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ADE光诱导原初过程的时间分辨研究:II.生物分子复合物中的光化学
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作者 潘景喜 林维真 +5 位作者 韩镇辉 苗金玲 王文锋 姚思德 林念芸 朱大元 《辐射研究与辐射工艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期99-101,共3页
利用激光光解结合稳态吸收光谱技术,对放线菌素D的模型化合物ADE与DNA和牛血清蛋白的相互作用进行了系统研究。结果发现,ADE与ssDNA、dsDNA以及BSA都能发生非共价结合,并能发生光诱导的电子转移反应。结果表明,放线菌素类化合物有可能... 利用激光光解结合稳态吸收光谱技术,对放线菌素D的模型化合物ADE与DNA和牛血清蛋白的相互作用进行了系统研究。结果发现,ADE与ssDNA、dsDNA以及BSA都能发生非共价结合,并能发生光诱导的电子转移反应。结果表明,放线菌素类化合物有可能被用作I型的光敏治疗药物,并将为这类化合物的结构改造提供一些有益的启示。 展开更多
关键词 ADE 光诱导 原初过程 时间分辨 放线菌素D 模型化合物 DNA 激光光解 稳态吸收光谱技术 电子转移 抗癌化疗药物 生物分子复合物 光化学 血清蛋白 结构改造
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核磁共振、X射线小角散射以及计算机模拟相结合构建生物大分子复合物的结构模型(英文) 被引量:1
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作者 彭俊辉 赵德彪 +1 位作者 文彬 张志勇 《波谱学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期181-194,共14页
近年来,结构生物学研究越来越注重生物大分子复合物的解析,因为许多重要生物学过程都离不开复合物的参与.溶液核磁共振是目前重要的结构解析方法之一.X射线小角散射(SAXS)作为一种新的结构生物学实验手段,近年来发展迅速.SAXS能提供生... 近年来,结构生物学研究越来越注重生物大分子复合物的解析,因为许多重要生物学过程都离不开复合物的参与.溶液核磁共振是目前重要的结构解析方法之一.X射线小角散射(SAXS)作为一种新的结构生物学实验手段,近年来发展迅速.SAXS能提供生物大分子复合物的较低分辨率结构信息,而核磁共振能解析复合物中各个亚基的原子分辨率结构.此外,通过核磁共振还能得到亚基之间的界面、取向以及距离信息.因此近年来通过计算机模拟,整合核磁共振和SAXS不同分辨率的结构信息,可以用来搭建生物大分子复合物的结构模型.该综述重点介绍这方面的研究进展. 展开更多
关键词 核磁共振(NMR) X射线小角散射(SAXS) 生物分子复合物 计算机模拟
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原位冷冻电子断层扫描的发展及在生物研究方面的应用 被引量:4
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作者 赵关芳 邹天一 +3 位作者 程思航 于洋 王慧利 王宏达 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2335-2344,共10页
对生物大分子复合物的研究和结构分析对于全面了解其功能和生物学意义至关重要.冷冻电子显微镜在提供生物大分子结构及大分子分布等方面起到重要的作用.近年来,冷冻电子显微镜的硬件和软件的发展进一步提高了冷冻电子显微镜的有效性,使... 对生物大分子复合物的研究和结构分析对于全面了解其功能和生物学意义至关重要.冷冻电子显微镜在提供生物大分子结构及大分子分布等方面起到重要的作用.近年来,冷冻电子显微镜的硬件和软件的发展进一步提高了冷冻电子显微镜的有效性,使其对各种生物结构、蛋白质结构的解析更加准确快捷.但是,对于生物系统来说,蛋白质和大分子复合物等均处于复杂的生理环境中,因此原位检测生物分子的三维结构对于生物体系和结构生物学具有重要意义.冷冻电子断层扫描作为一种功能强大的技术,可以无需标记直接通过冷冻样品的固有衬度识别生物大分子的结构,并且可在原位生理环境中对生物分子进行纳米级分辨率的三维成像.本文综述了与冷冻电子断层扫描相关的样品制备和数据处理技术,并总结了冷冻电子断层扫描技术在分离的大分子复合物和整个细胞或组织中的生物学应用. 展开更多
关键词 生物分子复合物 冷冻电子断层扫描 原位 生物学应用
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AlphaFold结构预测的重大突破及其对蛋白质研究的影响与挑战
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作者 宫维斌 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第12期3073-3083,共11页
近年来,基于深度学习的方法研究在蛋白质结构预测领域实现了重大突破。AlphaFold 2 (AF2)于2021年开源发布,实现了蛋白质暨蛋白质复合物三维结构的高精度预测,使得研究人员能够快速获取可靠的三维结构信息,显著加速了蛋白质结构与功能... 近年来,基于深度学习的方法研究在蛋白质结构预测领域实现了重大突破。AlphaFold 2 (AF2)于2021年开源发布,实现了蛋白质暨蛋白质复合物三维结构的高精度预测,使得研究人员能够快速获取可靠的三维结构信息,显著加速了蛋白质结构与功能研究的进展。2024年发布的AlphaFold 3 (AF3)更进一步,能对蛋白质-核酸、蛋白质-小分子等生物复合物的三维结构进行精准预测。AF3采用改进的算法与更高效的模型,大幅提升了预测准确度,特别是在抗原-抗体复合物、蛋白质-小分子复合物等方面展现出卓越的性能。AlphaFold的成功不仅为结构生物学带来了革命性进展,还在药物研发、蛋白质设计、分子功能机制研究等领域展示了巨大的应用潜力,推动了生物医学研究的革新。本文将回顾AlphaFold及相关蛋白质结构预测方法的研发历史,概述其关键技术和当下应用,并结合其局限性,展望未来的研究方向和应用。 展开更多
关键词 AlphaFold 深度学习 大数据 蛋白质结构预测 生物分子复合物结构预测 蛋白质设计
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纳米金在比色传感分析中的应用 被引量:1
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作者 沈丽 《材料导报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第9期35-41,共7页
纳米金具有良好的生物相容性,易于进行表面修饰,且具有独特的光学性能。在紫外可见光谱中,纳米金所产生的吸收峰的位置与纳米金粒子之间的距离、颗粒(或聚集态)大小和形状有关,吸收峰的强度与溶液中纳米金的浓度线性相关。因此,纳米金... 纳米金具有良好的生物相容性,易于进行表面修饰,且具有独特的光学性能。在紫外可见光谱中,纳米金所产生的吸收峰的位置与纳米金粒子之间的距离、颗粒(或聚集态)大小和形状有关,吸收峰的强度与溶液中纳米金的浓度线性相关。因此,纳米金在开发比色传感器方面具有独特的优势。评述了近年来生物大分子-纳米金复合物、有机小分子-纳米金复合物、未修饰的纳米金、纳米金生长在比色传感分析中的应用以及固体纳米金比色传感器的研究进展,结合实例阐述了纳米金比色传感分析的机理,并对其优缺点进行了总结,对未来的发展方向进行了展望。 展开更多
关键词 纳米金 比色传感分析 生物分子-纳米金复合物 有机小分子-纳米金复合物 纳米金生长 比色试纸
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粗粒化模拟研究核糖体30S小亚基的组装动力学 被引量:1
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作者 刘欣 张志勇 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期58-65,67,共9页
核糖体是一种生物大分子复合物,它负责蛋白质的生物合成。在大肠杆菌(E.coli)中,完整的核糖体由30S小亚基和50S大亚基组成。大约半个世纪以来,30S小亚基一直是研究核糖体体外组装的关键模型系统,并提出了其组装图谱。然而,该RNA-蛋白质... 核糖体是一种生物大分子复合物,它负责蛋白质的生物合成。在大肠杆菌(E.coli)中,完整的核糖体由30S小亚基和50S大亚基组成。大约半个世纪以来,30S小亚基一直是研究核糖体体外组装的关键模型系统,并提出了其组装图谱。然而,该RNA-蛋白质复合物动态组装过程中很多的结构细节仍然未知。本文按照30S小亚基组装图谱的顺序进行了一系列粗粒化模拟,以研究其组装过程中的构象动力学。我们发现,裸露的16S rRNA三级结构非常不稳定,即使与早期组装蛋白结合后仍然会出现类似情况。中期组装蛋白可以显著限制16S rRNA的柔性,并使后者接近于天然结构。晚期组装蛋白的最终结合使16S rRNA完全获得其功能运动。特别地,我们发现蛋白S9和S3对30S小亚基的组装可能比其他核糖体蛋白有更重要的贡献。如果已知组装图谱,我们的粗粒化模拟策略可以广泛应用于研究生物大分子复合物的组装动力学。 展开更多
关键词 生物分子复合物 组装 核糖体 30S亚基 粗粒化模拟 主成分分析
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The Biology of Chilo Iridescent Virus
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作者 Remziye Nalac1oglu Ikbal Agah Ince Zihni Demirbag 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2009年第4期285-294,共10页
Chilo iridescent virus (CIV) is the type species for genus Iridovirus, and belongs to the family Iridoviridae. Since the discovery of CIV in 1966, many attempts were made to elucidate the viral genome structure. The v... Chilo iridescent virus (CIV) is the type species for genus Iridovirus, and belongs to the family Iridoviridae. Since the discovery of CIV in 1966, many attempts were made to elucidate the viral genome structure. The virions contain a single linear ds DNA molecule that is circularly permuted and terminally redundant. The genome of CIV has been entirely sequenced. The CIV virion consists of an unusual three-layer structure containing an outer proteinaceous capsid, an intermediate lipid membrane, and a core DNA-protein complex containing the genome. CIV has a broad host spectrum and has, in general, a limited mortality effect on its hosts. Up to now there have been several studies about CIV describing its structure, ecology, and molecular biology. In this review study we present all these studies together to describe the CIV. 展开更多
关键词 Chilo iridescent virus IRIDOVIRUS Host range Virus replication Molecular biology
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Combination of NMR spectroscopy and X-ray crystallography offers unique advantages for elucidation of the structural basis of protein complex assembly 被引量:3
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作者 FENG Wei PAN LiFeng ZHANG MingJie 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2011年第2期101-111,共11页
NMR spectroscopy and X-ray crystallography are two premium methods for determining the atomic structures of macro-biomolecular complexes.Each method has unique strengths and weaknesses.While the two techniques are hig... NMR spectroscopy and X-ray crystallography are two premium methods for determining the atomic structures of macro-biomolecular complexes.Each method has unique strengths and weaknesses.While the two techniques are highly complementary,they have generally been used separately to address the structure and functions of biomolecular complexes.In this review,we emphasize that the combination of NMR spectroscopy and X-ray crystallography offers unique power for elucidating the structures of complicated protein assemblies.We demonstrate,using several recent examples from our own laboratory,that the exquisite sensitivity of NMR spectroscopy in detecting the conformational properties of individual atoms in proteins and their complexes,without any prior knowledge of conformation,is highly valuable for obtaining the high quality crystals necessary for structure determination by X-ray crystallography.Thus NMR spectroscopy,in addition to answering many unique structural biology questions that can be addressed specifically by that technique,can be exceedingly powerful in modern structural biology when combined with other techniques including X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. 展开更多
关键词 NMR spectroscopy X-ray crystallography structural biology protein complex assembly
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