目的研究2023年广州和西双版纳输入性登革病毒(dengue virus,DENV)输入来源和进化变异。方法使用扩增子测序方法对14例来自广州登革热病例和66例来自西双版纳登革热病例血清样本进行测序,并根据序列构建系统发育树和分析氨基酸突变位点...目的研究2023年广州和西双版纳输入性登革病毒(dengue virus,DENV)输入来源和进化变异。方法使用扩增子测序方法对14例来自广州登革热病例和66例来自西双版纳登革热病例血清样本进行测序,并根据序列构建系统发育树和分析氨基酸突变位点。结果系统发育树显示,广州DENV-Ⅰ可溯源至缅甸,DENV-Ⅱ可溯源至印度尼西亚和肯尼亚。西双版纳DENV-Ⅰ可溯源至缅甸和泰国,DENV-Ⅱ可溯源至泰国。与参考序列相比,所得80条序列中平均每条序列约700个核苷酸突变,其中约10%为错义突变。值得注意的是,C蛋白和非结构蛋白2A(non-structural protein 2A,NS2A)突变频率高于其它区域。在结构蛋白中,广州DENV毒株C蛋白和E蛋白错义突变率均显著低于西双版纳,prM蛋白错义突变率显著高于西双版纳;在非结构蛋白中,广州毒株NS1、NS2A和NS5蛋白错义突变率均显著高于西双版纳,NS3蛋白错义突变率显著低于西双版纳。结论2023年广州地区输入性DENV来源于缅甸、印度尼西亚和肯尼亚,西双版纳地区输入性DENV来源于缅甸和泰国。广州DENV毒株错义突变主要发生在非结构蛋白,而西双版纳DENV毒株错义突变主要发生在结构蛋白。展开更多
目的鉴定1型登革病毒感染病人血清中1型登革病毒非结构蛋白1(nonstructural Protein 1 of Dengue virus type 1,DENV-1 NS1)B细胞线性表位。方法以重组DENV-1 NS1为抗原,免疫印迹法筛选NS1阳性病人血清。一组重叠DENV-1 NS1的重叠多肽...目的鉴定1型登革病毒感染病人血清中1型登革病毒非结构蛋白1(nonstructural Protein 1 of Dengue virus type 1,DENV-1 NS1)B细胞线性表位。方法以重组DENV-1 NS1为抗原,免疫印迹法筛选NS1阳性病人血清。一组重叠DENV-1 NS1的重叠多肽同这些NS1阳性血清反应鉴定NS1蛋白线性B细胞表位。采用梯度稀释的1-4型重组DENVNS1竞争抑制阳性多肽同病人血清反应鉴定其反应特异性和交叉反应性。结果12份DENV-1核酸阳性病人中筛选得到5份抗DENV-1 NS1阳性病人血清。重叠多肽法、竞争抑制法和生物信息学方法筛选出3条阳性NS1多肽(氨基酸残基序列第1-15,131-145,271-285),其中aa1-15在已报道的DENV-1分离株高度保守,提示这个区域可能存在DENV-1血清型特异性表位。aa131-145和aa271-285对应的蛋白序列比对分析表明以上区域中的133-FI/LIDGP-138和271-GKLEL/M/IDF-277在已报道的4种血清型DENV分离株中高度保守,提示这2个区域存在4种血清型DENV共同表位。结论发现3个NS1上B细胞线性表位,其中aa131-145和aa271-285为首次报道,结果有助于疫苗和诊断试剂的研发。展开更多
目的对登革病毒-2(DENV-2)感染人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的差异磷酸化蛋白质进行分析以及初步探究DENV-2感染的可能致病机制。方法实验设置DENV-2感染HUVEC组和HUVEC空白对照组,每组3个重复。收集细胞沉淀后,利用SDT裂解法获取蛋白质,通...目的对登革病毒-2(DENV-2)感染人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的差异磷酸化蛋白质进行分析以及初步探究DENV-2感染的可能致病机制。方法实验设置DENV-2感染HUVEC组和HUVEC空白对照组,每组3个重复。收集细胞沉淀后,利用SDT裂解法获取蛋白质,通过串联质谱标签(TMT)法对磷酸化蛋白质进行定性与定量分析,对鉴定到的差异磷酸化蛋白质进行氨基酸保守基序分析、亚细胞定位分析、蛋白质结构域分析、GO富集分析、KEGG通路分析和蛋白质互作(PPI)等生物信息学分析。利用Western blot检测JUN、MAP2K2和AKT1磷酸化蛋白的表达。结果共检测到1385个差异蛋白质上的2918个修饰肽段,其中有1346个修饰肽段显著上调(FC>1.2,P<0.05),1572个修饰肽段显著下调(FC<0.83,P<0.05)。氨基酸保守基序分析共获得49个磷酸化保守基序。蛋白质结构域分析中富集到的差异磷酸化肽段最多是RNA识别基序、蛋白激酶结构域和PH结构域。通过亚细胞定位分析发现差异的修饰肽段主要定位在细胞核和细胞质中。GO富集和KEGG通路分析结果显示差异肽段主要在刺激反应的调节、含核碱基的小分子生物合成过程、吞噬体和白细胞跨内皮迁移处富集。对上调和下调的差异磷酸化蛋白分别进行蛋白质互作—KEGG联合分析,结果发现上调和下调的差异磷酸化蛋白质共富集到15条通路,且通过Western Blot检测与自噬途径相关的3个差异磷酸化蛋白质即JUN、MAP2K2和AKT1的表达,结果显示DENV-2组与空白组相比,p-JUN表达显著下调(1.48±0.01 vs 1.23±0.01,P<0.0001);p-AKT1表达显著上调(0.87±0.02 vs 1.01±0.01,P<0.001);p-MAP2K2表达显著上调(1.10±0.02 vs 1.29±0.05,P<0.01)。结论DENV-2感染HUVEC存在较多差异表达蛋白,p-JUN的下调、p-MAP2K2和pAKT1的上调提示3个能够调节自噬的磷酸化蛋白可能与DENV-2感染机制有关。展开更多
文摘目的研究2023年广州和西双版纳输入性登革病毒(dengue virus,DENV)输入来源和进化变异。方法使用扩增子测序方法对14例来自广州登革热病例和66例来自西双版纳登革热病例血清样本进行测序,并根据序列构建系统发育树和分析氨基酸突变位点。结果系统发育树显示,广州DENV-Ⅰ可溯源至缅甸,DENV-Ⅱ可溯源至印度尼西亚和肯尼亚。西双版纳DENV-Ⅰ可溯源至缅甸和泰国,DENV-Ⅱ可溯源至泰国。与参考序列相比,所得80条序列中平均每条序列约700个核苷酸突变,其中约10%为错义突变。值得注意的是,C蛋白和非结构蛋白2A(non-structural protein 2A,NS2A)突变频率高于其它区域。在结构蛋白中,广州DENV毒株C蛋白和E蛋白错义突变率均显著低于西双版纳,prM蛋白错义突变率显著高于西双版纳;在非结构蛋白中,广州毒株NS1、NS2A和NS5蛋白错义突变率均显著高于西双版纳,NS3蛋白错义突变率显著低于西双版纳。结论2023年广州地区输入性DENV来源于缅甸、印度尼西亚和肯尼亚,西双版纳地区输入性DENV来源于缅甸和泰国。广州DENV毒株错义突变主要发生在非结构蛋白,而西双版纳DENV毒株错义突变主要发生在结构蛋白。
文摘目的鉴定1型登革病毒感染病人血清中1型登革病毒非结构蛋白1(nonstructural Protein 1 of Dengue virus type 1,DENV-1 NS1)B细胞线性表位。方法以重组DENV-1 NS1为抗原,免疫印迹法筛选NS1阳性病人血清。一组重叠DENV-1 NS1的重叠多肽同这些NS1阳性血清反应鉴定NS1蛋白线性B细胞表位。采用梯度稀释的1-4型重组DENVNS1竞争抑制阳性多肽同病人血清反应鉴定其反应特异性和交叉反应性。结果12份DENV-1核酸阳性病人中筛选得到5份抗DENV-1 NS1阳性病人血清。重叠多肽法、竞争抑制法和生物信息学方法筛选出3条阳性NS1多肽(氨基酸残基序列第1-15,131-145,271-285),其中aa1-15在已报道的DENV-1分离株高度保守,提示这个区域可能存在DENV-1血清型特异性表位。aa131-145和aa271-285对应的蛋白序列比对分析表明以上区域中的133-FI/LIDGP-138和271-GKLEL/M/IDF-277在已报道的4种血清型DENV分离株中高度保守,提示这2个区域存在4种血清型DENV共同表位。结论发现3个NS1上B细胞线性表位,其中aa131-145和aa271-285为首次报道,结果有助于疫苗和诊断试剂的研发。
文摘目的对登革病毒-2(DENV-2)感染人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的差异磷酸化蛋白质进行分析以及初步探究DENV-2感染的可能致病机制。方法实验设置DENV-2感染HUVEC组和HUVEC空白对照组,每组3个重复。收集细胞沉淀后,利用SDT裂解法获取蛋白质,通过串联质谱标签(TMT)法对磷酸化蛋白质进行定性与定量分析,对鉴定到的差异磷酸化蛋白质进行氨基酸保守基序分析、亚细胞定位分析、蛋白质结构域分析、GO富集分析、KEGG通路分析和蛋白质互作(PPI)等生物信息学分析。利用Western blot检测JUN、MAP2K2和AKT1磷酸化蛋白的表达。结果共检测到1385个差异蛋白质上的2918个修饰肽段,其中有1346个修饰肽段显著上调(FC>1.2,P<0.05),1572个修饰肽段显著下调(FC<0.83,P<0.05)。氨基酸保守基序分析共获得49个磷酸化保守基序。蛋白质结构域分析中富集到的差异磷酸化肽段最多是RNA识别基序、蛋白激酶结构域和PH结构域。通过亚细胞定位分析发现差异的修饰肽段主要定位在细胞核和细胞质中。GO富集和KEGG通路分析结果显示差异肽段主要在刺激反应的调节、含核碱基的小分子生物合成过程、吞噬体和白细胞跨内皮迁移处富集。对上调和下调的差异磷酸化蛋白分别进行蛋白质互作—KEGG联合分析,结果发现上调和下调的差异磷酸化蛋白质共富集到15条通路,且通过Western Blot检测与自噬途径相关的3个差异磷酸化蛋白质即JUN、MAP2K2和AKT1的表达,结果显示DENV-2组与空白组相比,p-JUN表达显著下调(1.48±0.01 vs 1.23±0.01,P<0.0001);p-AKT1表达显著上调(0.87±0.02 vs 1.01±0.01,P<0.001);p-MAP2K2表达显著上调(1.10±0.02 vs 1.29±0.05,P<0.01)。结论DENV-2感染HUVEC存在较多差异表达蛋白,p-JUN的下调、p-MAP2K2和pAKT1的上调提示3个能够调节自噬的磷酸化蛋白可能与DENV-2感染机制有关。
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