硫酸二甲酯对白花泡桐丛枝病幼苗形态变化及DNA碱基序列的影响

利用巢式PCR和SSR技术研究了0,15,25,50,75,100,125,150 mg.L-1的硫酸二甲酯(DMS)对白花泡桐幼苗形态、植原体和DNA碱基序列的影响.结果表明,15 mg.L-1DMS处理3 h可使丛枝病幼苗转变为形态上健康幼苗,但其幼苗内仍有丛枝病植原体的存在;25～125 mg.L-1DMS处理可使丛枝病幼苗呈现健康状态,并且幼苗内无植原体存在,125 mg.L-1DMS处理3 h的幼苗生长受到抑制.白花泡桐丛枝病幼苗、健康幼苗、DMS处理后形态呈现健康幼苗及其检测不到植原体存在幼苗的DNA的碱基序列没有发生变化.说明适宜质量浓度DMS可抑制丛枝病植原体,使丛枝病幼苗转变为健康幼苗;泡桐丛枝病发生前后及DMS处理病苗DNA的SSR扩增位点相同.

全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型

为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型（sequence type,ST）及肽序列型（peptide sequence type,pST）的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886条,共含有663个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27条菌株信息。其中,有436条菌株数据来自中国（包括大陆、香港和台湾）,覆盖了410个ST型,每个ST型含1~4条菌株数据,这436条菌株数据又可分为128个pST型,其中pST1型为最多,达116条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73个组,483个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。

人类pax-5基因外显子1B的5′侧翼区碱基序列分析(英文)

pax 5基因是B细胞生成和B细胞发育中的重要转录因子。为了更好的理解 pax 5基因表达的调节机制 ,对 pax 5基因外显子 1B的 5′侧翼区进行了分离克隆及序列测定。整段碱基序列 (6 6 71bp)分析表明 ,无TATAbox共同序列存在 ,近侧启动子包括 3CATboxs,1SP1和 1Ebox ,上游进一步推测的调节位点显示 6LMO2 COM ,5NFAT ,2LPOLYA B ,3GATA1,2AP4 ,10MZF1,1ETS1 B ,1GATA3,1NKX2 5 ,2RORA1,1LYF1,2Ikaros2 ,2TCF11,1GATA C和 1FREAC7,并确定在序列上。因此 ,pax 5基因外显子 1B的 5′侧翼区与 pax 5表达的调节有关 。

肌肉糖原合酶基因碱基序列的探讨

目的:探讨中国天津地区人群中肌肉糖原合酶基因(GYS1)的XbaI多态性。方法:采用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)方法对334例2型糖尿病患者(T2DM组)和116例正常对照者(对照组)的GYS1进行XbaI多态性检测,选择A1/A1基因型和A1/A2基因型PCR样品各1例进行测序。结果:在T2DM组中未检出XbaI多态性A2等位基因。在对照组中发现1例A1/A2基因型,没有发现A2/A2基因型,A2等位基因频率为0.0043,A1/A2基因型频率为0.0086。2组之间A2等位基因的频率差别无统计学意义。测序的2例PCR样品碱基序列均有3处与美国国立医学图书馆网站上GenBank公布的人类GYS1内含子14碱基序列有差异。结论:中国天津地区人群中GYS1的XbaI多态性与T2DM无关。测序发现的3处差异很可能与种族不同、基因变异或PCR方法本身的误差有关。

六个癌基因碱基序列的结构特点与聚类分析

提取6个癌基因(BAK1、ccnd1、ADAMTS1、ADAM17、ADAMTS8、AGER)的碱基序列,借助MATLAB软件编写程序代码,检索6个癌基因碱基序列的4种单一碱基(A、T、C、G)的概率和64种三碱基组(AAA、AAT、AAC、……、GGG)的概率;对6个癌基因碱基序列的各种分布进行相空间聚类。结果表明,所在染色体不同、所在细胞不同、序列长度不同的6个癌基因碱基序列的结构特点与其生物学功能之间存在着明确的相空间关联。对生物学功能未知的基因和生物学功能已知的基因进行碱基序列结构特点分析和相空间聚类,可以由聚类结果预测功能未知基因是否具有与功能已知基因相似的生物学功能,这为寻找具有某种生物学功能的基因和预测基因是否具有某种生物学功能提供了一个有效途径。

非嵌插类DNA结合药物的碱基序列特异性

本文讨论了非嵌插类DNA结合药物的碱基序列特异性,这对于探讨药物与DNA相互作用的分子机制是很有意义的。通过这些探索,得到了一些有意义的结果。

DNA核苷酸碱基序列分析软件的编写和应用

目的 :初步分析 DNA测序结果。方法 :采用 Visual Basic6 .0编程语言编写了 DNA碱基序列分析软件。结果 :此软件具备计数碱基、自动查找开放阅读框架 (open reading frame,ORF)、翻译氨基酸序列、查找酶切位点等主要功能。结论 :该软件适用于初步分析

非编码碱基序列文献的挖掘

目的应用神经网络算法提高非编码碱基序列文献的查全率和查准率。方法从PubMed数据库中选取样本。对样本处理后,应用词频(TF)×逆文档频率(IDF)方法选取特征项,建立基于后向传播(BP)神经网络算法的检索模型。结果在选取100个特征项时,查准率为91.49%,查全率为71.23%,受试者工作特征曲线下面积(ROC-AUC)为0.823,特异度为93.37%,灵敏度为71.23%,准确率为82.30%。结论该方法与常用的关键词、MeSH词等方法相比,不仅能够查准也能查全与主题相关的文献。

分形在DNA碱基序列分析中的应用

介绍了分形原理和方法在DNA碱基序列分析中的应用,包括DNA碱基序列的一维行走、二维行走、子序列 分解及分形维数的计算,表明用分形的方法不仅可以对DNA碱基序列中的长程关联性作定量描述,而且有利于人们 进一步认识DNA中碱基序列的关联规律．

96年确定酵母全碱基序列并进行机能分析

进行国际性酵母染色体序列测定项目的比利时Louvain大学的Andre Goffeau估计1996年能确定酵母染色体1270万碱基序列,并于3月15日在生物技术产业协会主持召开的酵母染色体分析研讨会上发表了该项预测。还宣布与测序同时从95年开始(3年计划)着手酵母染色体的机能分析研究。酵母染色体分析已进入从定序到机能分析和产业应用的新阶段。

名古屋大学等分析水稻叶绿体基因的碱基序列

日本名古屋大学基因实验设施主任杉浦昌弘教授与三井植物生物技术研究所协作,成功地解读了水稻叶绿体基因的全碱基序列,并已在10月8～10日于京都召开的日本遗传学会上发表。由此打下了研究高层次基因表达机理(如查明叶绿体基因的机能、探讨叶绿体基因的调节同细胞核内也存在的叶绿体构成蛋白基因怎样协调等)的基础。这样。

FET型传感器、利用该传感器的离子浓度检测方法及碱基序列检测法

本发明包括：在半导体基板的表面，形成与基板反极性的扩散区域组成的输入二极管部、固定在输入二极管部与浮游扩散部之间的绝缘膜上的输入栅极和输出栅极、固定在其输入/输出栅极闯的绝缘膜上的离子感应膜所组成的传感部、固定在连接浮游扩散部另一侧位置的绝缘膜上的复位栅极，形成在复位栅极的浮游扩散部另一侧的、由与基板反极性扩散区域浇成的复位二极管部；此FET型传感器检测：根据对应于作用在传感部的离子浓度而相应变化的势井深度和汲出次数的，浮游扩散部所积累的电荷量。

我国东部沿海地区水产品中副溶血弧菌分离株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型研究

目的：了解2007～2012年来自我国东部沿海地区水产品中的副溶血弧菌分离株的毒力基因携带情况和菌株克隆群关系构成。方法收集2007～2012年间来自广东省、福建省、上海市、江苏省、山东省、北京市的水产品，分离自水产品中的副溶血弧菌株，经基于 tlh 基因荧光 PCR 鉴定为副溶血弧菌共79株。采用荧光 PCR 方法对其进行了毒力基因耐热直接溶血素（tdh）、耐热直接溶血素相关溶血素（trh）及流行组标识基因 orf8检测，采用国际推荐的多基因座序列分型（MLST）方法对菌株进行亚群分析和克隆复合体分析，并构建基于 ST 型和 pST 型的最小生成树，根据 eBURST 进行克隆群复合体分析。结果在79株水产品分离株中，tlh 均为阳性，8．86％（7／79）的分离株 tdh 阳性，orf8基因的携带率为8．86％。此79株副溶血弧菌分离株分属于69个 ST 型，3个克隆群复合体，62个单体。在基于肽链的多位序列分型时，此79株副溶血弧菌分离株可分为23个 pST 型，包括1个克隆群复合体，2个单体。去重组后剩余363个单核苷酸多态性（SNP）位点，以此363个 SNP 位点进行分型，可分为68个 pattern型。结论来自我国东部沿海地区的水产品中分离的副溶血弧菌具有高度多态性，但毒力基因携带率较低，MLST分型时以 ST3型为多，AA-MLST 分型时以 pST1型为主。

亚洲副溶血弧菌临床菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型研究

目的了解来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株的群组结构和克隆复合体构成。方法在pub MLST公共数据中筛选具有完整ST型及p ST型的来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建基于ST型和p ST型的最小生成树。结果从数据库中共筛选到具有ST型及p ST型的来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株数据341条,共含有157个ST型,以ST3型为最多。其中有214条菌株数据来自中国(包括港台地区),覆盖了133个ST型,其中仍以ST3型为最多。利用e BURST软件对数据进行分析,共发现了17个组,94个单体。STRUCTURE软件分析显示,来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株的适宜亚群数为7,各亚群内的样品平均距离为0.9113。结论来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株具有高度多态性,可细分为7个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以p ST2型为主。

碱基序列直接测序基础上的HLA-DNA分型方法的研究进展

20世纪90年代以来DNA扩增、DNA纯化和人类基因成果对HLA领域的渗透,使得碱基序列测序方法(sequencebasedtyping,SBT)成为一种可直接阅读HLA系统复杂性的基因物质的最佳技术,并在器官移植、人类遗传学、疾病关联等研究方面被认为是HLA基因分析的金标准。就近年来SBT对HLA-DNA分型及其意义的研究进展作一综述。

羊绒羊毛纤维线粒体DNA碱基对序列研究

物种不同,DNA序列亦不同,而生存环境、食物链等因素也会引起基因突变。文章对不同地区、不同种类的羊绒和羊毛纤维线粒体DNA进行测序实验,通过对实验所得序列的比较与分析,得出结论:羊绒羊毛纤维线粒体DNA序列的相似度达98%以上,但在特定的位置有各自的特征碱基序列;不同产地、不同种类的山羊绒纤维线粒体DNA的特征碱基序列基本一致,不同产地、不同类别的绵羊毛纤维线粒体DNA的特征碱基序列亦基本一致。

结内非霍奇金淋巴瘤编码区单碱基重复序列分析

目的 在结内非霍奇金淋巴瘤 (NHL)中进行编码区单碱基重复序列长度变化分析及其与DNA错配修复相关性的研究。方法 收集活检所得 5 1例结内非霍奇金淋巴瘤和 9例淋巴结反应性增生的冷冻标本 ,并分离基因组DNA ,通过荧光PCR法扩增 ,应用全自动DNA测序仪和GeneScan 3 1软件进行片段分析 ,观察编码区单碱基微卫星位点TGF βRⅡ、IGFⅡR、BAX、hMSH3和hMSH6大小的变化。结果 仅 1例T 淋巴母细胞性淋巴瘤出现TGF βRⅡ长度变化 ,无其它异常。 结论 结合前期BAT 2 6和BAT 2 5的分析结果 ,微卫星不稳定性和编码区单碱基重复序列变化在结内NHL中都较少见。