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基于环境DNA技术的珠江中下游鱼类多样性初步研究 被引量:1
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作者 朱书礼 陈蔚涛 +4 位作者 武智 夏雨果 杨计平 李跃飞 李捷 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期120-129,共10页
通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗... 通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗传标记扩增及测序和数据库比对分析等流程检测鱼类多样性。结果表明,6个采样点共检测出30种鱼类,隶属于4目10科27属,其中土著鱼类26种,外来种4种。较已有传统调查数据新检出2种鱼类:美丽沙鳅(Botia pulchra)和齐氏罗非鱼(Oceochromis zillii)。鱼类优势种为子陵吻鰕虎鱼(Rhinogobius giurinus)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、尼罗罗非鱼(O.nilotica)、齐氏罗非鱼、南方波鱼(Rasbora steineri)和鲤(Cyprinus carpio)。根据Shannon指数和Simpson指数显示,eDNA检测九江和桂平站点的鱼类多样性最高,藤县的最低。作为一种新的检测方法,eDNA技术可用于快速检测珠江中下游鱼类的多样性及分布,在实际应用中可将eDNA技术与传统的监测方法相结合,以提供更全面的鱼类生物多样性数据信息。 展开更多
关键词 环境dna(edna) 鱼类多样性 珠江中下游
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环境DNA技术发展及其在长江流域水生生态学领域的应用研究进展
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作者 赵娜 杨刚 +4 位作者 吴祖立 宋超 熊敏思 赵峰 张涛 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第1期119-128,共10页
长江流域鱼类资源丰富、生物多样性高。近年来,受人为干扰、环境变化等因素影响,鱼类资源急剧衰退,全面了解该流域水生生态学信息、进行长江大保护迫在眉睫。随着分子生物学技术的发展,环境DNA技术应运而生,其相比于传统调查方式更加高... 长江流域鱼类资源丰富、生物多样性高。近年来,受人为干扰、环境变化等因素影响,鱼类资源急剧衰退,全面了解该流域水生生态学信息、进行长江大保护迫在眉睫。随着分子生物学技术的发展,环境DNA技术应运而生,其相比于传统调查方式更加高效、灵敏,应用领域更广;该技术的灵敏性使其非常适合于检测濒危物种、低密度物种入侵、瞬时和隐秘物种的存在,特别是当检测低密度物种的采样工作难以控制时,其敏感性、简便性和降低危害性的优势愈加显现出来。因此,该技术已被广泛应用于食品微生物、生物监测、群落生态学、古环境、保护生物学和生物入侵等领域的研究。介绍了环境DNA定义、发展史、研究方法与优劣势,在此基础上概述了其在长江流域水生生态学领域的应用研究进展,最后展望了环境DNA技术与环境RNA技术相结合的技术革新以及新一代测序手段、大数据及机器智能技术多技术结合助力该领域研究的前景,以期为长江流域持续性生态学监测提供借鉴和参考。 展开更多
关键词 环境dna 长江流域 生态学
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基于环境DNA的夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析
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作者 王丹丹 李欣 +1 位作者 宋洁 王旭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1549-1560,共12页
【目的】基于环境DNA(eDNA)进行夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析,以验证eDNA技术应用于鱼类物种多样性监测的可行性,为鱼类群落动态监测、水域生态健康评估及鱼类物种多样性保护提供技术支持,同时为鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性... 【目的】基于环境DNA(eDNA)进行夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析,以验证eDNA技术应用于鱼类物种多样性监测的可行性,为鱼类群落动态监测、水域生态健康评估及鱼类物种多样性保护提供技术支持,同时为鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性保护提供基础资料。【方法】于2022年5—8月在鸭绿江流域(丹东段)设5个采样站点,进行4次环境样本采集,经eDNA抽提、PCR扩增、高通量测序和数据库对比注释后,通过R语言(4.1.2)、Tableau 2019.4和PRIMER 6.0等进行夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析。【结果】在夏季鸭绿江流域(丹东段)5个采样站点共检测到67种鱼类,隶属于14目30科65属,其中,松江鲈和细鳞鲑已列入《国家重点保护水生野生动物名录》,鲤、鲫、鳙、鲢、草鱼、鮻、武昌鱼、小黄鱼、光泽黄颡鱼、棘头梅童鱼和乌鳢等11种被列入《国家重点保护经济水生动植物资源名录》,香鱼和东北七鳃鳗被列入《国家濒危动物名录》和《辽宁省重点保护野生动物名录》,石川哲罗鲑、鸭绿江茴鱼和花羔红点鲑被列入《中国东北地区珍稀濒危动物志》。鲤、鲫、鲢、草鱼、辽宁棒花鱼、马口鱼、东北雅罗鱼、泥鳅、香鱼、公鱼、大银鱼和杂色杜父鱼等在鸭绿江流域(丹东段)各采样站点组成相似,且均为相对丰度较高的优势物种,是夏季鸭绿江流域(丹东段)的优势鱼类群体。5个采样站点中,以东港站点的Chao1指数、Pielou指数、Shannon指数和Simpson指数最高,丹东站点的Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数最低。【结论】基于eDNA技术检测夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类物种组成及多样性具有可行性和有效性。夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类的生态结构复杂且有波动,尤其是野生珍稀鱼类种质资源保护已迫在眉睫,亟待开展鸭绿江珍稀鱼类资源恢复工作,包括实施禁渔制度,重点研究特有濒危鱼类的人工繁殖技术,以及加强水体生态系统健康监测等。 展开更多
关键词 环境dna(edna) 鱼类 生物多样性 鸭绿江流域(丹东段)
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环境DNA技术在金沙江攀枝花段鱼类多样性研究中的应用
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作者 牛乐 崔磊 +3 位作者 陈浩 王富巍 万帆 李平 《西北水电》 2024年第5期32-37,共6页
为探讨环境DNA(eDNA)宏条形码技术在监测水生生态系统中的鱼类组成及分布的适用性,探索其在鱼类多样性研究领域中的应用潜力,采用eDNA技术和传统调查方法对金沙江攀枝花段的鱼类多样性进行了系统评估。结果显示:eDNA技术共获得526234条... 为探讨环境DNA(eDNA)宏条形码技术在监测水生生态系统中的鱼类组成及分布的适用性,探索其在鱼类多样性研究领域中的应用潜力,采用eDNA技术和传统调查方法对金沙江攀枝花段的鱼类多样性进行了系统评估。结果显示:eDNA技术共获得526234条高质量序列,成功鉴定出3目10科43种鱼类;Simpson多样性指数变幅在0.43~0.87,平均值为0.62;Shannon多样性指数变幅在1.32~3.04,平均值为2.71;Chao1多样性指数变幅在51.22~70.56,平均值为60.30;传统调查法共计捕获鱼类386尾,分属于3目10科38种,两种调查方法检测到的鱼类相似度较高。eDNA技术在渔业资源监测领域中具备可行性,可为禁渔时期的水生生物多样性保护和渔业资源管理提供了新的方法。 展开更多
关键词 金沙江 攀枝花段 环境dna 鱼类多样性
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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量:2
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作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页
水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多
关键词 环境dna技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 edna数据库
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基于环境DNA的长江中华鲟分布特征探究 被引量:2
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作者 周权 杜浩 +2 位作者 王洁 邵芸 闫振广 《环境工程技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期71-78,共8页
中华鲟(Acipenser sinensis)是我国长江流域的旗舰物种,在长江十年禁渔的大背景下,研究中华鲟无损化检测技术具有重要意义。环境DNA(eDNA)技术是一种环境友好型生物监测技术,可以在不直接观察或捕获生物体的情况下对物种进行检测。从文... 中华鲟(Acipenser sinensis)是我国长江流域的旗舰物种,在长江十年禁渔的大背景下,研究中华鲟无损化检测技术具有重要意义。环境DNA(eDNA)技术是一种环境友好型生物监测技术,可以在不直接观察或捕获生物体的情况下对物种进行检测。从文献中筛选出可以用于检测中华鲟eDNA的特异性引物,于2020年9月在长江中下游选取4个中华鲟常出现的区域,进行各断面立体式采样;提取16个点位的e DNA,使用筛选得到的引物对中华鲟进行eDNA的检测,以探究中华鲟的分布特征。结果显示,成功筛选到1组可以检测中华鲟eDNA的引物,使用该引物成功检测到包括中华鲟在内的长江4种鲟类的eDNA,共计测得约300万条鲟类序列。依据测序结果分析不同断面检测到的中华鲟eDNA的差异,发现宜昌江段断面的中华鲟eDNA最多,洞庭湖口断面最少,且表层和底层水体的中华鲟eDNA检出也有显著差异。筛选得到的引物可以用于中华鲟eDNA的检测,中华鲟e DNA的检测结果与中华鲟的历史调查和洄游特征较为吻合。不同水深条件中华鲟eDNA的检出量有显著差异,表明在今后的调查中采用混合或者立体采样可以更加全面地进行中华鲟eDNA的检测。 展开更多
关键词 中华鲟 特异性引物 环境dna 操作分类单元 长江
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基于环境DNA宏条形码的汉江上游黄金峡段鱼类多样性研究 被引量:1
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作者 丁洋 李艳艳 +3 位作者 赵进勇 彭文启 张晶 任锦豪 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期157-164,共8页
2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoe... 2020年,采用环境DNA宏条形码对汉江上游黄金峡鱼类多样性进行研究,并对比历史调查数据,构建汉江上游黄金峡段鱼类名录。从9个采样点中共检测出20种鱼类,占名录的45.45%;鲤鱼(Cyprinus_car-pio)、鲫鱼(Carassius_auratus)、圆吻鲴(Distoechodon_tumirostris)和银鮈(Squalidus_argentatus)为优势种;黄金峡上、下游Shannon指数存在显著性差异(P<0.01,n=9),上游鱼类Shannon指数明显大于下游,黄金峡水利枢纽是造成鱼类多样性空间差异的主要原因。环境DNA检测出的鱼类组成与过去传统方法监测的结果相近。环境DNA宏条形码技术是一种新兴的生物监测手段,可以辅助传统鱼类监测方法,快速检测汉江上游鱼类多样性及其空间分布。 展开更多
关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 汉江上游黄金峡段
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基于环境DNA技术的黄河流域下游山区河流大型底栖动物群落多样性特征及其影响要素分析 被引量:1
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作者 赵茜 潘福霞 +2 位作者 李斌 臧小苗 丁森 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期523-535,共13页
河流生物群落组成由多种环境因子共同作用形成,但其影响机制尚不清楚。本研究基于环境DNA技术,选择黄河流域下游4条山区河流(锦绣川、锦阳川、锦云川和三川汇合后河流)的10个样点开展大型底栖动物监测。结果发现:不同溪段水质状况有所差... 河流生物群落组成由多种环境因子共同作用形成,但其影响机制尚不清楚。本研究基于环境DNA技术,选择黄河流域下游4条山区河流(锦绣川、锦阳川、锦云川和三川汇合后河流)的10个样点开展大型底栖动物监测。结果发现:不同溪段水质状况有所差异,锦云川盐化程度(以电导率EC表征)和营养盐浓度较高,锦阳川抗生素浓度较高,锦绣川水质较好。山区河流大型底栖动物群落组成差异明显,锦绣川以水生昆虫为主,软体动物占比较低。其中,昆虫纲的大蚊(Tipula abdominalis)、天角蜉(Uracanthella punctisetae)和寡毛纲的顠体虫(Aeolosoma sp.)是造成锦绣川与其他河流大型底栖动物群落结构差异的关键物种。冗余分析和变差分解分析结果表明,盐化、营养盐和抗生素均会对大型底栖动物群落组成产生影响。其中,EC的解释率为22.86%,营养盐中的TP、NH_(3)-N和TN的解释率分别为20.12%、13.25%和7.81%;此外,盐化可与营养盐和抗生素通过耦合效应对大型底栖动物群落组成产生影响,贡献率分别为21.60%和16.20%;抗生素与营养盐的贡献率为19.60%。逐步判别回归模型结果显示,Margalef指数(d)受盐化(EC)和营养盐(NH_(3)-N和NO_(3)^(-)-N)的共同影响;随着河流中EC浓度升高,d与NH_(3)-N之间的正响应关系及其与NO_(3)^(-)-N之间的负响应关系显著增强。因此,多环境因子对水生生物的影响不容忽视,在大型底栖动物生物多样性保护中应关注各类环境因子的影响贡献。 展开更多
关键词 环境dna 环境因子 耦合效应 大型底栖动物 山区河流 黄河流域下游
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环境DNA技术在长江口中华绒螯蟹亲蟹资源监测中的应用
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作者 张方圆 王汝贤 +4 位作者 杨刚 秦泽 赵峰 张涛 耿智 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期950-957,共8页
通过对长江口水域环境DNA(eDNA)样品的采集和荧光定量PCR(qPCR)分析,并结合中华绒螯蟹亲蟹资源调查数据,探讨了eDNA技术在渔业资源监测中的应用前景。结果显示,2022年冬季长江口中华绒螯蟹亲蟹单位捕捞渔获量(CPUE)为(269.14±184.7... 通过对长江口水域环境DNA(eDNA)样品的采集和荧光定量PCR(qPCR)分析,并结合中华绒螯蟹亲蟹资源调查数据,探讨了eDNA技术在渔业资源监测中的应用前景。结果显示,2022年冬季长江口中华绒螯蟹亲蟹单位捕捞渔获量(CPUE)为(269.14±184.77)g/(net·h),表层水和底层水的中华绒螯蟹eDNA浓度分别为(14332.06±30560.85)和(15691.27±45132.77)copies/mL,两者与亲蟹的CPUE均呈极显著正相关关系,相关系数分别为0.912和0.883;CPUE与标准化后的表层水及底层水的eDNA浓度间的最佳拟合模型均为直线模型;影响表层水中华绒螯蟹eDNA浓度变化的主要环境因子为表层水盐度和底层水浊度。研究通过监测冬季长江口中华绒螯蟹CPUE与e DNA的关系,建立了中华绒螯蟹的资源监测定量分析模型,研究结果不仅能为水生生物资源监测等研究提供参考,对资源保护、生境修复等也具有重要的参考作用。 展开更多
关键词 渔业资源 长江口 qPCR 环境dna 中华绒螯蟹
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基于环境DNA宏条形码的青岚湖自然保护区鱼类组成及分布特征
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作者 史艳萍 屈婵娟 +10 位作者 许旺 周春花 梁璐 王宇翔 任文伟 戴年华 徐晓娟 黎栩霞 计勇 吴小平 金斌松 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期235-246,共12页
为探究在不同引物、不同参考数据库下环境DNA技术检测结果的差异,于2021年4月,采用环境DNA宏条形码技术分析了青岚湖鱼类多样性。选取16S rRNA及Cytb 2种引物,NCBI及本地数据库2种数据库,分别进行比对注释。结果表明:在青岚湖29个采样点... 为探究在不同引物、不同参考数据库下环境DNA技术检测结果的差异,于2021年4月,采用环境DNA宏条形码技术分析了青岚湖鱼类多样性。选取16S rRNA及Cytb 2种引物,NCBI及本地数据库2种数据库,分别进行比对注释。结果表明:在青岚湖29个采样点中,共检测到7目15科43属64种鱼类,其中在16S-NCBI情形下获得4目9科19属20种鱼类,在16S-本地数据库情形下获得6目13科27属38种鱼类,在Cytb-NCBI情形下获得4目6科16属19种鱼类,在Cytb-本地数据库情形下获得2目5科15属20种鱼类。在青岚湖29个采样点中,鱼类更多地分布于湖面宽阔的中间地带(如S31附近),且南部较北部更少,鱼种的分布呈现一定的空间相似性。就研究区域而言,选择16S rRNA引物及本地数据库可以获得更全面的鱼类物种。通过与青岚湖鱼类历史数据比对发现,环境DNA技术在研究区域具有较强的适用性,如能选择适当的引物和本地数据库,可以更全面地反映研究区域的物种组成情况。 展开更多
关键词 环境dna宏条形码 鄱阳湖 鱼类多样性 引物 参考数据库
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基于环境DNA的涠洲岛周围海域布氏鲸种群分布初探
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作者 郑若丹 陈炳耀 +4 位作者 张帅 麦俊晓 蒋佩文 王文欣 李敏 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期36-46,共11页
鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视... 鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视监测难以进行稳定跟踪调查。基于此,结合环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术,监测了不同时期(2022年4月和2023年1月)涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状。研究发现,4月在布氏鲸的热点分布海域(涠洲岛—斜阳岛之间)目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=3),同时在涠洲岛西南海域也发现布氏鲸存在(n=2),其中有1个站位仅eDNA检测到;1月在布氏鲸的热点分布海域目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=1),涠洲岛东部海域仅eDNA检测到布氏鲸存在(n=1)。结果表明,eDNA技术相比目视具有更高的灵敏度,可用于验证布氏鲸的分布,同时发现涠洲岛东部和西南部海域是布氏鲸的潜在热点分布海域。该研究验证了eDNA技术在涠洲岛布氏鲸分布监测上的可行性,进一步明确了涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状,为其种群的高效监测和科学保护提供了基线信息。 展开更多
关键词 环境dna 布氏鲸 种群分布 涠洲岛
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基于环境DNA技术的红鳍笛鲷生物量评估方法研究
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作者 辛益 邢晓东 +4 位作者 郭禹 秦传新 于刚 马振华 王兴强 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第3期275-285,共11页
环境DNA可以定量评估水生生物丰度,但其准确性因引物与构建模式差异而有所不同。以岩礁性鱼类红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)为对象,采用室内实验和实时荧光定量PCR(qPCR)的方法对红鳍笛鲷引物和探针进行设计与开发,建立DNA浓度与生... 环境DNA可以定量评估水生生物丰度,但其准确性因引物与构建模式差异而有所不同。以岩礁性鱼类红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)为对象,采用室内实验和实时荧光定量PCR(qPCR)的方法对红鳍笛鲷引物和探针进行设计与开发,建立DNA浓度与生物量间的关系,解析环境DNA(eDNA)持久性和衰减的过程,初步探究了eDNA技术对红鳍笛鲷生物量评估的可行性。结果显示,当引物退火温度为60℃时,引物扩增效果最好;红鳍笛鲷eDNA浓度与生物量间呈显著正相关(R^(2)=0.93);移出红鳍笛鲷后的20 d内,eDNA衰减浓度与时间呈显著负相关(R^(2)=0.98)。对红鳍笛鲷增殖放流前后的水环境检测结果表明,放流后水体内红鳍笛鲷eDNA浓度显著增加,表明本研究所设计的引物在检测红鳍笛鲷生物量方面的可行性,可为应用eDNA技术开展红鳍笛鲷生物量的准确评估提供理论基础。 展开更多
关键词 红鳍笛鲷 环境dna 特异性引物 生物量评估
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基于环境DNA方法探究巢湖两栖动物多样性及分布特征
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作者 孙晓萱 肖能文 +3 位作者 郭宁宁 高晓奇 张硕 储昭升 《环境科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2310-2323,共14页
两栖动物在食物链和生态系统中具有重要地位,有效评估和监测两栖动物多样性是保护生物多样性的重要环节。该研究于2023年5月在巢湖池塘、河流、农田、湿地4种生境各选取10个调查点位,使用环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术探究两栖... 两栖动物在食物链和生态系统中具有重要地位,有效评估和监测两栖动物多样性是保护生物多样性的重要环节。该研究于2023年5月在巢湖池塘、河流、农田、湿地4种生境各选取10个调查点位,使用环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术探究两栖动物多样性,旨在摸清两栖动物多样性本底数据,探索两栖动物生境偏好与影响分布格局的环境因素。结果表明:①巢湖40个调查点位共检测出两栖动物4科5属7种,泽陆蛙在优势度指数(Y=0.303)和条带数占比(33%)上均表现出一定的优势。②池塘和湿地生境的群落结构相较于河流和农田生境差异性较大,河流生境内的物种丰富度低于其他生境。③泽陆蛙(Fejervarya multistriata)在池塘、农田和湿地生境中都具有一定的优势度,镇海林蛙(Rana zhenhaiensis)偏好池塘生境。④广义加性模型结果表明物种丰富度与海拔、水深均呈显著负相关(P<0.05)。冗余分析表明水宽、水温和pH均显著影响两栖动物的分布格局(P<0.05)。研究显示,巢湖池塘、河流、农田、湿地4种生境间群落结构和优势种存在差异,两栖动物的多样性和分布格局受到多种环境因子的作用,证明了环境DNA可作为调查巢湖两栖动物的有效方法。 展开更多
关键词 两栖动物 环境dna(edna) 环境因子 分布格局
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雅鲁藏布江中游拉萨裸裂尻鱼环境DNA检测及生物量评估
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作者 李冰 冯秀 +3 位作者 朱仁 隋晓云 贾银涛 陈毅峰 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第2期84-91,共8页
建立快速和准确的环境DNA(eDNA)检测方法,可为鱼类的长期监测提供便利,为鱼类资源保护和管理提供技术支撑。2019年在雅鲁藏布江中游干流及拉鲁湿地和茶巴朗湿地采集了20种鱼和水样,针对拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi young... 建立快速和准确的环境DNA(eDNA)检测方法,可为鱼类的长期监测提供便利,为鱼类资源保护和管理提供技术支撑。2019年在雅鲁藏布江中游干流及拉鲁湿地和茶巴朗湿地采集了20种鱼和水样,针对拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi younghusbandi)设计Cytb基因的特异性引物和探针,利用微滴式数字PCR(ddPCR)检测水样中e DNA拷贝数,并分析其与生物量和丰度之间的相关性。结果显示,正反向引物及探针序列与其他19种鱼之间的平均错配碱基数分别为6.8、6.9和3.6,且对其基因组DNA进行ddPCR扩增没有荧光信号。通过对比ddPCR和网捕2种方法,70%样点中检测结果相同,剩余30%样点都是网捕未捕获但ddPCR检出的情况。在拉鲁湿地和雅鲁藏布江干流的样点中,水样eDNA拷贝数与拉萨裸裂尻鱼生物量和丰度之间均具有显著的相关性,拉鲁湿地水样e DNA与二者的相关系数分别为0.987和0.647,雅鲁藏布江水样eDNA与二者的相关系数分别为0.786和0.756,表明eDNA技术是鱼类分布和生物量监测的有效方法。eDNA检测易受到近缘物种和水体理化性质的影响。 展开更多
关键词 环境dna 微滴式数字PCR 拉萨裸裂尻鱼 物种检测 雅鲁藏布江中游
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基于环境DNA技术的南极欺骗岛海域鱼类物种多样性
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作者 俞晔伟 刘洋 +1 位作者 朱国平 王丛丛 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期112-122,共11页
欺骗岛是位于南极南设得兰群岛西南方向的火山岛,该岛附近海域受岛上活火山的影响显著,生物资源丰富。为探究该海域内鱼类物种组成,本实验通过对欺骗岛海域环境DNA(eDNA)样本采集、高通量测序开展鱼类物种多样性研究。结果显示,从欺骗... 欺骗岛是位于南极南设得兰群岛西南方向的火山岛,该岛附近海域受岛上活火山的影响显著,生物资源丰富。为探究该海域内鱼类物种组成,本实验通过对欺骗岛海域环境DNA(eDNA)样本采集、高通量测序开展鱼类物种多样性研究。结果显示,从欺骗岛海域5个采样站点的环境样本中共检测出南极鱼类1目6科23属31种,调查得到的大部分鱼类物种均在以往南极传统渔业资源调查中出现。eDNA序列相对丰度最高的鱼类物种为裘氏鳄头冰鱼和花纹南极鱼,分别占鱼类总丰度的53.52%和28.27%。近岸站点和远岸站点间的α和β多样性的各项指数差异较大,但远岸站点间鱼类物种组成相差不大。研究表明,环境DNA技术作为传统渔业调查方法的补充,对环境干扰小,可以对欺骗岛海域鱼类物种多样性进行快速检测。本研究结果可为欺骗岛海域的鱼类多样性监测和渔业资源管理与保护提供数据支持。 展开更多
关键词 鱼类 环境dna(edna) 渔业资源 物种多样性 欺骗岛
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基于环境DNA评价鸭绿江口底栖生态质量状况
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作者 王桂营 李宏俊 +3 位作者 邵魁双 刘滨玮 楚奇 叶金清 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期75-88,共14页
为研究环境DNA鉴定底栖生物评价生态质量状况的应用潜力,本研究采集17份鸭绿江口底栖生物样品,分别利用环境DNA与形态学进行鉴定,并对所得生态质量评价指数(AMBI、BENTIX、香浓-维纳H'、M-AMBI)进行比较分析。结果显示:环境DNA鉴定... 为研究环境DNA鉴定底栖生物评价生态质量状况的应用潜力,本研究采集17份鸭绿江口底栖生物样品,分别利用环境DNA与形态学进行鉴定,并对所得生态质量评价指数(AMBI、BENTIX、香浓-维纳H'、M-AMBI)进行比较分析。结果显示:环境DNA鉴定生物隶属于10纲16目19科20属22种,形态学鉴定生物隶属于9纲27目43科55属57种,共有生物10种;两种鉴定方法得出的AMBI指数间(R=0.428,p=0.043,y=0.32x+1.08)、BENTIX指数间(R=0.430,p=0.043,y=0.28x+3.59)存在显著一致性,而香浓-维纳H'指数间存在显著差异性;两种鉴定方法得出的AMBI等级间、M-AMBI等级间相似性较高,分别为51.02%、44.90%;两种鉴定方法得出的AMBI与M-AMBI等级更符合实际情况,且评价鸭绿江口整体生态质量状况为良。本研究表明,基于环境DNA鉴定底栖生物评价生态质量状况,在海洋环境监测调查中具有较高的应用潜力。 展开更多
关键词 环境dna 底栖生物 生态质量
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基于环境DNA技术的舟山南部海域鱼类资源状况和多样性分析
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作者 张添 隋宥珍 +4 位作者 刘连为 孟玮 徐开达 邹锟 周永东 《海洋开发与管理》 2024年第3期114-120,共7页
为完善舟山南部海域鱼类种类组成及结构特征,文章使用环境DNA技术对该海域鱼类多样性进行检测。通过采集水样、过滤、提取环境DNA、PCR扩增、测序,在该海域6个站位中获得8个环境DNA样品,共检测到9种舟山海域常见鱼类。其中,软骨鱼纲1种... 为完善舟山南部海域鱼类种类组成及结构特征,文章使用环境DNA技术对该海域鱼类多样性进行检测。通过采集水样、过滤、提取环境DNA、PCR扩增、测序,在该海域6个站位中获得8个环境DNA样品,共检测到9种舟山海域常见鱼类。其中,软骨鱼纲1种,辐鳍鱼纲8种,龙头鱼(Harpadon nehereus)为优势种。研究结果表明,虽然环境DNA技术无法完全替代传统的鱼类资源调查方法,但是可以作为鱼类资源调查和空间分布的补充手段,与底拖网数据结合,为舟山南部海域鱼类组成和群落结构季节性变化提供依据。 展开更多
关键词 环境dna 物种组成 鱼类多样性 资源调查
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水生动物环境DNA研究概况及其在水生动物疫病传播研究中的应用前景
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作者 王美凤 王秀华 +2 位作者 李晨 吕若萱 杨冰 《中国动物检疫》 CAS 2024年第1期87-94,共8页
近年来,环境DNA技术作为一种新的生物监测方法得到了快速发展,尤其在水生动物方面的研究具有较高的关注度,但用于水生动物疫病传播风险的研究较少。本文根据已有的研究成果,对环境DNA做了简介,并从物种多样性调查、生物量评估以及稀有... 近年来,环境DNA技术作为一种新的生物监测方法得到了快速发展,尤其在水生动物方面的研究具有较高的关注度,但用于水生动物疫病传播风险的研究较少。本文根据已有的研究成果,对环境DNA做了简介,并从物种多样性调查、生物量评估以及稀有物种和外来物种入侵监测、种群遗传监测和疫病监测等方面,对国内外水生动物环境DNA研究状况进行了概述,并展望了环境DNA与水生动物疫病传播风险研究相结合的发展前景,为推动环境DNA技术在水生动物疫病监测领域的进一步发展和应用提供了新的思路和切入点。 展开更多
关键词 环境dna 水生动物 疫病传播
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基于环境DNA技术和形态学鉴定的浮游植物多样性比较
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作者 程云山 任艺晨 +5 位作者 席贻龙 刘燕茹 何虎 范方威 陈东宜 李化炳 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1336-1352,I0001-I0003,共20页
浮游植物是湖泊生态系统的重要组成部分,检测其物种多样性和群落组成对了解湖泊生态系统功能具有重要意义。近年来,环境DNA技术越来越多地被应用于生态学调查中;但对于浮游植物的多样性检测,该方法与传统形态学鉴定获得结果的一致性尚... 浮游植物是湖泊生态系统的重要组成部分,检测其物种多样性和群落组成对了解湖泊生态系统功能具有重要意义。近年来,环境DNA技术越来越多地被应用于生态学调查中;但对于浮游植物的多样性检测,该方法与传统形态学鉴定获得结果的一致性尚不清楚,并且缺少基于环境DNA技术对真核浮游植物与原核浮游植物进行同时检测的研究。为此,本文比较研究了不同牧食强度下中宇宙实验体系中环境DNA技术和形态学鉴定在检测浮游植物(包括真核与原核浮游植物)物种多样性和群落组成上的异同。研究结果显示:(1)基于18S rRNA基因的环境DNA技术与形态学鉴定获得的浮游植物alpha多样性(物种多样性和Shannon-Wiener多样性指数)在不同牧食强度下中宇宙实验体系中的变化趋势一致;(2)与形态学鉴定结果相比,基于16S rRNA基因和18S rRNA基因的环境DNA技术能够检测到更多的浮游植物种类,并且能够很好地展现不同处理组中浮游植物群落组成的差异;(3)基于18S rRNA基因的环境DNA技术在浮游植物多样性检测上具有更高的精确性。尽管环境DNA技术在监测浮游植物生物量方面存在局限,但是其在浮游植物生物多样性检测方面比形态学鉴定具有显著的优势。本研究对环境DNA技术同时应用于真核和原核浮游植物检测进行了尝试,并证实了基于18S rRNA基因的环境DNA技术在浮游植物物种多样性和群落组成检测中具有更高的分辨率和精确性,可提供更加丰富的数据,为在浮游植物多样性研究和水生态环境监测中推广使用环境DNA技术提供了依据。 展开更多
关键词 环境dna 形态学鉴定 浮游植物 多样性
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浮游藻类环境DNA宏条形码监测引物的比较与验证
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作者 母亚雯 杨江华 +2 位作者 张丽娟 张咏 张效伟 《中国环境监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期167-176,共10页
环境DNA(eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异... 环境DNA(eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异,为初步建立规范化的浮游藻类环境DNA监测方法提供支撑。结果表明,不同引物对浮游藻类扩增存在明显偏好性,靶向扩增16S rDNA的引物主要检出硅藻,其次是隐藻和绿藻;靶向扩增18S rDNA的1391、AD3和ANF 3对引物具有较高的浮游藻类扩增效率和物种辨识度,分别检出67、62、63个浮游藻属,其检出的浮游藻类的相对丰度排序均为硅藻>绿藻>隐藻>金藻>甲藻,可以作为通用引物用于浮游藻类环境DNA宏条形码监测。 展开更多
关键词 浮游藻类 环境dna宏条形码 通用引物 淡水生物多样性 生物监测
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