PCR检测方法。本方法的标准曲线分析显示,其常数为0.999 2,敏感性可以达到46个病毒拷贝/μL,批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%。用猪圆环病毒2型、3型,猪细小病毒1型,猪伪狂犬病病毒等病原进行特异性试验,证实本方法不能从这些病毒中检测出特异性条带,表明本研究建立的PPV-7实时荧光PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点。用临床样品对该方法进行了应用性评价,从96份样品中检出52份PPV-7阳性样品,证实了本方法在生产实际应用的可行性。

东北地区3株猪细小病毒7型毒株基因组测定及遗传进化分析

从东北地区采集的150份猪肺脏样品中,检测出3株猪细小病毒毒株。根据PPV7标准株NCBI登录号KU563733设计3对引物,对3个病毒株的基因片段进行扩增测序,将测序结果依次进行拼接,获得3个病毒株的NS1和CP基因序列,然后进行序列的同源性比对及进化树分析。结果显示:3个毒株的NS1基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为94.4%～95.2%、94.1%～95.1%和93.5%～94.3%;CP基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为89.6%～91.8%、89.8%～92.0%和89.6%～91.7%。通过进化树比对分析,确认3株PPV毒株为PPV7亚型。通过对其他病毒进行检测,发现PPV7与PCV2、PPV2的混合感染率较高。该分析结果为我国东北地区猪病防控提供了依据。

猪细小病毒7型Cap基因原核表达与生物信息学分析

利用PCR方法扩增猪细小病毒7型(porcine parvovirus 7,PPV7)的Cap基因,将扩增产物克隆至pGEX-6P-1原核表达载体,构建重组质粒pGEX-6P-1-Cap,并进行测序鉴定。经鉴定正确后的重组质粒转化至E.coli Rosetta感受态细胞进行IPTG诱导表达,利用SDS-PAGE和Western-blot进行鉴定。同时使用生物信息学软件预测该基因编码的蛋白的理化性质、二级结构、信号肽和跨膜结构域等。结果表明,成功从病料中扩增到Cap基因并构建获得重组质粒pGEX-6P-1-Cap,诱导表达出大小约为78 ku的Cap蛋白,与预期相符。诱导获得的Cap蛋白能够与GST单抗发生特异性反应,具有良好的反应原性。生物信息学分析结果显示,该蛋白是亲水稳定蛋白,二级结构中以无规则卷曲(c)结构居多,占62.90%,α螺旋(h)、β转角(t)、延伸链(e)分别占11.09%、4.05%、21.96%,无信号肽区域和跨膜结构域,存在62个磷酸化位点,12个B细胞抗原表位,2个CTL表位和3个Th表位。本研究成功表达了PPV7 Cap蛋白并预测其生物学特性,为该蛋白质的生物学功能相关研究提供参考。

猪细小病毒7型病毒病诊断

本文主要针对存在繁殖障碍症状的猪只进行PCR诊断。结果表明,病猪患有猪细小病毒7型病毒病。可见采用PCR反应技术可有效、快速地诊断猪细小病毒病。

2021-2022年河南省猪细小病毒1~7型检测与分析

旨在了解猪细小病毒1~7型(PPV1~PPV7)在河南省的流行情况。利用PCR检测了2021-2022年河南省猪场送检的748份样品,并对检测数据进行了分析。结果表明,PPV1/2/3/5/6/7在河南省各地区一年四季广泛流行,而秋、冬季节是感染高峰期,PPV2(16.04%)的感染率最高,PPV7(15.11%)次之。产房仔猪未检出PPV1/3/5,PPV2/6/7在各生长阶段猪群中均有检出,患呼吸系统疾病的保育和育肥猪中PPV各型检出率均较高,尤以PPV2常见。PPV2和PPV7在口腔液、血样、肺脾淋巴结中检出率均较高,血样中较低,PPV3常存在于血清和组织中,PPV5多见于口腔液,PPV6多见于血样。研究证实,除PPV4未检出外,其他6种PPV在河南均存在,并且多与其他病原混合感染,PPV2、PPV7可与多种病原混合感染,PPV7与PCV2混合感染最常见。

猪细小病毒7型广西分离株全基因组序列分析

采集2017年中国广西壮族自治区部分地区猪组织样品,并对PPV7的流行情况进行调查分析。采集健康猪和患病猪样品的PPV7感染率分别为66.7%和84%。此外健康猪和患病猪PCV2共感染率分别为51.74%和77.33%。二者的高感染率表明PPV7可能与PCV2感染存在一定关系。随机选取3份PPV7阳性样品进行主要结构基因测序,并进行系统进化分析。结果显示,3份样品中全基因组序列同源性为94.1%~99.6%,NS1基因核苷酸序列同源性为96.0%~100%。cap基因核苷酸序列同源性为93.9%~97.6%。与PPV7参考株相比,NS1基因同源性为94.2%~97.6%,cap同源性为87.4%~95.0%。在3株PPV7全长基因组,其cap基因分别编码474,470及469个氨基酸,而作为参考的PPV742株则编码469个氨基酸,cap基因序列变异导致cap编码区域氨基酸序列的增加。

我国10株猪细小病毒7型全基因组遗传与重组分析

猪细小病毒7型(porcine parvovirus 7,PPV-7)是2016年首次从美国猪群发现和鉴定的新的猪细小病毒。为进一步了解PPV-7的分子流行病学特征,采用分段扩增的方法对来自我国不同省份的10份PPV-7阳性样品进行全基因组扩增和测序,并利用DNAStar、MEGA等软件对这10株PPV-7流行毒株进行分子遗传和重组分析。结果表明,10株PPV-7流行毒株与PPV-7参考毒株的核苷酸序列同源性为92.2%~95.9%,与其他同属的田鼠细小病毒2(KX272741)等参考毒株的同源性为46.1%~50.8%,与细小病毒亚科其他属参考毒株的同源性为29.4%~33.1%;因此作者建议重新将PPV-7归于一个新的病毒属。用RADP软件进一步分析PPV-7流行毒株重组时发现,不同流行毒株的重组位点和父系病毒的来源均不相同,表明这些流行毒株仍在不断发生变异和重组,且这种变异具有不确定性。这无疑增加了PPV-7致病性增强的风险,提示我们应持续重视和关注PPV-7的分子流行病学监测。

猪细小病毒7型PCR检测方法的建立及应用

为评估猪细小病毒7型（porcine parvovirus 7,PPV7）在猪群中的流行,根据Gen Bank中PPV7全基因组序列设计1对扩增PPV7 NS1基因的特异性引物,并建立PCR方法。对该引物的退火温度进行优化,且分析其特异性和敏感性。结果显示,在52-72℃退火温度范围内该对引物均能特异性扩增出目的基因片段,最低检测限为3.6×10 2copies/L。对不同来源的282份组织样品和来自湖南省4个不同猪场的226份血清样品进行检测,结果,组织样品中PPV7检出率为55.0%（155/282）,血清中PPV7检出率为10.2%（23/226）。其中,屠宰猪组织样品中PPV7检出率最高（71.4%）,而PPV7感染对猪的健康是否存在影响还不能确定。本研究结果为PPV7流行病学的研究奠定了一定的基础。

猪细小病毒7型研究进展

猪细小病毒(PPV)是引起母猪繁殖障碍的常见重要病原体之一,且存在众多基因型,对养猪业造成严重损失。2016年在美国首次发现新型猪细小病毒PPV7,随后该病毒陆续在中国、波兰、韩国、瑞典和巴西等国家被检出,并在我国多个地区广泛流行。本文综述了PPV7在病原学和流行病学等方面的研究进展,同时结合本课题组的生物信息学分析对PPV7基因组遗传多样性进行阐述与分析,以更加全面地了解PPV7的分子结构和潜在致病性,为PPV7的深入研究和防治提供科学有效的参考。

猪细小病毒7型SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立及临床样品的检测

采用PCR方法扩增猪细小病毒7型(PPV7)衣壳蛋白基因保守区域493 bp,将其克隆到pMD18-T载体,构建重组质粒作为标准阳性质粒,以其为模板建立用于检测PPV7的SYBR GreenⅠ实时PCR检测方法,并验证其灵敏性、特异性和重复性。结果表明,本试验建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法在2.85×10^1~2.85×10^8拷贝/μL呈良好的线性关系,相关系数为0.995,斜率为4.158,灵敏度可达到2.85×10^1拷贝/μL。该方法对于猪繁殖障碍性传染病常见病原如PRRSV、PCV2和PRV未出现特异性扩增,表明特异性好。所有标准曲线在溶解温度为83.103℃时出现单一的特异峰。使用本方法检测了2017年山东地区7家养猪场216份临床样品,总阳性率为12.5%。

5/7型猪细小病毒双重PCR检测方法的建立

猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)是引起猪呼吸和繁殖障碍的重要病原体,感染比例逐年上升,现有PPV5和PPV7的检测效率低,故建立针对PPV5/7的多重检测方法,可增加样品利用率,提高检测效率。本研究根据2种病原的保守序列,设计特异性引物,通过对反应条件和体系优化,建立快速检测PPV5和PPV7双重PCR方法,并对该方法的灵敏性、特异性进行验证。结果显示,建立的双重PCR方法仅对PPV5、PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猫细小病毒(FPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的核酸均无特异性扩增;对病原核酸混合模板的检出下限为10拷贝/μL,与单一PCR检测结果一致。本研究建立一种特异性强、敏感性高的多型PPV双重检测方法,为调查PPV5和PPV7在猪群中的感染情况提供快速检测方法。

闽粤地区PPV7与PCV2的混合感染调查及PPV7 Cap基因的遗传变异分析

【目的】调查闽粤地区猪细小病毒7型(Porcine parvovirus type 7,PPV7)与猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)的混合感染情况,并掌握两地PPV7 Cap基因的分子遗传特征。【方法】收集闽粤地区69个猪场的432份发病猪血液进行PPV7和PCV2的PCR检测,并对阳性样品的PPV7 Cap基因进行克隆测序。利用DNAStar软件对两地PPV7 Cap基因的核苷酸序列及氨基酸序列进行分析,并采用Mega 7.0软件绘制遗传进化树。【结果】闽粤地区PPV7阳性率为21.99%(96/432),场阳性率为53.62%(37/69),PCV2阳性率为54.17%(234/432),两者共感染率为13.43%(58/432)。应用PCR方法成功扩增出17株PPV7 Cap基因序列。核苷酸相似性分析发现,17株PPV7 Cap基因序列之间相似性在85.6%~100%,与国内外参考毒株相似性在85.8%~99.0%。氨基酸序列比对发现,17株PPV7 Cap蛋白氨基酸序列相似性为87.6%~100%,与国内外参考毒株间的氨基酸相似性为82.6%~98.7%。基于Cap基因的遗传进化分析表明,PPV7可分为PPV7a~PPV7e 5个主要的进化分支,其中9株属于PPV7a进化分支,3株属于PPV7b分支,4株属于PPV7c分支,仅有1株属于PPV7e分支。【结论】PPV7在闽粤地区广泛流行,并且与PCV2有较高的共感染率,可能为猪圆环病毒相关疾病(Porcine circovirus associated disease,PCVAD)的潜在致病因子。闽粤两地PPV7毒株具有丰富的遗传多样性,而PPV7a分支毒株为目前的主要优势毒株。本研究为闽粤地区PPV7的防控及疫苗研究提供理论依据及数据参考。