深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构...深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构的包含蛋白质、核酸、小分子、金属和共价修饰的组件进行建模。通过对去噪任务进行微调,科学家们获得了RFdiffusionAA,它能围绕小分子构建蛋白质结构。从围绕目标小分子的氨基酸残基的随机分布开始,研究人员通过晶体学和结合测量学,设计并实验验证了与心脏病治疗药物地高辛、酶促辅因子血红素和光捕获分子bilin结合的蛋白质。展开更多
据戴一凡(Cell,2024 September 10. Online now.)报道,美国杜克大学生物医学工程系研究人员研究发现,生物分子凝聚体的形成不仅调节了细菌细胞的电化学环境,还放大了细胞间电化学性质的变异。这种调节不仅影响了细胞与环境的相互作用,...据戴一凡(Cell,2024 September 10. Online now.)报道,美国杜克大学生物医学工程系研究人员研究发现,生物分子凝聚体的形成不仅调节了细菌细胞的电化学环境,还放大了细胞间电化学性质的变异。这种调节不仅影响了细胞与环境的相互作用,还直接影响了细菌在抗生素压力下的生存,并驱动了基因表达谱的整体变化。该研究揭示了凝聚体通过选择性分配或排除离子来调节细胞质的p H值和离子分布,从而影响细胞膜电位和基因表达。该研究发现,某些无序蛋白的凝聚体,如树脂样多肽(RLP)能够在稀相和密相之间产生电位梯度,并驱动氧化还原反应。展开更多
文摘深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构的包含蛋白质、核酸、小分子、金属和共价修饰的组件进行建模。通过对去噪任务进行微调,科学家们获得了RFdiffusionAA,它能围绕小分子构建蛋白质结构。从围绕目标小分子的氨基酸残基的随机分布开始,研究人员通过晶体学和结合测量学,设计并实验验证了与心脏病治疗药物地高辛、酶促辅因子血红素和光捕获分子bilin结合的蛋白质。