乙型肝炎病毒基因型分布及耐药突变位点分析

目的探讨开封地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型分布,基因耐药突变位点分布情况。方法选取开封地区2018年1月至2020年12月期间收集200例乙型肝炎表面抗原(HBsAg)阳性患者,采用基因测序技术检测患者基因型,对检测结果进行统计分析。并对患者血清中HBV-DNA进行核苷类似物(NAs)耐药基因位点分析。结果开封地区200例乙型肝炎表面抗原(HBsAg)阳性患者基因型C型179例,占比97.8%,B型4例,占比2.2%,未检测出B+C型及其他型;200例患者测序结果中26例检测出NAs基因耐药突变位点,基因C型患者耐药突变位点检出率高于基因B型患者。结论开封地区乙型肝炎表面抗原阳性患者HBV基因型以C型为主,B型较少,未检测到其它基因型;基因C型患者NAs耐药位点检出率高于B型。NAs耐药突变位点中共检出9种不同耐药突变位点组合模式,以单位点突变为主。

新型冠状病毒Omicron I1566V突变位点MS2噬菌体病毒样颗粒的构建

目的构建新型冠状病毒Omicron I1566V突变位点MS2噬菌体病毒样颗粒。方法选取并合成带有6×His标签的MS2噬菌体的衣壳蛋白(CP)、成熟蛋白(A蛋白)及Omicron I1566V突变基因序列,插入pACYCDuet-1质粒构建重组载体,通过原核系统诱导表达目的蛋白,纯化重组蛋白后利用透射电镜对蛋白质进行物理表征,最后通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测病毒样颗粒的热稳定性及耐核酸酶水解能力。结果成功构建包含有6×His标签的CP、A蛋白和Omicron I1566V突变基因序列的重组载体,经限制性内切酶BamHⅠ和KpnⅠ酶切鉴定和测序验证,结果均与预期相符。经诱导并纯化后,通过电镜观察到了大小均匀、直径为23~28 nm的病毒样颗粒,该病毒样颗粒经核酸酶消化后可在37℃条件下稳定储存20 d以上。结论该研究成功利用MS2噬菌体的CP和A蛋白构建了Omicron I1566V突变位点病毒样颗粒,为该突变位点的RT-PCR检测体系提供了可靠的质量保障。

一种筛选水稻Mutmap+突变位点的简易方法

利用基因组重测序技术进行基因定位目前已在水稻功能基因组学研究中得到广泛应用。其中,Mutmap+技术因无需进行杂交操作,且无需背景亲本的基因组信息,具有更广阔的应用前景。然而,目前Mutmap+技术筛选候选突变位点的方法依赖于复杂的数据计算,要求研究者具有较高的生物信息学知识。根据Mutmap+的实验原理,设计一种简单的筛选候选突变位点的方法。该方法对混池测序的表型池与非表型池的突变指数分别加以限定,即表型池突变指数等于1,非表型池突变指数小于0.5。对测序所得突变位点进行简单排序,即可得到候选突变位点。运用该筛选方法,从6个水稻不育突变体成功克隆突变基因,并对其中1个突变体进行了细胞学表型的验证。该方法可简化Mutmap+技术的数据分析流程,便于将Mutmap+技术更好地运用到水稻功能基因组学研究中。

两个中国视网膜色素变性家系EYS新突变位点的临床表型分析

目的 应用目标区域捕获技术检测两个中国视网膜色素变性(RP)家系的EYS新突变位点,并分析其类型与临床表型特征的关系。方法 采集2018年10月在沈阳何氏眼科医院门诊确诊为视网膜色素变性的两个家系共6人纳入研究,采集所有受检者外周血5 ml,提取DNA后,采用目标区域捕获测序和Sanger验证来鉴定基因变异位点,并进一步分析该基因变异的特殊临床表型。结果 在两个家系中,门诊确诊2例患者, 4例正常表型家庭成员。基因检测发现, 1例视网膜色素变性家族中发现了EYS基因的两个错义杂合突变c.3489T>A和c.5852C>T。在另一例视网膜色素变性家族中发现了EYS基因的两个基因突变,分别是c.6557G>A和c.8153C>A,经家系共分离确认为复合杂合突变。两个家系的夜盲发病年龄提前,视力极差。结论 本研究报告了2例中国常染色体隐性遗传视网膜色素变性(ARRP)家系中EYS的两个新发突变位点c.8153C>A和c.5852C>T,扩充了视网膜色素变性的基因谱和新的临床表型。光学相干断层扫描血管成像(OCT-A)检查有助于评估黄斑中心凹下脉络膜毛细血管萎缩程度,间接评估病情发展。

厦门地区结核病患者对利福平与异烟肼的耐药情况及其耐药基因突变位点分析

目的:探究厦门地区结核病患者对利福平与异烟肼的耐药情况及其耐药基因突变位点,为临床耐药结核病患者的抗结核治疗提供参考。方法:选取2019年1月—2020年12月厦门大学附属第一医院收治的1029例结核病患者作为研究对象,采集患者的各种临床标本并通过DNA微阵列芯片技术检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)对利福平与异烟肼的耐药情况及其耐药基因突变位点的分布情况。结果:1029例结核病患者分离出的MTB对利福平和/或异烟肼的总耐药率为18.56%(191/1029);男性患者对利福平和/或异烟肼的总耐药率略高于女性(19.24%vs 16.60%,P>0.05);在各年龄段中,40~<60岁患者对利福平和/或异烟肼的总耐药率最高(19.80%),而<20岁患者对利福平和/或异烟肼的总耐药率最低(12.82%),但各年龄段结核病患者对利福平和/或异烟肼的总耐药率经比较其差异无统计学意义(χ^(2)=1.553,P>0.05);共有127例患者的利福平耐药相关基因rpo B发生突变,突变率为12.34%,位点531(C→T)突变频率最高(为52.76%),共有141例患者的异烟肼耐药相关基因发生突变,其中kat G基因突变100例,突变率为9.72%,位点315(G→C)突变频率最高(为68.09%),inh A基因启动子突变40例,突变率为3.89%,kat G基因和inh A基因启动子同时突变1例;1029例结核病患者中耐多药结核病(multidrug-resistant tuberculosis,MDR-TB)的发生率为7.48%,基因rpo B 531(C→T)-kat G 315(G→C)的突变率最高(为45.45%),有1例患者的MTB的rpo B、kat G和inh A基因均发生了突变。结论:厦门地区MTB耐多药和利福平耐药的形势严峻,rpo B 531、kat G 315和rpo B 531-kat G 315是其利福平耐药、异烟肼耐药和耐多药的主要突变位点。

猪GH基因部分突变位点对生产性能的影响

本试验利用PCR -RFLPs技术 ,用MspⅠ ,ApaⅠ两种限制酶 ,检测了猪生长激素基因 +2 0 6～ +711位共5 0 6bp片段中的 [+2 95～ +30 0、+5 6 3～ +5 6 6 ]2处突变位点 ,分析了各多态位点在姜曲海猪中的分布及其与生产性能的关系。发现 :姜曲海猪中 ,MspⅠ酶切突变位点中的G1G2基因型和G2G2基因型个体的生产性能没有差异 ,不同日龄体重在两组间变化没有规律。ApaⅠ酶切突变位点G4G4基因型个体的 2 0日龄体重、45日龄体重高于G3G3/G3G4基因型个体 ,但差异不显著 ,G4G4基因型个体的 70日龄体重极显著高于G3G3/G3G4基因型个体 (P <0 .0 1)。G4G4基因型个体的 0～ 70日龄日增重也极显著高于G3G3/G3G4基因型个体 (P <0 .0 1)。这些结果显示GH基因有可能作为数量性状基因座的侯选基因。

猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3′侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响

利用PCR-RFLP技术,分析了猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的3′侧翼区一碱基变异区Ava 位点的多态性在不同猪群体间的基因型分布及其多态性对猪胴体、肉质性状的影响。结果表明:经χ2独立性检验,发现该多态片段3种基因类型在各品种间分布不一致,杜洛克与中国地方猪种淮南猪、二花脸猪、清平猪、八眉猪相比差异极显著(P<0.01),中国地方猪种间比较差异均不显著(P>0.05);采用最小二乘法以及回归法分析了大白×梅山资源家系F2代139头个体的Ava 位点多态性与相应的胴体、肉质性状的连锁关系,未发现该位点对猪胴体、肉质性状的显著性影响。UCP3基因3′侧翼区多态位点基因片段在各猪群间分布类型的不同显示出中国地方猪种与外来猪种相比所具有的种质差异,但该位点是否用作为改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究。

猪GH基因部分突变位点在不同品种中的分布

采用 PCR-RFLPs技术 ,以 Msp 、Apa 为内切酶 ,检测猪 GH基因 2 0 6～ 71 1位大小为 5 0 6bp片段中 2处突变位点 ( 2 95～ 3 0 0位及 5 63～ 5 66位 ) ,分析各多态位点在皮特兰猪、杜洛克猪、长白猪、姜曲海猪、梅山猪 5个品种中的分布。结果表明 :1 Msp 酶切突变位点的 3种基因型在 5个品种中分布差异极显著 ,皮特兰猪与长白猪、姜曲海猪、梅山猪 ,杜洛克猪与长白猪、梅山猪 ,长白猪与姜曲海猪两两猪群间差异极显著 ,其他猪群间差异不显著。中国地方梅山猪、姜曲海猪和国外长白猪等位基因 G1 的比例很低 ,皮特兰猪群的等位基因 G1 的比例略高 ,其他猪群 G2 等位基因频率较高。2 Apa 酶切突变位点 3种基因型 ,除梅山猪与其他猪群间分布差异极显著外 ,其他两两猪群间分布无差异 ,但各群体中 G4

国人SCN5A基因新的同义突变位点

目的研究中国人心原性猝死相关基因SCN5A突变位点。方法采用聚合酶链反应和DNA测序对1例RQT间期综合征(LQTs)和2例特发性J波患者SCN5A基因进行突变检测。结果①3例患者在国内、外已知的SCN5A突变位点上,均未发现有突变。②发现1个新的同义突变(T990C),位于钠通道α-亚基的DⅠ区段S5～S6胞外环上。结论这个新的同义突变可能通过影响门控性钠通道的跨膜电流而与恶性心律失常的发生相关。

等位基因差异特异性PCR检测HBVDNA的前C区1896突变位点及其临床意义

为了探讨ＨＢＶ前Ｃ区 １８９６突变位点检测的临床意义，采用３－末瑞等位基因差异特异性ＰＣＲ方法对９５例乙型肝炎病毒感染者的ＨＢＶＤＮＡ１ ８９６位点进行基因型（野生株／突变株）的检测，结果显示：总突变率为６４．２％，总野生率为５５．８％，纯野生型和纯突变型的检出率分别为２８．４％和２７．４％；不同临床类型的乙肝病毒感染者均可出现突变，其野生型、突变型和混合感染型的检出率之间的比较无显著性差异（Ｐ＞０．０５），急性乙肝与慢性乙肝、携带者、肝硬化和肝癌的总突变率存在差异（Ｐ＜０．０５）；血清不同ＨＢｅ系统均可发生突变．抗－ ＨＢｅ阳性组的突变率显著高于ＨＢｅＡｇ阳性和ＨＢｅ系统阴性组（Ｐ＜０．０５），提示：机体感染了ＨＢＶ后．变异主要是发生在慢性持续性感染过程中．突变株逐渐替代了野生株并成为优势株．使宿主得以持续感染ＨＢＶ。

家族性高胆固醇血症患者低密度脂蛋白受体基因新突变位点的鉴定

家族性高胆固醇血症(hypercholesterolemia familial, FH)是由于低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor, LDLR)基因突变导致的常染色体显性遗传性疾病, 临床上表现为多发黄色瘤、高水平血浆 LDL、早发性冠心病及有阳性家族史。本研究通过临床症状结合血脂测定诊断出一个 FH 家系, 其纯合子 FH 患者的血浆总胆固醇水平高达 19.05 mmol/L, LDL 达17.06 mmol/L, 并有黄色瘤; 而杂合子 FH 患者的血浆总胆固醇水平为 7.96 mmol/L, LDL为5.55 mmol/L, 并有心绞痛症状和黄色瘤。我们对该FH 家系患者LDLR 基因的PCR 扩增DNA片段进行测序, 发现纯合子FH 患者LDLR 基因Exon4 区域内发生了GAG683GCG 突变, 即编码 LDLR 第 683 位的谷氨酸被丙氨酸替换, 而杂合子 FH 患者该位点呈现杂合突变。此基因型与临床诊断遗传谱完全一致。同时, 利用获得Epstein-Barr(EB)病毒转化型人永生淋巴细胞株(EBV-Ls)与荧光探针DiI标记的LDL结合反应, 再通过流式细胞仪检测结果显示, 具有功能性LDLR 的EBV-Ls 细胞比例, 在纯合子FH 患者(7.02%)和杂合子FH 患者(62.64%)均比健康对照者(84.69%)低, 纯合子FH 患者LDLR 活性仅为健康对照者的8.29%、而杂合子FH 患者LDLR 活性约为健康对照者的73.96%, 前者呈现非常显著的降低?

耐链霉素结核分枝杆菌rpsL基因高突变位点43Codon分子信标检测的实验研究

目的选择耐链霉素(STR)结核分枝杆菌rpsL基因主要突变位点密码子43序列设计分子信标探针及扩增体系,并建立运用荧光显微镜及图像分析软件检测荧光结果及定性判断的方法。方法运用软件Beacon designer设计43Codon分子信标探针及建立其扩增体系,采用荧光显微镜观测反应后的荧光信号及图像分析软件定性判断结果。结果包含43Codon rpsL基因聚合酶链反应(PCR)扩增产物条带清晰;通过荧光显微镜观测到标准株及耐STR株PCR产物与分子信标探针杂交后荧光信号区别明显;67株耐STR与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,P<0.05和P<0.01的耐STR组检出率为80%。结论分子信标技术是一种具有高灵敏、高特异核酸检测技术;采用荧光显微镜观测荧光信号具有更强的荧光信号识别、放大功能及结果判断更准确等优点。

细胞色素P450 2C19单碱基突变位点CYP2C19m1的分析

目的:CYP2C19ml是引起CYP2C19酶活性缺陷的主要等位基因,有83％左右的慢代谢者含有CYP2C19ml等位基因,本文试图建立一步PCR测定CYP2C19ml等位基因的方法。方法:根据等位基因特异扩增(ASA)原理设计两对分别特异扩增野生型等位基因和突变型等位基因的引物,建立了一步PCR测定CYP2C19ml等位基因的方法。结果:对39位随机受试者进行了基因分型研究,发现3位CYP2C19ml纯合子、18位CYP2C19ml杂合子,其余18位为野生型纯合子。结论:说明效法能够用于测定CYP2C19ml等住基因,并且证明该法具有简便、快速和污染少的优点。

eNOS基因G894T突变位点与缺血性脑卒中的关系

目的 为了了解内皮型一氧化氮合成酶 (eNOS)基因G894T突变位点与中国人群缺血性脑卒中之间的关系。方法 我们利用PCR和分子杂交技术对北京地区 2 94例缺血性脑卒中患者及 2 80例非卒中对照的eNOS基因G894T突变位点进行了检测和分析。结果 G894T位点在两组人群中的分布均符合Hardy -Weinberg遗传平衡定律 ,但该位点基因型频率及等位基因频率在两组人群中分布无差异。结论 eNOS基因G894T突变不是中国人群缺血性脑卒中发病的遗传学危险因素。

野猪ASIP基因的突变位点及其与毛色表型的相关性研究

本试验旨在研究影响动物被毛颜色变化的功能基因ASIP在野猪群体里的变异及其与被毛表型之间的相关性。通过直接测序法搜寻ASIP基因编码区、5′-UTR、3′-UTR和部分内含子区域突变位点。结果表明:在ASIP基因的3′-UTR区域识别了一个T→C突变位点(ASIP.c 695T→C),而在其它区域没用发现。通过群体内多态性检测,7个毛色类型的野猪在此突变位点都是CC或CT基因型,而长白猪群全部是TT基因型。从这个结果得出具有不同毛色的野猪群体可能是由突变位点C等位基因引起,不能排除还有其它毛色功能基因参与野猪被毛的形成。研究为进一步了解野猪ASIP毛色功能基因在其群体内的遗传变异奠定了理论基础。

非小细胞肺癌中EGFR突变位点和样本差异性对突变与蛋白表达的影响

目的探讨非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变的临床病理特征,分析EGFR突变与蛋白表达的相关性以及不同突变位点和样本差异性的影响,寻求更有效的EGFR筛查手段。方法采用ARMS-PCR法和免疫组化法检测356例NSCLC中EGFR基因突变和蛋白的表达,分析两者的相关性。结果EGFR基因突变率为53. 93%,EGFR蛋白阳性率为69. 8%;两者表达显著相关(P<0. 001);以ARMS-PCR法为金标准时,免疫组化法检测其灵敏度为87. 77%,特异性为53. 77%,阳性预测值为71. 34%,阴性预测值为77. 02%;因标本类型和组织学类型造成的样本差异性中,手术肿块(Kappa=0. 824)和肺鳞癌(Kappa=0. 496)样本的检测一致性明显优于其他组织; EGFR突变与患者性别(P <0. 001)、组织学类型(P <0. 001)、胸膜侵犯(P <0. 001)、脉管神经累犯(P=0. 001)和淋巴结转移(P=0. 002)密切相关。结论非小细胞肺癌中EGFR突变与蛋白表达相关,在充分考虑样本差异性影响的前提下,免疫组化检测可作为EGFR突变的经济便捷初筛手段和补充。

烟草青枯菌Tn5突变体库的构建及突变位点分析

为了从烟草青枯菌全基因组范围内发掘致病性相关基因,采用电转化法构建了一个EzTn5转座子介导的烟草青枯菌TXLLJ14-3菌株插入突变体库,该突变体库包含1.2万个突变子,经烟草上的致病性检测,共得到216个无致病力或弱致病力突变菌株。利用TAIL-PCR扩增获得其中15个无致病力烟草青枯菌的Tn5侧翼序列,并对其插入位点进行了分析,结果表明,15个突变菌株的插入位点分别位于核苷酸水解酶、糖基转移酶、转座酶和合成酶等具有不同功能的基因上,这些基因受到干扰或破坏后,可能会抑制致病相关物质的表达或分泌,或者诱导烟草对病原菌产生抗性,从而表现出无致病力特征。

中国一先天性无虹膜家系在PAX6基因的突变位点

0引言先天性尤虹膜是一种临床罕见的眼发育性：疾病，以全部或部分虹膜缺欠为特征，并伴有其它眼部异常，包括眼球震颤、白内障、青光眼、中心凹发育小良等，发病形式为常染色体显性遗传。”外1／3的病例是没有家族遗传史的散发病例[1,2]。临床资料选自牡丹江医学院红旗医院就诊的一个具有显性遗传性特点的先天性无虹膜家系，

猪瘟病毒C株(脾淋毒)全长cDNA分子几个突变位点的重组改造

采用RT PCR、Nested PCR和Half nested PCR技术从试验感染兔脾组织的总 RNA中得到了猪瘟病毒(CSFV) C株全长cDNA的3个待改造片段,分别克隆于pMD18 T载体后进行测序。用重组技术分别从前期构建的5′半长cDNA或3′半长cDNA中替换F1、F3和F51,构建成 2 个新的半长 cDNA,进一步连接成新的全长 cD NA,经测序证实全长cDNA中3个致死性突变位点均得到改正。初步鉴定证明该全长 cDNA具有感染性。为猪瘟病毒C株反向遗传操作系统的建立奠定了基础。

阿勒泰羊、吐鲁番黑羊3个突变位点与产羔数的相关性分析

本研究基于前期基因组水平挖掘的3个产羔数候选基因突变位点,利用KASP分型技术,对由不同产羔数组成的2个绵羊群体阿勒泰羊、吐鲁番黑羊进行检测,并与产羔数进行相关性分析。结果表明,3个突变位点GUCY1A1基因g.43266624C>T、COIL基因g.7321466C>G、COIL基因g.7321563G>A在阿勒泰羊中均具有多态性,在吐鲁番黑羊中仅COIL基因g.7321563G>A位点无多态性,两个品种间的基因型频率和基因频率差异不显著(P>0.05)。GUCY1A1基因g.43266624C>T位点在阿勒泰羊中的CC、CT基因型个体产羔数极显著高于TT基因型个体(P<0.01),在吐鲁番黑羊中的CT基因型个体产羔数显著高于TT基因型个体(P<0.05),其他2个突变位点均差异不显著(P>0.05)。GUCY1A1基因g.43266624C>T位点与绵羊产羔数密切相关,可望作为显著影响阿勒泰羊、吐鲁番黑羊产羔数的重要位点。