磁珠富集法与小片段克隆法筛选鲤微卫星的比较研究

用2种方法克隆黑龙江鲤(Cyprinus(Cyprinus)carpiohaematopterus)的微卫星序列。这2种方法分别是:①经典的小片段DNA克隆库,用末端标记的[γ-32]ATP的CA重复序列为探针筛选;②将酶切获得的小片段DNA用结合有磁珠的并连接有15个CA重复序列的生物素进行富集,获得的含有CA重复的DNA片段并经过两次PCR扩增再克隆的方法获得富集微卫星片段的克隆库。从前一个方法的克隆库中筛选2000个菌落,获得阳性克隆45个,有22个含有微卫星,完美型的占63 6%,非完美型的占22 7%,混合型的占13 7%,重复次数超过10的有9个,占40 9%;从方法②的克隆库中筛选2600个菌落,获得阳性克隆1300个,测序其中的390个克隆,微卫星314个,完美型的占79 0%;非完美型的占14 3%;混合型的占6 7%,重复次数超过10的有293个,占93 3%。结果表明,用生物素结合磁珠富集法克隆微卫星效率高,成本低,所获微卫星质量高,是一种值得推荐的微卫星制备方法。

磁珠富集法制备大口鲶的微卫星分子标记

通过磁珠富集的方法分离大口鲶（Silurus meriaionalis）的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切，梯度离心收集400～900bp片段并纯化，连接Brown接头，用生物素标记的寡核苷酸（CA）15作探针与其杂交，杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上，然后将这些片段洗脱，PCR扩增，进行克隆构建“基因组文库”，再通过同位素标记的探针（CA）15进行2次杂交筛选，所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序，97．19％（173个）含有微卫星序列，90．60％重复数在10以上，75．98％为完美型。除探针中使用的CA重复单元外，还观察到Cr、GA、ATG的重复序列。设计获得120对微卫星引物，合成40对经PCR筛选，结果31对引物扩增出多态性条带。显示出，磁珠富集法是获得微卫星分子标记的一种有效的方法，可成为今后发展该标记的主要方法。同时，制备出的微卫星标记可为今后研究大口鲶的分子遗传育种提供有用的遗传标记。

磁珠富集法筛选虾夷扇贝微卫星序列

采用生物素—磁珠吸附微卫星富集法,筛选虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分子标记,并用同位素法进行二次筛选。结果在筛选的192个菌落中获得136个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列179个,其中完美型占50.8%,非完美型43.0%,混合型占6.1%。除探针中使用的CA重复外,还得到TC、AG、ACA、CTAT的重复序列。用引物设计软件Primer Premier5.0设计引物85对。

用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记

应用Dynal磁珠-生物素标记的微卫星探针(CT)15与亚麻基因组DNA酶切片段杂交,捕获300～1500bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的小片段插入文库。利用接头引物和根据微卫星核心序列设计的引物VRV(CT)15使用PCR方法直接对文库筛选,从422个转化子中获得了104个阳性克隆,对其进行测序分析,获得了97个微卫星序列,微卫星序列的富集效率达到22.99%,PCR扩增筛选效率93.27%。对97个微卫星序列进行比对分析,其中51个重复序列的两端序列高度相似,据其设计的特异引物对阳性克隆进行2次筛选,能淘汰相似度高的同类序列,提高筛选亚麻微卫星标记的效率。

磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记

磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,回收纯化400～900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究又通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所得到的阳性克隆经测序,86.36%含有微卫星序列,共获得130个微卫星DNA序列。用引物设计软件PrimerPremier5.0设计引物83对。

磁珠富集法筛选兰州鲇微卫星分子标记

兰州鲇（Silurus lanzhouensis）又名黄河鲶，隶属于鲇形目（Siluriformes）、鲇科（Siluridea）、鲇属（Silurus），是我国黄河中上游特有的大型经济鱼类。肉质细嫩、少刺、味道鲜美，具有很高的营养价值，俗有“黄河鲶鱼活人参”之称[1]。但由于过度捕捞、水利工程等因素，兰州鲇野生种群数量日益减少，已被《中国物种红色名录》列为濒危物种[2]。

磁珠富集法分离刀鲚微卫星标记

利用磁珠富集法分离微卫星序列,以开发长江刀鲚微卫星分子标记。将长江刀鲚基因组DNA经限制内切酶Mse I酶切,回收400-1 000 bp片段,安装接头,构建长江刀鲚全基因组PCR文库。用生物素标记的微卫星探针(CA)12与其杂交,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段。将洗脱所得片段进行PCR扩增,然后进行克隆。经过菌落PCR检验后挑选出118个阳性克隆进行测序,其中97条含有微卫星序列。用设计合成59对微卫星引物对30尾养殖长江刀鲚进行引物的多态性筛选,得到9对多态性引物。

免疫磁珠富集技术进展

免疫磁珠富集技术，是以磁性微球作为固相表面，结合免疫学方法建立起的一门具有重要应用前景的样品富集手段。具有磁性的微颗粒通过结合特定抗体，在液相中能特异性地与相应抗原结合，依靠磁场的作用力快速地使所需样品量得到大大的浓缩。由于免疫磁珠富集法具有快速及特异性强的特点，在_一十余年的发展中，已广泛应用于分离及浓缩特定细胞、微生物、蛋白质和核酸片段等肉眼难以观察或样品中含量不高的物质。

磁珠富集法开发蕨麻SSR标记引物

微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中。利用EcoRⅠ,MseⅠ2种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)15、(GT)15杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集。共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85%)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5成功设计出40对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50%。对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078。20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具。

磁珠富集法开发毛竹SSR标记引物

用磁珠富集法筛选毛竹基因组DNA的SSR分子标记,利用磁珠法对毛竹基因组DNA的AFLP片段进行了富集,分别构建了富含GT、AG、CCA重复基元的富集文库,利用克隆PCR法对文库进行筛选,检测菌落数分别为1080、620、630个,阳性菌落中含目的重复的序列分别为137、73、41个,富集效率分别为12.7%、11.8%、6.5%。双碱基重复的富集效率高于三碱基富集效率。根据获得的序列结果,设计了53对SSR引物,其中31对引物在毛竹中成功扩增出目的大小的条带,扩增成功率为58.9%。

磁珠富集法筛选方正银鲫的三、四核苷酸重复微卫星DNA

通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio(Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记。结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中完美型542个(67.75%),非完美型140个(17.50%),混合型118个(14.75%)。用引物设计软件primer3plus在线设计引物163对,选择合成76对,引物多态性通过二倍体野生鲫群体进行检测。检测结果显示,30对引物表现出不同程度多态性,等位基因数在3～8之间,多态信息含量(PIC)在0.4066～0.8023之间,其中80%为高度的多态性位点(PIC>0.5),表明方正银鲫微卫星文库是个高质量的文库。

利用磁珠富集法开发花榈木微卫星引物

将花榈木（Ormosia henryiPrain）基因组DNA用MseⅠ酶切后,连接相应的接头,PCR扩增后回收500~1000bp片段,与用生物素标记的微卫星探针（GA）12,（AAG）8杂交后,运用磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段。获得的序列经PCR扩增,连接载体pMD19-T,构建富含微卫星序列的小片段插入文库;用PCR法筛选文库,获得78个阳性克隆,经测序分析得到24个微卫星序列,成功设计出9对引物。

磁珠富集与液相色谱-质谱联用结合筛选枳壳中脂肪酶抑制剂

提出了一种磁珠收集与液相色谱-质谱联用(LC-MS)结合用于快速筛选中药提取物中的脂肪酶抑制剂的方法.通过制备键合脂肪酶的磁珠,将其与枳壳总黄酮孵育后,筛选出枳壳中脂肪酶的配体.通过LC-MS分析发现,4个化合物均是潜在的脂肪酶抑制剂,鉴定其分别为柚皮苷、新橙皮苷、橙皮苷和枸橘苷.对4个化合物进行了体外脂肪酶抑制活性验证.研究结果表明,新橙皮苷、橙皮苷和枸橘苷具有显著的脂肪酶抑制活性,IC50分别为48.04,52.45和46.18μg/mL,其中枸橘苷具有脂肪酶抑制活性为首次报道.结果表明,磁珠富集与LC-MS集成技术能够用于快速发现中药活性成分.

磁珠富集法制备莲藕基因组的微卫星分子标记

采用磁珠富集法FIASCO，设计生物素标记的寡核苷酸Biotin-（AG）13作探针，分离莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn．）的微卫星分子标记，从所获得的阳性克隆中选取42个测序，结果36个克隆（85．0％）含有微卫星序列，其中23个（63．9％）重复数在10以上，19个（52．8％）为完美型。设计并且合成24对微卫星引物，经筛选其中16对为有效引物（66．7％），能扩增出多态性条带。

磁珠富集法筛选西施舌微卫星序列

采用生物素-磁珠吸附微卫星富集法(FIASCO)筛选西施舌(Coelomactra antiquata)微卫星分子标记。结果获得含有重复次数不少于5次的微卫星序列38个,其中完美型占68.4%,非完美型26.3%,混合型5.3%。除探针中使用的CA和GA 2种重复外,还得到ATTG、CGTG和TGTTG的重复序列。微卫星重复次数主要集中在5～46次,最高为70次。利用这些微卫星序列设计了14对引物。该研究筛选出的微卫星标记为进一步研究西施舌的遗传多样性提供帮助。

用磁珠富集法从AFLP片段中分离鹅微卫星DNA标记

用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记,可以避免基因组文库的构建和筛选这一繁重的工作,既节省时间又节约费用.利用少量的内切酶组合建立一系列AFLP DNA,然后用生物素标记的简单重复序列(SSR)作探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链亲和素的磁珠上,经过一系列洗涤过程,含有SSR的AFLP片段被吸附到磁珠表面.这些片段经洗脱下来后,先用对应的AFLP引物扩增,再进行克隆和测序,根据SSR两端的保守序列设计引物,经过多态性分析后,便可得到微卫星DNA标记.用这种方法已成功地从6个中国地方品种鹅中分离到30个微卫星DNA标记.其中有11个引物表现为多态性好,特异性强且相互之间并不连锁.各品种平均多态信息含量(PIC)在0.513～0.546之间.说明这11个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鹅品种间遗传多样性和系统发生关系的分析,并为建立鹅遗传图谱、重要经济性状的基因定位及标记辅助选择奠定基础.

基于磁珠富集法的绣线菊SSR分子标记分离与筛选

微卫星序列(SSR)具有多态性高、共显性遗传等特点,是一种极具价值的分子遗传标记。采用磁珠富集法从高山绣线菊基因组DNA中分离和筛选SSR标记。高山绣线菊基因组经限制性内切酶Mse I酶切后与接头连接,并与生物素标记SSR探针(AC)15和(AG)15杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、洗脱、PCR扩增、克隆,完成微卫星文库构建。利用载体通用引物和探针序列引物进行PCR扩增,筛选重组克隆并测序,获得112条序列。随机挑选其中60条序列设计的引物,经初期筛选获得多态性引物16对。用所得16对引物对4个居群92个个体的蒙古绣线菊和高山绣线菊进行PCR扩增。统计分析PCR产物的毛细管电泳结果,发现4个居群的平均等位基因数、平均期望杂合度及平均观测杂合度都比较高。64个数据系列(4个居群×16个位点)中的26个显著偏离HardyWeinberg平衡,推测可能由于无效等位基因的存在所引起。分析显示研究开发的16对多态性SSR引物可以用于后续遗传多样性、物种进化与亲缘关系等方面研究,丰富了绣线菊遗传多样性研究的分子标记。

应用免疫磁珠富集法江西省首次检出肠出血性大肠杆菌O_(157):H_7

肠出血性大肠杆菌O157:H7是一种新型的致病性大肠杆菌,能引起人类出血性腹泻和溶血性尿毒综合征,也是一种人畜共患病,国际上比较一致的观点是认为牛、猪等动物是出血性大肠杆菌O157:H7的主要传染源,为了解江西省肠出血性大肠杆菌O157:H7的分布及流行情况,我们进行了初步调查,现将结果报告如下.

磁珠富集法分离小黄李基因组微卫星DNA片段

将微卫星探针5′端生物素化后与链亲和素磁珠特异结合,用磁珠和探针的结合物与两端连接已知序列人工接头的中国李品种小黄李(Prunus salicinacv.Xiaohuangli)基因组DNA酶切片段杂交,以此杂交片段为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,根据PCR产物测序结果设计引物作为微卫星DNA的标记引物.结果在随机挑选的36个克隆进行菌落PCR检测时,从31个阳性克隆中挑选18个克隆进行测序后获得了12条特异序列,设计的8对SSR引物均在5个中国李受试品种上获得了预期的扩增产物,其中4对引物在受试品种上表现出多态性.

用磁珠富集法制备史氏鲟的微卫星分子标记

采用生物素-磁珠富集法与放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了史氏鲟Acipenser schrencki基因组的微卫星资源。结果表明:在得到的1 400多个细菌中,有300多个阳性克隆,将其中96个进行测序,在这些序列中共有115个微卫星核心序列,含99个重复次数大于10次的微卫星核心序列。其中完美型标记40个,占40.4%;非完美型标记52个,占52.5%;混合型标记共7个,占7.1%。随机选取侧翼序列较长的50个序列,依据引物设计原理设计引物50对,经3次PCR筛选,有28对引物可得到稳定的特异性扩增;同时利用史氏鲟的6个个体检验了这些位点的多态性,并统计了等位基因数,发现有22对等位基因具有良好的多态性。