经克隆测序获得了采自长江口九段沙、钱塘江口、舟山等3个地点35尾刀鲚（Coilia nasus）的mtDNA控制区全序列,分析了控制区序列的变异和遗传结构。结果显示,长江口邻近水域刀鲚的mtDNA控制区序列具有长度多态性,全长为1214-1291bp,主要...经克隆测序获得了采自长江口九段沙、钱塘江口、舟山等3个地点35尾刀鲚（Coilia nasus）的mtDNA控制区全序列,分析了控制区序列的变异和遗传结构。结果显示,长江口邻近水域刀鲚的mtDNA控制区序列具有长度多态性,全长为1214-1291bp,主要是在第358位点处有以“CTA TGT ATT ATA TTA CAT ATA TTA TGG TAT AGT ACA TA”38bp为单位的1-2次片段重复。种群遗传结构分析显示,长江口邻近水域刀鲚的平均单倍型多样性（h）为0.9983,3个群体的平均核苷酸多样性（π）为0.0262,表现出丰富的遗传多样性和较高的进化潜力。3个刀鲚群体间的分化指数FST仅为0.012-0.053,而基因交流值Nm却达9.90-40.62。群体间K2-P遗传距离与AMOVA分析结果也表明,长江口及毗邻地区的刀鲚没有发生地理分化。以线粒体DNA控制区全序列构建的NJ树揭示,3个群体的个体组成了2个谱系,但这2个谱系与地理分群并不相关。依据分子钟理论,推测这两个谱系的分化发生在更新世末期。展开更多
文摘经克隆测序获得了采自长江口九段沙、钱塘江口、舟山等3个地点35尾刀鲚（Coilia nasus）的mtDNA控制区全序列,分析了控制区序列的变异和遗传结构。结果显示,长江口邻近水域刀鲚的mtDNA控制区序列具有长度多态性,全长为1214-1291bp,主要是在第358位点处有以“CTA TGT ATT ATA TTA CAT ATA TTA TGG TAT AGT ACA TA”38bp为单位的1-2次片段重复。种群遗传结构分析显示,长江口邻近水域刀鲚的平均单倍型多样性（h）为0.9983,3个群体的平均核苷酸多样性（π）为0.0262,表现出丰富的遗传多样性和较高的进化潜力。3个刀鲚群体间的分化指数FST仅为0.012-0.053,而基因交流值Nm却达9.90-40.62。群体间K2-P遗传距离与AMOVA分析结果也表明,长江口及毗邻地区的刀鲚没有发生地理分化。以线粒体DNA控制区全序列构建的NJ树揭示,3个群体的个体组成了2个谱系,但这2个谱系与地理分群并不相关。依据分子钟理论,推测这两个谱系的分化发生在更新世末期。
文摘旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区(mtDNA D-loop区)的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为 48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度( Hd )在0.496~0.729之间,核苷酸多样度( Pi )在0.003 40 ~0.005 41之间, Hd 值和 Pi 值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。
