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橡胶树CRISPR/Cas9编辑植株出现预期表型的突变阈值
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作者 杨先锋 林秋飞 +4 位作者 JINU Udayabhanu 李季 钱遵超 邓玉婷 黄天带 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期1521-1527,共7页
本课题组前期在橡胶树原生质体中分别实现了基于CRISPR/Cas9-RNP及质粒介导的瞬时转化基因编辑,并以HbPDS基因为靶标,在橡胶树愈伤组织中实现了农杆菌介导的稳定转化基因编辑,并获得了出现白化表型的愈伤组织,但由于橡胶树愈伤诱导体胚... 本课题组前期在橡胶树原生质体中分别实现了基于CRISPR/Cas9-RNP及质粒介导的瞬时转化基因编辑,并以HbPDS基因为靶标,在橡胶树愈伤组织中实现了农杆菌介导的稳定转化基因编辑,并获得了出现白化表型的愈伤组织,但由于橡胶树愈伤诱导体胚的技术还不稳定,导致未能获得基因编辑植株。为了获得橡胶树基因编辑幼苗,本研究继续以HbPDS基因为靶标,改用橡胶树体胚为侵染受体,开展农杆菌介导的遗传转化,经潮霉素抗性筛选获得增殖的T_0代抗性体胚,通过Cas9基因分子检测共挑选出116个阳性转化体胚,通过对靶点处的测序检测发现有5个胚块发生了基因编辑,编辑效率为4.3%。通过植株再生程序,获得了2株再生植株,表型观测均是嵌合体,表现为同一编辑植株上同时存在绿色及白化叶片。同时取白化叶片和绿色叶片进行高通量测序,发现二者均已发生了基因编辑,除了1个白化叶片发生了纯合双等位突变之外,其余叶片均为嵌合突变。其中,白化叶片编辑细胞的占比介于86%~100%之间,而绿色部位编辑细胞所占比例介于66%~69%之间,说明橡胶树CRISPR/Cas9编辑植株出现预期表型的突变阈值高于69%,介于70%~85%之间,为今后创制有表型的橡胶树基因编辑幼苗提供理论指导。同时,本研究证明了T_0代转化体胚及其获得的再生植株嵌合比例太高,不宜作为植株再生的材料,为今后通过对T_0代阳性体胚进行继代获得T_1代纯合体胚,并以T_1代体胚为转化受体获得纯合基因编辑植株提供思路。本研究首次公开报道获得了橡胶树基因编辑植株,尽管是嵌合植株,但也增进了对CRISPR/Cas9在橡胶树中作用的理解,为下一步在橡胶树中改进并应用基因编辑技术奠定基础。 展开更多
关键词 橡胶树 CRISPR/Cas9 HbPDS基因 基因编辑 突变阈值
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应用智能终端的立木高度测量方法 被引量:6
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作者 高莉平 徐爱俊 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期28-34,共7页
结合图像处理、单目视觉、近景摄影测量等技术和光学成像原理,研究应用智能终端的立木高度测量方法。文中以Android智能手机为例,利用单目的智能终端设备采集单株立木图像信息,结合图像显著性分析法和Canny算子获取立木图像边缘,根据阈... 结合图像处理、单目视觉、近景摄影测量等技术和光学成像原理,研究应用智能终端的立木高度测量方法。文中以Android智能手机为例,利用单目的智能终端设备采集单株立木图像信息,结合图像显著性分析法和Canny算子获取立木图像边缘,根据阈值突变三点法获取立木图像感兴趣区域;提出一种带有非线性畸变项的相机标定模型和应用点运算的透视畸变校正模型的立木高度测量方法,借助校正图像边缘阈值突变最值点和目标物距获取立木高度。经试验验证,文中研究方法立木高度测量结果误差均小于6.5%,符合森林资源调查要求中立木高度测量的精度,可以运用于实际的立木高度测量。 展开更多
关键词 智能终端 单目视觉 树高测量 阈值突变三点法 畸变校正
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二甲基酚橙法测定尿酸酶活性和识别尿酸酶高活性突变体
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作者 刘苗苗 冯娟 +4 位作者 刘红博 杨晓兰 冯丽萍 李元丽 廖飞 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期523-527,共5页
考察了采用二甲基酚橙测定过氧化氢(Xylenol-orange-assay-of-hydrogen-peroxide,XOAHP)法测定尿酸酶活性的可靠性以及识别高活性尿酸酶突变体的方法.将苛求芽孢杆菌(Bacillus fastidious)尿酸酶4种突变体成对组合,使其催化效力比值在1.... 考察了采用二甲基酚橙测定过氧化氢(Xylenol-orange-assay-of-hydrogen-peroxide,XOAHP)法测定尿酸酶活性的可靠性以及识别高活性尿酸酶突变体的方法.将苛求芽孢杆菌(Bacillus fastidious)尿酸酶4种突变体成对组合,使其催化效力比值在1.3-4.1间变化;将每种突变体表达载体转化大肠杆菌,取30个克隆分别转移到1.0 mL液体培养基放大,18℃诱导表达16 h,收集细胞后超声裂解得裂解液.在pH 8.9的Tris-HCl缓冲液中0.33 mmol/L以下尿酸对XOAHP法测定尿酸酶活性无干扰.SDS-PAGE分析发现不同突变体蛋白表达丰度有差异,酶活性同裂解液中总蛋白浓度正相关.Receiver-operation-curve(ROC)分析发现尿酸酶间催化效力比值越大,则所得曲线下面积(Area-under-the-curve,AUC)越接近1.00,此比值接近1.8时AUC约0.95.以突变体与起始物的酶活性浓度差值超过起始物标准差1.4倍为阈值,能识别催化效力达起始物1.8倍以上的突变体.因此,用XOAHP法测定裂解液中尿酸酶活性,以起始物活性均值加标准差1.4倍为阈值,有望高通量筛选尿酸酶突变体库. 展开更多
关键词 尿酸酶 二甲基酚橙法 突变 高通量筛选 阳性突变阈值 ROC曲线
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Abrupt vegetation shifts caused by gradual climate changes in central Asia during the Holocene 被引量:4
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作者 ZHAO Yan LIU YaoLiang +3 位作者 GUO ZhengTang FANG KeYan LI Quan CAO XianYong 《Science China Earth Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2017年第7期1317-1327,共11页
Understanding the response of ecosystems to past climate is critical for evaluating the impacts of future climate changes.A large-scale abrupt shift of vegetation in response to the Holocene gradual climate changes ha... Understanding the response of ecosystems to past climate is critical for evaluating the impacts of future climate changes.A large-scale abrupt shift of vegetation in response to the Holocene gradual climate changes has been well documented for the Sahara-Sahel ecosystem. Whether such a non-linear response is of universal significance remains to be further addressed. Here,we examine the vegetation-climate relationships in central Asia based on a compilation of 38 high-quality pollen records. The results show that the Holocene vegetation experienced two major abrupt shifts, one in the early Holocene(Shift I, establishing shift) and another in the late Holocene(Shift II, collapsing shift), while the mid-Holocene vegetation remained rather stable. The timings of these shifts in different regions are asynchronous, which are not readily linkable with any known abrupt climate shifts,but are highly correlated with the local rainfalls. These new findings suggest that the observed vegetation shifts are attributable to the threshold effects of the orbital-induced gradual climate changes. During the early Holocene, the orbital-induced precipitation increase would have first reached the threshold for vegetation "establishment" for moister areas, but significantly later for drier areas. In contrast, the orbital-induced precipitation decrease during the late Holocene would have first reached the threshold, and led to the vegetation "collapse" for drier areas, but delayed for moister areas. The well-known 4.2 kyr BP drought event and human intervention would have also helped the vegetation collapses at some sites. These interpretations are strongly supported by our surface pollen-climate analyses and ecosystem simulations. These results also imply that future climate changes may cause abrupt changes in the dry ecosystem once the threshold is reached. 展开更多
关键词 Fossil pollen Vegetation response Threshold effects Holocene climate Central Asia
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